206 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3890 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3890  electron transport protein SCO1/SenC  100 
 
 		 228 aa  463  9.999999999999999e-131  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2450  electron transport protein SCO1/SenC  58.28 
 
 		 221 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0486605  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2459  SCO1/SenC family protein  56.97 
 
 		 221 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.471351  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3487  electron transport protein SCO1/SenC  56.97 
 
 		 221 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.108073  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2284  electron transport protein SCO1/SenC  56.97 
 
 		 221 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.882124 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1978  hypothetical protein  52.22 
 
 		 208 aa  176  2e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.572357 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2627  electron transport protein SCO1/SenC  41.41 
 
 		 425 aa  133  1.9999999999999998e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2002  electron transport protein SCO1/SenC  39.43 
 
 		 363 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1256  hypothetical protein  39.44 
 
 		 207 aa  125  5e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.313098  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2533  electron transport protein SCO1/SenC  38.99 
 
 		 327 aa  123  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3183  electron transport protein SCO1/SenC  38.99 
 
 		 327 aa  123  3e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.106344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2666  electron transport protein SCO1/SenC  38.36 
 
 		 327 aa  122  5e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.239586  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4298  electron transport protein SCO1/SenC  36.25 
 
 		 356 aa  109  5e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.576554  normal  0.116198 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3891  electron transport protein SCO1/SenC  35.75 
 
 		 222 aa  108  1e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0650  electron transport protein SCO1/SenC  35.67 
 
 		 340 aa  107  2e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0070  hypothetical protein  44.25 
 
 		 198 aa  99.4  4e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1977  electron transport protein SCO1/SenC  28.76 
 
 		 216 aa  98.6  7e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.918767 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2449  electron transport protein SCO1/SenC  29.03 
 
 		 218 aa  95.1  8e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.010405  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0048  electron transport protein SCO1/SenC  37.72 
 
 		 208 aa  90.9  1e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2458  electron transport protein SCO1/SenC  26.73 
 
 		 218 aa  89.4  4e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.657864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2283  electron transport protein SCO1/SenC  27.55 
 
 		 218 aa  88.6  7e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.897597  normal  0.85963 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3488  electron transport protein SCO1/SenC  27.04 
 
 		 218 aa  87.8  1e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1255  hypothetical protein  36.84 
 
 		 194 aa  84  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.847765  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1398  SCO1/SenC family protein  26.14 
 
 		 193 aa  81.6  0.000000000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2969  electron transport protein SCO1/SenC  36.42 
 
 		 241 aa  76.3  0.0000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000412315 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4695  hypothetical protein  32.09 
 
 		 235 aa  75.1  0.0000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0489031  normal  0.712544 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1172  electron transport protein SCO1/SenC  33.62 
 
 		 283 aa  73.9  0.000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2865  electron transport protein SCO1/SenC  33.62 
 
 		 217 aa  71.6  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0177907 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1482  electron transport protein SCO1/SenC  29.75 
 
 		 193 aa  71.6  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0318  SCO1/SenC family protein/methylamine utilization protein MauG, putative  32.53 
 
 		 626 aa  70.1  0.00000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2292  putative transmembrane protein  28.89 
 
 		 207 aa  69.3  0.00000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.765986  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5990  electron transport protein SCO1/SenC  30.43 
 
 		 240 aa  68.9  0.00000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0216  protein of unknown function DUF420  32.69 
 
 		 444 aa  68.6  0.00000000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.614446  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0663  electron transport protein SCO1/SenC  37.37 
 
 		 197 aa  68.6  0.00000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000146035  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2077  electron transport protein SCO1/SenC  33.33 
 
 		 296 aa  67.4  0.0000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0831544  normal  0.489667 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1588  electron transport protein SCO1/SenC  26.78 
 
 		 188 aa  66.2  0.0000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000473469  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1663  electron transport protein SCO1/SenC  36.36 
 
 		 228 aa  66.2  0.0000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1225  electron transport protein SCO1/SenC  32.26 
 
 		 245 aa  65.5  0.0000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1125  electron transport protein SCO1/SenC  32.29 
 
 		 247 aa  65.1  0.0000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.195458  normal  0.850064 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0931  electron transport protein SCO1/SenC  34.62 
 
 		 248 aa  64.7  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0189  hypothetical protein  38.89 
 
 		 211 aa  63.2  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2416  electron transport protein SCO1/SenC  28.46 
 
 		 199 aa  63.2  0.000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.516349  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1521  electron transport protein SCO1/SenC  32.74 
 
 		 202 aa  62.8  0.000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5677  electron transport protein SCO1/SenC  31.3 
 
 		 236 aa  62.4  0.000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1801  electron transport protein SCO1/SenC  30.39 
 
 		 291 aa  62  0.000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.53156 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2031  cytochrome c oxidase Cu(A) center assembly protein  29.19 
 
 		 195 aa  62  0.000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0152904  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4381  electron transport protein SCO1/SenC  33.06 
 
 		 209 aa  62  0.000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.558879  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2274  SCO1/SenC family lipoprotein  28.57 
 
 		 195 aa  61.6  0.00000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.19701e-47 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2093  lipoprotein  28.57 
 
 		 195 aa  61.6  0.00000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0265968  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2033  cytochrome c oxidase Cu(A) center assembly protein  28.57 
 
 		 195 aa  61.6  0.00000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000016443  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2231  SCO1/SenC family lipoprotein  29.1 
 
 		 195 aa  61.2  0.00000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00820303  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2249  lipoprotein  28.57 
 
 		 195 aa  61.6  0.00000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00171522  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2583  electron transport protein SCO1/SenC  25.54 
 
 		 190 aa  61.2  0.00000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3093  SCO1/SenC family lipoprotein  29.1 
 
 		 195 aa  61.2  0.00000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000903349  decreased coverage  9.893850000000001e-24 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01390  hypothetical protein  39.42 
 
 		 211 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2278  lipoprotein  29.1 
 
 		 195 aa  60.8  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000821147  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1479  electron transport protein SCO1/SenC  33.73 
 
 		 196 aa  60.5  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3791  electron transport protein SCO1/SenC  34.34 
 
 		 217 aa  59.7  0.00000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2359  SCO1/SenC family lipoprotein  29.1 
 
 		 195 aa  60.1  0.00000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000369081  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2072  electron transport protein SCO1/SenC  27.33 
 
 		 195 aa  59.3  0.00000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0311949  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2379  electron transport protein SCO1/SenC  37.11 
 
 		 204 aa  58.2  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.778887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1650  electron transport protein SCO1/SenC  28.7 
 
 		 194 aa  58.2  0.0000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000270735  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0517  electron transport protein SCO1/SenC  23.65 
 
 		 228 aa  57  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.576409  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2688  electron transport protein SCO1/SenC  32.97 
 
 		 211 aa  56.6  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2737  electron transport protein SCO1/SenC  35.16 
 
 		 193 aa  56.6  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.032026  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1843  electron transport protein SCO1/SenC  25.35 
 
 		 205 aa  56.2  0.0000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.607401 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1572  electron transport protein SCO1/SenC  35.24 
 
 		 250 aa  56.2  0.0000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.304694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2665  electron transport protein SCO1/SenC  26.8 
 
 		 204 aa  55.8  0.0000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00000706149  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0582  electron transport protein SCO1/SenC  34.86 
 
 		 206 aa  55.8  0.0000005  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0976  major antigenic protein  26.01 
 
 		 205 aa  53.5  0.000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1389  electron transport protein SCO1/SenC  31.43 
 
 		 206 aa  53.5  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.324761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1595  electron transport protein SCO1/SenC  30.84 
 
 		 211 aa  54.3  0.000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000402998  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2149  electron transport protein SCO1/SenC  31.78 
 
 		 275 aa  53.9  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.430899  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1683  electron transport protein SCO1/SenC  34.88 
 
 		 204 aa  53.5  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1986  electron transport protein SCO1/SenC  27.43 
 
 		 271 aa  53.5  0.000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01150  YpmQ  26.53 
 
 		 243 aa  53.1  0.000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3059  electron transport protein SCO1/SenC  31.71 
 
 		 292 aa  52.8  0.000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3279  electron transport protein SCO1/SenC  29.91 
 
 		 211 aa  52.8  0.000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.508145  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0126  electron transport protein SCO1/SenC  38.27 
 
 		 210 aa  52.8  0.000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.12558  normal  0.034967 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1631  electron transport protein SCO1/SenC  27.81 
 
 		 231 aa  52.8  0.000005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.706458  normal  0.255836 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4017  electron transport protein SCO1/SenC  30.37 
 
 		 194 aa  52.8  0.000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4130  electron transport protein SCO1/SenC  30.37 
 
 		 194 aa  52.8  0.000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3224  electron transport protein SCO1/SenC  30.53 
 
 		 226 aa  52.4  0.000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.533734  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1066  hypothetical protein  28.64 
 
 		 204 aa  52.4  0.000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.172468  normal  0.032179 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3768  electron transport protein SCO1/SenC  35.71 
 
 		 197 aa  52  0.000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.197212  normal  0.330218 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1948  electron transport protein SCO1/SenC  34.4 
 
 		 248 aa  52  0.000008  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3548  electron transport protein SCO1/SenC  30.53 
 
 		 200 aa  51.6  0.000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.230336  normal  0.675478 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5207  electron transport protein SCO1/SenC  27.88 
 
 		 220 aa  51.6  0.00001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.723595  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2200  hypothetical protein  31.17 
 
 		 223 aa  51.6  0.00001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.911586  normal  0.909176 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2512  electron transport protein SCO1/SenC  27.36 
 
 		 217 aa  51.6  0.00001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0071  electron transport protein SCO1/SenC  30.43 
 
 		 218 aa  51.2  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.420398  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3526  electron transport protein SCO1/SenC  29.37 
 
 		 203 aa  51.2  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.23458  normal  1 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04842  copper-binding protein of the mitochondrial inner membrane (Eurofung)  29.41 
 
 		 287 aa  50.8  0.00002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0514  electron transport protein SCO1/SenC  25.9 
 
 		 219 aa  50.8  0.00002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2849  electron transport protein SCO1/SenC  29.37 
 
 		 187 aa  50.8  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2853  electron transport protein SCO1/SenC  32.45 
 
 		 204 aa  50.4  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.500235  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3710  electron transport protein SCO1/SenC  33.33 
 
 		 235 aa  50.8  0.00002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.549632  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2979  electron transport protein SCO1/SenC  35.61 
 
 		 215 aa  50.4  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.565267  normal  0.0354023 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2862  electron transport protein SCO1/SenC  31.58 
 
 		 197 aa  50.4  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.810748  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0415  hypothetical protein  26.92 
 
 		 299 aa  50.1  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>