More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_1684 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_1684  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  100 
 
 
278 aa  554  1e-157  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.399872  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3880  polyamine ABC transporter, permease protein, putative  84.48 
 
 
280 aa  476  1e-133  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.43307  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1604  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  83.75 
 
 
280 aa  474  1e-133  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.082951 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1273  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  83.52 
 
 
279 aa  467  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.22443 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1724  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  83.15 
 
 
279 aa  464  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.364055  normal  0.0106315 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3995  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  83.15 
 
 
275 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.301852  normal  0.487139 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1316  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  82.78 
 
 
279 aa  465  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.151908  normal  0.975763 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1330  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  78.47 
 
 
280 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0147671  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21930  putative permease of ABC transporter  75.64 
 
 
279 aa  410  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.498277  hitchhiker  0.000000164352 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.95 
 
 
279 aa  406  1.0000000000000001e-112  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.448719 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1873  ABC transporter permease  74.55 
 
 
279 aa  393  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0727  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.74 
 
 
280 aa  387  1e-106  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0748  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.03 
 
 
280 aa  380  1e-104  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1029  binding-protein-dependent transport system,inner membrane component  59.26 
 
 
295 aa  332  5e-90  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.803098  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000663  ABC transporter permease protein  59.55 
 
 
296 aa  318  6e-86  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1103  ABC transporter, permease protein  46.24 
 
 
280 aa  254  1.0000000000000001e-66  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0830  ABC transporter, permease protein  50.37 
 
 
279 aa  240  2e-62  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0374043  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0753  ABC transporter, permease protein  50.37 
 
 
279 aa  240  2e-62  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.644714  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1473  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.28 
 
 
574 aa  209  4e-53  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2472  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.98 
 
 
299 aa  192  4e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0104  acriflavin resistance protein  39.78 
 
 
302 aa  177  2e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2135  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
293 aa  176  3e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.55789  normal  0.615759 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2949  ABC transporter membrane spanning protein  38.85 
 
 
330 aa  176  4e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.41093  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0114  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  39.49 
 
 
294 aa  174  9.999999999999999e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4230  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.08 
 
 
296 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.596168  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0792  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.34 
 
 
298 aa  171  1e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.326549  normal  0.268879 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1235  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.37 
 
 
298 aa  170  2e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0830  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
293 aa  170  2e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0515  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.81 
 
 
312 aa  166  4e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387102  normal  0.714494 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2638  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.46 
 
 
297 aa  166  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.331277  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4200  ABC spermidine/putrescine transporter, innermembrane subunit  37.54 
 
 
312 aa  166  4e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.300968  normal  0.737263 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2898  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.59 
 
 
297 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0499  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.24 
 
 
290 aa  161  1e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0949  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.1 
 
 
293 aa  158  1e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.151679 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1991  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.72 
 
 
293 aa  156  4e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.235155  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0347  ABC transporter, inner membrane subunit  36.72 
 
 
293 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.138515  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0983  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.12 
 
 
288 aa  155  8e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.429935  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.74 
 
 
314 aa  153  4e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.88233  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3327  hypothetical protein  37.31 
 
 
280 aa  148  8e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0941413  normal  0.747278 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5506  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.44 
 
 
284 aa  136  4e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7382  acriflavin resistance protein  38.13 
 
 
294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.859985  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.37 
 
 
303 aa  133  3e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1110  spermidine/putrescine ABC transporter permease protein  32.71 
 
 
316 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.180562  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5126  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.33 
 
 
284 aa  130  3e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.33 
 
 
284 aa  130  3e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.333039  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5741  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.02 
 
 
283 aa  128  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.691265  normal  0.472476 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1081  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.14 
 
 
283 aa  125  9e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0532784  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3335  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.5 
 
 
334 aa  124  2e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1381  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.82 
 
 
300 aa  118  9.999999999999999e-26  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5733  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.86 
 
 
311 aa  99  8e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0449  ABC transporter, permease protein  29.66 
 
 
275 aa  94  2e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0355  ABC transporter, permease protein  29.28 
 
 
275 aa  93.6  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.359414  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1787  putative ABC transport system, membrane protein  29.28 
 
 
275 aa  93.6  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1819  putative ABC transporter, permease protein  29.28 
 
 
275 aa  92  9e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0831633  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1108  ABC transporter, permease protein  29.28 
 
 
275 aa  92  9e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.959603  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2081  ABC transporter, permease protein  29.28 
 
 
275 aa  92  9e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0817  ABC transporter, permease protein  29.28 
 
 
265 aa  92  9e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3417  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.59 
 
 
272 aa  89.7  4e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4786  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.12 
 
 
276 aa  89  7e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.875923  normal  0.946498 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.12 
 
 
276 aa  88.6  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5375  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.8 
 
 
269 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.120325  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1664  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.39 
 
 
271 aa  80.9  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4353  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.72 
 
 
273 aa  79.3  0.00000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.164857  normal  0.687907 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1207  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.98 
 
 
274 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.298805  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.74 
 
 
274 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.469954 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0752  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.98 
 
 
274 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.71715  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1233  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.98 
 
 
274 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.225385  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1467  ABC polyamine transporter, inner membrane subunit  27.95 
 
 
274 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347452  normal  0.0582405 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  27.5 
 
 
271 aa  77  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.101358  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2421  putative ABC spermidine/putrescine transporter permease protein  25.31 
 
 
291 aa  77  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1586  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.73 
 
 
551 aa  76.6  0.0000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4841  putative ABC transporter membrane protein  28.63 
 
 
272 aa  76.6  0.0000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0581519 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0653  ABC transporter, permease protein  26.88 
 
 
274 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3072  ABC transporter, permease protein  26.88 
 
 
274 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1214  ABC transporter, permease protein  26.88 
 
 
274 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0140518  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1418  ABC transporter, permease protein  26.88 
 
 
274 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.603954  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1544  ABC transporter, permease protein  26.88 
 
 
274 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4342  ABC transporter, inner membrane subunit  26.59 
 
 
274 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0500  ABC transporter, permease protein  26.88 
 
 
274 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1411  ABC transporter, permease protein  26.88 
 
 
274 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5853  putative permease protein  27.13 
 
 
271 aa  76.3  0.0000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.784306  normal  0.382756 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1502  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.13 
 
 
274 aa  75.5  0.0000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.455513  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1792  transport system permease transmembrane ABC transporter protein  30 
 
 
282 aa  75.1  0.000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.794261  normal  0.0652988 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1417  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.13 
 
 
283 aa  75.1  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.583933  normal  0.169133 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1458  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.74 
 
 
283 aa  74.7  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0245502 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.75 
 
 
274 aa  74.7  0.000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.445603  normal  0.607704 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1116  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.98 
 
 
274 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.437968  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0925  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  22.43 
 
 
554 aa  72.4  0.000000000009  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2830  ABC transporter, permease protein  27.27 
 
 
274 aa  72.4  0.000000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.595776  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2075  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.79 
 
 
274 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.82 
 
 
274 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1480  ABC transporter, permease protein  28.31 
 
 
276 aa  69.7  0.00000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00172714  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3313  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.42 
 
 
267 aa  69.3  0.00000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0319802  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0497  spermidine/putrescine ABC transporter permease  25.7 
 
 
288 aa  68.9  0.00000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.157918  normal  0.264404 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1641  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  28.42 
 
 
279 aa  68.2  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3235  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.42 
 
 
274 aa  68.6  0.0000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0620959  normal  0.806351 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1286  spermidine/putrescine ABC transporter permease protein  24.72 
 
 
266 aa  67.8  0.0000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0741739  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1687  Sulfate ABC transporter, permease protein CysT  31.25 
 
 
288 aa  67  0.0000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.126404 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4967  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.51 
 
 
319 aa  67  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.128667  normal  0.152984 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1683  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  25.7 
 
 
323 aa  67  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.577621 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>