More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E1400 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01211  response regulator of RpoS  99.7 
 
 		 337 aa  681    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.480052  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2392  response regulator of RpoS  99.7 
 
 		 337 aa  681    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000237009 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1400  response regulator of RpoS  100 
 
 		 337 aa  684    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1720  response regulator of RpoS  99.7 
 
 		 337 aa  681    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0232509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1343  response regulator of RpoS  99.7 
 
 		 337 aa  681    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00109338  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1384  response regulator of RpoS  99.7 
 
 		 337 aa  681    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.421294  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1906  response regulator of RpoS  99.7 
 
 		 337 aa  681    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.174648  normal  0.215745 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01221  hypothetical protein  99.7 
 
 		 337 aa  681    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.417729  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1886  response regulator of RpoS  90.21 
 
 		 337 aa  607  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0489347  normal  0.205124 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1943  response regulator of RpoS  90.21 
 
 		 337 aa  607  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.941531 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1575  response regulator of RpoS  90.21 
 
 		 337 aa  607  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.307447  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1880  response regulator of RpoS  90.21 
 
 		 337 aa  607  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.239117  normal  0.804945 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1392  response regulator of RpoS  90.21 
 
 		 337 aa  607  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00188361  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2308  response regulator of RpoS  86.65 
 
 		 337 aa  563  1.0000000000000001e-159  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.863566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2710  response regulator of RpoS  68.84 
 
 		 337 aa  466  9.999999999999999e-131  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.317611  hitchhiker  0.000232648 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1959  response regulator of RpoS  64.79 
 
 		 338 aa  444  1.0000000000000001e-124  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2078  response regulator of RpoS  64.69 
 
 		 338 aa  442  1e-123  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1969  response regulator of RpoS  64.39 
 
 		 338 aa  441  1e-123  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.313928  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2331  response regulator of RpoS  64.69 
 
 		 338 aa  442  1e-123  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000591908  normal  0.501576 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1979  response regulator of RpoS  64.5 
 
 		 338 aa  436  1e-121  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.46167  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2201  response regulator of RpoS  64.5 
 
 		 338 aa  427  1e-118  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2280  response regulator of RpoS  63.61 
 
 		 338 aa  422  1e-117  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0715238  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0568  response regulator  31.45 
 
 		 368 aa  148  1.0000000000000001e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00216047  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1082  response regulator  29.45 
 
 		 367 aa  130  2.0000000000000002e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002881  response regulator  27.99 
 
 		 368 aa  127  2.0000000000000002e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03091  hypothetical protein  28.48 
 
 		 368 aa  124  3e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3849  response regulator receiver (CheY) modulated Serine phosphatase  29.86 
 
 		 412 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.658628 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27940  putative two-component response regulator  28.15 
 
 		 394 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2359  putative two-component response regulator  28.15 
 
 		 394 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2117  response regulator  27.1 
 
 		 394 aa  107  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0129975  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1706  response regulator receiver modulated serine phosphatase  28.84 
 
 		 393 aa  106  5e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000168842 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1929  response regulator receiver protein  28.27 
 
 		 394 aa  106  6e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.310245 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1912  response regulator receiver:stage II sporulation E  27.41 
 
 		 394 aa  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.432168  hitchhiker  0.00180426 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1648  response regulator receiver protein  30.22 
 
 		 367 aa  105  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0057956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3577  response regulator receiver protein  28.84 
 
 		 393 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00266085  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2165  response regulator  28.84 
 
 		 393 aa  105  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0249002  normal  0.813701 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1682  response regulator receiver modulated serine phosphatase  28 
 
 		 412 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3038  response regulator receiver protein  28.19 
 
 		 367 aa  103  4e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0232368  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2896  response regulator receiver protein  27.8 
 
 		 367 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00201335  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1467  response regulator receiver protein  27.8 
 
 		 367 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0140274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2906  response regulator receiver protein  27.8 
 
 		 367 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0132666  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1391  response regulator receiver protein  28.89 
 
 		 368 aa  101  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3036  response regulator receiver protein  29.13 
 
 		 367 aa  100  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.697745  hitchhiker  0.00756104 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2546  response regulator receiver protein  27.69 
 
 		 376 aa  99.8  6e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32720  Response regulator  28.08 
 
 		 394 aa  96.3  7e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1396  response regulator receiver protein  26.77 
 
 		 367 aa  96.3  7e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00425013  normal  0.314583 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1112  response regulator receiver domain-containing protein  25.16 
 
 		 399 aa  94.4  2e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1312  response regulator receiver protein  26.38 
 
 		 367 aa  94.4  3e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000399806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1379  response regulator receiver protein  26.38 
 
 		 367 aa  94.4  3e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00673289  normal  0.16507 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2828  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.39 
 
 		 410 aa  92  1e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2806  response regulator receiver protein  24.68 
 
 		 373 aa  91.3  2e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2267  response regulator receiver protein  28.63 
 
 		 367 aa  89.7  6e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0287525  normal  0.0560142 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3196  response regulator  26.77 
 
 		 367 aa  89.7  7e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1372  response regulator receiver protein  25.59 
 
 		 367 aa  89  1e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0119088  hitchhiker  0.0000873565 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4368  two component transcriptional regulator  40.15 
 
 		 245 aa  86.3  7e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5049  two component transcriptional regulator  40.15 
 
 		 259 aa  85.9  8e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.839238  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5811  two component transcriptional regulator  40.15 
 
 		 245 aa  85.9  9e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.244111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3050  two component transcriptional regulator  39.39 
 
 		 245 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.545982  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4353  two component transcriptional regulator  43 
 
 		 245 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1483  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.94 
 
 		 335 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.882912  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1013  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.83 
 
 		 456 aa  80.5  0.00000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0616674 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1090  response regulator receiver protein  40 
 
 		 846 aa  80.5  0.00000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.874134  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1356  response regulator receiver  38.46 
 
 		 386 aa  79.7  0.00000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.235342  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1564  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.61 
 
 		 223 aa  79.7  0.00000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.194978  normal  0.692086 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2096  CheA signal transduction histidine kinases  35.9 
 
 		 2301 aa  79.7  0.00000000000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3309  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.49 
 
 		 900 aa  79.7  0.00000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.269875  normal  0.342346 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5311  two component transcriptional regulator  37.62 
 
 		 246 aa  79.3  0.00000000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.554395  normal  0.310406 
 
 
-
 
NC_003296  RS05454  two component response regulator transcription regulator protein  42 
 
 		 256 aa  78.6  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.169333 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0913  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  37.61 
 
 		 544 aa  79.3  0.0000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1326  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 485 aa  78.6  0.0000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2735  two component transcriptional regulator  42 
 
 		 228 aa  79  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.223671 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1726  putative PAS/PAC sensor protein  39.05 
 
 		 504 aa  79  0.0000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0909206  normal  0.287685 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1813  putative hybrid two-component sensor and regulatory protein  35.9 
 
 		 2284 aa  77.8  0.0000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.409027  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0509  two component transcriptional regulator  40.59 
 
 		 232 aa  78.6  0.0000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.163629  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0954  two component transcriptional regulator  36.27 
 
 		 243 aa  78.2  0.0000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0817018 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3648  response regulator receiver modulated serine phosphatase  25.81 
 
 		 380 aa  77.8  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0999  response regulator receiver modulated serine phosphatase  33.57 
 
 		 602 aa  77.8  0.0000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.118416  hitchhiker  0.00369461 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1954  two component transcriptional regulator  41 
 
 		 253 aa  77.4  0.0000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.897911  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2384  two component transcriptional regulator  36.27 
 
 		 259 aa  77.8  0.0000000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1792  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.85 
 
 		 249 aa  77.4  0.0000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.783202  normal  0.482984 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0377  DNA-binding response regulator  31.67 
 
 		 226 aa  77.4  0.0000000000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.306284  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3465  putative PAS/PAC sensor protein  31.21 
 
 		 489 aa  77  0.0000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2585  response regulator receiver protein  35.29 
 
 		 385 aa  76.6  0.0000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.222043  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2489  response regulator receiver protein  35.29 
 
 		 385 aa  76.6  0.0000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.386888  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1368  response regulator receiver domain-containing protein  36.27 
 
 		 386 aa  77  0.0000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0650382  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2526  two component transcriptional regulator  40 
 
 		 262 aa  76.6  0.0000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.262723  normal  0.926116 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1920  response regulator receiver  35.64 
 
 		 226 aa  76.6  0.0000000000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4681  two component transcriptional regulator  36.63 
 
 		 230 aa  76.3  0.0000000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.354926 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4301  two component transcriptional regulator  36.63 
 
 		 230 aa  76.3  0.0000000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.681825  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4119  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.94 
 
 		 1331 aa  76.3  0.0000000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4387  two component transcriptional regulator  36.63 
 
 		 230 aa  76.3  0.0000000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0316317  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2533  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.32 
 
 		 483 aa  75.9  0.0000000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2629  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.32 
 
 		 483 aa  76.3  0.0000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.14604  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3274  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 467 aa  75.9  0.0000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0156688  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4207  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.29 
 
 		 247 aa  75.9  0.0000000000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0308  two component transcriptional regulator  35.29 
 
 		 248 aa  75.9  0.000000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.030574  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3147  response regulator receiver protein  40.52 
 
 		 121 aa  75.1  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10999  two component response transcriptional regulatory protein MprA  35.64 
 
 		 230 aa  75.9  0.000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000188235  normal  0.671639 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2294  two component transcriptional regulator  40.19 
 
 		 226 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000876575  normal  0.575243 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2006  response regulator receiver  36.89 
 
 		 223 aa  75.9  0.000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.379718  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>