More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_2038 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_2038  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein PotB  100 
 
 
292 aa  583  1.0000000000000001e-165  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.478202  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04240  putative permease of ABC transporter  48.72 
 
 
309 aa  259  3e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0288  ABC transporter permease  45.74 
 
 
306 aa  251  1e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1062  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.12 
 
 
297 aa  236  4e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.756738  normal  0.356506 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1380  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.48 
 
 
296 aa  236  4e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0764825  normal  0.0907135 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2399  ABC putrescine transporter, inner membrane subunit  43.12 
 
 
297 aa  235  5.0000000000000005e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4753  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.56 
 
 
305 aa  234  1.0000000000000001e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3143  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  46.64 
 
 
305 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.138017  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0837  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.64 
 
 
310 aa  216  2.9999999999999998e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2914  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.77 
 
 
278 aa  215  8e-55  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0122  ABC transporter, permease protein  40.15 
 
 
290 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0859653  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3605  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.21 
 
 
295 aa  211  2e-53  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0391464 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2804  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.93 
 
 
299 aa  209  5e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.22661  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.38 
 
 
293 aa  205  7e-52  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.913053 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.63 
 
 
301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0131  ABC-type spermidine/putrescine transport system, permease component I  40.46 
 
 
300 aa  195  6e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.356031  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1579  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  37.5 
 
 
305 aa  192  8e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.152055  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0371  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
281 aa  189  5.999999999999999e-47  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3095  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.64 
 
 
301 aa  187  1e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0587247  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.31 
 
 
301 aa  185  6e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0057841  normal  0.437411 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2998  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.31 
 
 
301 aa  185  6e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0768287  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4006  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  36.3 
 
 
282 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.369906  hitchhiker  0.00000000961653 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1338  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  36.3 
 
 
282 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.727492  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1272  polyamine ABC transporter, permease protein  35.31 
 
 
301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1096  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.53 
 
 
301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0511337  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.4 
 
 
305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0181159  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1959  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.28 
 
 
322 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0342  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.55 
 
 
285 aa  184  2.0000000000000003e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3190  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.43 
 
 
301 aa  182  6e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.90235  normal  0.0128197 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.43 
 
 
301 aa  182  6e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0492814  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1110  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.43 
 
 
301 aa  182  6e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000446726  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1168  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.43 
 
 
301 aa  182  6e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0126623  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1936  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein (potB)-like protein  33.81 
 
 
281 aa  182  7e-45  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1200  spermidine/putrescine ABC transporter permease  35.25 
 
 
282 aa  181  2e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.163674  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1298  spermidine/putrescine ABC transporter permease  35.25 
 
 
282 aa  181  2e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2224  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein PotB  34.19 
 
 
281 aa  180  2e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1158  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  38.2 
 
 
286 aa  181  2e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000395482  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1038  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  35.32 
 
 
286 aa  179  2.9999999999999997e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000702638  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.88 
 
 
262 aa  179  4.999999999999999e-44  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4277  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.77 
 
 
290 aa  178  1e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.698078 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0914  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.67 
 
 
289 aa  178  1e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1406  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.12 
 
 
262 aa  177  2e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3797  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.83 
 
 
293 aa  177  2e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.282728  normal  0.346608 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2918  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.45 
 
 
301 aa  177  2e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.596967 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4862  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.9 
 
 
306 aa  176  3e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1399  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  36.58 
 
 
282 aa  176  4e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.291151  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1178  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  36.58 
 
 
282 aa  176  4e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1180  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  36.58 
 
 
282 aa  176  4e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00976508  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02288  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  34.32 
 
 
286 aa  176  4e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0348  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.13 
 
 
302 aa  176  4e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1376  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  36.58 
 
 
282 aa  176  4e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000078006 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1959  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  36.06 
 
 
277 aa  176  4e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.448664  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1342  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  36.06 
 
 
287 aa  176  5e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.377668 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1304  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  36.06 
 
 
287 aa  176  5e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1440  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  36.58 
 
 
282 aa  176  5e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00199938  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2141  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  36.06 
 
 
287 aa  176  5e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0242928 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1326  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  36.06 
 
 
287 aa  176  6e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0226525 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003482  spermidine putrescine ABC transporter permease component PotB  33.58 
 
 
286 aa  175  6e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000668861  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01123  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  35.32 
 
 
275 aa  175  7e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01131  hypothetical protein  35.32 
 
 
275 aa  175  7e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2522  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.32 
 
 
285 aa  175  8e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000172169  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1245  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  35.32 
 
 
285 aa  175  8e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.332009  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2001  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  35.32 
 
 
285 aa  175  8e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.819816 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2478  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  35.32 
 
 
285 aa  175  8e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.165165  normal  0.578338 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0948  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.76 
 
 
301 aa  175  9e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1288  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  35.32 
 
 
287 aa  175  9e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0975  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.17 
 
 
301 aa  175  9e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5302  putrescine ABC transporter, permease protein  35.53 
 
 
317 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1133  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.15 
 
 
301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1802  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  36.46 
 
 
291 aa  174  1.9999999999999998e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2003  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.43 
 
 
301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.18 
 
 
305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.055919  normal  0.0738554 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1566  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  34.94 
 
 
287 aa  173  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000236366 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3671  polyamine ABC transporter, permease protein  36.36 
 
 
292 aa  173  2.9999999999999996e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1303  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  34.94 
 
 
287 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1016  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.68 
 
 
330 aa  172  5e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.725697  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1202  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.8 
 
 
282 aa  172  5e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1861  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  33.8 
 
 
286 aa  172  5.999999999999999e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.317879  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1638  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  34.33 
 
 
285 aa  172  6.999999999999999e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0096  putrescine transport system permease protein PotH  39.15 
 
 
242 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1581  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  33.46 
 
 
285 aa  171  9e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0688524  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2146  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  34.15 
 
 
286 aa  171  9e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4673  putrescine ABC transporter, permease protein  33.22 
 
 
317 aa  171  1e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1008  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.99 
 
 
281 aa  171  1e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0084  putrescine ABC transporter, permease protein  38.68 
 
 
242 aa  171  2e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.746517  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1011  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  33.96 
 
 
289 aa  171  2e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.263438 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.94 
 
 
302 aa  170  2e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2097  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.85 
 
 
313 aa  171  2e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.036296  normal  0.0908673 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0567  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.49 
 
 
269 aa  170  3e-41  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0000222411  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7681  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  37.23 
 
 
297 aa  170  3e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.962209  normal  0.12531 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0394  polyamine transport protein PotH  35.8 
 
 
303 aa  169  3e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.72562  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2907  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.45 
 
 
331 aa  170  3e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3863  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.85 
 
 
306 aa  169  3e-41  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0668504  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6067  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.09 
 
 
323 aa  170  3e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5402  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.43 
 
 
306 aa  169  4e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.434189  decreased coverage  0.000259931 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5896  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.14 
 
 
282 aa  169  4e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2982  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.52 
 
 
293 aa  169  4e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.12997  normal  0.783486 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03950  polyamine transport protein PotH  36.19 
 
 
293 aa  169  4e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5238  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.8 
 
 
306 aa  169  5e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5085  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.16 
 
 
306 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.358799  normal  0.347676 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>