More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0499 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A0499  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  100 
 
 
290 aa  560  1e-158  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4230  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.99 
 
 
296 aa  406  1.0000000000000001e-112  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.596168  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0114  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  72.04 
 
 
294 aa  402  1e-111  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0515  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.63 
 
 
312 aa  402  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387102  normal  0.714494 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4200  ABC spermidine/putrescine transporter, innermembrane subunit  70.63 
 
 
312 aa  403  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.300968  normal  0.737263 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2135  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.64 
 
 
293 aa  390  1e-107  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.55789  normal  0.615759 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0104  acriflavin resistance protein  70.21 
 
 
302 aa  389  1e-107  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2638  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.9 
 
 
297 aa  380  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.331277  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.64 
 
 
314 aa  377  1e-103  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.88233  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2898  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.55 
 
 
297 aa  375  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0830  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.87 
 
 
293 aa  377  1e-103  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2949  ABC transporter membrane spanning protein  60 
 
 
330 aa  339  4e-92  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.41093  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0347  ABC transporter, inner membrane subunit  62.09 
 
 
293 aa  328  5.0000000000000004e-89  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.138515  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1991  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.73 
 
 
293 aa  327  1.0000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.235155  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0949  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.26 
 
 
293 aa  319  3.9999999999999996e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.151679 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2472  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.85 
 
 
299 aa  300  1e-80  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0792  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.61 
 
 
298 aa  266  2.9999999999999995e-70  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.326549  normal  0.268879 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1235  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.23 
 
 
298 aa  259  3e-68  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3327  hypothetical protein  44.16 
 
 
280 aa  209  4e-53  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0941413  normal  0.747278 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.6 
 
 
303 aa  191  8e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0983  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.95 
 
 
288 aa  188  9e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.429935  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5506  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.91 
 
 
284 aa  176  3e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1110  spermidine/putrescine ABC transporter permease protein  41.58 
 
 
316 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.180562  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7382  acriflavin resistance protein  41.16 
 
 
294 aa  172  5e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.859985  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5126  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.56 
 
 
284 aa  171  1e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.56 
 
 
284 aa  171  1e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.333039  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3335  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.19 
 
 
334 aa  170  3e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0727  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.55 
 
 
280 aa  167  2e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5741  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.35 
 
 
283 aa  166  5e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.691265  normal  0.472476 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0748  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.18 
 
 
280 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3995  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.56 
 
 
275 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.301852  normal  0.487139 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.04 
 
 
279 aa  162  5.0000000000000005e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.448719 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1081  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.35 
 
 
283 aa  162  9e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0532784  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1684  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.24 
 
 
278 aa  161  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.399872  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1724  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.19 
 
 
279 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.364055  normal  0.0106315 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1316  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.83 
 
 
279 aa  159  7e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.151908  normal  0.975763 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1273  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.83 
 
 
279 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.22443 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000663  ABC transporter permease protein  36.19 
 
 
296 aa  155  8e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1330  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.3 
 
 
280 aa  154  1e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0147671  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21930  putative permease of ABC transporter  36.78 
 
 
279 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.498277  hitchhiker  0.000000164352 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3880  polyamine ABC transporter, permease protein, putative  35.93 
 
 
280 aa  150  2e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.43307  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1604  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.64 
 
 
280 aa  150  3e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.082951 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1029  binding-protein-dependent transport system,inner membrane component  35.32 
 
 
295 aa  147  2.0000000000000003e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.803098  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1873  ABC transporter permease  36.78 
 
 
279 aa  147  3e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1381  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.28 
 
 
300 aa  145  6e-34  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0830  ABC transporter, permease protein  35.61 
 
 
279 aa  134  9.999999999999999e-31  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0374043  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0753  ABC transporter, permease protein  35.61 
 
 
279 aa  134  9.999999999999999e-31  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.644714  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1473  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
574 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1103  ABC transporter, permease protein  31.85 
 
 
280 aa  127  2.0000000000000002e-28  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3417  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.37 
 
 
272 aa  105  1e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5733  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.49 
 
 
311 aa  104  2e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1819  putative ABC transporter, permease protein  33.05 
 
 
275 aa  92  9e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0831633  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2081  ABC transporter, permease protein  33.05 
 
 
275 aa  92  9e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1108  ABC transporter, permease protein  33.05 
 
 
275 aa  92  9e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.959603  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1787  putative ABC transport system, membrane protein  33.05 
 
 
275 aa  91.7  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0449  ABC transporter, permease protein  33.05 
 
 
275 aa  91.7  1e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0355  ABC transporter, permease protein  33.05 
 
 
275 aa  91.3  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.359414  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0817  ABC transporter, permease protein  32.63 
 
 
265 aa  90.5  3e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4786  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.01 
 
 
276 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.875923  normal  0.946498 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.64 
 
 
276 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5375  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.64 
 
 
269 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.120325  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1586  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.88 
 
 
551 aa  79.3  0.00000000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1063  ornithine carbamoyltransferase  26.69 
 
 
293 aa  67.4  0.0000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2327  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  27.39 
 
 
263 aa  67.4  0.0000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000000126892  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1480  ABC transporter, permease protein  24.69 
 
 
276 aa  66.6  0.0000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00172714  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1664  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.71 
 
 
271 aa  66.2  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.85 
 
 
272 aa  65.9  0.0000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.465395  normal  0.116122 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2558  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  26.64 
 
 
293 aa  65.9  0.0000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.000169531  normal  0.108126 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1272  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.85 
 
 
271 aa  65.1  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.308344  normal  0.637566 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5853  putative permease protein  27.83 
 
 
271 aa  65.1  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.784306  normal  0.382756 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1003  sulfate/thiosulfate transporter subunit  29.85 
 
 
277 aa  64.7  0.000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.566052  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4353  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.38 
 
 
273 aa  64.3  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.164857  normal  0.687907 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0193  spermidine/putrescine ABC transporter permease protein  25.9 
 
 
276 aa  64.7  0.000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2347  Ornithine carbamoyltransferase  28 
 
 
288 aa  64.7  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00485927 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.2 
 
 
275 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.776443 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0766  sulfate/thiosulfate transporter subunit  29.35 
 
 
284 aa  63.9  0.000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1264  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.86 
 
 
273 aa  63.9  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0908917  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1847  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  26.02 
 
 
254 aa  63.5  0.000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0489966  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.39 
 
 
576 aa  63.5  0.000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.57335  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4117  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  27.05 
 
 
282 aa  63.2  0.000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.191331  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.78 
 
 
271 aa  63.2  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.101358  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1792  transport system permease transmembrane ABC transporter protein  28.84 
 
 
282 aa  62  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.794261  normal  0.0652988 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1300  sulfate/thiosulfate transporter subunit  31.21 
 
 
277 aa  61.6  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0487  ABC transporter, permease protein  33.09 
 
 
289 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0925  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  22.18 
 
 
554 aa  62  0.00000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1553  Sulfate ABC transporter, permease protein CysT  24.36 
 
 
277 aa  62  0.00000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1409  sulfate/thiosulfate transporter subunit  31.21 
 
 
277 aa  61.6  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1644  ornithine carbamoyltransferase  27.48 
 
 
285 aa  62  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.574087 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2768  sulfate/thiosulfate transporter subunit  31.21 
 
 
277 aa  61.6  0.00000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00128894 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1771  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  23.47 
 
 
692 aa  62  0.00000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.715719  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1417  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.06 
 
 
283 aa  60.8  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.583933  normal  0.169133 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1458  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.06 
 
 
283 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0245502 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.65 
 
 
274 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.469954 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.74 
 
 
569 aa  61.2  0.00000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.290045  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1467  ABC polyamine transporter, inner membrane subunit  27.19 
 
 
274 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347452  normal  0.0582405 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4841  putative ABC transporter membrane protein  29.31 
 
 
272 aa  61.2  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0581519 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4694  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.58 
 
 
289 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1365  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  23.83 
 
 
692 aa  60.5  0.00000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0308  ABC transporter, permease protein, putative  28.32 
 
 
296 aa  59.7  0.00000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4637  Ornithine carbamoyltransferase  26.16 
 
 
266 aa  60.1  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.476846  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>