More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3313 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008043  TM1040_3313  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
267 aa  511  1e-144  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0319802  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5853  putative permease protein  60.52 
 
 
271 aa  315  6e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.784306  normal  0.382756 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1664  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.52 
 
 
271 aa  313  9.999999999999999e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  60.15 
 
 
271 aa  311  4.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.101358  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1272  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.15 
 
 
271 aa  295  4e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.308344  normal  0.637566 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2830  ABC transporter, permease protein  61 
 
 
274 aa  280  2e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.595776  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1214  ABC transporter, permease protein  60.77 
 
 
274 aa  278  6e-74  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0140518  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0500  ABC transporter, permease protein  60.77 
 
 
274 aa  278  6e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3072  ABC transporter, permease protein  60.77 
 
 
274 aa  278  6e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1411  ABC transporter, permease protein  60.77 
 
 
274 aa  278  6e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1544  ABC transporter, permease protein  60.77 
 
 
274 aa  278  6e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1418  ABC transporter, permease protein  60.77 
 
 
274 aa  278  6e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.603954  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0653  ABC transporter, permease protein  60.77 
 
 
274 aa  278  6e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1417  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.24 
 
 
283 aa  275  4e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.583933  normal  0.169133 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.92 
 
 
274 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.469954 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1207  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.75 
 
 
274 aa  273  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.298805  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1467  ABC polyamine transporter, inner membrane subunit  59.92 
 
 
274 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347452  normal  0.0582405 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0752  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.75 
 
 
274 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.71715  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1233  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.75 
 
 
274 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.225385  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1116  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.75 
 
 
274 aa  271  8.000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.437968  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1458  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.85 
 
 
283 aa  271  9e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0245502 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4342  ABC transporter, inner membrane subunit  58.75 
 
 
274 aa  270  2e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2075  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.29 
 
 
274 aa  268  5e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.75 
 
 
274 aa  269  5e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4841  putative ABC transporter membrane protein  56.3 
 
 
272 aa  268  8.999999999999999e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0581519 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.22 
 
 
272 aa  266  2e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.465395  normal  0.116122 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1792  transport system permease transmembrane ABC transporter protein  62.4 
 
 
282 aa  263  2e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.794261  normal  0.0652988 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1502  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.14 
 
 
274 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.455513  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4694  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  56.28 
 
 
289 aa  250  1e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0487  ABC transporter, permease protein  56.68 
 
 
289 aa  243  3e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.83 
 
 
274 aa  216  2.9999999999999998e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.445603  normal  0.607704 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1264  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.88 
 
 
273 aa  209  5e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0908917  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3123  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.02 
 
 
285 aa  189  5e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1912  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.02 
 
 
285 aa  118  9.999999999999999e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.0079184  normal  0.430114 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2373  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.05 
 
 
286 aa  103  4e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0300  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  27.14 
 
 
274 aa  95.5  9e-19  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1473  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.59 
 
 
574 aa  93.2  4e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3710  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  33.49 
 
 
230 aa  92.8  5e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5515  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  33.49 
 
 
230 aa  92.8  5e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4353  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.54 
 
 
273 aa  92.4  6e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.164857  normal  0.687907 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6756  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  30.54 
 
 
285 aa  91.7  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5844  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  30.54 
 
 
285 aa  91.7  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.443331  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0820  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  31.4 
 
 
278 aa  91.7  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.073979  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2666  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  31.6 
 
 
234 aa  91.7  1e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0597325  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2081  ABC transporter, permease protein  33.91 
 
 
275 aa  90.9  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1819  putative ABC transporter, permease protein  33.91 
 
 
275 aa  90.9  2e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0831633  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0817  ABC transporter, permease protein  33.91 
 
 
265 aa  91.3  2e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1108  ABC transporter, permease protein  33.91 
 
 
275 aa  90.9  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.959603  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0449  ABC transporter, permease protein  33.91 
 
 
275 aa  90.9  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0108  sulfate ABC transporter, permease protein  28.52 
 
 
288 aa  90.1  3e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.368477  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2689  molybdate ABC transporter inner membrane subunit  29.22 
 
 
269 aa  90.1  3e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.106468  normal  0.549789 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0355  ABC transporter, permease protein  33.91 
 
 
275 aa  90.5  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.359414  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1787  putative ABC transport system, membrane protein  33.91 
 
 
275 aa  90.5  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3879  molybdate ABC transporter permease protein  34.64 
 
 
233 aa  90.1  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.227386  decreased coverage  0.00905915 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3698  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  35.09 
 
 
226 aa  90.5  3e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3396  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.76 
 
 
300 aa  90.1  3e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.313533  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4203  molybdate ABC transporter permease protein  33.52 
 
 
233 aa  89.7  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00994845  normal  0.868939 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0105  sulfate ABC transporter, permease protein CysT  28.14 
 
 
288 aa  89.7  5e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2759  Sulfate ABC transporter, permease protein CysT  28.81 
 
 
278 aa  88.6  9e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.65593 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1688  Sulfate ABC transporter, permease protein CysW  33.2 
 
 
286 aa  88.6  9e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.0527637 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0624  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  31.4 
 
 
278 aa  88.6  1e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2327  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  27.57 
 
 
263 aa  87.8  1e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000000126892  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2679  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  29.22 
 
 
249 aa  88.2  1e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.519284  normal  0.846295 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0539  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  32.55 
 
 
293 aa  88.6  1e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4589  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  27.66 
 
 
308 aa  87.8  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3559  Sulfate ABC transporter, permease protein CysT  28.81 
 
 
278 aa  87.8  2e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1197  sulfate ABC transporter, permease protein  28.26 
 
 
275 aa  87  3e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1012  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  27.83 
 
 
275 aa  87  3e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.934353  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4170  molybdate ABC transporter permease protein  34.78 
 
 
232 aa  86.7  4e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.000814029  normal  0.102728 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1721  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.43 
 
 
530 aa  86.7  4e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.353247  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2355  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  32.34 
 
 
261 aa  86.3  5e-16  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0236237  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2703  sulfate/thiosulfate transporter subunit  31.94 
 
 
277 aa  85.9  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.224931  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2809  sulfate/thiosulfate transporter subunit  31.94 
 
 
277 aa  85.9  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3880  polyamine ABC transporter, permease protein, putative  30.35 
 
 
280 aa  85.9  6e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.43307  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2588  sulfate/thiosulfate transporter subunit  31.94 
 
 
277 aa  85.9  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2637  sulfate/thiosulfate transporter subunit  31.94 
 
 
277 aa  85.9  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.848576  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2679  sulfate/thiosulfate transporter subunit  31.94 
 
 
277 aa  85.9  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.513058  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1855  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  29.9 
 
 
273 aa  85.5  7e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.174317  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1604  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  30.35 
 
 
280 aa  85.9  7e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.082951 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0258  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit  36.05 
 
 
279 aa  85.9  7e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02324  sulfate/thiosulfate transporter subunit  31.02 
 
 
277 aa  84.7  0.000000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0125  ABC type transporter  28.1 
 
 
304 aa  85.1  0.000000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000364812 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0867  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  30.17 
 
 
289 aa  84.7  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3654  sulfate/thiosulfate transporter subunit  31.02 
 
 
277 aa  84.7  0.000000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2560  sulfate/thiosulfate transporter subunit  31.02 
 
 
277 aa  84.7  0.000000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0434  molybdate ABC transporter permease protein  34.5 
 
 
231 aa  84.7  0.000000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0177923  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02285  hypothetical protein  31.02 
 
 
277 aa  84.7  0.000000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5392  sulfate ABC transporter permease protein CysT  29.6 
 
 
285 aa  84.7  0.000000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.783844  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2579  sulfate/thiosulfate transporter subunit  31.02 
 
 
277 aa  84.7  0.000000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1237  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit  31.02 
 
 
277 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.751545  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1737  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  28.68 
 
 
276 aa  84  0.000000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2796  sulfate/thiosulfate transporter subunit  31.02 
 
 
277 aa  84.7  0.000000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1255  sulfate/thiosulfate transporter subunit  31.02 
 
 
277 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0009131 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1126  sulfate ABC transporter, permease protein CysT  27.39 
 
 
275 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0121  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  28.82 
 
 
288 aa  84.3  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1157  Sulfate ABC transporter, permease protein CysT  30.42 
 
 
279 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.438007 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4117  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  27.91 
 
 
282 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.191331  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2936  molybdate ABC transporter permease protein  30.48 
 
 
231 aa  84.3  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2849  molybdate ABC transporter permease protein  30.48 
 
 
231 aa  84.3  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2546  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  29.46 
 
 
291 aa  84.3  0.000000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.493495  normal  0.012535 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>