More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0888 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_0888  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
284 aa  555  1e-157  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0307  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  88.26 
 
 
283 aa  451  1.0000000000000001e-126  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  85.71 
 
 
286 aa  400  9.999999999999999e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.862949  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6501  ABC transporter permease  68.18 
 
 
285 aa  388  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126106  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3946  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  80.21 
 
 
292 aa  387  1e-106  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0687674  normal  0.554562 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0749  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter inner membrane protein  69.2 
 
 
304 aa  371  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.111773  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.84 
 
 
304 aa  370  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.119366  normal  0.546229 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3206  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.33 
 
 
289 aa  363  1e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6629  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.06 
 
 
301 aa  362  3e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.125858  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3540  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.7 
 
 
326 aa  353  2e-96  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4729  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.7 
 
 
326 aa  352  2.9999999999999997e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.264999  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3634  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.7 
 
 
326 aa  352  2.9999999999999997e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.350151 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4438  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.11 
 
 
296 aa  342  4e-93  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5375  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.08 
 
 
326 aa  338  4e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.408285 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2523  ABC transporter, permease protein  67.75 
 
 
290 aa  338  9e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2334  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  68.48 
 
 
290 aa  337  9.999999999999999e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.279236  normal  0.559596 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5059  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.7 
 
 
325 aa  332  5e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.134485 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2707  ABC transporter membrane spanning protein (mannopine)  58.75 
 
 
259 aa  301  6.000000000000001e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.139329  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4418  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.12 
 
 
290 aa  299  3e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.62757  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7051  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.26 
 
 
290 aa  286  2e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.14054 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8305  ABC transporter membrane spanning protein (mannopine)  52.01 
 
 
285 aa  282  4.0000000000000003e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4378  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.67 
 
 
305 aa  278  7e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0202  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.25 
 
 
288 aa  273  3e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.505302 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.68 
 
 
290 aa  270  2e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.150151 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1895  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.32 
 
 
290 aa  268  5e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0269803  normal  0.404001 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2704  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  53.24 
 
 
290 aa  265  8.999999999999999e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.382039  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6001  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.68 
 
 
290 aa  263  2e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0489699  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1835  ABC transporter, permease protein  52.4 
 
 
293 aa  257  2e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.468029 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0858  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.81 
 
 
308 aa  184  1.0000000000000001e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.895819  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3638  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.45 
 
 
291 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.50975 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3517  ABC polyamine/opine transporter, inner membrane subunit  36.17 
 
 
282 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4154  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.21 
 
 
296 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.700172  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3162  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.82 
 
 
282 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0280655 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5049  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.96 
 
 
283 aa  168  9e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2224  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein PotB  34.51 
 
 
281 aa  167  1e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1936  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein (potB)-like protein  34.78 
 
 
281 aa  167  2e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1038  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  35 
 
 
286 aa  167  2e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000702638  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.99 
 
 
308 aa  166  2.9999999999999998e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04240  putative permease of ABC transporter  36.13 
 
 
309 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1581  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  34.71 
 
 
285 aa  164  1.0000000000000001e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0688524  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1158  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  36.44 
 
 
286 aa  162  5.0000000000000005e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000395482  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02288  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  33.2 
 
 
286 aa  161  9e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.97 
 
 
283 aa  161  1e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.341213  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0497  spermidine/putrescine ABC transporter permease  38.3 
 
 
288 aa  159  5e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.157918  normal  0.264404 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4682  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.84 
 
 
275 aa  158  1e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.870389  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.45 
 
 
293 aa  157  1e-37  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.913053 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003482  spermidine putrescine ABC transporter permease component PotB  32.42 
 
 
286 aa  157  2e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000668861  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2421  putative ABC spermidine/putrescine transporter permease protein  35.25 
 
 
291 aa  157  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2804  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.57 
 
 
299 aa  155  9e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.22661  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2375  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.09 
 
 
304 aa  154  2e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.113051  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0871  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein PotB  39.64 
 
 
284 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.87 
 
 
302 aa  153  2.9999999999999998e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3605  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.5 
 
 
295 aa  153  4e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0391464 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5507  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.59 
 
 
299 aa  152  5e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0425652 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1480  ABC transporter, permease protein  32.62 
 
 
276 aa  152  5e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00172714  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4753  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.77 
 
 
305 aa  152  7e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1200  spermidine/putrescine ABC transporter permease  31.5 
 
 
282 aa  151  1e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.163674  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1298  spermidine/putrescine ABC transporter permease  31.5 
 
 
282 aa  151  1e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0981  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.46 
 
 
299 aa  150  2e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2839  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.72 
 
 
302 aa  150  2e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.14972  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3797  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
293 aa  150  2e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.282728  normal  0.346608 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3395  ABC opine/polyamine transporter, inner membrane subunit  33.33 
 
 
290 aa  150  3e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.445606  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1178  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  32.34 
 
 
282 aa  149  5e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4006  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  30.94 
 
 
282 aa  149  5e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.369906  hitchhiker  0.00000000961653 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1376  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  32.34 
 
 
282 aa  149  5e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000078006 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1338  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  30.94 
 
 
282 aa  149  5e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.727492  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3040  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
290 aa  149  6e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.662155  normal  0.855546 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1399  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  32.34 
 
 
282 aa  149  6e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.291151  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0890  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.11 
 
 
275 aa  149  6e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00131219  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8171  ABC transporter membrane spanning protein  36.02 
 
 
289 aa  148  9e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.123234  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1180  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  31.91 
 
 
282 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00976508  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1638  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  33.96 
 
 
285 aa  147  2.0000000000000003e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1202  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.49 
 
 
282 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1440  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  31.91 
 
 
282 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00199938  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8491  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.09 
 
 
288 aa  146  3e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.251225  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2348  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.22 
 
 
289 aa  146  3e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00460973 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4323  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.25 
 
 
284 aa  146  3e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.125571  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4673  putrescine ABC transporter, permease protein  33.47 
 
 
317 aa  146  4.0000000000000006e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.48 
 
 
267 aa  145  6e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1802  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  34.3 
 
 
291 aa  145  7.0000000000000006e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0785  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35 
 
 
313 aa  145  9e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.361491  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1062  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.4 
 
 
287 aa  145  9e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7194  ABC transporter permease  31.87 
 
 
293 aa  144  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2914  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.32 
 
 
278 aa  145  1e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6067  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.19 
 
 
323 aa  144  1e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0122  ABC transporter, permease protein  34.94 
 
 
290 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0859653  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0938  ABC putrescine transporter, inner membrane subunit PotH  33.18 
 
 
324 aa  144  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.123183  normal  0.465808 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2038  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein PotB  33.72 
 
 
292 aa  143  3e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.478202  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5048  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  31.99 
 
 
308 aa  143  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.145296  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0749  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.09 
 
 
275 aa  143  3e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00480798  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4662  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.3 
 
 
324 aa  143  3e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.93633  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.38 
 
 
296 aa  142  4e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.248217 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2399  ABC putrescine transporter, inner membrane subunit  33.69 
 
 
297 aa  142  5e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1765  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.62 
 
 
308 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.806732 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1950  putrescine ABC transporter, permease protein  32.38 
 
 
326 aa  142  5e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.443162  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6330  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.62 
 
 
308 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.508263  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1749  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.62 
 
 
308 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1380  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.92 
 
 
296 aa  142  6e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0764825  normal  0.0907135 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1062  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.69 
 
 
297 aa  142  6e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.756738  normal  0.356506 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1008  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.79 
 
 
281 aa  142  7e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>