More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_8305 on replicon NC_011982
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011982  Avi_8305  ABC transporter membrane spanning protein (mannopine)  100 
 
 
285 aa  551  1e-156  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0202  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.77 
 
 
288 aa  345  6e-94  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.505302 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2707  ABC transporter membrane spanning protein (mannopine)  62.55 
 
 
259 aa  329  3e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.139329  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7051  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.4 
 
 
290 aa  320  9.999999999999999e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.14054 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1835  ABC transporter, permease protein  62.19 
 
 
293 aa  319  3e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.468029 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4418  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.12 
 
 
290 aa  309  2.9999999999999997e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.62757  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4378  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.47 
 
 
305 aa  308  1.0000000000000001e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1895  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.4 
 
 
290 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0269803  normal  0.404001 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.4 
 
 
290 aa  302  5.000000000000001e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.150151 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6001  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.94 
 
 
290 aa  301  9e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0489699  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2704  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  56.68 
 
 
290 aa  298  7e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.382039  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0749  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter inner membrane protein  52.92 
 
 
304 aa  291  1e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.111773  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.92 
 
 
304 aa  290  2e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.119366  normal  0.546229 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6501  ABC transporter permease  52.19 
 
 
285 aa  285  4e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126106  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6629  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.82 
 
 
301 aa  285  5e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.125858  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4729  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.69 
 
 
326 aa  272  6e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.264999  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3634  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.69 
 
 
326 aa  272  6e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.350151 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4438  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.69 
 
 
296 aa  271  7e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3540  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.08 
 
 
326 aa  270  1e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3206  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.09 
 
 
289 aa  270  2e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5375  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.69 
 
 
326 aa  261  8e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.408285 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5059  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.69 
 
 
325 aa  259  4e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.134485 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0307  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.35 
 
 
283 aa  250  2e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2523  ABC transporter, permease protein  49.46 
 
 
290 aa  248  9e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2334  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  49.82 
 
 
290 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.279236  normal  0.559596 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3946  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.21 
 
 
292 aa  240  2e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0687674  normal  0.554562 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0888  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.01 
 
 
284 aa  231  8.000000000000001e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.79 
 
 
286 aa  224  2e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.862949  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3395  ABC opine/polyamine transporter, inner membrane subunit  38.55 
 
 
290 aa  175  8e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.445606  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3638  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.85 
 
 
291 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.50975 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3040  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.17 
 
 
290 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.662155  normal  0.855546 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5049  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.27 
 
 
283 aa  173  2.9999999999999996e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0858  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.13 
 
 
308 aa  171  1e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.895819  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2421  putative ABC spermidine/putrescine transporter permease protein  37.89 
 
 
291 aa  170  3e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4154  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.88 
 
 
296 aa  167  1e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.700172  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2804  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.36 
 
 
299 aa  167  2e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.22661  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8171  ABC transporter membrane spanning protein  37.23 
 
 
289 aa  162  4.0000000000000004e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.123234  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.39 
 
 
308 aa  162  5.0000000000000005e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0785  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.59 
 
 
313 aa  161  1e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.361491  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1480  ABC transporter, permease protein  31.07 
 
 
276 aa  160  2e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00172714  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.1 
 
 
293 aa  160  2e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.913053 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5507  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.04 
 
 
299 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0425652 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4673  putrescine ABC transporter, permease protein  32.17 
 
 
317 aa  150  3e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3517  ABC polyamine/opine transporter, inner membrane subunit  31.73 
 
 
282 aa  150  3e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4682  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.2 
 
 
275 aa  150  3e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.870389  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2914  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.09 
 
 
278 aa  149  5e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3162  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.33 
 
 
282 aa  149  8e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0280655 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1038  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  32.14 
 
 
286 aa  147  1.0000000000000001e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000702638  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.49 
 
 
283 aa  147  2.0000000000000003e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0734345  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4323  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.91 
 
 
284 aa  146  4.0000000000000006e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.125571  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2578  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.69 
 
 
283 aa  146  4.0000000000000006e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.946532  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0871  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein PotB  37.85 
 
 
284 aa  145  5e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.19 
 
 
283 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.341213  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3605  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.4 
 
 
295 aa  145  8.000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0391464 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0342  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.77 
 
 
285 aa  144  1e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1106  polyamine ABC transporter, permease protein, putative  33.65 
 
 
271 aa  144  2e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7194  ABC transporter permease  32.71 
 
 
293 aa  144  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8491  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.15 
 
 
288 aa  144  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.251225  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.94 
 
 
301 aa  142  5e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.72 
 
 
274 aa  142  7e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.301683 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.17 
 
 
296 aa  142  8e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.248217 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1581  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  29.46 
 
 
285 aa  141  9e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0688524  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02288  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  30.8 
 
 
286 aa  141  9.999999999999999e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3671  polyamine ABC transporter, permease protein  34.68 
 
 
292 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0595  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.02 
 
 
413 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4944  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.56 
 
 
588 aa  141  9.999999999999999e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0237049  normal  0.467133 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003482  spermidine putrescine ABC transporter permease component PotB  29.76 
 
 
286 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000668861  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3394  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.83 
 
 
287 aa  140  3e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5131  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.96 
 
 
275 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1016  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.7 
 
 
330 aa  140  3e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.725697  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2982  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.17 
 
 
293 aa  140  3e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.12997  normal  0.783486 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3191  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.74 
 
 
278 aa  140  3.9999999999999997e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1158  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  29.91 
 
 
286 aa  139  3.9999999999999997e-32  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000395482  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3231  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.96 
 
 
287 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2839  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.88 
 
 
302 aa  139  4.999999999999999e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.14972  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1365  putative putrescine transport system permease protein  32.79 
 
 
302 aa  139  6e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3235  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.65 
 
 
274 aa  139  7.999999999999999e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0620959  normal  0.806351 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0497  spermidine/putrescine ABC transporter permease  31.74 
 
 
288 aa  138  8.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.157918  normal  0.264404 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1142  hypothetical protein  35.86 
 
 
282 aa  138  1e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3242  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.57 
 
 
314 aa  137  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.549497  normal  0.829711 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6037  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.94 
 
 
421 aa  138  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.356927  normal  0.017991 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3637  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.62 
 
 
289 aa  137  1e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.518454 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2970  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.51 
 
 
301 aa  138  1e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.994225 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2018  putrescine ABC transport system, permease protein  32.08 
 
 
326 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2375  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.92 
 
 
304 aa  137  2e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.113051  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1863  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.49 
 
 
285 aa  137  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.844332  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2224  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein PotB  29.88 
 
 
281 aa  137  2e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.52 
 
 
305 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0157506 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3074  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.62 
 
 
287 aa  137  3.0000000000000003e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.716489  normal  0.098121 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3471  ABC spermidine/putrescine transporter, innermembrane subunit  35.94 
 
 
417 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.60984 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2285  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  30.2 
 
 
319 aa  136  3.0000000000000003e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.688912  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1922  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.32 
 
 
291 aa  136  3.0000000000000003e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.990505  normal  0.283122 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2373  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.94 
 
 
417 aa  136  4e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.23 
 
 
302 aa  136  4e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1950  putrescine ABC transporter, permease protein  32.08 
 
 
326 aa  136  4e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.443162  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1944  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.98 
 
 
294 aa  136  5e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1147  hypothetical protein  35.44 
 
 
282 aa  135  6.0000000000000005e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0632  putrescine ABC transporter, permease protein PotH  31.6 
 
 
326 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0371718  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0724  putrescine ABC transporter, permease protein PotH  31.6 
 
 
326 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.92 
 
 
295 aa  135  7.000000000000001e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>