More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3637 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008043  TM1040_3637  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
289 aa  571  1.0000000000000001e-162  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.518454 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3888  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.38 
 
 
301 aa  378  1e-104  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.721078 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3224  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.43 
 
 
295 aa  369  1e-101  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1944  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.68 
 
 
294 aa  349  4e-95  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0347  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.25 
 
 
286 aa  333  2e-90  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2970  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.42 
 
 
301 aa  325  6e-88  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.994225 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1767  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.76 
 
 
278 aa  300  1e-80  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4306  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37 
 
 
295 aa  183  3e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00626378  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1936  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein (potB)-like protein  37.6 
 
 
281 aa  179  4.999999999999999e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2224  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein PotB  37.2 
 
 
281 aa  176  5e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4673  putrescine ABC transporter, permease protein  34.07 
 
 
317 aa  171  1e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04240  putative permease of ABC transporter  37.74 
 
 
309 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3605  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.12 
 
 
295 aa  170  3e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0391464 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.81 
 
 
293 aa  167  2.9999999999999998e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.913053 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.6 
 
 
296 aa  165  5.9999999999999996e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.248217 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3950  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.06 
 
 
295 aa  165  8e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.872266  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1272  polyamine ABC transporter, permease protein  32.14 
 
 
301 aa  163  3e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2907  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.41 
 
 
331 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1550  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.27 
 
 
305 aa  161  1e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.167031  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3957  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.83 
 
 
293 aa  161  1e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.123656  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1277  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.27 
 
 
309 aa  160  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.197627  normal  0.200022 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1950  putrescine ABC transporter, permease protein  32.34 
 
 
326 aa  159  4e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.443162  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2307  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.78 
 
 
309 aa  159  4e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.622  normal  0.150857 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.63 
 
 
295 aa  159  5e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2992  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.81 
 
 
328 aa  159  7e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0724  putrescine ABC transporter, permease protein PotH  31.97 
 
 
326 aa  159  7e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0632  putrescine ABC transporter, permease protein PotH  31.97 
 
 
326 aa  159  7e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0371718  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1038  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  32.09 
 
 
286 aa  158  8e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000702638  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3045  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.02 
 
 
331 aa  158  8e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3095  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.79 
 
 
301 aa  159  8e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0587247  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2278  putrescine ABC transporter, permease protein  31.16 
 
 
309 aa  158  1e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0728081  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1952  ABC polyamine transporter, inner membrane subunit  34.3 
 
 
309 aa  158  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00258406  normal  0.610972 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.79 
 
 
301 aa  158  1e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0057841  normal  0.437411 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2998  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.79 
 
 
301 aa  158  1e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0768287  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3007  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.48 
 
 
299 aa  157  1e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.360446  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2018  putrescine ABC transport system, permease protein  31.6 
 
 
326 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4753  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.18 
 
 
305 aa  157  3e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2384  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.41 
 
 
328 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.833701  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3017  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.41 
 
 
328 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2998  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.41 
 
 
328 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.131392  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1200  spermidine/putrescine ABC transporter permease  31.18 
 
 
282 aa  156  4e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.163674  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1298  spermidine/putrescine ABC transporter permease  31.18 
 
 
282 aa  156  4e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1168  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.47 
 
 
301 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0126623  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.47 
 
 
301 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0492814  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1110  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.47 
 
 
301 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000446726  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3143  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.83 
 
 
305 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.138017  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3190  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.47 
 
 
301 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.90235  normal  0.0128197 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2812  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  32.02 
 
 
328 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003482  spermidine putrescine ABC transporter permease component PotB  32.79 
 
 
286 aa  155  5.0000000000000005e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000668861  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3671  polyamine ABC transporter, permease protein  33.74 
 
 
292 aa  155  6e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6347  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  32.02 
 
 
328 aa  155  7e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6330  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.52 
 
 
308 aa  155  7e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.508263  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1749  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.52 
 
 
308 aa  155  7e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1765  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.52 
 
 
308 aa  155  7e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.806732 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1959  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.34 
 
 
322 aa  155  8e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0975  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.79 
 
 
301 aa  155  8e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1338  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  31.56 
 
 
282 aa  155  9e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.727492  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1581  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  32.22 
 
 
285 aa  155  9e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0688524  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4006  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  31.56 
 
 
282 aa  155  9e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.369906  hitchhiker  0.00000000961653 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1096  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.79 
 
 
301 aa  154  1e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0511337  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5048  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  31.16 
 
 
308 aa  154  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.145296  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.35 
 
 
303 aa  154  1e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.696873  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.8 
 
 
309 aa  154  1e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0925484  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2285  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  31 
 
 
319 aa  154  1e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.688912  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1673  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.8 
 
 
309 aa  154  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6067  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.04 
 
 
323 aa  154  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1599  spermidine/putrescine transport system permease protein  31.67 
 
 
293 aa  154  2e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.120621  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2399  ABC putrescine transporter, inner membrane subunit  37.38 
 
 
297 aa  154  2e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1062  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.38 
 
 
297 aa  154  2e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.756738  normal  0.356506 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2804  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.67 
 
 
299 aa  154  2e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.22661  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1158  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  33.58 
 
 
286 aa  154  2e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000395482  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02288  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  32.5 
 
 
286 aa  154  2e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1511  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.43 
 
 
309 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.35956 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3638  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.33 
 
 
291 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.50975 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2982  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.85 
 
 
293 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.12997  normal  0.783486 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2914  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.38 
 
 
278 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2384  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  31.37 
 
 
319 aa  153  2.9999999999999998e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2038  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein PotB  35.23 
 
 
292 aa  152  4e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.478202  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7681  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  31.62 
 
 
297 aa  153  4e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.962209  normal  0.12531 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1380  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
296 aa  152  5e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0764825  normal  0.0907135 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.07 
 
 
303 aa  152  5e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00131035  hitchhiker  0.000000775198 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1202  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
282 aa  152  7e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0948  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.2 
 
 
301 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.83 
 
 
302 aa  151  1e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0122  ABC transporter, permease protein  38.89 
 
 
290 aa  151  1e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0859653  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1399  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  32.9 
 
 
282 aa  151  2e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.291151  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1610  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  30.51 
 
 
303 aa  150  2e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0588164  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1178  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  32.9 
 
 
282 aa  150  2e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3074  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.8 
 
 
287 aa  151  2e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.716489  normal  0.098121 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1262  ABC-type spermidine/putrescine transport system  36.06 
 
 
322 aa  150  2e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1376  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  32.9 
 
 
282 aa  150  2e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000078006 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0377  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.95 
 
 
303 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00142926  hitchhiker  0.00113268 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4662  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.86 
 
 
324 aa  150  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.93633  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0938  ABC putrescine transporter, inner membrane subunit PotH  31.23 
 
 
324 aa  150  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.123183  normal  0.465808 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3928  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  33.58 
 
 
305 aa  150  3e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0326489  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1133  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.07 
 
 
301 aa  149  4e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1440  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  33.18 
 
 
282 aa  149  5e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00199938  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1180  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  33.18 
 
 
282 aa  149  6e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00976508  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2301  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.08 
 
 
297 aa  149  6e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.16 
 
 
294 aa  148  8e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.132934  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>