More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_1847 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013173  Dbac_1847  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  100 
 
 
254 aa  508  1e-143  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0489966  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2866  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  60.73 
 
 
257 aa  318  7e-86  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3672  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  54.94 
 
 
256 aa  299  2e-80  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1958  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  56.92 
 
 
266 aa  293  2e-78  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1582  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  52.78 
 
 
256 aa  293  3e-78  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.147817  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02287  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  53.97 
 
 
256 aa  290  1e-77  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003483  spermidine putrescine ABC transporter permease component PotC  53.57 
 
 
256 aa  290  1e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000553951  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1037  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  53.97 
 
 
256 aa  283  2.0000000000000002e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000490693  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1502  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  52.17 
 
 
264 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000827524  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01122  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  52.17 
 
 
264 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2523  Ornithine carbamoyltransferase  52.17 
 
 
264 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000122553  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1244  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  52.17 
 
 
264 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0760675  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2479  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  52.17 
 
 
264 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0237436  normal  0.58915 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1247  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  52.17 
 
 
264 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0802676  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2201  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  52.17 
 
 
264 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.381737  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2002  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  52.17 
 
 
264 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.818334 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01130  hypothetical protein  52.17 
 
 
264 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0870  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  54.77 
 
 
270 aa  265  4e-70  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.41546  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1637  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  52.57 
 
 
268 aa  263  1e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1063  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  51.78 
 
 
258 aa  261  4.999999999999999e-69  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000694719  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0237  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  52.03 
 
 
276 aa  260  2e-68  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2145  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  51.38 
 
 
258 aa  258  8e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1860  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  51.38 
 
 
258 aa  258  9e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.165984  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1323  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  51.38 
 
 
259 aa  257  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00883478 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1961  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  51.38 
 
 
259 aa  257  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1300  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  51.38 
 
 
259 aa  257  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.715844 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2145  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  51.38 
 
 
259 aa  257  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00722859 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1338  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  51.38 
 
 
259 aa  257  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.116682 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1159  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  48.21 
 
 
255 aa  250  1e-65  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000268862  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0343  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  53.71 
 
 
256 aa  245  4.9999999999999997e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3925  ornithine carbamoyltransferase  44.66 
 
 
273 aa  226  2e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.13527  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1609  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  44.27 
 
 
273 aa  224  1e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0392744  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0378  Ornithine carbamoyltransferase  43.48 
 
 
272 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0255644  hitchhiker  0.00261516 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.87 
 
 
272 aa  219  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00439076  hitchhiker  0.00000318128 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0313  ornithine carbamoyltransferase  42.29 
 
 
273 aa  216  2e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.516071  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1008  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.56 
 
 
273 aa  216  2.9999999999999998e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.507644  normal  0.428884 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane protein  44.4 
 
 
260 aa  216  4e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.814917  normal  0.279187 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3799  ornithine carbamoyltransferase  45 
 
 
260 aa  215  7e-55  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.195582 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4637  Ornithine carbamoyltransferase  42.74 
 
 
266 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.476846  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5055  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.49 
 
 
264 aa  213  1.9999999999999998e-54  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.429894 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0166  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.9 
 
 
272 aa  213  1.9999999999999998e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17620  polyamine transport protein PotC  44.02 
 
 
256 aa  210  2e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.55 
 
 
281 aa  209  3e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360283  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1532  polyamine transport protein PotC  44.02 
 
 
256 aa  209  4e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2943  ornithine carbamoyltransferase  44.73 
 
 
272 aa  207  1e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6836  putrescine ABC transporter membrane protein  45.97 
 
 
274 aa  206  2e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.263779  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1203  ornithine carbamoyltransferase  40.16 
 
 
266 aa  207  2e-52  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0980  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.27 
 
 
267 aa  205  7e-52  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1400  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  39.76 
 
 
266 aa  204  1e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1201  spermidine/putrescine ABC transporter permease  39.76 
 
 
266 aa  204  1e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440242  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1179  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  39.76 
 
 
266 aa  204  1e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1181  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  39.76 
 
 
266 aa  204  1e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0752832  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1299  spermidine/putrescine ABC transporter permease  39.76 
 
 
266 aa  204  1e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1377  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  39.76 
 
 
266 aa  204  1e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000768374 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3072  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  41.38 
 
 
244 aa  203  2e-51  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.76 
 
 
267 aa  203  2e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1928  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.93 
 
 
259 aa  202  4e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.420428  hitchhiker  0.000000201518 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1009  ornithine carbamoyltransferase  38.98 
 
 
266 aa  202  4e-51  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1549  ornithine carbamoyltransferase  41.27 
 
 
284 aa  201  8e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.899373  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4005  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  39.37 
 
 
266 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000178374 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1339  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  39.37 
 
 
266 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2582  Ornithine carbamoyltransferase  42 
 
 
263 aa  200  1.9999999999999998e-50  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000818626  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1432  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.31 
 
 
271 aa  199  3e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.215203  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3949  ornithine carbamoyltransferase  40.16 
 
 
287 aa  199  3e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.551991  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1244  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.08 
 
 
272 aa  199  3e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.268212  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2225  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein PotC  38.37 
 
 
266 aa  197  1.0000000000000001e-49  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1456  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.34 
 
 
271 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.977673 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1937  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein (potC)-like protein  38.37 
 
 
266 aa  197  2.0000000000000003e-49  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1141  hypothetical protein  42.15 
 
 
255 aa  196  3e-49  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1146  hypothetical protein  42.56 
 
 
255 aa  196  3e-49  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4563  Ornithine carbamoyltransferase  45.18 
 
 
259 aa  196  3e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.145972 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4192  ornithine carbamoyltransferase  45.18 
 
 
259 aa  196  3e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.457573  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1441  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  39.76 
 
 
266 aa  195  5.000000000000001e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0782345  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6381  ornithine carbamoyltransferase  42.06 
 
 
258 aa  194  1e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.970819 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2838  ornithine carbamoyltransferase  36.19 
 
 
286 aa  193  2e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000365648  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0825  ABC transporter membrane spanning protein  39.76 
 
 
271 aa  194  2e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1644  ornithine carbamoyltransferase  35.94 
 
 
285 aa  193  3e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.574087 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1451  ornithine carbamoyltransferase  41.53 
 
 
256 aa  192  3e-48  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1405  ornithine carbamoyltransferase  41.53 
 
 
256 aa  192  5e-48  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.386311  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.23 
 
 
272 aa  192  5e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.562661  normal  0.792385 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0891  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.39 
 
 
273 aa  191  1e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0152419  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2919  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.18 
 
 
261 aa  190  2e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.591991 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3144  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.99 
 
 
262 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.058701  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0748  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.71 
 
 
264 aa  189  5e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0148885  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.35 
 
 
266 aa  188  5.999999999999999e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.108007  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2299  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.08 
 
 
268 aa  187  1e-46  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6775  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.17 
 
 
260 aa  187  1e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.261463  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1884  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 
277 aa  186  2e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0283  polyamine ABC-transporter, inner membrane subunit  40 
 
 
274 aa  186  4e-46  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.463421  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4708  Ornithine carbamoyltransferase  45.18 
 
 
258 aa  185  5e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0199227 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1364  TonB-dependent receptor  40.82 
 
 
270 aa  185  5e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1961  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  39.69 
 
 
281 aa  185  7e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.91689  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1695  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  40.08 
 
 
281 aa  185  7e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.714449  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1015  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.5 
 
 
278 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2805  ornithine carbamoyltransferase  37.05 
 
 
276 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.465458  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3393  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.43 
 
 
282 aa  183  2.0000000000000003e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1012  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  39.29 
 
 
262 aa  183  2.0000000000000003e-45  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.783092  normal  0.343359 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1803  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  39.76 
 
 
257 aa  182  4.0000000000000006e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1567  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.98 
 
 
261 aa  182  4.0000000000000006e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.260601  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.85 
 
 
264 aa  181  7e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>