More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6501 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_6501  ABC transporter permease  100 
 
 
285 aa  559  1e-158  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126106  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4438  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.31 
 
 
296 aa  372  1e-102  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0307  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.44 
 
 
283 aa  352  4e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0749  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter inner membrane protein  65.45 
 
 
304 aa  347  1e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.111773  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.45 
 
 
304 aa  347  1e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.119366  normal  0.546229 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3946  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.57 
 
 
292 aa  346  2e-94  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0687674  normal  0.554562 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6629  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.82 
 
 
301 aa  341  5.999999999999999e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.125858  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4729  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.18 
 
 
326 aa  338  9e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.264999  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3634  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.18 
 
 
326 aa  338  9e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.350151 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3540  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.82 
 
 
326 aa  336  1.9999999999999998e-91  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0888  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.42 
 
 
284 aa  332  4e-90  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5375  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.18 
 
 
326 aa  323  2e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.408285 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5059  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.55 
 
 
325 aa  321  8e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.134485 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3206  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.68 
 
 
289 aa  318  5e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.43 
 
 
286 aa  301  6.000000000000001e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.862949  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2707  ABC transporter membrane spanning protein (mannopine)  56.25 
 
 
259 aa  295  4e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.139329  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4418  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.71 
 
 
290 aa  290  2e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.62757  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2334  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  58.39 
 
 
290 aa  287  1e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.279236  normal  0.559596 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2523  ABC transporter, permease protein  59.85 
 
 
290 aa  286  2e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8305  ABC transporter membrane spanning protein (mannopine)  52.19 
 
 
285 aa  285  4e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7051  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.7 
 
 
290 aa  278  7e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.14054 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4378  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.51 
 
 
305 aa  276  2e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0202  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.57 
 
 
288 aa  271  1e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.505302 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6001  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.46 
 
 
290 aa  264  1e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0489699  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1895  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.7 
 
 
290 aa  262  4e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0269803  normal  0.404001 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1835  ABC transporter, permease protein  52.82 
 
 
293 aa  261  6.999999999999999e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.468029 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2704  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  50.7 
 
 
290 aa  258  1e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.382039  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
290 aa  256  3e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.150151 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3638  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.32 
 
 
291 aa  185  8e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.50975 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0858  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.48 
 
 
308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.895819  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2804  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.25 
 
 
299 aa  172  5e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.22661  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1936  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein (potB)-like protein  34.2 
 
 
281 aa  164  2.0000000000000002e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3517  ABC polyamine/opine transporter, inner membrane subunit  37.46 
 
 
282 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2224  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein PotB  33.46 
 
 
281 aa  162  7e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3162  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.1 
 
 
282 aa  161  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0280655 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2421  putative ABC spermidine/putrescine transporter permease protein  37.31 
 
 
291 aa  160  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5049  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.78 
 
 
283 aa  159  4e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3395  ABC opine/polyamine transporter, inner membrane subunit  35.54 
 
 
290 aa  159  4e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.445606  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4323  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
284 aa  159  4e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.125571  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1158  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  33.46 
 
 
286 aa  159  6e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000395482  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3040  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.12 
 
 
290 aa  158  1e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.662155  normal  0.855546 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.1 
 
 
308 aa  157  2e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1038  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  33.08 
 
 
286 aa  155  5.0000000000000005e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000702638  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.25 
 
 
293 aa  155  9e-37  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.913053 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0497  spermidine/putrescine ABC transporter permease  37.35 
 
 
288 aa  154  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.157918  normal  0.264404 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4154  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.59 
 
 
296 aa  153  4e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.700172  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02288  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  31.92 
 
 
286 aa  152  5e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.29 
 
 
301 aa  152  7e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1581  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  31.54 
 
 
285 aa  152  8e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0688524  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003482  spermidine putrescine ABC transporter permease component PotB  31.92 
 
 
286 aa  151  1e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000668861  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0661  putrescine transport system permease protein PotH  33.92 
 
 
267 aa  150  2e-35  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.95996  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.68 
 
 
302 aa  150  3e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1802  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  34.44 
 
 
291 aa  150  3e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3797  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.05 
 
 
293 aa  150  3e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.282728  normal  0.346608 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2839  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.3 
 
 
302 aa  149  4e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.14972  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.64 
 
 
283 aa  149  4e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.341213  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3605  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.14 
 
 
295 aa  149  5e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0391464 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2375  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.48 
 
 
304 aa  149  6e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.113051  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1200  spermidine/putrescine ABC transporter permease  29.1 
 
 
282 aa  146  3e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.163674  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1298  spermidine/putrescine ABC transporter permease  29.1 
 
 
282 aa  146  3e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2348  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.46 
 
 
289 aa  146  3e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00460973 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1480  ABC transporter, permease protein  30.07 
 
 
276 aa  146  4.0000000000000006e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00172714  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5507  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.61 
 
 
299 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0425652 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2907  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.12 
 
 
331 aa  145  5e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1338  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  28.26 
 
 
282 aa  145  5e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.727492  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4006  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  28.26 
 
 
282 aa  145  5e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.369906  hitchhiker  0.00000000961653 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6347  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  31.54 
 
 
328 aa  145  6e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2812  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  31.54 
 
 
328 aa  145  6e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3017  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.78 
 
 
328 aa  145  9e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2384  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.78 
 
 
328 aa  145  9e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.833701  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2998  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.78 
 
 
328 aa  145  9e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.131392  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1950  putrescine ABC transporter, permease protein  32.2 
 
 
326 aa  144  1e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.443162  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4662  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.71 
 
 
324 aa  144  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.93633  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0938  ABC putrescine transporter, inner membrane subunit PotH  30.71 
 
 
324 aa  144  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.123183  normal  0.465808 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.57 
 
 
267 aa  144  1e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0724  putrescine ABC transporter, permease protein PotH  32.2 
 
 
326 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1683  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  40.08 
 
 
323 aa  144  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.577621 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0632  putrescine ABC transporter, permease protein PotH  32.2 
 
 
326 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0371718  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1922  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.44 
 
 
291 aa  144  2e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.990505  normal  0.283122 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3045  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.71 
 
 
331 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4967  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.41 
 
 
319 aa  143  3e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.128667  normal  0.152984 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1277  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.91 
 
 
309 aa  143  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.197627  normal  0.200022 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04240  putative permease of ABC transporter  32.86 
 
 
309 aa  143  3e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2992  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.12 
 
 
328 aa  143  4e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2018  putrescine ABC transport system, permease protein  31.74 
 
 
326 aa  143  4e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1399  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  30.34 
 
 
282 aa  142  5e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.291151  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1376  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  30.34 
 
 
282 aa  142  6e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000078006 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1178  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  30.34 
 
 
282 aa  142  6e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2982  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.72 
 
 
293 aa  142  7e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.12997  normal  0.783486 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6273  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.52 
 
 
307 aa  142  8e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.317498  normal  0.323079 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1202  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.91 
 
 
282 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7681  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  32.64 
 
 
297 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.962209  normal  0.12531 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0348  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.07 
 
 
302 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1180  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  29.91 
 
 
282 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00976508  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4468  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.24 
 
 
302 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.289688  normal  0.321771 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.68 
 
 
295 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1440  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  29.91 
 
 
282 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00199938  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6718  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  38.46 
 
 
307 aa  140  3e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0170467  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.26 
 
 
296 aa  140  3e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.248217 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6067  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.8 
 
 
323 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>