More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_1604 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_1604  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  100 
 
 
280 aa  559  1e-158  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.082951 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3880  polyamine ABC transporter, permease protein, putative  98.93 
 
 
280 aa  554  1e-157  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.43307  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1684  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  83.75 
 
 
278 aa  474  1e-133  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.399872  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1273  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  82.31 
 
 
279 aa  472  1e-132  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.22443 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1724  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  82.35 
 
 
279 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.364055  normal  0.0106315 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1316  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  81.23 
 
 
279 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.151908  normal  0.975763 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3995  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  81.62 
 
 
275 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.301852  normal  0.487139 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1330  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  78.14 
 
 
280 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0147671  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21930  putative permease of ABC transporter  78.47 
 
 
279 aa  418  1e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.498277  hitchhiker  0.000000164352 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1873  ABC transporter permease  77.37 
 
 
279 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.59 
 
 
279 aa  394  1e-109  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.448719 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0727  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.31 
 
 
280 aa  380  1e-104  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0748  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.31 
 
 
280 aa  372  1e-102  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1029  binding-protein-dependent transport system,inner membrane component  56.39 
 
 
295 aa  318  7.999999999999999e-86  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.803098  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000663  ABC transporter permease protein  56.87 
 
 
296 aa  310  1e-83  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1103  ABC transporter, permease protein  46.04 
 
 
280 aa  244  8e-64  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0830  ABC transporter, permease protein  48.16 
 
 
279 aa  232  4.0000000000000004e-60  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0374043  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0753  ABC transporter, permease protein  48.16 
 
 
279 aa  232  4.0000000000000004e-60  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.644714  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1473  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.47 
 
 
574 aa  196  3e-49  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2472  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.04 
 
 
299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2135  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.07 
 
 
293 aa  173  2.9999999999999996e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.55789  normal  0.615759 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0104  acriflavin resistance protein  38.71 
 
 
302 aa  172  7.999999999999999e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4230  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.98 
 
 
296 aa  170  2e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.596168  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2949  ABC transporter membrane spanning protein  38.55 
 
 
330 aa  170  3e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.41093  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0114  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  38.65 
 
 
294 aa  169  4e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1235  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.5 
 
 
298 aa  166  4e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0792  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.15 
 
 
298 aa  165  6.9999999999999995e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.326549  normal  0.268879 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0830  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.82 
 
 
293 aa  165  9e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0515  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.68 
 
 
312 aa  159  4e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387102  normal  0.714494 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4200  ABC spermidine/putrescine transporter, innermembrane subunit  36.33 
 
 
312 aa  157  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.300968  normal  0.737263 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2638  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.05 
 
 
297 aa  156  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.331277  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2898  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.92 
 
 
297 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0949  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.06 
 
 
293 aa  153  4e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.151679 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0983  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.68 
 
 
288 aa  152  5e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.429935  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3327  hypothetical protein  35.5 
 
 
280 aa  152  8e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0941413  normal  0.747278 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0347  ABC transporter, inner membrane subunit  37.89 
 
 
293 aa  150  2e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.138515  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0499  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.64 
 
 
290 aa  150  2e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1991  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.89 
 
 
293 aa  150  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.235155  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.11 
 
 
314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.88233  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5506  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.94 
 
 
284 aa  134  9.999999999999999e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5126  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.83 
 
 
284 aa  128  9.000000000000001e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.83 
 
 
284 aa  128  9.000000000000001e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.333039  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5741  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.77 
 
 
283 aa  127  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.691265  normal  0.472476 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1081  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.13 
 
 
283 aa  124  2e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0532784  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1110  spermidine/putrescine ABC transporter permease protein  33.09 
 
 
316 aa  122  9e-27  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.180562  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.74 
 
 
303 aa  120  1.9999999999999998e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3335  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.16 
 
 
334 aa  120  1.9999999999999998e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7382  acriflavin resistance protein  38.68 
 
 
294 aa  116  5e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.859985  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1381  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.09 
 
 
300 aa  114  1.0000000000000001e-24  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5733  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.81 
 
 
311 aa  92.8  5e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3417  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.3 
 
 
272 aa  87.4  3e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3313  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.35 
 
 
267 aa  80.5  0.00000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0319802  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1586  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.02 
 
 
551 aa  79  0.00000000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0449  ABC transporter, permease protein  26.92 
 
 
275 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0355  ABC transporter, permease protein  26.5 
 
 
275 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.359414  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1787  putative ABC transport system, membrane protein  26.5 
 
 
275 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4786  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25 
 
 
276 aa  75.9  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.875923  normal  0.946498 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25 
 
 
276 aa  75.5  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1108  ABC transporter, permease protein  26.5 
 
 
275 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.959603  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1819  putative ABC transporter, permease protein  26.5 
 
 
275 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0831633  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2081  ABC transporter, permease protein  26.5 
 
 
275 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0817  ABC transporter, permease protein  26.5 
 
 
265 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4059  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28 
 
 
281 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.965906  normal  0.767737 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.23 
 
 
274 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.469954 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0925  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  21.32 
 
 
554 aa  72.8  0.000000000006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1207  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.71 
 
 
274 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.298805  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4353  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.79 
 
 
273 aa  71.6  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.164857  normal  0.687907 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1467  ABC polyamine transporter, inner membrane subunit  27.42 
 
 
274 aa  72  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347452  normal  0.0582405 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0418  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  27.74 
 
 
283 aa  72  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1502  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.08 
 
 
274 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.455513  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0752  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.71 
 
 
274 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.71715  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1233  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.71 
 
 
274 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.225385  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1664  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.2 
 
 
271 aa  70.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1792  transport system permease transmembrane ABC transporter protein  30.19 
 
 
282 aa  71.2  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.794261  normal  0.0652988 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1417  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.98 
 
 
283 aa  70.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.583933  normal  0.169133 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7206  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.74 
 
 
283 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  28.97 
 
 
271 aa  70.1  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.101358  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4841  putative ABC transporter membrane protein  30.04 
 
 
272 aa  69.7  0.00000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0581519 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1458  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.09 
 
 
283 aa  69.3  0.00000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0245502 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5853  putative permease protein  26.98 
 
 
271 aa  68.9  0.00000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.784306  normal  0.382756 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1411  ABC transporter, permease protein  26 
 
 
274 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0653  ABC transporter, permease protein  26 
 
 
274 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3072  ABC transporter, permease protein  26 
 
 
274 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1544  ABC transporter, permease protein  26 
 
 
274 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4342  ABC transporter, inner membrane subunit  26.91 
 
 
274 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.57 
 
 
274 aa  68.6  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.301683 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1418  ABC transporter, permease protein  26 
 
 
274 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.603954  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5375  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.11 
 
 
269 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.120325  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0500  ABC transporter, permease protein  26 
 
 
274 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.27 
 
 
274 aa  68.2  0.0000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.445603  normal  0.607704 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1214  ABC transporter, permease protein  26 
 
 
274 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0140518  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2830  ABC transporter, permease protein  35.03 
 
 
274 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.595776  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1272  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.75 
 
 
271 aa  67.8  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.308344  normal  0.637566 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1286  spermidine/putrescine ABC transporter permease protein  23.31 
 
 
266 aa  68.2  0.0000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0741739  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.36 
 
 
569 aa  67  0.0000000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.290045  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1761  Sulfate ABC transporter, permease protein CysT  23.83 
 
 
293 aa  67  0.0000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.382351  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1116  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.81 
 
 
274 aa  67  0.0000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.437968  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6718  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  26.1 
 
 
307 aa  67  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0170467  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5507  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.17 
 
 
299 aa  66.6  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0425652 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2075  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.31 
 
 
274 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>