More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6837 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_6837  putrescine ABC transporter membrane protein  100 
 
 
304 aa  595  1e-169  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.350264  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  81.52 
 
 
305 aa  456  1e-127  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.987199 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  78.62 
 
 
304 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.258723  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1431  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  78.95 
 
 
304 aa  449  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.19128  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4638  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  79.93 
 
 
304 aa  450  1e-125  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1243  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  75.99 
 
 
304 aa  421  1e-117  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.461778  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1007  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  74.01 
 
 
304 aa  382  1e-105  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.592749  normal  0.438743 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.48 
 
 
303 aa  330  1e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.696873  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2982  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.7 
 
 
293 aa  321  8e-87  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.12997  normal  0.783486 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0377  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.45 
 
 
303 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00142926  hitchhiker  0.00113268 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.84 
 
 
303 aa  319  3e-86  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2872  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.36 
 
 
323 aa  311  1e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.134658 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3926  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.82 
 
 
303 aa  310  2e-83  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.433095  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1272  polyamine ABC transporter, permease protein  54.95 
 
 
301 aa  307  1.0000000000000001e-82  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.29 
 
 
303 aa  307  2.0000000000000002e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00131035  hitchhiker  0.000000775198 
 
 
-
 
NC_004310  BR1610  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  52.82 
 
 
303 aa  306  3e-82  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0588164  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2942  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.25 
 
 
305 aa  305  9.000000000000001e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6380  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.82 
 
 
318 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.879791  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.27 
 
 
301 aa  303  2.0000000000000002e-81  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0057841  normal  0.437411 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2998  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.27 
 
 
301 aa  303  2.0000000000000002e-81  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0768287  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3095  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.27 
 
 
301 aa  303  2.0000000000000002e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0587247  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1096  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.27 
 
 
301 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0511337  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0975  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.98 
 
 
301 aa  302  5.000000000000001e-81  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0948  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.8 
 
 
301 aa  300  2e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1133  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.85 
 
 
301 aa  298  6e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3007  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.15 
 
 
299 aa  298  6e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.360446  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.04 
 
 
301 aa  298  7e-80  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0492814  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1110  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.04 
 
 
301 aa  298  7e-80  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000446726  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3190  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.04 
 
 
301 aa  298  7e-80  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.90235  normal  0.0128197 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1168  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.04 
 
 
301 aa  298  7e-80  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0126623  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0823  ABC transporter membrane spanning protein  55.09 
 
 
286 aa  298  9e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1016  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  49.15 
 
 
330 aa  292  4e-78  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.725697  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4709  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.96 
 
 
319 aa  289  3e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0125909 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6774  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.31 
 
 
307 aa  290  3e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.631485  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4193  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.21 
 
 
331 aa  287  1e-76  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.203836  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4564  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.21 
 
 
334 aa  287  1e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0706374 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1262  ABC-type spermidine/putrescine transport system  56.4 
 
 
322 aa  287  1e-76  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1063  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.85 
 
 
301 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6347  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  46.13 
 
 
328 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2812  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  45.81 
 
 
328 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2907  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.43 
 
 
331 aa  282  4.0000000000000003e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2278  putrescine ABC transporter, permease protein  47.51 
 
 
309 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0728081  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2992  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.43 
 
 
328 aa  280  2e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.26 
 
 
309 aa  280  2e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0925484  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0348  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.1 
 
 
302 aa  280  2e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1511  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.26 
 
 
309 aa  280  2e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.35956 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1673  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.26 
 
 
309 aa  280  2e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6067  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.59 
 
 
323 aa  280  2e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3045  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.81 
 
 
331 aa  279  5e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5178  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.51 
 
 
306 aa  278  6e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.542321  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5085  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.51 
 
 
306 aa  278  6e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.358799  normal  0.347676 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3017  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.39 
 
 
328 aa  278  6e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2384  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.39 
 
 
328 aa  278  6e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.833701  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2998  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.39 
 
 
328 aa  278  6e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.131392  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5238  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.85 
 
 
306 aa  277  1e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0285  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.85 
 
 
306 aa  277  1e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.678954 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5302  putrescine ABC transporter, permease protein  51.67 
 
 
317 aa  277  2e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4673  putrescine ABC transporter, permease protein  47.97 
 
 
317 aa  276  3e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2018  putrescine ABC transport system, permease protein  48.08 
 
 
326 aa  276  3e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5402  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  49.65 
 
 
306 aa  276  3e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.434189  decreased coverage  0.000259931 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0632  putrescine ABC transporter, permease protein PotH  47.74 
 
 
326 aa  275  6e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0371718  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0724  putrescine ABC transporter, permease protein PotH  47.74 
 
 
326 aa  275  6e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1950  putrescine ABC transporter, permease protein  46.82 
 
 
326 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.443162  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.59 
 
 
267 aa  274  1.0000000000000001e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4862  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  51.3 
 
 
306 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3029  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.93 
 
 
285 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00751229  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2640  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.65 
 
 
303 aa  273  3e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0381119  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0938  ABC putrescine transporter, inner membrane subunit PotH  46.69 
 
 
324 aa  273  3e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.123183  normal  0.465808 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1277  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.17 
 
 
309 aa  272  4.0000000000000004e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.197627  normal  0.200022 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1765  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.88 
 
 
308 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.806732 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6330  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.88 
 
 
308 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.508263  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1749  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.88 
 
 
308 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5048  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  46.88 
 
 
308 aa  272  6e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.145296  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1952  ABC polyamine transporter, inner membrane subunit  47.84 
 
 
309 aa  272  6e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00258406  normal  0.610972 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4662  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.34 
 
 
324 aa  271  7e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.93633  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2307  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.51 
 
 
309 aa  270  2e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.622  normal  0.150857 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7681  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  50.19 
 
 
297 aa  267  2e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.962209  normal  0.12531 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1365  putative putrescine transport system permease protein  50.17 
 
 
302 aa  266  2e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48740  Polyamine transport protein PotH  54.17 
 
 
300 aa  266  4e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.218163  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2308  putrescine transport system permease protein  48.17 
 
 
309 aa  265  5.999999999999999e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2121  putrescine ABC transporter, permease protein PotH  48.17 
 
 
309 aa  265  5.999999999999999e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.466504  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2177  putrescine ABC transporter, permease protein PotH  48.17 
 
 
309 aa  265  5.999999999999999e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.499843  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2384  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  46.67 
 
 
319 aa  265  8e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0109  putrescine ABC transporter, permease protein PotH  48.17 
 
 
309 aa  264  1e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.691991  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0394  polyamine transport protein PotH  51.84 
 
 
303 aa  265  1e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.72562  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1056  putrescine ABC transporter, permease protein PotH  48.17 
 
 
309 aa  264  1e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.230048  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1786  putrescine ABC transporter, permease protein PotH  48.17 
 
 
309 aa  264  1e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.720486  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2285  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  44.37 
 
 
319 aa  263  2e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.688912  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.6 
 
 
296 aa  264  2e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.248217 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03950  polyamine transport protein PotH  52.21 
 
 
293 aa  264  2e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1370  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  48.41 
 
 
317 aa  258  6e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2119  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  48.08 
 
 
304 aa  258  8e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0489568  normal  0.20027 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1647  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  48.51 
 
 
321 aa  255  6e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.16764 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0884  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  47.76 
 
 
317 aa  253  4.0000000000000004e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.994731  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0928  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  47.76 
 
 
317 aa  252  5.000000000000001e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2786  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.76 
 
 
317 aa  252  6e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0916  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  46.64 
 
 
317 aa  252  6e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1013  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  46.64 
 
 
317 aa  252  6e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.905763  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2740  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  47.76 
 
 
317 aa  252  6e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0654072  normal  0.41994 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0952  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  46.64 
 
 
317 aa  252  6e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>