More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1648 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_1648  response regulator receiver protein  100 
 
 		 367 aa  756    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0057956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3036  response regulator receiver protein  86.38 
 
 		 367 aa  658    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.697745  hitchhiker  0.00756104 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1396  response regulator receiver protein  74.11 
 
 		 367 aa  555  1e-157  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00425013  normal  0.314583 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3196  response regulator  65.67 
 
 		 367 aa  511  1e-144  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1467  response regulator receiver protein  65.94 
 
 		 367 aa  512  1e-144  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0140274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3038  response regulator receiver protein  66.49 
 
 		 367 aa  511  1e-144  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0232368  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2906  response regulator receiver protein  66.21 
 
 		 367 aa  513  1e-144  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0132666  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1312  response regulator receiver protein  66.21 
 
 		 367 aa  510  1e-143  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000399806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1379  response regulator receiver protein  66.21 
 
 		 367 aa  510  1e-143  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00673289  normal  0.16507 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1372  response regulator receiver protein  66.21 
 
 		 367 aa  508  1e-143  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0119088  hitchhiker  0.0000873565 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2896  response regulator receiver protein  65.94 
 
 		 367 aa  509  1e-143  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00201335  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2546  response regulator receiver protein  64.31 
 
 		 376 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2267  response regulator receiver protein  65.12 
 
 		 367 aa  489  1e-137  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0287525  normal  0.0560142 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1391  response regulator receiver protein  63.22 
 
 		 368 aa  477  1e-133  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1356  response regulator receiver  56.14 
 
 		 386 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.235342  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2806  response regulator receiver protein  58.76 
 
 		 373 aa  442  1e-123  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2165  response regulator  33.33 
 
 		 393 aa  164  3e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0249002  normal  0.813701 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1706  response regulator receiver modulated serine phosphatase  33.33 
 
 		 393 aa  164  3e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000168842 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3577  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 393 aa  164  3e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00266085  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1912  response regulator receiver:stage II sporulation E  32.98 
 
 		 394 aa  162  6e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.432168  hitchhiker  0.00180426 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1682  response regulator receiver modulated serine phosphatase  32.62 
 
 		 412 aa  162  9e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2117  response regulator  32.98 
 
 		 394 aa  160  3e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0129975  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3849  response regulator receiver (CheY) modulated Serine phosphatase  31.91 
 
 		 412 aa  157  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.658628 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1929  response regulator receiver protein  30.5 
 
 		 394 aa  155  1e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.310245 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2359  putative two-component response regulator  31.21 
 
 		 394 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27940  putative two-component response regulator  30.5 
 
 		 394 aa  149  6e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32720  Response regulator  29.97 
 
 		 394 aa  144  2e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1112  response regulator receiver domain-containing protein  33.62 
 
 		 399 aa  129  1.0000000000000001e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0568  response regulator  31.56 
 
 		 368 aa  125  1e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00216047  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03091  hypothetical protein  26.9 
 
 		 368 aa  121  1.9999999999999998e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002881  response regulator  27.27 
 
 		 368 aa  118  1.9999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3465  putative PAS/PAC sensor protein  37.59 
 
 		 489 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0913  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  36.59 
 
 		 544 aa  109  6e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2828  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  43.85 
 
 		 410 aa  109  7.000000000000001e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2078  response regulator of RpoS  31.03 
 
 		 338 aa  109  7.000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2331  response regulator of RpoS  31.03 
 
 		 338 aa  109  7.000000000000001e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000591908  normal  0.501576 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.67 
 
 		 739 aa  109  7.000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.498595 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1979  response regulator of RpoS  32.02 
 
 		 338 aa  108  1e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.46167  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1959  response regulator of RpoS  30.09 
 
 		 338 aa  107  3e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2280  response regulator of RpoS  30.08 
 
 		 338 aa  107  4e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0715238  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2201  response regulator of RpoS  30.56 
 
 		 338 aa  107  5e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1969  response regulator of RpoS  30.54 
 
 		 338 aa  107  5e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.313928  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1082  response regulator  28.09 
 
 		 367 aa  105  1e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0532  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  37.67 
 
 		 715 aa  105  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2526  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.94 
 
 		 715 aa  105  1e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.263284  normal  0.0502692 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1575  response regulator of RpoS  32.02 
 
 		 337 aa  104  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.307447  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2082  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  31.6 
 
 		 566 aa  103  3e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.806146 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1880  response regulator of RpoS  32.02 
 
 		 337 aa  103  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.239117  normal  0.804945 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1943  response regulator of RpoS  32.02 
 
 		 337 aa  103  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.941531 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1886  response regulator of RpoS  32.02 
 
 		 337 aa  103  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0489347  normal  0.205124 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1392  response regulator of RpoS  32.02 
 
 		 337 aa  103  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00188361  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2308  response regulator of RpoS  33 
 
 		 337 aa  102  1e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.863566  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3074  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  39.83 
 
 		 363 aa  102  2e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01211  response regulator of RpoS  31.53 
 
 		 337 aa  99.8  7e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.480052  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1720  response regulator of RpoS  31.53 
 
 		 337 aa  99.8  7e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0232509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1384  response regulator of RpoS  31.53 
 
 		 337 aa  99.8  7e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.421294  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1343  response regulator of RpoS  31.53 
 
 		 337 aa  99.8  7e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00109338  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01221  hypothetical protein  31.53 
 
 		 337 aa  99.8  7e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.417729  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2392  response regulator of RpoS  31.53 
 
 		 337 aa  99.8  7e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000237009 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1906  response regulator of RpoS  31.53 
 
 		 337 aa  99.8  7e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.174648  normal  0.215745 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2710  response regulator of RpoS  28.51 
 
 		 337 aa  98.6  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.317611  hitchhiker  0.000232648 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1400  response regulator of RpoS  31.53 
 
 		 337 aa  98.6  2e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0999  response regulator receiver modulated serine phosphatase  22.95 
 
 		 602 aa  96.7  6e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.118416  hitchhiker  0.00369461 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1479  response regulator receiver protein  23.67 
 
 		 402 aa  93.6  5e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1419  signal transduction histidine kinase  34.84 
 
 		 551 aa  92.4  1e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2096  signal transduction histidine kinase  32.05 
 
 		 526 aa  91.7  2e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0713574 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1380  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.65 
 
 		 454 aa  91.3  3e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00781234  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2459  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.27 
 
 		 489 aa  90.1  5e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.854352 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0064  histidine kinase  34.71 
 
 		 598 aa  89  1e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0017  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 459 aa  88.2  2e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.120309  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1483  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.93 
 
 		 335 aa  86.3  8e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.882912  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2149  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  34.07 
 
 		 477 aa  85.9  9e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2467  response regulator receiver modulated serine phosphatase  23.94 
 
 		 385 aa  85.9  0.000000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2457  metal dependent phosphohydrolase  32 
 
 		 358 aa  85.5  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2461  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.66 
 
 		 581 aa  84.7  0.000000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1114  response regulator receiver modulated serine phosphatase  25.78 
 
 		 391 aa  85.1  0.000000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5047  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 387 aa  82.8  0.000000000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0897789  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2645  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  33.1 
 
 		 364 aa  82.8  0.000000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1042  two component signal transduction response regulator  34.65 
 
 		 465 aa  82.8  0.000000000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.472622  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1664  DNA-binding response regulator  38.1 
 
 		 226 aa  82.4  0.00000000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.690265  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1875  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  36.44 
 
 		 361 aa  82.4  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1483  DNA-binding response regulator  38.1 
 
 		 226 aa  82.4  0.00000000000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2713  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.94 
 
 		 454 aa  82.4  0.00000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0876  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 		 709 aa  81.6  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0730078  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1837  DNA-binding response regulator  38.1 
 
 		 226 aa  80.5  0.00000000000004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.591446  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1522  histidine kinase  29.38 
 
 		 544 aa  80.5  0.00000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6438  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.67 
 
 		 394 aa  80.1  0.00000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00615091  normal  0.383003 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2195  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.11 
 
 		 502 aa  80.5  0.00000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.067402 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2024  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.22 
 
 		 517 aa  80.5  0.00000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0607  two component transcriptional regulator  40 
 
 		 248 aa  80.1  0.00000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0205  response regulator receiver protein  25.24 
 
 		 395 aa  80.1  0.00000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1920  response regulator receiver  37.38 
 
 		 226 aa  80.1  0.00000000000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0329  putative response regulator  22.42 
 
 		 415 aa  79.7  0.00000000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2769  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.48 
 
 		 773 aa  79.3  0.00000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3744  putative GAF sensor protein  30 
 
 		 323 aa  79  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4377  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.84 
 
 		 636 aa  79  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0149  sensor histidine kinase/response regulator  31.58 
 
 		 371 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0224  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.61 
 
 		 379 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0202  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  30.37 
 
 		 374 aa  77.8  0.0000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00101669 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1991  response regulator receiver protein  38.52 
 
 		 153 aa  78.2  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>