More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_2502 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_2502  putative outer membrane protein (porin)  100 
 
 		 376 aa  751    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.506227  normal  0.418434 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2108  putative outer membrane protein (porin)  100 
 
 		 376 aa  751    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1592  putative outer membrane protein (porin)  50.71 
 
 		 383 aa  321  9.999999999999999e-87  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0359  putative porin protein  47.03 
 
 		 381 aa  315  9.999999999999999e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0373439  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3009  putative outer membrane porin signal peptide protein  47.68 
 
 		 367 aa  298  1e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.494139  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1354  porin  49.58 
 
 		 352 aa  297  2e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0786529 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1601  porin  36.24 
 
 		 374 aa  147  3e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.32825  normal  0.100291 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4837  outer membrane protein, (porin)  34.85 
 
 		 374 aa  146  6e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00816794 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1582  porin  35.92 
 
 		 374 aa  145  1e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0636869  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  33.58 
 
 		 392 aa  142  9e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  33.58 
 
 		 392 aa  142  9e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  35.41 
 
 		 354 aa  140  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6127  porin  34.83 
 
 		 355 aa  140  3e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  35.31 
 
 		 389 aa  139  7.999999999999999e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  34.73 
 
 		 363 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  34.73 
 
 		 363 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  34.73 
 
 		 363 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  34.73 
 
 		 363 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  34.73 
 
 		 363 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2273  outer membrane porin protein  34.08 
 
 		 449 aa  134  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4363  porin  35.48 
 
 		 392 aa  132  9e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.357316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2100  porin  33.33 
 
 		 367 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1434  putative porin protein  33.68 
 
 		 379 aa  129  6e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3091  outer membrane porin signal peptide protein  31.95 
 
 		 376 aa  129  7.000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314497  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1060  putative outer membrane porin  33.68 
 
 		 376 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2327  putative outer membrane porin  33.68 
 
 		 376 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1728  porin  34.97 
 
 		 363 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1346  putative outer membrane porin  33.68 
 
 		 376 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.80313  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2036  putative outer membrane porin  33.68 
 
 		 375 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6618  porin Gram-negative type  35.71 
 
 		 350 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3095  putative outer membrane porin  33.68 
 
 		 391 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3704  outer membrane porin  31.54 
 
 		 363 aa  127  3e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0181941 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1770  outer membrane protein (porin)  33.23 
 
 		 363 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.170315  normal  0.0138453 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4344  porin  34.18 
 
 		 371 aa  126  6e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5115  porin Gram-negative type  32.39 
 
 		 335 aa  126  6e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0274682 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1733  porin  31.92 
 
 		 398 aa  126  8.000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0848216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  35.12 
 
 		 355 aa  124  3e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  35.12 
 
 		 355 aa  124  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3210  porin Gram-negative type  36.2 
 
 		 368 aa  123  4e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5137  porin  32.73 
 
 		 368 aa  123  5e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  33.5 
 
 		 352 aa  123  6e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3663  porin  33.23 
 
 		 363 aa  123  6e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.107889  normal  0.482694 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2863  porin Gram-negative type  34.11 
 
 		 374 aa  122  9e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.180964 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3855  porin  33.09 
 
 		 388 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5150  porin  31.71 
 
 		 356 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.376337  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0698  OmpC family outer membrane porin  32.24 
 
 		 351 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.151008  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3276  porin  33.83 
 
 		 363 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0390165  normal  0.139851 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6355  porin  33.33 
 
 		 398 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.289379 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4137  porin  33.53 
 
 		 363 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0387994  normal  0.314302 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4125  porin  33.83 
 
 		 363 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0517462  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6483  porin  33.15 
 
 		 351 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0517462  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1628  porin  33.93 
 
 		 354 aa  121  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4241  porin  33.83 
 
 		 363 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0294588  normal  0.0402554 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6718  porin  33.15 
 
 		 351 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.6284  normal  0.457172 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4239  outer membrane porin  34.57 
 
 		 377 aa  121  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.983201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  32.57 
 
 		 402 aa  120  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  37.34 
 
 		 353 aa  120  3.9999999999999996e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3237  outer membrane protein (porin)  31.46 
 
 		 356 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.133992  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  35.5 
 
 		 355 aa  119  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2846  outer membrane protein (porin)  32.43 
 
 		 383 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.42536 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5131  outer membrane protein (porin)  31.46 
 
 		 356 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2607  OmpC family outer membrane porin  34.53 
 
 		 363 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.782547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3347  porin Gram-negative type  31.95 
 
 		 348 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.735046 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4416  porin Gram-negative type  34.69 
 
 		 354 aa  117  3e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4306  porin Gram-negative type  34.69 
 
 		 354 aa  117  3e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.273779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1639  porin  33.91 
 
 		 367 aa  117  3e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0946277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5031  porin  31.43 
 
 		 357 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3000  porin Gram-negative type  32.03 
 
 		 348 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2933  putative porin signal peptide protein  31.87 
 
 		 379 aa  115  8.999999999999998e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0061  porin  32.84 
 
 		 363 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0431794  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3372  porin Gram-negative type  31.55 
 
 		 376 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6332  porin  31.57 
 
 		 365 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00191281  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5684  porin  32.28 
 
 		 391 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.101118 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5778  porin  34.12 
 
 		 358 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.431185 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3234  porin  31.96 
 
 		 401 aa  114  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  31.07 
 
 		 358 aa  114  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4230  outer membrane porin  32.11 
 
 		 379 aa  114  4.0000000000000004e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000540205  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0804  porin  30.79 
 
 		 373 aa  113  5e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2282  porin  32.3 
 
 		 357 aa  113  5e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6157  porin  30.03 
 
 		 355 aa  113  5e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0964625  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3606  porin  33.49 
 
 		 383 aa  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.616699 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4825  porin  31.14 
 
 		 383 aa  112  8.000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0552625  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1717  OmpC family outer membrane porin  31.22 
 
 		 352 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.339565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5679  porin Gram-negative type  29.63 
 
 		 361 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.841044 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5539  porin  30.99 
 
 		 386 aa  112  9e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02059  porin signal peptide protein  32.14 
 
 		 347 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000217082  normal  0.648974 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5977  porin  30.48 
 
 		 356 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0893366 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5999  porin  32.29 
 
 		 352 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.565883  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3025  porin Gram-negative type  31.31 
 
 		 376 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2134  porin  30.96 
 
 		 387 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.543846  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4620  porin  32.04 
 
 		 409 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.382092 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5348  porin  31.97 
 
 		 388 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.118369 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3748  porin  32.04 
 
 		 409 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.130347  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1599  putative outer membrane porin signal peptide protein  31.91 
 
 		 386 aa  110  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102431  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2990  porin  31.82 
 
 		 387 aa  110  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0177619  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3709  porin Gram-negative type  32.45 
 
 		 383 aa  110  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0741295  hitchhiker  0.00542912 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4547  outer membrane porin signal peptide protein  34.98 
 
 		 385 aa  110  3e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000157102  normal  0.308815 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1737  putative transmembrane outer membrane porin signal peptide protein  34.81 
 
 		 353 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.172575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6314  porin  31.08 
 
 		 377 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5890  porin  29.77 
 
 		 355 aa  110  5e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>