More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_1273 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_1273  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
279 aa  551  1e-156  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.22443 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1316  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  95.34 
 
 
279 aa  534  1e-151  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.151908  normal  0.975763 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1724  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  94.62 
 
 
279 aa  531  1e-150  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.364055  normal  0.0106315 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3995  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  95.99 
 
 
275 aa  529  1e-149  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.301852  normal  0.487139 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3880  polyamine ABC transporter, permease protein, putative  82.67 
 
 
280 aa  472  1e-132  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.43307  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1604  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  82.31 
 
 
280 aa  472  1e-132  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.082951 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1684  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  83.52 
 
 
278 aa  467  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.399872  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1330  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  77.26 
 
 
280 aa  449  1e-125  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0147671  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21930  putative permease of ABC transporter  78.43 
 
 
279 aa  414  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.498277  hitchhiker  0.000000164352 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  72.16 
 
 
279 aa  403  1e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.448719 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1873  ABC transporter permease  77.86 
 
 
279 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0727  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.71 
 
 
280 aa  387  1e-106  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0748  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.34 
 
 
280 aa  380  1e-104  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1029  binding-protein-dependent transport system,inner membrane component  58.43 
 
 
295 aa  328  4e-89  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.803098  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000663  ABC transporter permease protein  59.19 
 
 
296 aa  325  4.0000000000000003e-88  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1103  ABC transporter, permease protein  48.11 
 
 
280 aa  253  2.0000000000000002e-66  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0830  ABC transporter, permease protein  49.63 
 
 
279 aa  246  3e-64  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0374043  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0753  ABC transporter, permease protein  49.63 
 
 
279 aa  246  3e-64  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.644714  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1473  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.44 
 
 
574 aa  205  6e-52  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2472  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.76 
 
 
299 aa  185  6e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0104  acriflavin resistance protein  41.22 
 
 
302 aa  182  7e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0114  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  40.56 
 
 
294 aa  180  2e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4230  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
296 aa  175  7e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.596168  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2949  ABC transporter membrane spanning protein  40.51 
 
 
330 aa  172  3.9999999999999995e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.41093  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2135  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.83 
 
 
293 aa  172  5e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.55789  normal  0.615759 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4200  ABC spermidine/putrescine transporter, innermembrane subunit  39.22 
 
 
312 aa  171  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.300968  normal  0.737263 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0515  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.87 
 
 
312 aa  169  3e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387102  normal  0.714494 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0792  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.92 
 
 
298 aa  168  1e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.326549  normal  0.268879 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1235  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.92 
 
 
298 aa  167  2e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0830  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.71 
 
 
293 aa  164  1.0000000000000001e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2638  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.14 
 
 
297 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.331277  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0983  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.05 
 
 
288 aa  159  6e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.429935  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2898  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.92 
 
 
297 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0499  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.83 
 
 
290 aa  157  2e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0949  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.08 
 
 
293 aa  152  8e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.151679 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3327  hypothetical protein  40.71 
 
 
280 aa  151  1e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0941413  normal  0.747278 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
314 aa  151  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.88233  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1991  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.8 
 
 
293 aa  149  7e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.235155  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0347  ABC transporter, inner membrane subunit  37.8 
 
 
293 aa  148  9e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.138515  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5506  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.58 
 
 
284 aa  147  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5126  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.95 
 
 
284 aa  143  4e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.95 
 
 
284 aa  143  4e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.333039  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5741  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.52 
 
 
283 aa  142  6e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.691265  normal  0.472476 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1081  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.78 
 
 
283 aa  134  9.999999999999999e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0532784  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1110  spermidine/putrescine ABC transporter permease protein  34.04 
 
 
316 aa  133  3e-30  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.180562  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.25 
 
 
303 aa  133  3.9999999999999996e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7382  acriflavin resistance protein  36.49 
 
 
294 aa  128  9.000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.859985  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1381  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.07 
 
 
300 aa  119  3.9999999999999996e-26  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3335  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.16 
 
 
334 aa  118  9.999999999999999e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5733  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.96 
 
 
311 aa  100  2e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3417  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28 
 
 
272 aa  90.9  2e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0449  ABC transporter, permease protein  29.01 
 
 
275 aa  87.4  2e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1787  putative ABC transport system, membrane protein  29.01 
 
 
275 aa  87  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0355  ABC transporter, permease protein  29.01 
 
 
275 aa  87  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.359414  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1819  putative ABC transporter, permease protein  29.01 
 
 
275 aa  85.5  9e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0831633  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4786  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.45 
 
 
276 aa  85.5  9e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.875923  normal  0.946498 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1108  ABC transporter, permease protein  29.01 
 
 
275 aa  85.5  9e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.959603  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2081  ABC transporter, permease protein  29.01 
 
 
275 aa  85.5  9e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1664  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.46 
 
 
271 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  29.8 
 
 
271 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.101358  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.3 
 
 
276 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0817  ABC transporter, permease protein  29.01 
 
 
265 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0925  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  22.55 
 
 
554 aa  83.6  0.000000000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5853  putative permease protein  31.1 
 
 
271 aa  82.8  0.000000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.784306  normal  0.382756 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4841  putative ABC transporter membrane protein  31.7 
 
 
272 aa  82.4  0.000000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0581519 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1417  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.4 
 
 
283 aa  82.4  0.000000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.583933  normal  0.169133 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1458  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.4 
 
 
283 aa  81.6  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0245502 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5375  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.97 
 
 
269 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.120325  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1792  transport system permease transmembrane ABC transporter protein  31.63 
 
 
282 aa  79.3  0.00000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.794261  normal  0.0652988 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4353  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.27 
 
 
273 aa  79.3  0.00000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.164857  normal  0.687907 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3072  ABC transporter, permease protein  28 
 
 
274 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1544  ABC transporter, permease protein  28 
 
 
274 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0653  ABC transporter, permease protein  28 
 
 
274 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1418  ABC transporter, permease protein  28 
 
 
274 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.603954  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1411  ABC transporter, permease protein  28 
 
 
274 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0500  ABC transporter, permease protein  28 
 
 
274 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1214  ABC transporter, permease protein  28 
 
 
274 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0140518  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1586  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.8 
 
 
551 aa  78.2  0.0000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.15 
 
 
274 aa  78.6  0.0000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.445603  normal  0.607704 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2075  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.53 
 
 
274 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1207  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.85 
 
 
274 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.298805  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4342  ABC transporter, inner membrane subunit  26.72 
 
 
274 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0752  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.85 
 
 
274 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.71715  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1233  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.85 
 
 
274 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.225385  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1467  ABC polyamine transporter, inner membrane subunit  28.63 
 
 
274 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347452  normal  0.0582405 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3313  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.18 
 
 
267 aa  75.5  0.000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0319802  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1116  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.72 
 
 
274 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.437968  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.23 
 
 
274 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.469954 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1502  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.32 
 
 
274 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.455513  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1286  spermidine/putrescine ABC transporter permease protein  25.28 
 
 
266 aa  73.9  0.000000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0741739  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2830  ABC transporter, permease protein  30.92 
 
 
274 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.595776  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.72 
 
 
274 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1272  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.22 
 
 
271 aa  72.8  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.308344  normal  0.637566 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2421  putative ABC spermidine/putrescine transporter permease protein  26.55 
 
 
291 aa  72.4  0.000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1494  spermidine/putrescine ABC transporter permease protein  23.62 
 
 
259 aa  72  0.00000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.968283  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3235  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.23 
 
 
274 aa  70.5  0.00000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0620959  normal  0.806351 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.05 
 
 
274 aa  70.5  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.301683 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1480  ABC transporter, permease protein  24.88 
 
 
276 aa  69.7  0.00000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00172714  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0487  ABC transporter, permease protein  29.44 
 
 
289 aa  69.3  0.00000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7194  ABC transporter permease  25.56 
 
 
293 aa  68.9  0.00000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>