More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3206 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3206  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
289 aa  567  1e-161  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2523  ABC transporter, permease protein  79.23 
 
 
290 aa  388  1e-107  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2334  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  78.25 
 
 
290 aa  389  1e-107  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.279236  normal  0.559596 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0307  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.9 
 
 
283 aa  352  2.9999999999999997e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6501  ABC transporter permease  58.68 
 
 
285 aa  343  2e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126106  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0888  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.33 
 
 
284 aa  339  2.9999999999999998e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0749  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter inner membrane protein  61.31 
 
 
304 aa  334  1e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.111773  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3946  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.33 
 
 
292 aa  333  2e-90  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0687674  normal  0.554562 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.68 
 
 
304 aa  333  2e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.119366  normal  0.546229 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6629  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.12 
 
 
301 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.125858  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3540  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.45 
 
 
326 aa  325  6e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4729  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.07 
 
 
326 aa  323  3e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.264999  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3634  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.07 
 
 
326 aa  323  3e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.350151 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.17 
 
 
286 aa  317  2e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.862949  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5375  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.45 
 
 
326 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.408285 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2707  ABC transporter membrane spanning protein (mannopine)  58.82 
 
 
259 aa  311  1e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.139329  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4438  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.56 
 
 
296 aa  307  1.0000000000000001e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5059  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.69 
 
 
325 aa  305  8.000000000000001e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.134485 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4418  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.95 
 
 
290 aa  298  1e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.62757  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8305  ABC transporter membrane spanning protein (mannopine)  51.09 
 
 
285 aa  286  2e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7051  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.45 
 
 
290 aa  285  4e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.14054 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4378  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.04 
 
 
305 aa  280  2e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0202  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.24 
 
 
288 aa  269  2.9999999999999997e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.505302 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6001  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.8 
 
 
290 aa  267  1e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0489699  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1895  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.67 
 
 
290 aa  266  4e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0269803  normal  0.404001 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.59 
 
 
290 aa  264  1e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.150151 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2704  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  51.96 
 
 
290 aa  260  2e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.382039  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1835  ABC transporter, permease protein  49.82 
 
 
293 aa  251  1e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.468029 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0858  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.73 
 
 
308 aa  189  7e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.895819  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4154  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.59 
 
 
296 aa  183  2.0000000000000003e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.700172  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04240  putative permease of ABC transporter  40 
 
 
309 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.39 
 
 
308 aa  173  2.9999999999999996e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3638  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.7 
 
 
291 aa  171  1e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.50975 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3395  ABC opine/polyamine transporter, inner membrane subunit  36.89 
 
 
290 aa  170  2e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.445606  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3040  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.89 
 
 
290 aa  169  5e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.662155  normal  0.855546 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5049  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.4 
 
 
283 aa  167  1e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3605  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.21 
 
 
295 aa  166  4e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0391464 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4682  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.26 
 
 
275 aa  165  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.870389  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2375  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.05 
 
 
304 aa  161  1e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.113051  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2914  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.39 
 
 
278 aa  161  1e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1158  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  36.33 
 
 
286 aa  161  1e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000395482  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5507  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.3 
 
 
299 aa  161  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0425652 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.52 
 
 
283 aa  160  2e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.341213  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1936  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein (potB)-like protein  33.87 
 
 
281 aa  160  2e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0871  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein PotB  42.34 
 
 
284 aa  160  3e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0497  spermidine/putrescine ABC transporter permease  35.09 
 
 
288 aa  159  3e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.157918  normal  0.264404 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17630  polyamine transport protein PotB  38.39 
 
 
297 aa  160  3e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2224  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein PotB  33.87 
 
 
281 aa  159  5e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1533  polyamine transport protein PotB  37.21 
 
 
297 aa  159  6e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.8542  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1581  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  34.75 
 
 
285 aa  159  7e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0688524  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2804  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.45 
 
 
299 aa  158  8e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.22661  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.71 
 
 
293 aa  159  8e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.913053 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0785  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.71 
 
 
313 aa  158  9e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.361491  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4753  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.55 
 
 
305 aa  157  1e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02288  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  35.98 
 
 
286 aa  157  2e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3517  ABC polyamine/opine transporter, inner membrane subunit  34.43 
 
 
282 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0981  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.46 
 
 
299 aa  155  7e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3162  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.07 
 
 
282 aa  154  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0280655 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003482  spermidine putrescine ABC transporter permease component PotB  35.51 
 
 
286 aa  154  1e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000668861  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1038  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  33.92 
 
 
286 aa  154  2e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000702638  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0122  ABC transporter, permease protein  37.04 
 
 
290 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0859653  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2421  putative ABC spermidine/putrescine transporter permease protein  35.32 
 
 
291 aa  153  4e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0342  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.23 
 
 
285 aa  153  4e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2970  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.4 
 
 
301 aa  152  5.9999999999999996e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.994225 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1480  ABC transporter, permease protein  31.62 
 
 
276 aa  152  8.999999999999999e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00172714  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4673  putrescine ABC transporter, permease protein  35.81 
 
 
317 aa  151  1e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5048  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  34.05 
 
 
308 aa  151  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.145296  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1599  spermidine/putrescine transport system permease protein  35.56 
 
 
293 aa  151  1e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.120621  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4323  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.11 
 
 
284 aa  151  1e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.125571  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0632  putrescine ABC transporter, permease protein PotH  34.91 
 
 
326 aa  149  4e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0371718  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1277  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
309 aa  149  4e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.197627  normal  0.200022 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0724  putrescine ABC transporter, permease protein PotH  34.91 
 
 
326 aa  149  4e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2018  putrescine ABC transport system, permease protein  35.91 
 
 
326 aa  149  5e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2907  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.63 
 
 
331 aa  149  5e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6347  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  33.62 
 
 
328 aa  149  5e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2812  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  33.62 
 
 
328 aa  149  6e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3797  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.26 
 
 
293 aa  149  6e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.282728  normal  0.346608 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1950  putrescine ABC transporter, permease protein  33.76 
 
 
326 aa  148  8e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.443162  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.74 
 
 
296 aa  148  8e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.248217 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1765  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.19 
 
 
308 aa  148  8e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.806732 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6330  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.19 
 
 
308 aa  148  8e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.508263  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1749  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.19 
 
 
308 aa  148  8e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4662  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35 
 
 
324 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.93633  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0938  ABC putrescine transporter, inner membrane subunit PotH  35 
 
 
324 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.123183  normal  0.465808 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3045  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.05 
 
 
331 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2992  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35 
 
 
328 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0567  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.42 
 
 
269 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0000222411  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2384  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35 
 
 
328 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.833701  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3017  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35 
 
 
328 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2998  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35 
 
 
328 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.131392  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1861  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  34.1 
 
 
286 aa  147  3e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.317879  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1262  ABC-type spermidine/putrescine transport system  35.22 
 
 
322 aa  146  4.0000000000000006e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0890  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.22 
 
 
275 aa  146  4.0000000000000006e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00131219  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.19 
 
 
267 aa  145  6e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2581  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.56 
 
 
274 aa  145  6e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000217072  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3745  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.84 
 
 
299 aa  145  6e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.807342  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34 
 
 
302 aa  145  7.0000000000000006e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4468  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.46 
 
 
302 aa  144  1e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.289688  normal  0.321771 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1952  ABC polyamine transporter, inner membrane subunit  33.94 
 
 
309 aa  144  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00258406  normal  0.610972 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6067  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.94 
 
 
323 aa  144  1e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>