More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_1480 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008261  CPF_1480  ABC transporter, permease protein  100 
 
 
276 aa  545  1e-154  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00172714  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.09 
 
 
274 aa  252  4.0000000000000004e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.301683 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1466  spermidine/putrescine ABC transporter permease protein  46.15 
 
 
275 aa  243  3e-63  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3235  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.87 
 
 
274 aa  224  2e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0620959  normal  0.806351 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4606  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.6 
 
 
293 aa  187  2e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1936  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein (potB)-like protein  35.96 
 
 
281 aa  184  1.0000000000000001e-45  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3160  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.1 
 
 
275 aa  183  3e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2224  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein PotB  35.96 
 
 
281 aa  182  4.0000000000000006e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3162  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.32 
 
 
282 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0280655 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3517  ABC polyamine/opine transporter, inner membrane subunit  35.32 
 
 
282 aa  182  7e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1922  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.23 
 
 
291 aa  179  5.999999999999999e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.990505  normal  0.283122 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3638  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.62 
 
 
291 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.50975 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5049  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.48 
 
 
283 aa  172  3.9999999999999995e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2421  putative ABC spermidine/putrescine transporter permease protein  37.67 
 
 
291 aa  167  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.91 
 
 
283 aa  165  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.341213  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0342  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
285 aa  165  9e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0890  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.23 
 
 
275 aa  164  1.0000000000000001e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00131219  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3605  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.83 
 
 
295 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0391464 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7194  ABC transporter permease  31.6 
 
 
293 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0858  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.53 
 
 
308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.895819  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0837  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.83 
 
 
310 aa  162  6e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.88 
 
 
296 aa  160  2e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.248217 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8305  ABC transporter membrane spanning protein (mannopine)  31.07 
 
 
285 aa  160  2e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.36 
 
 
293 aa  160  2e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.913053 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4673  putrescine ABC transporter, permease protein  34.1 
 
 
317 aa  160  3e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.32 
 
 
269 aa  159  3e-38  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0371  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.96 
 
 
281 aa  160  3e-38  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4323  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.13 
 
 
284 aa  159  4e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.125571  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2804  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.92 
 
 
299 aa  159  4e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.22661  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.52 
 
 
301 aa  159  4e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0057841  normal  0.437411 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2998  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.52 
 
 
301 aa  159  4e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0768287  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0975  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.39 
 
 
301 aa  159  4e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8491  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.29 
 
 
288 aa  159  5e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.251225  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1016  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.96 
 
 
330 aa  159  7e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.725697  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3095  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.09 
 
 
301 aa  158  8e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0587247  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.48 
 
 
301 aa  158  9e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0492814  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1110  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.48 
 
 
301 aa  158  9e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000446726  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3190  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.48 
 
 
301 aa  158  9e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.90235  normal  0.0128197 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5507  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.18 
 
 
299 aa  158  9e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0425652 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1168  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.48 
 
 
301 aa  158  9e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0126623  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1272  polyamine ABC transporter, permease protein  36.52 
 
 
301 aa  157  1e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0948  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
301 aa  158  1e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6774  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.35 
 
 
307 aa  157  1e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.631485  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2581  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.29 
 
 
274 aa  157  2e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000217072  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1008  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.78 
 
 
281 aa  156  3e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4875  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.06 
 
 
587 aa  156  3e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.432532 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4378  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.61 
 
 
305 aa  156  4e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5471  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.06 
 
 
588 aa  156  4e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1133  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.09 
 
 
301 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1200  spermidine/putrescine ABC transporter permease  31.8 
 
 
282 aa  155  6e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.163674  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1298  spermidine/putrescine ABC transporter permease  31.8 
 
 
282 aa  155  6e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1959  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.75 
 
 
322 aa  155  7e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2914  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.82 
 
 
278 aa  155  9e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4438  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.04 
 
 
296 aa  154  1e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.61 
 
 
308 aa  154  1e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1952  ABC polyamine transporter, inner membrane subunit  33.64 
 
 
309 aa  154  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00258406  normal  0.610972 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2307  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.76 
 
 
309 aa  154  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.622  normal  0.150857 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1338  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  31.42 
 
 
282 aa  154  1e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.727492  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4006  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  31.42 
 
 
282 aa  154  1e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.369906  hitchhiker  0.00000000961653 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1647  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  32.73 
 
 
321 aa  154  2e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.16764 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1062  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.08 
 
 
308 aa  154  2e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000130981  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003482  spermidine putrescine ABC transporter permease component PotB  36.87 
 
 
286 aa  154  2e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000668861  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1096  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.22 
 
 
301 aa  154  2e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0511337  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1581  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  32.94 
 
 
285 aa  153  2.9999999999999998e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0688524  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5131  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.68 
 
 
275 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2982  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.18 
 
 
293 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.12997  normal  0.783486 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2285  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  32.26 
 
 
319 aa  153  4e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.688912  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1440  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  34.6 
 
 
282 aa  152  4e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00199938  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0348  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.74 
 
 
302 aa  152  4e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1399  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  34.6 
 
 
282 aa  152  5e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.291151  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.49 
 
 
597 aa  152  5.9999999999999996e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02288  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  35.86 
 
 
286 aa  152  5.9999999999999996e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4262  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.87 
 
 
593 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.19 
 
 
305 aa  152  5.9999999999999996e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.055919  normal  0.0738554 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1262  ABC-type spermidine/putrescine transport system  34.93 
 
 
322 aa  152  8e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1370  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  32.5 
 
 
317 aa  152  8e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0822  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.34 
 
 
307 aa  151  8.999999999999999e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6380  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.42 
 
 
318 aa  151  8.999999999999999e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.879791  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1178  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  34.12 
 
 
282 aa  151  1e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1180  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  34.12 
 
 
282 aa  151  1e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00976508  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1694  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  32.72 
 
 
321 aa  151  1e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.53 
 
 
305 aa  151  1e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0181159  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1277  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.33 
 
 
309 aa  151  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.197627  normal  0.200022 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0497  spermidine/putrescine ABC transporter permease  29.78 
 
 
288 aa  151  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.157918  normal  0.264404 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0394  polyamine transport protein PotH  36.95 
 
 
303 aa  151  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.72562  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1202  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.12 
 
 
282 aa  151  1e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0377  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.53 
 
 
303 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00142926  hitchhiker  0.00113268 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03950  polyamine transport protein PotH  36.95 
 
 
293 aa  151  1e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1376  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  34.12 
 
 
282 aa  151  1e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000078006 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4994  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.86 
 
 
290 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2097  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.18 
 
 
313 aa  150  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.036296  normal  0.0908673 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4154  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.05 
 
 
296 aa  150  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.700172  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0896  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.68 
 
 
297 aa  150  2e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1158  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  32.13 
 
 
286 aa  150  2e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000395482  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0288  ABC transporter permease  30.1 
 
 
306 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4862  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35 
 
 
306 aa  150  3e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3007  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.79 
 
 
299 aa  150  3e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.360446  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1038  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  35.75 
 
 
286 aa  149  4e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000702638  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2384  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  31.34 
 
 
319 aa  149  4e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2707  ABC transporter membrane spanning protein (mannopine)  31.12 
 
 
259 aa  149  5e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.139329  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>