More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2135 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_2135  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
293 aa  568  1e-161  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.55789  normal  0.615759 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2638  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  85.62 
 
 
297 aa  497  1e-140  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.331277  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2898  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  84.93 
 
 
297 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4230  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  77.82 
 
 
296 aa  465  9.999999999999999e-131  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.596168  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0114  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  78.69 
 
 
294 aa  457  9.999999999999999e-129  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0104  acriflavin resistance protein  75.85 
 
 
302 aa  442  1e-123  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0515  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.78 
 
 
312 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387102  normal  0.714494 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4200  ABC spermidine/putrescine transporter, innermembrane subunit  70.18 
 
 
312 aa  394  1e-109  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.300968  normal  0.737263 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0830  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.48 
 
 
293 aa  392  1e-108  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0499  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  68.64 
 
 
290 aa  390  1e-107  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2949  ABC transporter membrane spanning protein  64.26 
 
 
330 aa  382  1e-105  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.41093  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1991  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.95 
 
 
293 aa  374  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.235155  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0347  ABC transporter, inner membrane subunit  68.95 
 
 
293 aa  373  1e-102  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.138515  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.82 
 
 
314 aa  369  1e-101  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.88233  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0949  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.01 
 
 
293 aa  365  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.151679 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2472  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.37 
 
 
299 aa  322  4e-87  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0792  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.44 
 
 
298 aa  285  7e-76  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.326549  normal  0.268879 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1235  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.73 
 
 
298 aa  279  5e-74  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3327  hypothetical protein  43.91 
 
 
280 aa  209  5e-53  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0941413  normal  0.747278 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.52 
 
 
303 aa  207  1e-52  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0983  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.49 
 
 
288 aa  194  2e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.429935  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1081  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.24 
 
 
283 aa  192  5e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0532784  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5506  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.77 
 
 
284 aa  190  2e-47  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5741  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.88 
 
 
283 aa  190  2e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.691265  normal  0.472476 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5126  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.77 
 
 
284 aa  184  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.77 
 
 
284 aa  184  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.333039  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.63 
 
 
279 aa  182  4.0000000000000006e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.448719 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0727  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
280 aa  177  2e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7382  acriflavin resistance protein  41.28 
 
 
294 aa  177  2e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.859985  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1330  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.83 
 
 
280 aa  176  4e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0147671  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1684  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.46 
 
 
278 aa  176  4e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.399872  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3880  polyamine ABC transporter, permease protein, putative  39.07 
 
 
280 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.43307  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1604  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.07 
 
 
280 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.082951 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1273  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.83 
 
 
279 aa  172  5e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.22443 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0748  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.63 
 
 
280 aa  172  5e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1316  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
279 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.151908  normal  0.975763 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1110  spermidine/putrescine ABC transporter permease protein  41.61 
 
 
316 aa  171  2e-41  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.180562  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3995  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.73 
 
 
275 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.301852  normal  0.487139 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1724  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37 
 
 
279 aa  166  5e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.364055  normal  0.0106315 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21930  putative permease of ABC transporter  38.93 
 
 
279 aa  165  8e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.498277  hitchhiker  0.000000164352 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1029  binding-protein-dependent transport system,inner membrane component  35.53 
 
 
295 aa  165  1.0000000000000001e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.803098  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3335  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.4 
 
 
334 aa  163  2.0000000000000002e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1873  ABC transporter permease  45.21 
 
 
279 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000663  ABC transporter permease protein  34.8 
 
 
296 aa  157  2e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1103  ABC transporter, permease protein  34.6 
 
 
280 aa  148  1.0000000000000001e-34  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1381  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.44 
 
 
300 aa  146  3e-34  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1473  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.8 
 
 
574 aa  142  9.999999999999999e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0830  ABC transporter, permease protein  36.13 
 
 
279 aa  140  1.9999999999999998e-32  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0374043  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0753  ABC transporter, permease protein  36.13 
 
 
279 aa  140  1.9999999999999998e-32  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.644714  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5733  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.52 
 
 
311 aa  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1819  putative ABC transporter, permease protein  32.5 
 
 
275 aa  101  2e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0831633  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2081  ABC transporter, permease protein  32.5 
 
 
275 aa  101  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1787  putative ABC transport system, membrane protein  32.5 
 
 
275 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1108  ABC transporter, permease protein  32.5 
 
 
275 aa  101  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.959603  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0449  ABC transporter, permease protein  32.92 
 
 
275 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0355  ABC transporter, permease protein  32.5 
 
 
275 aa  100  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.359414  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0817  ABC transporter, permease protein  33.19 
 
 
265 aa  97.8  2e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3417  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.78 
 
 
272 aa  94.4  2e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4786  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35 
 
 
276 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.875923  normal  0.946498 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5375  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.86 
 
 
269 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.120325  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.86 
 
 
276 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1586  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.41 
 
 
551 aa  78.6  0.0000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2421  putative ABC spermidine/putrescine transporter permease protein  31.9 
 
 
291 aa  76.6  0.0000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1458  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.4 
 
 
283 aa  76.3  0.0000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0245502 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1417  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.4 
 
 
283 aa  76.3  0.0000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.583933  normal  0.169133 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3365  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.96 
 
 
292 aa  74.3  0.000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1792  transport system permease transmembrane ABC transporter protein  30.42 
 
 
282 aa  73.6  0.000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.794261  normal  0.0652988 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1553  Sulfate ABC transporter, permease protein CysT  27.42 
 
 
277 aa  71.2  0.00000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4841  putative ABC transporter membrane protein  32.05 
 
 
272 aa  71.2  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0581519 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0172  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.69 
 
 
293 aa  71.6  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1664  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.58 
 
 
271 aa  70.9  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1480  ABC transporter, permease protein  26.67 
 
 
276 aa  70.1  0.00000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00172714  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4353  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.86 
 
 
273 aa  69.3  0.00000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.164857  normal  0.687907 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0925  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.46 
 
 
554 aa  69.3  0.00000000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2830  ABC transporter, permease protein  30.67 
 
 
274 aa  68.9  0.00000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.595776  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0653  ABC transporter, permease protein  30.67 
 
 
274 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1200  spermidine/putrescine ABC transporter permease  26.09 
 
 
282 aa  68.6  0.0000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.163674  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3072  ABC transporter, permease protein  30.67 
 
 
274 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4694  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  30.48 
 
 
289 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1544  ABC transporter, permease protein  30.67 
 
 
274 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1298  spermidine/putrescine ABC transporter permease  26.09 
 
 
282 aa  68.6  0.0000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.33 
 
 
271 aa  68.6  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.101358  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1418  ABC transporter, permease protein  30.67 
 
 
274 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.603954  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3805  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  26.05 
 
 
277 aa  68.6  0.0000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1411  ABC transporter, permease protein  30.67 
 
 
274 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1207  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.32 
 
 
274 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.298805  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0500  ABC transporter, permease protein  30.67 
 
 
274 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1214  ABC transporter, permease protein  30.67 
 
 
274 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0140518  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0624  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  27.93 
 
 
278 aa  67.8  0.0000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2838  ornithine carbamoyltransferase  30.83 
 
 
286 aa  67.8  0.0000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000365648  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1157  Sulfate ABC transporter, permease protein CysT  28.89 
 
 
279 aa  67.4  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.438007 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2759  Sulfate ABC transporter, permease protein CysT  28.8 
 
 
278 aa  67.4  0.0000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.65593 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1272  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.59 
 
 
271 aa  67  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.308344  normal  0.637566 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4041  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.47 
 
 
611 aa  67  0.0000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0487  ABC transporter, permease protein  37.63 
 
 
289 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2015  sulfate ABC transporter, permease protein CysT  27.53 
 
 
306 aa  67  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1409  sulfate/thiosulfate transporter subunit  29.41 
 
 
277 aa  66.6  0.0000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0353  sulfate/thiosulfate ABC transporter, permease protein CysT  27.53 
 
 
297 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.303881  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0752  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.71 
 
 
274 aa  67  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.71715  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1848  sulfate/thiosulfate ABC transporter, permease protein CysT  27.53 
 
 
297 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.704864  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>