More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_4564 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011757  Mchl_4564  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
334 aa  646    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0706374 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4193  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  98.5 
 
 
331 aa  601  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.203836  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4709  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  97.01 
 
 
319 aa  531  1e-150  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0125909 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2872  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.62 
 
 
323 aa  426  1e-118  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.134658 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6380  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.12 
 
 
318 aa  388  1e-107  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.879791  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6774  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.13 
 
 
307 aa  382  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.631485  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.7 
 
 
303 aa  319  3.9999999999999996e-86  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2982  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.3 
 
 
293 aa  309  5.9999999999999995e-83  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.12997  normal  0.783486 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.24 
 
 
296 aa  298  1e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.248217 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.68 
 
 
303 aa  293  4e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.696873  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1096  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.67 
 
 
301 aa  290  3e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0511337  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0377  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53 
 
 
303 aa  289  5.0000000000000004e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00142926  hitchhiker  0.00113268 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1016  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  51.85 
 
 
330 aa  288  7e-77  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.725697  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3007  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
299 aa  288  9e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.360446  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.34 
 
 
305 aa  287  1e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.987199 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1110  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.17 
 
 
301 aa  286  2e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000446726  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6837  putrescine ABC transporter membrane protein  55.21 
 
 
304 aa  287  2e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.350264  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3190  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.17 
 
 
301 aa  286  2e-76  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.90235  normal  0.0128197 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1168  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.17 
 
 
301 aa  286  2e-76  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0126623  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.17 
 
 
301 aa  286  2e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0492814  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2285  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  47.55 
 
 
319 aa  286  2.9999999999999996e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.688912  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1262  ABC-type spermidine/putrescine transport system  56.99 
 
 
322 aa  286  2.9999999999999996e-76  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1272  polyamine ABC transporter, permease protein  50 
 
 
301 aa  285  5e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2384  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  47.68 
 
 
319 aa  285  8e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0948  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.17 
 
 
301 aa  285  8e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.29 
 
 
304 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.258723  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4638  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.63 
 
 
304 aa  283  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2812  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  48.6 
 
 
328 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6347  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  48.6 
 
 
328 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
301 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0057841  normal  0.437411 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2998  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
301 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0768287  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3095  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
301 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0587247  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0975  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.83 
 
 
301 aa  283  4.0000000000000003e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4673  putrescine ABC transporter, permease protein  47.88 
 
 
317 aa  282  6.000000000000001e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2942  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.46 
 
 
305 aa  282  7.000000000000001e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1431  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.23 
 
 
304 aa  281  8.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.19128  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0823  ABC transporter membrane spanning protein  51.74 
 
 
286 aa  281  1e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1243  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.68 
 
 
304 aa  281  1e-74  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.461778  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3926  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.35 
 
 
303 aa  281  1e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.433095  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3017  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.41 
 
 
328 aa  278  8e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2384  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.41 
 
 
328 aa  278  8e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.833701  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2998  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.41 
 
 
328 aa  278  8e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.131392  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2992  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.34 
 
 
328 aa  278  9e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3045  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.38 
 
 
331 aa  277  2e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2907  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.97 
 
 
331 aa  275  6e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1610  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  51.34 
 
 
303 aa  275  1.0000000000000001e-72  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0588164  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1950  putrescine ABC transporter, permease protein  49.15 
 
 
326 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.443162  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1133  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.15 
 
 
301 aa  272  5.000000000000001e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0724  putrescine ABC transporter, permease protein PotH  49.32 
 
 
326 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0632  putrescine ABC transporter, permease protein PotH  49.32 
 
 
326 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0371718  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2018  putrescine ABC transport system, permease protein  48.97 
 
 
326 aa  271  1e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0938  ABC putrescine transporter, inner membrane subunit PotH  46.79 
 
 
324 aa  270  2e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.123183  normal  0.465808 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6067  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.37 
 
 
323 aa  270  2e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4662  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.3 
 
 
324 aa  269  5.9999999999999995e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.93633  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5302  putrescine ABC transporter, permease protein  50.51 
 
 
317 aa  268  8e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.51 
 
 
303 aa  268  1e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00131035  hitchhiker  0.000000775198 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1007  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  52.59 
 
 
304 aa  266  2.9999999999999995e-70  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.592749  normal  0.438743 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1370  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  50.52 
 
 
317 aa  266  2.9999999999999995e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5402  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  48.14 
 
 
306 aa  265  7e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.434189  decreased coverage  0.000259931 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4862  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  49.83 
 
 
306 aa  265  8.999999999999999e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.75 
 
 
267 aa  265  1e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1960  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  48.84 
 
 
324 aa  265  1e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.870189  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1063  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.51 
 
 
301 aa  264  2e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2640  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.37 
 
 
303 aa  264  2e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0381119  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1012  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  50.17 
 
 
317 aa  263  3e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.37913 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2278  putrescine ABC transporter, permease protein  46.58 
 
 
309 aa  262  6e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0728081  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5178  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.17 
 
 
306 aa  261  8e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.542321  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5085  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.17 
 
 
306 aa  261  8e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.358799  normal  0.347676 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.97 
 
 
309 aa  262  8e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0925484  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1673  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.97 
 
 
309 aa  262  8e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0884  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  49.66 
 
 
317 aa  261  1e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.994731  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5238  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.84 
 
 
306 aa  261  1e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00861  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  49.83 
 
 
317 aa  260  2e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2786  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.66 
 
 
317 aa  260  2e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00867  hypothetical protein  49.83 
 
 
317 aa  260  2e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2740  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  49.83 
 
 
317 aa  260  2e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0654072  normal  0.41994 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0928  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  49.66 
 
 
317 aa  260  2e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0959  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  49.83 
 
 
317 aa  260  2e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1511  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.64 
 
 
309 aa  260  3e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.35956 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0348  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.66 
 
 
302 aa  260  3e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2475  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  49.32 
 
 
317 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.41505  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1647  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  50.34 
 
 
321 aa  259  6e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.16764 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0984  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  48.47 
 
 
317 aa  258  7e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.286943  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0916  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  48.47 
 
 
317 aa  258  7e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1032  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  48.47 
 
 
317 aa  258  7e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1013  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  48.47 
 
 
317 aa  258  7e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.905763  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0952  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  48.47 
 
 
317 aa  258  7e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0285  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.84 
 
 
306 aa  258  9e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.678954 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7681  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  49.45 
 
 
297 aa  257  2e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.962209  normal  0.12531 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5048  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  46.29 
 
 
308 aa  257  2e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.145296  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2119  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  48.97 
 
 
304 aa  256  5e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0489568  normal  0.20027 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1365  putative putrescine transport system permease protein  49.19 
 
 
302 aa  256  5e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3029  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.95 
 
 
285 aa  255  7e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00751229  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1765  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.94 
 
 
308 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.806732 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6330  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.94 
 
 
308 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.508263  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1749  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.94 
 
 
308 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1694  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  49 
 
 
321 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0394  polyamine transport protein PotH  48.68 
 
 
303 aa  252  5.000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.72562  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03950  polyamine transport protein PotH  49.66 
 
 
293 aa  251  2e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1905  putrescine ABC transporter, permease protein  47.65 
 
 
322 aa  246  3e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.862589  normal  0.408626 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>