More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4627 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010681  Bphyt_0808  major facilitator superfamily MFS_1  75.22 
 
 
494 aa  671    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3453  major facilitator transporter  92 
 
 
472 aa  846    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0499831  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0788  major facilitator family transporter  85.47 
 
 
472 aa  775    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.509193  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6200  major facilitator transporter  69.89 
 
 
492 aa  664    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0622411 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0486  major facilitator family transporter  85.68 
 
 
472 aa  776    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0312823  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5266  major facilitator transporter  94.32 
 
 
472 aa  850    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0382  major facilitator transporter  94.95 
 
 
472 aa  858    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.660441 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1973  major facilitator transporter  85.47 
 
 
472 aa  775    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0910  major facilitator family transporter  85.89 
 
 
472 aa  773    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.367874  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0920  major facilitator superfamily transporter metabolite/H(+) symporter  85.12 
 
 
487 aa  768    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.697574 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4647  major facilitator superfamily MFS_1  83.8 
 
 
488 aa  775    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.866665  normal  0.46173 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0667  major facilitator family transporter  85.16 
 
 
494 aa  668    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0482021  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3101  major facilitator transporter  94.32 
 
 
472 aa  850    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.380275  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5007  major facilitator transporter  94.32 
 
 
472 aa  850    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0555  major facilitator family transporter  85.47 
 
 
472 aa  775    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5153  major facilitator transporter  98.95 
 
 
475 aa  931    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.507557  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4627  major facilitator transporter  100 
 
 
475 aa  939    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2070  major facilitator transporter  85.47 
 
 
472 aa  774    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.376866  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3530  major facilitator transporter  71.65 
 
 
469 aa  624  1e-177  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.229516  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4015  major facilitator superfamily MFS_1  57.56 
 
 
477 aa  551  1e-155  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5986  major facilitator transporter  55.29 
 
 
479 aa  519  1e-146  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6282  major facilitator transporter  55.51 
 
 
479 aa  521  1e-146  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.384913  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2063  major facilitator superfamily MFS_1  54.39 
 
 
479 aa  491  1e-137  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0432509  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2496  major facilitator family transporter  52.77 
 
 
472 aa  486  1e-136  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.206768  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6611  major facilitator transporter  54.34 
 
 
479 aa  488  1e-136  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.410873  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2304  major facilitator transporter  52.69 
 
 
472 aa  479  1e-134  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.759044  normal  0.046264 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4340  general substrate transporter  51.37 
 
 
477 aa  478  1e-133  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6959  major facilitator transporter  54.28 
 
 
479 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1412  major facilitator transporter  50.76 
 
 
465 aa  450  1e-125  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4090  major facilitator superfamily metabolite(sugar)/H(+) symporter  49.68 
 
 
471 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.94274  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6205  major facilitator superfamily MFS_1  49.34 
 
 
471 aa  443  1e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3036  major facilitator transporter  49.02 
 
 
487 aa  425  1e-118  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1268  MFS transporter  49.24 
 
 
487 aa  426  1e-118  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.916286  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2231  major facilitator family transporter  48.03 
 
 
482 aa  425  1e-117  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3193  major facilitator transporter  46.12 
 
 
472 aa  417  9.999999999999999e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.9008 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1717  major facilitator transporter  46.9 
 
 
488 aa  410  1e-113  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1759  major facilitator superfamily MFS_1  45.71 
 
 
472 aa  403  1e-111  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00188  MFS transporter  48.8 
 
 
471 aa  392  1e-108  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.103216  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1269  major facilitator transporter  44.37 
 
 
466 aa  379  1e-104  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2576  major facilitator transporter  43.23 
 
 
475 aa  364  2e-99  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.634768  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1718  major facilitator transporter  43.35 
 
 
473 aa  358  8e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.442738  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0792  major facilitator superfamily MFS_1  37.03 
 
 
458 aa  295  9e-79  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.753449  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1483  major facilitator superfamily MFS_1  37.15 
 
 
456 aa  271  2.9999999999999997e-71  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0285  major facilitator superfamily sugar transporter  36.14 
 
 
464 aa  264  2e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.192742  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4860  major facilitator transporter  32.59 
 
 
487 aa  237  4e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0839463 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4638  major facilitator superfamily MFS_1  33.04 
 
 
451 aa  233  4.0000000000000004e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000178504  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0881  major facilitator superfamily MFS_1  32.53 
 
 
448 aa  233  5e-60  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.202747  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1626  major facilitator transporter  31.58 
 
 
485 aa  233  8.000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.408436  normal  0.668079 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0463  major facilitator transporter  33.85 
 
 
448 aa  232  9e-60  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0213055  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1551  major facilitator transporter  32.1 
 
 
485 aa  232  1e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.308182  normal  0.0914413 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0828  major facilitator superfamily aromatic acid/H(+) symporter  33.33 
 
 
450 aa  229  7e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.420618  normal  0.255495 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0528  major facilitator transporter  34.42 
 
 
467 aa  229  1e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0826405  hitchhiker  0.00770286 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1668  major facilitator transporter  32.38 
 
 
487 aa  227  3e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.339414  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1604  major facilitator transporter  32.15 
 
 
485 aa  226  9e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1217  major facilitator transporter  32.23 
 
 
487 aa  225  1e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.207678  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1696  major facilitator transporter  32.23 
 
 
487 aa  225  1e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.4496  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0987  major facilitator superfamily transporter metabolite/H(+) symporter  32.08 
 
 
461 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.496425 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0967  major facilitator superfamily aromatic acid/H(+) symporter  32.6 
 
 
462 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0270  major facilitator transporter  35.53 
 
 
477 aa  218  1e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0250869  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0613  major facilitator superfamily MFS_1  31.78 
 
 
473 aa  218  2e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0274336 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0970  major facilitator superfamily transporter metabolite/H(+) symporter  31.29 
 
 
470 aa  217  4e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00262609  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5172  major facilitator superfamily MFS_1  33.33 
 
 
466 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4087  major facilitator superfamily metabolite/H(+) symporter  32 
 
 
468 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281632  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6599  major facilitator superfamily MFS_1  30.94 
 
 
459 aa  209  9e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.332731  normal  0.158495 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0670  general substrate transporter  33.33 
 
 
459 aa  206  5e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.753041 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1660  MFS family transporter  32.7 
 
 
455 aa  206  6e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5972  major facilitator transporter  29.56 
 
 
462 aa  206  9e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5109  major facilitator transporter  35.05 
 
 
474 aa  205  1e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8056  major facilitator superfamily MFS_1  32.61 
 
 
451 aa  204  2e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1595  major facilitator superfamily metabolite/H(+) symporter  34.06 
 
 
472 aa  205  2e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6268  major facilitator transporter  29.56 
 
 
462 aa  204  2e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.492492 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5053  major facilitator superfamily MFS_1  33.62 
 
 
472 aa  203  5e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.122247 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3358  major facilitator superfamily MFS_1  30.72 
 
 
459 aa  203  6e-51  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3259  major facilitator transporter  34.27 
 
 
474 aa  203  6e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.331503  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5172  major facilitator transporter  35.45 
 
 
474 aa  202  8e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0809503 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0379  major facilitator family transporter  33.19 
 
 
478 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0539  major facilitator transporter  34.16 
 
 
473 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19270  putative MFS transporter  31.56 
 
 
455 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.149627  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3533  major facilitator transporter  33.76 
 
 
473 aa  199  9e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0471  major facilitator family transporter  32.97 
 
 
478 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1431  major facilitator family transporter  32.97 
 
 
478 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.475934  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1841  major facilitator family transporter  32.75 
 
 
478 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0177  major facilitator family transporter  32.97 
 
 
478 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1931  major facilitator superfamily permease  32.75 
 
 
478 aa  197  3e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0979116  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0190  major facilitator superfamily MFS_1  29.69 
 
 
460 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000521499 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0911  major facilitator family transporter  32.75 
 
 
478 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.577596  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02027  metabolite transporter  31.37 
 
 
476 aa  196  8.000000000000001e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.158134 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1937  major facilitator superfamily metabolite/H(+) symporter  32.77 
 
 
474 aa  196  9e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000000973666  normal  0.0403058 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5167  major facilitator superfamily MFS_1  31.68 
 
 
470 aa  196  1e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0974  major facilitator superfamily aromatic acid/H(+) symporter  31.95 
 
 
462 aa  194  3e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00000109951  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5934  major facilitator transporter  32.46 
 
 
468 aa  194  4e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0786793 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0668  major facilitator transporter  34.21 
 
 
474 aa  192  1e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00169534  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3311  major facilitator transporter  32.93 
 
 
474 aa  191  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.799238  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2088  major facilitator superfamily MFS_1  32.4 
 
 
456 aa  191  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.565943 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6853  major facilitator transporter  31.71 
 
 
430 aa  189  1e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.854567  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0129  putative permease  31.7 
 
 
459 aa  188  2e-46  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.549779  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2060  inner membrane metabolite transport protein YdjE  30.37 
 
 
459 aa  187  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0010058 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1414  major facilitator superfamily metabolite/H(+) symporter  29.93 
 
 
468 aa  184  4.0000000000000006e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000198546  normal  0.095851 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2413  major facilitator transporter  29.85 
 
 
447 aa  181  2e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000787137  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0896  major facilitator superfamily MFS_1  30.31 
 
 
462 aa  181  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>