More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_5049 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008688  Pden_5049  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
283 aa  551  1e-156  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4378  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.96 
 
 
305 aa  204  1e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7051  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.96 
 
 
290 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.14054 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3745  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.78 
 
 
299 aa  194  1e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.807342  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2707  ABC transporter membrane spanning protein (mannopine)  41.34 
 
 
259 aa  189  4e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.139329  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3162  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.18 
 
 
282 aa  189  4e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0280655 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4418  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.01 
 
 
290 aa  189  4e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.62757  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3517  ABC polyamine/opine transporter, inner membrane subunit  41.18 
 
 
282 aa  189  5e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0858  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.14 
 
 
308 aa  186  3e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.895819  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0202  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.09 
 
 
288 aa  186  3e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.505302 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8305  ABC transporter membrane spanning protein (mannopine)  39.61 
 
 
285 aa  186  4e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1895  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.85 
 
 
290 aa  182  6e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0269803  normal  0.404001 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3638  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.22 
 
 
291 aa  181  9.000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.50975 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1480  ABC transporter, permease protein  33.94 
 
 
276 aa  178  7e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00172714  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.21 
 
 
290 aa  178  7e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.150151 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4154  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.8 
 
 
296 aa  177  1e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.700172  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3605  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.76 
 
 
295 aa  177  2e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0391464 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5507  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.94 
 
 
299 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0425652 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2704  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  39.11 
 
 
290 aa  177  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.382039  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6001  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.62 
 
 
290 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0489699  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2914  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.45 
 
 
278 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1338  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  36.63 
 
 
282 aa  172  5.999999999999999e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.727492  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4006  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  36.63 
 
 
282 aa  172  5.999999999999999e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.369906  hitchhiker  0.00000000961653 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3395  ABC opine/polyamine transporter, inner membrane subunit  39.92 
 
 
290 aa  171  1e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.445606  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2421  putative ABC spermidine/putrescine transporter permease protein  43.5 
 
 
291 aa  171  1e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.38 
 
 
293 aa  171  1e-41  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.913053 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1200  spermidine/putrescine ABC transporter permease  35.9 
 
 
282 aa  171  2e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.163674  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1298  spermidine/putrescine ABC transporter permease  35.9 
 
 
282 aa  171  2e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6501  ABC transporter permease  38.57 
 
 
285 aa  169  3e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126106  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3040  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.92 
 
 
290 aa  170  3e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.662155  normal  0.855546 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4323  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.55 
 
 
284 aa  170  3e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.125571  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0749  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter inner membrane protein  35.79 
 
 
304 aa  169  4e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.111773  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.79 
 
 
304 aa  169  4e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.119366  normal  0.546229 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.27 
 
 
308 aa  167  2e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3206  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.55 
 
 
289 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1008  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.6 
 
 
281 aa  165  6.9999999999999995e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6629  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.67 
 
 
301 aa  165  8e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.125858  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3235  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.45 
 
 
274 aa  164  1.0000000000000001e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0620959  normal  0.806351 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0307  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.55 
 
 
283 aa  163  2.0000000000000002e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0785  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.25 
 
 
313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.361491  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1399  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  37.8 
 
 
282 aa  163  3e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.291151  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0948  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.88 
 
 
301 aa  163  3e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1440  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  37.8 
 
 
282 aa  162  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00199938  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1202  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.8 
 
 
282 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1589  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  39.68 
 
 
303 aa  162  6e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0639141 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6579  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.83 
 
 
302 aa  162  6e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.21378  normal  0.43558 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1376  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  37.4 
 
 
282 aa  162  7e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000078006 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1178  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  37.4 
 
 
282 aa  162  7e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1180  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  37.4 
 
 
282 aa  162  7e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00976508  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8491  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.91 
 
 
288 aa  161  1e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.251225  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1272  polyamine ABC transporter, permease protein  38.65 
 
 
301 aa  160  2e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4438  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.45 
 
 
296 aa  160  2e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3095  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.18 
 
 
301 aa  160  2e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0587247  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.18 
 
 
301 aa  160  2e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0057841  normal  0.437411 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2998  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.18 
 
 
301 aa  160  2e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0768287  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4262  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.61 
 
 
593 aa  160  2e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1508  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  39.83 
 
 
301 aa  159  3e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0734046  normal  0.0460711 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0975  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35 
 
 
301 aa  159  5e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1168  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.93 
 
 
301 aa  159  5e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0126623  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3190  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.93 
 
 
301 aa  159  5e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.90235  normal  0.0128197 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.93 
 
 
301 aa  159  5e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0492814  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1110  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.93 
 
 
301 aa  159  5e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000446726  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.88 
 
 
274 aa  159  6e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.301683 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1096  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.29 
 
 
301 aa  159  7e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0511337  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3074  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35 
 
 
287 aa  158  1e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.716489  normal  0.098121 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3634  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.67 
 
 
326 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.350151 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2982  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.63 
 
 
293 aa  158  1e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.12997  normal  0.783486 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4729  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.67 
 
 
326 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.264999  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1262  ABC-type spermidine/putrescine transport system  37.89 
 
 
322 aa  157  2e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6152  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.98 
 
 
301 aa  157  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0497  spermidine/putrescine ABC transporter permease  35.9 
 
 
288 aa  156  3e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.157918  normal  0.264404 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.68 
 
 
288 aa  156  4e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003482  spermidine putrescine ABC transporter permease component PotB  33.08 
 
 
286 aa  155  6e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000668861  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1038  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  33.08 
 
 
286 aa  155  8e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000702638  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4682  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.14 
 
 
275 aa  155  9e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.870389  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.66 
 
 
305 aa  155  1e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0181159  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1959  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.52 
 
 
322 aa  154  1e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1542  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  33.85 
 
 
281 aa  154  1e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.412621 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8171  ABC transporter membrane spanning protein  36.68 
 
 
289 aa  154  2e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.123234  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1106  polyamine ABC transporter, permease protein, putative  39.05 
 
 
271 aa  153  2e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.02 
 
 
302 aa  154  2e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1062  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.68 
 
 
297 aa  153  2e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.756738  normal  0.356506 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2334  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.94 
 
 
290 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.279236  normal  0.559596 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4193  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.05 
 
 
331 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.203836  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02288  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  33.07 
 
 
286 aa  153  2.9999999999999998e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1835  ABC transporter, permease protein  37.45 
 
 
293 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.468029 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2399  ABC putrescine transporter, inner membrane subunit  36.33 
 
 
297 aa  153  4e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3540  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.94 
 
 
326 aa  152  4e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4709  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.66 
 
 
319 aa  152  4e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0125909 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1581  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  32.31 
 
 
285 aa  152  5e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0688524  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4564  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.05 
 
 
334 aa  152  5e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0706374 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2021  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.84 
 
 
285 aa  152  5e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.96964 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0348  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.09 
 
 
302 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.12 
 
 
267 aa  152  5.9999999999999996e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1380  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.02 
 
 
296 aa  152  7e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0764825  normal  0.0907135 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1802  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  37.25 
 
 
291 aa  152  8e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3946  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.6 
 
 
292 aa  151  1e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0687674  normal  0.554562 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2375  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.15 
 
 
304 aa  151  1e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.113051  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3160  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.08 
 
 
275 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5375  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.2 
 
 
326 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.408285 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>