More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2949 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_2949  ABC transporter membrane spanning protein  100 
 
 
330 aa  651    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.41093  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2135  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.26 
 
 
293 aa  382  1e-105  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.55789  normal  0.615759 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2898  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.67 
 
 
297 aa  378  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4230  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.11 
 
 
296 aa  373  1e-102  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.596168  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2638  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.94 
 
 
297 aa  370  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.331277  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0114  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  64.87 
 
 
294 aa  364  1e-100  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0830  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60 
 
 
293 aa  362  4e-99  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0104  acriflavin resistance protein  62.77 
 
 
302 aa  353  2.9999999999999997e-96  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0499  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  60 
 
 
290 aa  339  4e-92  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0515  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.82 
 
 
312 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387102  normal  0.714494 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4200  ABC spermidine/putrescine transporter, innermembrane subunit  58.98 
 
 
312 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.300968  normal  0.737263 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1991  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.94 
 
 
293 aa  335  7.999999999999999e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.235155  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0347  ABC transporter, inner membrane subunit  61.94 
 
 
293 aa  334  1e-90  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.138515  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0949  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.28 
 
 
293 aa  330  2e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.151679 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.31 
 
 
314 aa  317  1e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.88233  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2472  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.27 
 
 
299 aa  308  5.9999999999999995e-83  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0792  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.69 
 
 
298 aa  266  2.9999999999999995e-70  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.326549  normal  0.268879 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1235  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.93 
 
 
298 aa  263  4e-69  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3327  hypothetical protein  45.36 
 
 
280 aa  213  2.9999999999999995e-54  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0941413  normal  0.747278 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0983  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.56 
 
 
288 aa  205  7e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.429935  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.55 
 
 
303 aa  180  2.9999999999999997e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0727  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.15 
 
 
280 aa  180  2.9999999999999997e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.34 
 
 
279 aa  176  5e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.448719 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1684  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.85 
 
 
278 aa  176  6e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.399872  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0748  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.78 
 
 
280 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000663  ABC transporter permease protein  39.93 
 
 
296 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1273  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.51 
 
 
279 aa  172  5e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.22443 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1330  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.29 
 
 
280 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0147671  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1316  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.69 
 
 
279 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.151908  normal  0.975763 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3880  polyamine ABC transporter, permease protein, putative  38.55 
 
 
280 aa  170  2e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.43307  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1604  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.55 
 
 
280 aa  170  3e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.082951 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7382  acriflavin resistance protein  38.26 
 
 
294 aa  170  3e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.859985  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1110  spermidine/putrescine ABC transporter permease protein  38.69 
 
 
316 aa  169  4e-41  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.180562  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3995  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.32 
 
 
275 aa  169  8e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.301852  normal  0.487139 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3335  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.6 
 
 
334 aa  168  1e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1724  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.96 
 
 
279 aa  166  5e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.364055  normal  0.0106315 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1029  binding-protein-dependent transport system,inner membrane component  36.13 
 
 
295 aa  162  9e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.803098  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1081  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
283 aa  161  2e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0532784  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5741  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.73 
 
 
283 aa  160  4e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.691265  normal  0.472476 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21930  putative permease of ABC transporter  37.31 
 
 
279 aa  158  1e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.498277  hitchhiker  0.000000164352 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5506  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.27 
 
 
284 aa  156  6e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1873  ABC transporter permease  44.09 
 
 
279 aa  152  7e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5126  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.63 
 
 
284 aa  152  8e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.63 
 
 
284 aa  152  8e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.333039  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1103  ABC transporter, permease protein  33.33 
 
 
280 aa  150  4e-35  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1381  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.73 
 
 
300 aa  143  4e-33  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1473  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.39 
 
 
574 aa  132  7.999999999999999e-30  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0830  ABC transporter, permease protein  33.72 
 
 
279 aa  131  1.0000000000000001e-29  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0374043  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0753  ABC transporter, permease protein  33.72 
 
 
279 aa  131  1.0000000000000001e-29  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.644714  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5733  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.46 
 
 
311 aa  121  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3417  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.04 
 
 
272 aa  85.9  9e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1819  putative ABC transporter, permease protein  30.49 
 
 
275 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0831633  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0449  ABC transporter, permease protein  30.94 
 
 
275 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2081  ABC transporter, permease protein  30.49 
 
 
275 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1108  ABC transporter, permease protein  30.49 
 
 
275 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.959603  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0355  ABC transporter, permease protein  30.49 
 
 
275 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.359414  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1787  putative ABC transport system, membrane protein  30.49 
 
 
275 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0817  ABC transporter, permease protein  30.49 
 
 
265 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4786  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.98 
 
 
276 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.875923  normal  0.946498 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.98 
 
 
276 aa  76.3  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5375  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.98 
 
 
269 aa  75.9  0.0000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.120325  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4589  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  26.43 
 
 
308 aa  75.9  0.0000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2377  Sulfate ABC transporter, permease protein CysT  27.42 
 
 
297 aa  71.6  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.687907 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1586  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.37 
 
 
551 aa  71.6  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1520  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  26.67 
 
 
283 aa  70.9  0.00000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.693982  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2337  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  26.67 
 
 
283 aa  70.9  0.00000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0669426  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1046  sulfate ABC transporter, permease protein CysT  27.38 
 
 
308 aa  69.7  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1970  sulphate transport system permease protein 2:Sulfate ABC transporter, permease protein CysT  25.71 
 
 
318 aa  68.9  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.750184  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2960  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  28 
 
 
295 aa  68.6  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4009  Sulfate ABC transporter, permease protein CysT  28.51 
 
 
278 aa  68.2  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.43888 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0540  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.9 
 
 
280 aa  68.2  0.0000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1641  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  27.62 
 
 
279 aa  67.8  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1808  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  22.88 
 
 
510 aa  67.4  0.0000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.31572  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0966  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  31.87 
 
 
279 aa  67  0.0000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.95 
 
 
569 aa  67.4  0.0000000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.290045  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4353  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.01 
 
 
273 aa  66.6  0.0000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.164857  normal  0.687907 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1737  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  25.71 
 
 
276 aa  66.2  0.0000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1393  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  27.95 
 
 
284 aa  65.9  0.0000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3072  ABC transporter, permease protein  29.11 
 
 
274 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1418  ABC transporter, permease protein  29.11 
 
 
274 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.603954  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1544  ABC transporter, permease protein  29.11 
 
 
274 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2830  ABC transporter, permease protein  29.21 
 
 
274 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.595776  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0752  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.05 
 
 
274 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.71715  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0653  ABC transporter, permease protein  29.11 
 
 
274 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1233  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.05 
 
 
274 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.225385  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1207  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.05 
 
 
274 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.298805  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0500  ABC transporter, permease protein  29.11 
 
 
274 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0820  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  26.72 
 
 
278 aa  65.5  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.073979  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1214  ABC transporter, permease protein  29.11 
 
 
274 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0140518  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1411  ABC transporter, permease protein  29.11 
 
 
274 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2015  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.86 
 
 
312 aa  64.7  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.514921  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0487  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.38 
 
 
515 aa  64.7  0.000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3745  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.11 
 
 
299 aa  64.3  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.807342  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5049  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.54 
 
 
283 aa  64.7  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0867  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  27.12 
 
 
289 aa  65.1  0.000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1264  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.61 
 
 
273 aa  63.9  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0908917  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.62 
 
 
274 aa  63.9  0.000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.445603  normal  0.607704 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0624  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  29.53 
 
 
278 aa  63.9  0.000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2763  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  29.15 
 
 
284 aa  63.2  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.486005 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2546  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  26.25 
 
 
291 aa  63.5  0.000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.493495  normal  0.012535 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>