More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2523 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2523  ABC transporter, permease protein  100 
 
 
290 aa  568  1e-161  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2334  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  96.9 
 
 
290 aa  482  1e-135  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.279236  normal  0.559596 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3206  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  79.23 
 
 
289 aa  428  1e-119  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0307  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.2 
 
 
283 aa  356  2.9999999999999997e-97  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0749  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter inner membrane protein  59.52 
 
 
304 aa  340  2e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.111773  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3946  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.31 
 
 
292 aa  338  9e-92  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0687674  normal  0.554562 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6501  ABC transporter permease  59.85 
 
 
285 aa  337  1.9999999999999998e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126106  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.5 
 
 
304 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.119366  normal  0.546229 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6629  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.59 
 
 
301 aa  335  5e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.125858  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0888  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.75 
 
 
284 aa  333  2e-90  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3634  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.21 
 
 
326 aa  328  8e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.350151 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4729  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.21 
 
 
326 aa  328  8e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.264999  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3540  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.83 
 
 
326 aa  326  3e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.48 
 
 
286 aa  323  2e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.862949  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4438  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.27 
 
 
296 aa  315  5e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5375  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.21 
 
 
326 aa  315  8e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.408285 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2707  ABC transporter membrane spanning protein (mannopine)  58.43 
 
 
259 aa  309  4e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.139329  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5059  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.45 
 
 
325 aa  309  4e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.134485 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4418  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.23 
 
 
290 aa  299  5e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.62757  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7051  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.47 
 
 
290 aa  290  2e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.14054 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8305  ABC transporter membrane spanning protein (mannopine)  49.46 
 
 
285 aa  282  6.000000000000001e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4378  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.2 
 
 
305 aa  273  3e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0202  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
288 aa  265  8.999999999999999e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.505302 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1895  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.39 
 
 
290 aa  265  1e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0269803  normal  0.404001 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.89 
 
 
290 aa  263  2e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.150151 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2704  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  51.04 
 
 
290 aa  261  1e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.382039  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6001  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
290 aa  256  2e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0489699  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1835  ABC transporter, permease protein  48.74 
 
 
293 aa  243  3.9999999999999997e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.468029 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0858  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.58 
 
 
308 aa  183  4.0000000000000006e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.895819  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3638  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.74 
 
 
291 aa  176  4e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.50975 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.29 
 
 
308 aa  171  2e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3517  ABC polyamine/opine transporter, inner membrane subunit  34.88 
 
 
282 aa  169  6e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3162  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.52 
 
 
282 aa  167  2e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0280655 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4154  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.18 
 
 
296 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.700172  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5049  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.63 
 
 
283 aa  164  1.0000000000000001e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1936  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein (potB)-like protein  34.4 
 
 
281 aa  164  2.0000000000000002e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2224  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein PotB  33.71 
 
 
281 aa  163  3e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1038  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  36.4 
 
 
286 aa  162  5.0000000000000005e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000702638  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04240  putative permease of ABC transporter  37.41 
 
 
309 aa  159  4e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3395  ABC opine/polyamine transporter, inner membrane subunit  34.98 
 
 
290 aa  159  7e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.445606  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02288  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  34.65 
 
 
286 aa  158  8e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3605  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.8 
 
 
295 aa  157  1e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0391464 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003482  spermidine putrescine ABC transporter permease component PotB  34.21 
 
 
286 aa  157  2e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000668861  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3040  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.98 
 
 
290 aa  157  2e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.662155  normal  0.855546 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4673  putrescine ABC transporter, permease protein  35.06 
 
 
317 aa  157  3e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1581  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  35.96 
 
 
285 aa  156  3e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0688524  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2375  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.47 
 
 
304 aa  156  4e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.113051  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2914  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.1 
 
 
278 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.51 
 
 
293 aa  154  1e-36  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.913053 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0785  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
313 aa  154  2e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.361491  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5507  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.5 
 
 
299 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0425652 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.02 
 
 
314 aa  154  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0342399  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.44 
 
 
283 aa  151  1e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.341213  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0871  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein PotB  40.27 
 
 
284 aa  150  2e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2804  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.19 
 
 
299 aa  150  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.22661  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17630  polyamine transport protein PotB  37.04 
 
 
297 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3797  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.74 
 
 
293 aa  149  4e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.282728  normal  0.346608 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.25 
 
 
302 aa  149  5e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1533  polyamine transport protein PotB  36.11 
 
 
297 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.8542  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1016  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.1 
 
 
330 aa  146  3e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.725697  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0122  ABC transporter, permease protein  35.58 
 
 
290 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0859653  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4068  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.46 
 
 
289 aa  146  4.0000000000000006e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.270331  normal  0.616396 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2839  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.15 
 
 
302 aa  146  4.0000000000000006e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.14972  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5896  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.61 
 
 
282 aa  146  5e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1480  ABC transporter, permease protein  31.91 
 
 
276 aa  145  9e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00172714  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5048  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  32.76 
 
 
308 aa  145  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.145296  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1922  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.66 
 
 
291 aa  145  1e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.990505  normal  0.283122 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3007  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.09 
 
 
299 aa  144  1e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.360446  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1262  ABC-type spermidine/putrescine transport system  35.86 
 
 
322 aa  145  1e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4682  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.93 
 
 
275 aa  144  1e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.870389  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2970  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.89 
 
 
301 aa  144  2e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.994225 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0890  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.88 
 
 
275 aa  144  2e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00131219  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.51 
 
 
296 aa  144  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.248217 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6330  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.33 
 
 
308 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.508263  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1765  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.33 
 
 
308 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.806732 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1749  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.33 
 
 
308 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2001  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  32.49 
 
 
285 aa  143  3e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.819816 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01123  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  32.49 
 
 
275 aa  143  3e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2522  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.49 
 
 
285 aa  143  3e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000172169  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1245  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  32.49 
 
 
285 aa  143  3e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.332009  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1566  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  32.77 
 
 
287 aa  143  3e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000236366 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1802  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  33.73 
 
 
291 aa  143  3e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4468  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.6 
 
 
302 aa  143  3e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.289688  normal  0.321771 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1288  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  32.35 
 
 
287 aa  143  3e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01131  hypothetical protein  32.49 
 
 
275 aa  143  3e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2982  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.76 
 
 
293 aa  143  3e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.12997  normal  0.783486 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2478  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  32.49 
 
 
285 aa  143  3e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.165165  normal  0.578338 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1158  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  34.36 
 
 
286 aa  143  3e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000395482  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0567  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.98 
 
 
269 aa  143  4e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0000222411  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1096  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.23 
 
 
301 aa  142  6e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0511337  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8491  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.21 
 
 
288 aa  142  6e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.251225  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1303  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  32.49 
 
 
287 aa  142  7e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1304  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  32.77 
 
 
287 aa  142  9e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1959  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  32.77 
 
 
277 aa  142  9e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.448664  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1342  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  32.77 
 
 
287 aa  142  9e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.377668 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2141  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  32.77 
 
 
287 aa  142  9e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0242928 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1638  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  33.19 
 
 
285 aa  141  9.999999999999999e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4323  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.82 
 
 
284 aa  141  9.999999999999999e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.125571  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0371  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.42 
 
 
281 aa  141  9.999999999999999e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2633  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.2 
 
 
423 aa  141  9.999999999999999e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.252621  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>