More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4659 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_4800  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.5 
 
 
579 aa  672    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.236914  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
576 aa  1142    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.57335  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3497  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.97 
 
 
572 aa  339  8e-92  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.699659 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3589  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.94 
 
 
564 aa  253  6e-66  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.108646 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1487  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
544 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0741111  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1807  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.79 
 
 
732 aa  237  4e-61  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1586  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.83 
 
 
551 aa  208  2e-52  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3753  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.89 
 
 
742 aa  188  2e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.151959  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.22 
 
 
545 aa  186  9e-46  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.49 
 
 
692 aa  186  1.0000000000000001e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.516839  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.7 
 
 
563 aa  186  1.0000000000000001e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.859078  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6062  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.37 
 
 
740 aa  185  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.113948  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0925  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.7 
 
 
554 aa  184  3e-45  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1364  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.4 
 
 
728 aa  183  7e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0832  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.79 
 
 
692 aa  182  1e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1771  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.16 
 
 
692 aa  182  1e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.715719  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0334  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.4 
 
 
543 aa  181  2.9999999999999997e-44  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.122368  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1365  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.62 
 
 
692 aa  177  4e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3844  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.94 
 
 
741 aa  177  5e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.357299  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0640  Fe3+ ABC transporter, permease  29.25 
 
 
685 aa  177  6e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0125154  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1169  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.75 
 
 
602 aa  176  8e-43  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.0406993 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0719  ABC transporter, permease protein  27.47 
 
 
741 aa  176  9.999999999999999e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0675  ABC transporter, permease protein  27.47 
 
 
741 aa  175  1.9999999999999998e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0244  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.71 
 
 
600 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.219645 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1108  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.69 
 
 
545 aa  174  5e-42  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.396425  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1588  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.02 
 
 
563 aa  173  5.999999999999999e-42  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2994  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.82 
 
 
579 aa  173  1e-41  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.434038  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0076  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.08 
 
 
600 aa  170  6e-41  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.147749  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0282  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.17 
 
 
569 aa  169  2e-40  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.28 
 
 
743 aa  169  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67824  normal  0.0216249 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1555  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.26 
 
 
561 aa  167  4e-40  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.488219  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3116  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.66 
 
 
741 aa  165  2.0000000000000002e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.885166  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0626  iron(III) ABC transporter, permease protein  27.34 
 
 
700 aa  165  3e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0434  ABC transporter, permease protein  27.21 
 
 
692 aa  164  3e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1564  iron/thiamine ABC transporter permease/Zn-dependent hydrolase  25.39 
 
 
556 aa  162  2e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0823842  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.02 
 
 
569 aa  160  5e-38  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.290045  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04850  ABC-type Fe3+ transport system, permease component  29.67 
 
 
587 aa  159  1e-37  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1867  putative ABC transporter, permease protein  26.19 
 
 
556 aa  159  1e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1098  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.31 
 
 
758 aa  159  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.276526  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2477  ABC-type transporter permease protein  29.5 
 
 
564 aa  159  1e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.174781  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4318  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.08 
 
 
615 aa  157  5.0000000000000005e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.242541 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4912  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.15 
 
 
547 aa  157  5.0000000000000005e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.341081  normal  0.198477 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1754  putative ABC transporter, permease protein  25.45 
 
 
556 aa  155  2e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3889  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.8 
 
 
551 aa  154  5e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1612  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.09 
 
 
556 aa  151  3e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.647604  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3589  putative ABC transporter, permease protein  24.91 
 
 
556 aa  150  5e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1992  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.9 
 
 
738 aa  147  7.0000000000000006e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0456876  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1612  ABC transporter permease  25.27 
 
 
556 aa  147  7.0000000000000006e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0620954  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1736  ABC transporter permease  25.27 
 
 
556 aa  147  7.0000000000000006e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1787  putative ABC transporter, permease protein  25.27 
 
 
556 aa  147  7.0000000000000006e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1813  ABC transporter, permease protein, putative  24.91 
 
 
556 aa  146  1e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.834992  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1573  iron/thiamine ABC transporter permease/Zn-dependent hydrolase  25.09 
 
 
556 aa  146  1e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0292004  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1008  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.09 
 
 
600 aa  144  6e-33  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  decreased coverage  0.000236655 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.47 
 
 
585 aa  142  1.9999999999999998e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.992334  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1238  iron compound ABC transporter permease  26.17 
 
 
552 aa  141  3e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1214  iron ABC transporter permease  25.91 
 
 
583 aa  141  3e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1924  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.64 
 
 
540 aa  140  7e-32  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1413  putative iron compound ABC transporter, permease protein  25.91 
 
 
585 aa  138  2e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1438  iron compound ABC transporter, permease protein, putative  25.73 
 
 
583 aa  138  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1239  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.68 
 
 
585 aa  138  3.0000000000000003e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1216  iron ABC transporter permease  25.91 
 
 
583 aa  138  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1479  putative 2-aminoethylphosphonate ABC transport system, permease protein  25.98 
 
 
545 aa  137  4e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1376  putative iron compound ABC transporter, permease protein  25.74 
 
 
585 aa  136  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3968  putative iron compound ABC transporter, permease protein  25.6 
 
 
585 aa  135  3e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1307  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.45 
 
 
557 aa  133  6.999999999999999e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2266  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.44 
 
 
575 aa  133  9e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2696  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.82 
 
 
606 aa  132  1.0000000000000001e-29  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6022  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.35 
 
 
558 aa  132  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.39431  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4457  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.32 
 
 
605 aa  130  9.000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.453031  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1607  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.36 
 
 
609 aa  129  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.900207  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21310  ABC transporter, permease component  25.82 
 
 
575 aa  128  3e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0856621  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.33 
 
 
608 aa  127  5e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2832  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.35 
 
 
559 aa  127  6e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.628501  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2480  ABC transporter, permease protein, putative  25 
 
 
568 aa  126  1e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1035  ABC-type Fe3+ transport system, permease component  25.65 
 
 
589 aa  124  4e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0461  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.19 
 
 
663 aa  124  4e-27  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.745838  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2889  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.69 
 
 
543 aa  124  5e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2275  putative transmembrane ABC transporter protein  25.45 
 
 
589 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4535  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.33 
 
 
579 aa  123  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5677  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.77 
 
 
589 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.35666  normal  0.522128 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1726  iron, putative  25.93 
 
 
585 aa  121  3e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0368916  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0950  ABC transporter, permease protein  25.25 
 
 
589 aa  121  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.402794  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2143  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.66 
 
 
608 aa  120  9.999999999999999e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2515  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.94 
 
 
634 aa  120  9.999999999999999e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4262  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.24 
 
 
593 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0327  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  31.44 
 
 
273 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0249986  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2276  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.63 
 
 
541 aa  118  3.9999999999999997e-25  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1043  ABC transporter, fused inner membrane subunits  27.22 
 
 
589 aa  117  5e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0498706  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0376  ABC transporter, permease protein, putative  24.01 
 
 
539 aa  117  7.999999999999999e-25  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0514897  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2293  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.25 
 
 
557 aa  116  1.0000000000000001e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1284  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, permease protein  27.82 
 
 
592 aa  116  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0183  ABC transporter, permease protein  24.71 
 
 
602 aa  115  2.0000000000000002e-24  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.359754  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4361  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.33 
 
 
590 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1721  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.46 
 
 
530 aa  115  2.0000000000000002e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.353247  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1597  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.05 
 
 
528 aa  115  3e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2868  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.84 
 
 
603 aa  114  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.569333  normal  0.0423776 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1768  ABC Fe3+ siderophore transporter, inner membrane subunit  25.46 
 
 
590 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.606838  normal  0.0413415 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.18 
 
 
566 aa  114  4.0000000000000004e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3274  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.46 
 
 
590 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.312998  normal  0.625588 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0731  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  24.78 
 
 
567 aa  114  5e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0677887  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>