More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2666 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3183  electron transport protein SCO1/SenC  93.58 
 
 		 327 aa  636    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.106344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2533  electron transport protein SCO1/SenC  93.88 
 
 		 327 aa  640    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2666  electron transport protein SCO1/SenC  100 
 
 		 327 aa  676    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.239586  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2002  electron transport protein SCO1/SenC  65.17 
 
 		 363 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4298  electron transport protein SCO1/SenC  55.63 
 
 		 356 aa  345  8e-94  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.576554  normal  0.116198 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0650  electron transport protein SCO1/SenC  52.46 
 
 		 340 aa  328  8e-89  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1256  hypothetical protein  38.37 
 
 		 207 aa  124  2e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.313098  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1977  electron transport protein SCO1/SenC  36.87 
 
 		 216 aa  124  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.918767 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3891  electron transport protein SCO1/SenC  37.66 
 
 		 222 aa  120  3.9999999999999996e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3890  electron transport protein SCO1/SenC  38.36 
 
 		 228 aa  120  3.9999999999999996e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0070  hypothetical protein  37.04 
 
 		 198 aa  118  1.9999999999999998e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2450  electron transport protein SCO1/SenC  37.18 
 
 		 221 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0486605  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2627  electron transport protein SCO1/SenC  36.48 
 
 		 425 aa  114  3e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3487  electron transport protein SCO1/SenC  35.33 
 
 		 221 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.108073  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2284  electron transport protein SCO1/SenC  35.33 
 
 		 221 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.882124 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3488  electron transport protein SCO1/SenC  33.67 
 
 		 218 aa  113  5e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2458  electron transport protein SCO1/SenC  34.18 
 
 		 218 aa  113  6e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.657864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2459  SCO1/SenC family protein  36.54 
 
 		 221 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.471351  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2449  electron transport protein SCO1/SenC  32.65 
 
 		 218 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.010405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2283  electron transport protein SCO1/SenC  33.16 
 
 		 218 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.897597  normal  0.85963 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1978  hypothetical protein  35.9 
 
 		 208 aa  103  5e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.572357 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1255  hypothetical protein  36.32 
 
 		 194 aa  102  7e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.847765  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1019  hypothetical protein  41.49 
 
 		 296 aa  88.6  1e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.166316 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1398  SCO1/SenC family protein  33.57 
 
 		 193 aa  85.5  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0728  hypothetical protein  35.34 
 
 		 200 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0714  hypothetical protein  35.9 
 
 		 204 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2319  hypothetical protein  35.9 
 
 		 204 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.735788  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2235  hypothetical protein  35.9 
 
 		 204 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2292  putative transmembrane protein  34.97 
 
 		 207 aa  82.4  0.000000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.765986  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0773  cytochrome c, class I  42.22 
 
 		 326 aa  82  0.00000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4695  hypothetical protein  43.3 
 
 		 235 aa  80.1  0.00000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0489031  normal  0.712544 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0594  hypothetical protein  35.04 
 
 		 204 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1666  hypothetical protein  35.04 
 
 		 204 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1711  hypothetical protein  35.04 
 
 		 204 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1919  hypothetical protein  35.04 
 
 		 204 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.854236  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3450  cytochrome c, class I  38.2 
 
 		 326 aa  78.2  0.0000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.60831  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0048  electron transport protein SCO1/SenC  35.2 
 
 		 208 aa  77.4  0.0000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1482  electron transport protein SCO1/SenC  35.71 
 
 		 193 aa  77.4  0.0000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0508  hypothetical protein  36.36 
 
 		 186 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.588285  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1570  hypothetical protein  36.36 
 
 		 186 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.310526  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1756  hypothetical protein  36.36 
 
 		 197 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1595  hypothetical protein  36.36 
 
 		 197 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0258875  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0648  hypothetical protein  36.36 
 
 		 186 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0599933  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1366  hypothetical protein  36.36 
 
 		 186 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0134232  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0216  protein of unknown function DUF420  36 
 
 		 444 aa  72  0.00000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.614446  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5990  electron transport protein SCO1/SenC  41.18 
 
 		 240 aa  71.6  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0944  mulitcopper oxidase domain-containing protein  40 
 
 		 487 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1172  electron transport protein SCO1/SenC  30.32 
 
 		 283 aa  68.2  0.0000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2213  cytochrome c, mono- and diheme variant  31.54 
 
 		 435 aa  68.2  0.0000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01150  YpmQ  36.75 
 
 		 243 aa  67  0.0000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0514  electron transport protein SCO1/SenC  33.03 
 
 		 219 aa  66.6  0.0000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5677  electron transport protein SCO1/SenC  34.65 
 
 		 236 aa  66.6  0.0000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1966  multicopper oxidase domain-containing protein  27.27 
 
 		 535 aa  66.2  0.0000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.328521  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2061  multicopper oxidase domain-containing protein  27.03 
 
 		 535 aa  65.9  0.0000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.429703  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2969  electron transport protein SCO1/SenC  30.84 
 
 		 241 aa  63.9  0.000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000412315 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3429  electron transport protein SCO1/SenC  30.86 
 
 		 201 aa  63.9  0.000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.042976  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00930  Electron transport protein SCO1/SenC  32.48 
 
 		 211 aa  64.3  0.000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.330102  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3898  electron transport protein SCO1/SenC  33.05 
 
 		 207 aa  63.9  0.000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.88916  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3477  cytochrome c class I  30 
 
 		 425 aa  63.5  0.000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.333881  normal  0.501976 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0931  electron transport protein SCO1/SenC  34.91 
 
 		 248 aa  63.5  0.000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0477  mulitcopper oxidase domain-containing protein  26.7 
 
 		 487 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0189  hypothetical protein  32.06 
 
 		 211 aa  63.5  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2573  hypothetical protein  30.77 
 
 		 593 aa  63.2  0.000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.122591  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0548  mulitcopper oxidase domain-containing protein  26.7 
 
 		 487 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.181487  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2665  electron transport protein SCO1/SenC  28.85 
 
 		 204 aa  63.2  0.000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00000706149  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0798  mulitcopper oxidase domain-containing protein  26.7 
 
 		 535 aa  62.8  0.000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1613  multicopper oxidase domain-containing protein  26.7 
 
 		 535 aa  62.8  0.000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0659  mulitcopper oxidase domain-containing protein  26.7 
 
 		 535 aa  62.8  0.000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.870882  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0151  electron transport protein SCO1/SenC  29.87 
 
 		 210 aa  62  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1479  electron transport protein SCO1/SenC  27.72 
 
 		 196 aa  61.2  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0517  electron transport protein SCO1/SenC  33.61 
 
 		 228 aa  61.6  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.576409  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1801  electron transport protein SCO1/SenC  32.77 
 
 		 291 aa  61.2  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.53156 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1595  electron transport protein SCO1/SenC  26.58 
 
 		 211 aa  61.2  0.00000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000402998  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2688  electron transport protein SCO1/SenC  28.24 
 
 		 211 aa  62  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1634  cytochrome c, class I  27.55 
 
 		 444 aa  61.2  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01390  hypothetical protein  30.53 
 
 		 211 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1066  hypothetical protein  29.32 
 
 		 204 aa  61.2  0.00000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.172468  normal  0.032179 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5207  electron transport protein SCO1/SenC  30.48 
 
 		 220 aa  60.8  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.723595  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0202  cytochrome c class I  34.09 
 
 		 264 aa  60.8  0.00000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1683  electron transport protein SCO1/SenC  30 
 
 		 204 aa  60.8  0.00000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2200  hypothetical protein  38.96 
 
 		 223 aa  60.8  0.00000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.911586  normal  0.909176 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0408  hypothetical protein  27.18 
 
 		 149 aa  60.5  0.00000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0357243  normal  0.780002 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2297  hypothetical protein  30.85 
 
 		 302 aa  60.1  0.00000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0292911 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1389  electron transport protein SCO1/SenC  26.59 
 
 		 206 aa  60.1  0.00000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.324761  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2329  hypothetical protein  33.68 
 
 		 202 aa  60.1  0.00000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0976  major antigenic protein  28.9 
 
 		 205 aa  60.1  0.00000006  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1588  electron transport protein SCO1/SenC  42.86 
 
 		 188 aa  59.7  0.00000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000473469  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0454  electron transport protein SCO1/SenC  36.14 
 
 		 203 aa  59.3  0.00000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1572  electron transport protein SCO1/SenC  34.58 
 
 		 250 aa  58.5  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.304694  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2512  electron transport protein SCO1/SenC  27.98 
 
 		 217 aa  58.9  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0328  cytochrome c, class I  34.02 
 
 		 262 aa  58.9  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000605449  hitchhiker  0.0000000937241 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2077  electron transport protein SCO1/SenC  31.82 
 
 		 296 aa  58.5  0.0000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0831544  normal  0.489667 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0131  electron transport protein SCO1/SenC  29.61 
 
 		 210 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.801805  normal  0.912872 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2918  electron transport protein SCO1/SenC  31.73 
 
 		 213 aa  58.9  0.0000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00907715  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1274  cytochrome c class I  33.33 
 
 		 166 aa  57.8  0.0000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0888  electron transport protein SCO1/SenC  31.82 
 
 		 210 aa  58.2  0.0000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.147718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2865  electron transport protein SCO1/SenC  32.43 
 
 		 217 aa  57.8  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0177907 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3791  electron transport protein SCO1/SenC  29.8 
 
 		 217 aa  58.2  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1992  electron transport protein SCO1/SenC  23.98 
 
 		 220 aa  57.8  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5562  electron transport protein SCO1/SenC  30.4 
 
 		 210 aa  57.8  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.608638 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>