More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_1235 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_1235  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
298 aa  582  1.0000000000000001e-165  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0792  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  91.61 
 
 
298 aa  521  1e-147  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.326549  normal  0.268879 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2472  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.65 
 
 
299 aa  317  2e-85  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2135  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.73 
 
 
293 aa  293  3e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.55789  normal  0.615759 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0114  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  54.39 
 
 
294 aa  286  2.9999999999999996e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4230  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.29 
 
 
296 aa  286  4e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.596168  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0104  acriflavin resistance protein  53.54 
 
 
302 aa  286  4e-76  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2898  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.68 
 
 
297 aa  281  9e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2638  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.84 
 
 
297 aa  277  2e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.331277  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0499  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  55.23 
 
 
290 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0830  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.24 
 
 
293 aa  273  4.0000000000000004e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2949  ABC transporter membrane spanning protein  53.17 
 
 
330 aa  270  2e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.41093  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0515  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.26 
 
 
312 aa  263  3e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387102  normal  0.714494 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4200  ABC spermidine/putrescine transporter, innermembrane subunit  49 
 
 
312 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.300968  normal  0.737263 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.41 
 
 
314 aa  256  5e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.88233  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1991  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.76 
 
 
293 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.235155  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0347  ABC transporter, inner membrane subunit  51.76 
 
 
293 aa  241  7.999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.138515  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0949  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.08 
 
 
293 aa  238  9e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.151679 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0983  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.92 
 
 
288 aa  228  1e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.429935  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3327  hypothetical protein  47.97 
 
 
280 aa  218  7.999999999999999e-56  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0941413  normal  0.747278 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.43 
 
 
303 aa  194  2e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.48 
 
 
279 aa  189  5e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.448719 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7382  acriflavin resistance protein  43.21 
 
 
294 aa  184  1.0000000000000001e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.859985  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1330  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.52 
 
 
280 aa  177  1e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0147671  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0727  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.48 
 
 
280 aa  177  2e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21930  putative permease of ABC transporter  41.67 
 
 
279 aa  176  3e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.498277  hitchhiker  0.000000164352 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0748  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.85 
 
 
280 aa  176  3e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1684  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.37 
 
 
278 aa  176  4e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.399872  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1873  ABC transporter permease  41.67 
 
 
279 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5506  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.75 
 
 
284 aa  174  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3995  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.37 
 
 
275 aa  172  5e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.301852  normal  0.487139 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1273  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.11 
 
 
279 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.22443 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1316  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
279 aa  171  9e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.151908  normal  0.975763 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1604  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.5 
 
 
280 aa  171  1e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.082951 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1724  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
279 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.364055  normal  0.0106315 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3880  polyamine ABC transporter, permease protein, putative  40.36 
 
 
280 aa  170  3e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.43307  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5126  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.12 
 
 
284 aa  169  7e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.12 
 
 
284 aa  169  7e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.333039  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3335  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.6 
 
 
334 aa  164  2.0000000000000002e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5741  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.65 
 
 
283 aa  163  3e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.691265  normal  0.472476 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000663  ABC transporter permease protein  37.12 
 
 
296 aa  162  6e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1081  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.65 
 
 
283 aa  162  6e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0532784  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1029  binding-protein-dependent transport system,inner membrane component  36.74 
 
 
295 aa  161  1e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.803098  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0830  ABC transporter, permease protein  36.67 
 
 
279 aa  150  3e-35  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0374043  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0753  ABC transporter, permease protein  36.67 
 
 
279 aa  150  3e-35  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.644714  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1110  spermidine/putrescine ABC transporter permease protein  34.83 
 
 
316 aa  141  9.999999999999999e-33  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.180562  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1103  ABC transporter, permease protein  34.32 
 
 
280 aa  141  1.9999999999999998e-32  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1381  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.64 
 
 
300 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1473  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.31 
 
 
574 aa  138  1e-31  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5733  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.04 
 
 
311 aa  101  2e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3417  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.8 
 
 
272 aa  86.3  6e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0449  ABC transporter, permease protein  30.59 
 
 
275 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1819  putative ABC transporter, permease protein  29.07 
 
 
275 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0831633  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1787  putative ABC transport system, membrane protein  29.07 
 
 
275 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1108  ABC transporter, permease protein  29.07 
 
 
275 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.959603  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2081  ABC transporter, permease protein  29.07 
 
 
275 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0355  ABC transporter, permease protein  30.2 
 
 
275 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.359414  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0817  ABC transporter, permease protein  29.96 
 
 
265 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4841  putative ABC transporter membrane protein  28.68 
 
 
272 aa  73.2  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0581519 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3415  thiamine transporter membrane protein  31.33 
 
 
535 aa  71.6  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3620  thiamine transporter membrane protein  33.13 
 
 
535 aa  71.6  0.00000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.393942  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2944  thiamine transporter membrane protein  31.33 
 
 
535 aa  71.6  0.00000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.305825 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3543  thiamine transporter membrane protein  31.33 
 
 
535 aa  71.6  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4875  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.73 
 
 
587 aa  70.5  0.00000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.432532 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1861  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  26.59 
 
 
286 aa  70.1  0.00000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.317879  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0925  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.48 
 
 
554 aa  70.1  0.00000000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4353  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.38 
 
 
273 aa  68.9  0.00000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.164857  normal  0.687907 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3532  thiamine ABC transporter, inner membrane subunit  30.91 
 
 
536 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1792  transport system permease transmembrane ABC transporter protein  35.77 
 
 
282 aa  68.9  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.794261  normal  0.0652988 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2421  putative ABC spermidine/putrescine transporter permease protein  35.33 
 
 
291 aa  68.9  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1458  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.77 
 
 
283 aa  68.9  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0245502 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4786  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.95 
 
 
276 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.875923  normal  0.946498 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1003  sulfate/thiosulfate transporter subunit  28.65 
 
 
277 aa  68.6  0.0000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.566052  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5375  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.65 
 
 
269 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.120325  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.65 
 
 
276 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1417  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.77 
 
 
283 aa  68.6  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.583933  normal  0.169133 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0059  thiamine transporter membrane protein  30.3 
 
 
536 aa  68.2  0.0000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3809  thiamine transporter membrane protein  33.1 
 
 
535 aa  67.8  0.0000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00069  thiamin ABC transporter membrane protein  30.3 
 
 
536 aa  67  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0072  thiamine transporter membrane protein  30.3 
 
 
536 aa  67.4  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1664  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.77 
 
 
271 aa  67.4  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00068  hypothetical protein  30.3 
 
 
536 aa  67  0.0000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6718  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  27.27 
 
 
307 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0170467  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3590  thiamine transporter membrane protein  29.7 
 
 
536 aa  66.6  0.0000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.838581  hitchhiker  0.00000463415 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0766  sulfate/thiosulfate transporter subunit  28.12 
 
 
284 aa  67  0.0000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2146  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  25.93 
 
 
286 aa  66.6  0.0000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0069  thiamine transporter membrane protein  30.3 
 
 
536 aa  66.6  0.0000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0071  thiamine transporter membrane protein  29.7 
 
 
536 aa  66.6  0.0000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3889  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.28 
 
 
551 aa  66.6  0.0000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0071  thiamine transporter membrane protein  30.3 
 
 
536 aa  66.2  0.0000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.818645  normal  0.387113 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.63 
 
 
303 aa  65.1  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.696873  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0624  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  27.66 
 
 
278 aa  65.5  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1520  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  25.97 
 
 
283 aa  65.5  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.693982  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2337  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  25.97 
 
 
283 aa  65.5  0.000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0669426  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02324  sulfate/thiosulfate transporter subunit  28.27 
 
 
277 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1237  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit  28.27 
 
 
277 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.751545  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1761  Sulfate ABC transporter, permease protein CysT  27.27 
 
 
293 aa  65.1  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.382351  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02285  hypothetical protein  28.27 
 
 
277 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2579  sulfate/thiosulfate transporter subunit  28.27 
 
 
277 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2710  sulfate/thiosulfate transporter subunit  28.27 
 
 
277 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>