More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3143 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3143  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  100 
 
 
305 aa  597  1e-170  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.138017  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04240  putative permease of ABC transporter  51.08 
 
 
309 aa  288  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4753  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.26 
 
 
305 aa  265  7e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2038  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein PotB  45.45 
 
 
292 aa  246  3e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.478202  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3605  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.22 
 
 
295 aa  242  5e-63  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0391464 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.23 
 
 
293 aa  240  2e-62  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.913053 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0131  ABC-type spermidine/putrescine transport system, permease component I  45.28 
 
 
300 aa  236  3e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.356031  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0288  ABC transporter permease  47.33 
 
 
306 aa  233  3e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0122  ABC transporter, permease protein  42.29 
 
 
290 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0859653  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1380  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.56 
 
 
296 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0764825  normal  0.0907135 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1062  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.9 
 
 
297 aa  232  5e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.756738  normal  0.356506 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2399  ABC putrescine transporter, inner membrane subunit  44.9 
 
 
297 aa  232  8.000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2804  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.48 
 
 
299 aa  227  2e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.22661  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1579  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  42.47 
 
 
305 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.152055  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0837  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.93 
 
 
310 aa  210  3e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1936  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein (potB)-like protein  39.72 
 
 
281 aa  209  6e-53  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2224  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein PotB  39.37 
 
 
281 aa  207  2e-52  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.38 
 
 
301 aa  206  3e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17630  polyamine transport protein PotB  42.4 
 
 
297 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1533  polyamine transport protein PotB  42.05 
 
 
297 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.8542  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1959  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.18 
 
 
322 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4398  putrescine ABC transporter subunit inner membrane protein  40.48 
 
 
338 aa  196  4.0000000000000005e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.777708  normal  0.271562 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2914  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.99 
 
 
278 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0096  putrescine transport system permease protein PotH  46.23 
 
 
242 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1008  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.85 
 
 
281 aa  196  6e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4006  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  41.13 
 
 
282 aa  195  8.000000000000001e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.369906  hitchhiker  0.00000000961653 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1338  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  41.13 
 
 
282 aa  195  8.000000000000001e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.727492  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1200  spermidine/putrescine ABC transporter permease  40.43 
 
 
282 aa  194  1e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.163674  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1298  spermidine/putrescine ABC transporter permease  40.43 
 
 
282 aa  194  1e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0084  putrescine ABC transporter, permease protein  45.75 
 
 
242 aa  194  2e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.746517  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2907  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.89 
 
 
331 aa  193  3e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6347  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  41.63 
 
 
328 aa  193  3e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2812  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  41.63 
 
 
328 aa  193  3e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2003  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.44 
 
 
301 aa  192  5e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3045  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.29 
 
 
331 aa  192  5e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02288  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  43.7 
 
 
286 aa  192  6e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0981  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.28 
 
 
299 aa  192  6e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1180  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  41.09 
 
 
282 aa  192  8e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00976508  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1178  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  41.09 
 
 
282 aa  191  9e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1376  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  41.09 
 
 
282 aa  191  9e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000078006 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3017  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.63 
 
 
328 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1440  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  42.62 
 
 
282 aa  191  1e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00199938  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1399  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  41.09 
 
 
282 aa  191  1e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.291151  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003482  spermidine putrescine ABC transporter permease component PotB  39.5 
 
 
286 aa  191  1e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000668861  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1202  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.62 
 
 
282 aa  191  1e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2384  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.63 
 
 
328 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.833701  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2998  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.63 
 
 
328 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.131392  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3950  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.85 
 
 
295 aa  191  2e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.872266  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1950  putrescine ABC transporter, permease protein  39.33 
 
 
326 aa  191  2e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.443162  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2018  putrescine ABC transport system, permease protein  39.33 
 
 
326 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0938  ABC putrescine transporter, inner membrane subunit PotH  41.67 
 
 
324 aa  189  5e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.123183  normal  0.465808 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1038  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  43.56 
 
 
286 aa  189  5e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000702638  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0632  putrescine ABC transporter, permease protein PotH  38.91 
 
 
326 aa  189  7e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0371718  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0724  putrescine ABC transporter, permease protein PotH  38.91 
 
 
326 aa  189  7e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2992  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.72 
 
 
328 aa  188  1e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1581  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  39.52 
 
 
285 aa  188  1e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0688524  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4662  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.79 
 
 
324 aa  187  2e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.93633  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6067  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.47 
 
 
323 aa  186  3e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2581  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.41 
 
 
274 aa  185  1.0000000000000001e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000217072  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2918  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.19 
 
 
301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.596967 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3797  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.93 
 
 
293 aa  183  2.0000000000000003e-45  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.282728  normal  0.346608 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.45 
 
 
305 aa  183  3e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0181159  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1116  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.57 
 
 
301 aa  183  4.0000000000000006e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.378424  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1158  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  43.89 
 
 
286 aa  183  4.0000000000000006e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000395482  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.09 
 
 
302 aa  182  5.0000000000000004e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
309 aa  182  6e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0925484  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1802  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  38.06 
 
 
291 aa  182  6e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1673  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
309 aa  182  6e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4673  putrescine ABC transporter, permease protein  44.29 
 
 
317 aa  182  7e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
305 aa  182  9.000000000000001e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.055919  normal  0.0738554 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3671  polyamine ABC transporter, permease protein  41.78 
 
 
292 aa  181  9.000000000000001e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1277  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.33 
 
 
309 aa  181  1e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.197627  normal  0.200022 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1511  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.56 
 
 
309 aa  181  1e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.35956 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2839  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.09 
 
 
302 aa  181  2e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.14972  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5048  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  41.51 
 
 
308 aa  180  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.145296  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1952  ABC polyamine transporter, inner membrane subunit  40.09 
 
 
309 aa  181  2e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00258406  normal  0.610972 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.16 
 
 
296 aa  181  2e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.248217 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6330  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.51 
 
 
308 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.508263  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1765  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.51 
 
 
308 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.806732 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1749  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.51 
 
 
308 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.13 
 
 
303 aa  181  2e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.696873  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0914  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.76 
 
 
289 aa  180  2.9999999999999997e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.42 
 
 
295 aa  179  4e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7681  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  41.92 
 
 
297 aa  179  4e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.962209  normal  0.12531 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1568  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.27 
 
 
287 aa  179  4.999999999999999e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.18822  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2307  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.64 
 
 
309 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.622  normal  0.150857 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0377  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.33 
 
 
303 aa  178  8e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00142926  hitchhiker  0.00113268 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1147  hypothetical protein  43.4 
 
 
282 aa  178  9e-44  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3190  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.68 
 
 
301 aa  178  1e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.90235  normal  0.0128197 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.68 
 
 
301 aa  178  1e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0492814  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1110  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.68 
 
 
301 aa  178  1e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000446726  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1168  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.68 
 
 
301 aa  178  1e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0126623  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1929  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.1 
 
 
287 aa  178  1e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0521412  hitchhiker  0.0000000382912 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3007  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.44 
 
 
299 aa  177  1e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.360446  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0890  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.83 
 
 
275 aa  177  2e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00131219  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1142  hypothetical protein  42.92 
 
 
282 aa  177  3e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0896  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.27 
 
 
297 aa  176  3e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1861  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  41.2 
 
 
286 aa  176  4e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.317879  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0342  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.63 
 
 
285 aa  176  6e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2097  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.76 
 
 
313 aa  176  6e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.036296  normal  0.0908673 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>