More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_6152 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010676  Bphyt_6152  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
301 aa  598  1e-170  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1508  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  96.35 
 
 
301 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0734046  normal  0.0460711 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6579  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  85.1 
 
 
302 aa  482  1e-135  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.21378  normal  0.43558 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4994  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.1 
 
 
290 aa  334  1e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.48 
 
 
288 aa  330  2e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4698  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.38 
 
 
418 aa  202  6e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.29 
 
 
416 aa  201  9.999999999999999e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.187641  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0595  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.89 
 
 
413 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2633  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.74 
 
 
423 aa  199  3.9999999999999996e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.252621  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.69 
 
 
597 aa  198  7e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003667  putative permease of ABC transporter  46.58 
 
 
426 aa  197  2.0000000000000003e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2381  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.49 
 
 
420 aa  196  3e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.916996  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.95 
 
 
293 aa  192  8e-48  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.913053 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4613  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  48.69 
 
 
415 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.993847 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1469  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.69 
 
 
422 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.633443  hitchhiker  0.0000000331128 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2168  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  50.26 
 
 
418 aa  189  4e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0193763  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2931  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  49.21 
 
 
422 aa  189  4e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.34 
 
 
446 aa  189  5e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0108621  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0426  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.14 
 
 
424 aa  189  5.999999999999999e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1520  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.69 
 
 
422 aa  189  5.999999999999999e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.030853  normal  0.984041 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4295  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.49 
 
 
420 aa  188  9e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.193876  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.86 
 
 
420 aa  187  1e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.156739  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3607  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.74 
 
 
418 aa  187  1e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.34 
 
 
462 aa  188  1e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.105452 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4446  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.74 
 
 
418 aa  187  1e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.126385  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.86 
 
 
420 aa  187  1e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.753859  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3920  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.74 
 
 
418 aa  187  1e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0564  polyamine ABC transporter, permease protein  47.64 
 
 
415 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5123  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  48.69 
 
 
415 aa  187  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0230497  normal  0.706395 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4323  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.74 
 
 
423 aa  187  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.554758 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0468  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.34 
 
 
416 aa  187  2e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3242  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.53 
 
 
314 aa  187  3e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.549497  normal  0.829711 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0413  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.69 
 
 
415 aa  186  5e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.155483  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0447  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.69 
 
 
415 aa  186  5e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.328312 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1106  polyamine ABC transporter, permease protein, putative  41.8 
 
 
271 aa  185  8e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4875  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
587 aa  185  8e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.432532 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2046  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  47.44 
 
 
406 aa  185  8e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.480866  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0444  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.69 
 
 
415 aa  185  8e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.382081 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6037  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.92 
 
 
421 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.356927  normal  0.017991 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0433  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  48.17 
 
 
419 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2499  putative polyamine ABC transporter, permease protein  48.17 
 
 
419 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0813  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  48.17 
 
 
419 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.780468  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4789  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.69 
 
 
415 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.966966 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0484  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  48.17 
 
 
419 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1813  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  48.17 
 
 
419 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.574113  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2360  putative polyamine ABC transporter, permease protein  48.17 
 
 
419 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4001  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.64 
 
 
415 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6886  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.69 
 
 
425 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.653272  normal  0.230244 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2666  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  37.89 
 
 
284 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0393724  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2400  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.87 
 
 
318 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0272456  normal  0.898727 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0644  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  48.17 
 
 
419 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
283 aa  183  2.0000000000000003e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0734345  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2989  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.78 
 
 
541 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.263811  normal  0.821949 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4043  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.52 
 
 
527 aa  181  1e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4944  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.06 
 
 
588 aa  181  1e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0237049  normal  0.467133 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1612  spermidine/putrescine ABC transporter permease  44.89 
 
 
392 aa  180  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.69 
 
 
290 aa  181  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.548122  normal  0.277874 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3815  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.57 
 
 
305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.972091  normal  0.192229 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2373  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.47 
 
 
417 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4202  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.9 
 
 
411 aa  179  4e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0668  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.8 
 
 
424 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00457285 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.83 
 
 
296 aa  179  5.999999999999999e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.248217 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5590  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.69 
 
 
290 aa  179  5.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0532  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.7 
 
 
424 aa  179  5.999999999999999e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.686624  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1863  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.8 
 
 
285 aa  179  7e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.844332  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6248  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.49 
 
 
291 aa  179  7e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.358621 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3471  ABC spermidine/putrescine transporter, innermembrane subunit  42.92 
 
 
417 aa  178  9e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.60984 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1884  ABC polyamine/opine transporter, inner membrane subunit  45.7 
 
 
424 aa  177  1e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.343799  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.68 
 
 
305 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0157506 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2090  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.25 
 
 
305 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.394579  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1954  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.68 
 
 
305 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.336194  normal  0.870065 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1732  transport system permease transmembrane protein  50.26 
 
 
420 aa  176  3e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0286401  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6090  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  36.4 
 
 
300 aa  176  3e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.467049  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.54 
 
 
298 aa  177  3e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.420206 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1802  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  38.49 
 
 
291 aa  176  4e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3605  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.56 
 
 
295 aa  176  5e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0391464 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0328  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  42.92 
 
 
412 aa  175  8e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1220  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  46.94 
 
 
421 aa  174  9.999999999999999e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7800  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.2 
 
 
424 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.370122  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2150  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.44 
 
 
433 aa  174  1.9999999999999998e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.15 
 
 
308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1787  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.86 
 
 
423 aa  173  2.9999999999999996e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.229456  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1581  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  36.73 
 
 
285 aa  173  2.9999999999999996e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0688524  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3461  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.44 
 
 
430 aa  173  2.9999999999999996e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.881992  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1337  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.43 
 
 
421 aa  173  2.9999999999999996e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1870  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.07 
 
 
423 aa  172  5e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.4 
 
 
294 aa  172  5e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.132934  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2229  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.46 
 
 
422 aa  171  1e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.838973  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2542  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.46 
 
 
422 aa  171  1e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.275923  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1717  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.34 
 
 
393 aa  171  1e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.25226  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.17 
 
 
283 aa  171  2e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.783769  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0871  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein PotB  42.72 
 
 
284 aa  170  3e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4673  putrescine ABC transporter, permease protein  37.66 
 
 
317 aa  170  3e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3108  spermidine/putrescine ABC transporter permease  45.92 
 
 
421 aa  169  4e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1038  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  36.73 
 
 
286 aa  169  4e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000702638  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07890  putative permease of ABC transporter  50.79 
 
 
415 aa  169  4e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00567527 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003482  spermidine putrescine ABC transporter permease component PotB  35.84 
 
 
286 aa  169  5e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000668861  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3715  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.95 
 
 
391 aa  169  5e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0749  polyamine ABC transporter permease  50.26 
 
 
415 aa  169  6e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4106  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.03 
 
 
389 aa  169  6e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>