More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS02027 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010086  Bmul_3533  major facilitator transporter  84.16 
 
 
473 aa  713    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1431  major facilitator family transporter  84.68 
 
 
478 aa  724    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.475934  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02027  metabolite transporter  100 
 
 
476 aa  941    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.158134 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2073  major facilitator superfamily transporter  82.1 
 
 
467 aa  702    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0013865 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0471  major facilitator family transporter  84.68 
 
 
478 aa  724    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0911  major facilitator family transporter  84.46 
 
 
478 aa  723    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.577596  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0379  major facilitator family transporter  84.46 
 
 
478 aa  722    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5172  major facilitator transporter  84.53 
 
 
474 aa  742    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0809503 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5053  major facilitator superfamily MFS_1  80.04 
 
 
472 aa  701    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.122247 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0177  major facilitator family transporter  84.68 
 
 
478 aa  724    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1931  major facilitator superfamily permease  84.91 
 
 
478 aa  724    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0979116  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1841  major facilitator family transporter  84.91 
 
 
478 aa  723    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0539  major facilitator transporter  84.16 
 
 
473 aa  737    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3311  major facilitator transporter  82.89 
 
 
474 aa  719    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.799238  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1595  major facilitator superfamily metabolite/H(+) symporter  79.61 
 
 
472 aa  697    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5109  major facilitator transporter  84.53 
 
 
474 aa  751    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3259  major facilitator transporter  84.31 
 
 
474 aa  748    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.331503  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1660  MFS family transporter  70.95 
 
 
455 aa  646    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19270  putative MFS transporter  71.96 
 
 
455 aa  647    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.149627  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0670  general substrate transporter  72.16 
 
 
459 aa  629  1e-179  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.753041 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1010  major facilitator family transporter  84.17 
 
 
398 aa  568  1e-161  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5178  major facilitator transporter  59.11 
 
 
457 aa  535  1e-151  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4638  major facilitator superfamily MFS_1  55.73 
 
 
451 aa  509  1e-143  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000178504  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8056  major facilitator superfamily MFS_1  60.94 
 
 
451 aa  508  1e-143  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2900  major facilitator transporter  52.33 
 
 
514 aa  457  1e-127  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.473738  normal  0.0138886 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1561  major facilitator transporter  45.94 
 
 
509 aa  363  4e-99  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.141298  normal  0.174962 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2413  major facilitator transporter  39.06 
 
 
447 aa  330  4e-89  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000787137  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1482  major facilitator superfamily MFS_1  37 
 
 
451 aa  307  3e-82  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000115751  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1523  major facilitator transporter  37.89 
 
 
438 aa  295  1e-78  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.295641  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2088  major facilitator superfamily MFS_1  36.14 
 
 
456 aa  293  4e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.565943 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2255  major facilitator superfamily MFS_1  37.72 
 
 
473 aa  286  5.999999999999999e-76  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21330  sugar phosphate permease  39.12 
 
 
477 aa  284  3.0000000000000004e-75  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.428425  hitchhiker  0.00018034 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4019  major facilitator superfamily MFS_1  39.01 
 
 
435 aa  275  2.0000000000000002e-72  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.000381325  normal  0.201783 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3933  major facilitator transporter  35.29 
 
 
399 aa  273  5.000000000000001e-72  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000233422  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3497  major facilitator superfamily MFS_1  35.98 
 
 
398 aa  271  2.9999999999999997e-71  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5212  major facilitator transporter  34.43 
 
 
399 aa  270  4e-71  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000114177  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5547  major facilitator family transporter  34.19 
 
 
399 aa  270  5e-71  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.00000000869498  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5543  major facilitator family transporter  33.88 
 
 
399 aa  270  5.9999999999999995e-71  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000723204  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5599  major facilitator family transporter  33.88 
 
 
399 aa  269  7e-71  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000105464  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5271  major facilitator family transporter  33.96 
 
 
399 aa  268  1e-70  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000222558  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5098  major facilitator family transporter  33.96 
 
 
399 aa  268  1e-70  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  1.20566e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5115  major facilitator family transporter  33.41 
 
 
399 aa  269  1e-70  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000159613  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5668  major facilitator family transporter  33.96 
 
 
399 aa  268  1e-70  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.0000000000480591  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5513  major facilitator family transporter  33.96 
 
 
399 aa  268  1e-70  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2754  major facilitator superfamily MFS_1  36.44 
 
 
465 aa  268  2e-70  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.182715  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5409  major facilitator family transporter  33.65 
 
 
399 aa  267  2.9999999999999995e-70  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000000725853  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1414  major facilitator superfamily metabolite/H(+) symporter  35.71 
 
 
468 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000198546  normal  0.095851 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4651  major facilitator superfamily MFS_1  35.67 
 
 
470 aa  265  2e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0547  major facilitator superfamily transporter  34.8 
 
 
456 aa  261  1e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.392915  normal  0.285749 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0897  major facilitator superfamily MFS_1  38.76 
 
 
447 aa  261  3e-68  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0894914  normal  0.147269 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29790  sugar phosphate permease  37.21 
 
 
485 aa  259  5.0000000000000005e-68  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3374  major facilitator superfamily MFS_1  33.18 
 
 
398 aa  256  7e-67  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000527195  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1377  major facilitator superfamily MFS_1  37.86 
 
 
445 aa  252  8.000000000000001e-66  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1875  major facilitator transporter  33.19 
 
 
459 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.473892  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0245  putative permease  36.01 
 
 
449 aa  241  2e-62  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0461827  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0190  major facilitator superfamily MFS_1  35.19 
 
 
460 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000521499 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2078  major facilitator superfamily MFS_1  33.64 
 
 
404 aa  233  4.0000000000000004e-60  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3924  major facilitator superfamily transporter  34.79 
 
 
438 aa  233  7.000000000000001e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.496152  normal  0.0457831 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5172  major facilitator superfamily MFS_1  33.84 
 
 
466 aa  232  9e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2518  major facilitator transporter  34.47 
 
 
437 aa  230  4e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0285  major facilitator superfamily sugar transporter  33.19 
 
 
464 aa  226  1e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.192742  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0967  major facilitator superfamily aromatic acid/H(+) symporter  33.19 
 
 
462 aa  220  5e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1856  major facilitator transporter  33.26 
 
 
438 aa  219  7e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3580  hypothetical protein  34.35 
 
 
478 aa  218  1e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.024372  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0602  major facilitator superfamily MFS_1  33.85 
 
 
459 aa  219  1e-55  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0828  major facilitator superfamily aromatic acid/H(+) symporter  33.26 
 
 
450 aa  218  2e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.420618  normal  0.255495 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5167  major facilitator superfamily MFS_1  32.14 
 
 
470 aa  217  4e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4993  MFS family membrane efflux protein  31.57 
 
 
526 aa  216  8e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.521864 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1326  major facilitator transporter  36.83 
 
 
464 aa  216  8e-55  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.367254  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0528  major facilitator transporter  32.7 
 
 
467 aa  216  9e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0826405  hitchhiker  0.00770286 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1683  major facilitator transporter  35.04 
 
 
415 aa  216  9.999999999999999e-55  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.249309  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5934  major facilitator transporter  32.62 
 
 
468 aa  214  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0786793 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1937  major facilitator superfamily metabolite/H(+) symporter  33.97 
 
 
474 aa  213  5.999999999999999e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000000973666  normal  0.0403058 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6200  major facilitator transporter  31.33 
 
 
492 aa  211  2e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0622411 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0613  major facilitator superfamily MFS_1  32.47 
 
 
473 aa  211  2e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0274336 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5283  major facilitator transporter  32.82 
 
 
463 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.591426  normal  0.763827 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3453  major facilitator transporter  31.99 
 
 
472 aa  211  2e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0499831  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0896  major facilitator superfamily MFS_1  32.82 
 
 
462 aa  209  6e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5972  major facilitator transporter  32.07 
 
 
462 aa  209  9e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0070  MFS permease  32.9 
 
 
460 aa  208  1e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4498  major facilitator superfamily MFS_1  33.12 
 
 
467 aa  208  2e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0152994  normal  0.24714 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4630  major facilitator superfamily MFS_1  33.12 
 
 
467 aa  208  2e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.234892  hitchhiker  0.00910919 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4092  major facilitator transporter  36.09 
 
 
466 aa  206  7e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.138786  normal  0.978075 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1116  major facilitator transporter  36 
 
 
466 aa  206  9e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.10577  normal  0.134 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6268  major facilitator transporter  32.63 
 
 
462 aa  205  1e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.492492 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3160  major facilitator superfamily MFS_1  31.97 
 
 
461 aa  206  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0312386 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4087  major facilitator superfamily metabolite/H(+) symporter  32.68 
 
 
468 aa  206  1e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281632  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4557  major facilitator transporter  36.09 
 
 
466 aa  205  1e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00783301 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0974  major facilitator superfamily aromatic acid/H(+) symporter  34.07 
 
 
462 aa  204  3e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00000109951  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6599  major facilitator superfamily MFS_1  31.14 
 
 
459 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.332731  normal  0.158495 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4647  major facilitator superfamily MFS_1  32.61 
 
 
488 aa  201  3e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.866665  normal  0.46173 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5602  major facilitator transporter  35.29 
 
 
466 aa  200  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.610871 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4698  major facilitator transporter  35.29 
 
 
466 aa  200  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.585046  normal  0.168682 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3669  major facilitator transporter  35.29 
 
 
466 aa  200  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3564  major facilitator transporter  34.29 
 
 
436 aa  200  6e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5153  major facilitator transporter  30.8 
 
 
475 aa  200  6e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.507557  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4627  major facilitator transporter  31.02 
 
 
475 aa  199  6e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5266  major facilitator transporter  30.7 
 
 
472 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5007  major facilitator transporter  30.7 
 
 
472 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3101  major facilitator transporter  30.7 
 
 
472 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.380275  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>