76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3450 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_3450  cytochrome c, class I  100 
 
 		 326 aa  659    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.60831  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0773  cytochrome c, class I  83.23 
 
 		 326 aa  505  9.999999999999999e-143  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1019  hypothetical protein  43.11 
 
 		 296 aa  169  7e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.166316 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0328  cytochrome c, class I  39.26 
 
 		 262 aa  142  8e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000605449  hitchhiker  0.0000000937241 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0202  cytochrome c class I  45.32 
 
 		 264 aa  139  4.999999999999999e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0251  cytochrome c class I  37.04 
 
 		 274 aa  89  1e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4298  electron transport protein SCO1/SenC  36.89 
 
 		 356 aa  84.3  0.000000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.576554  normal  0.116198 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2533  electron transport protein SCO1/SenC  38.46 
 
 		 327 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2002  electron transport protein SCO1/SenC  33.08 
 
 		 363 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3183  electron transport protein SCO1/SenC  38.46 
 
 		 327 aa  82.8  0.000000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.106344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0650  electron transport protein SCO1/SenC  38.14 
 
 		 340 aa  82.4  0.00000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2666  electron transport protein SCO1/SenC  37.36 
 
 		 327 aa  79.3  0.00000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.239586  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2213  cytochrome c, mono- and diheme variant  37.5 
 
 		 435 aa  71.6  0.00000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0944  mulitcopper oxidase domain-containing protein  38.2 
 
 		 487 aa  67  0.0000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2061  multicopper oxidase domain-containing protein  36.73 
 
 		 535 aa  66.2  0.0000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.429703  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1966  multicopper oxidase domain-containing protein  36.73 
 
 		 535 aa  66.2  0.0000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.328521  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2169  hypothetical protein  40.86 
 
 		 269 aa  64.3  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3594  hypothetical protein  34.65 
 
 		 172 aa  63.9  0.000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00516633 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1780  hypothetical protein  41.11 
 
 		 238 aa  63.9  0.000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.882538  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1709  hypothetical protein  41.11 
 
 		 234 aa  63.2  0.000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  decreased coverage  0.0053762  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0477  mulitcopper oxidase domain-containing protein  35.71 
 
 		 487 aa  62.8  0.000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0659  mulitcopper oxidase domain-containing protein  35.71 
 
 		 535 aa  62  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.870882  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1613  multicopper oxidase domain-containing protein  35.71 
 
 		 535 aa  62  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0798  mulitcopper oxidase domain-containing protein  35.71 
 
 		 535 aa  62  0.00000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0529  cytochrome c class I  36.08 
 
 		 400 aa  61.2  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0548  mulitcopper oxidase domain-containing protein  35.71 
 
 		 487 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.181487  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2651  cytochrome c, class I  34.07 
 
 		 158 aa  61.2  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.583086  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0692  cytochrome c class I  36.08 
 
 		 153 aa  60.5  0.00000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.189823  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5664  cytochrome c class I  38.46 
 
 		 443 aa  58.9  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.239336  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2011  hypothetical protein  34.38 
 
 		 152 aa  57.4  0.0000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1634  cytochrome c, class I  34.83 
 
 		 444 aa  57.4  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0408  hypothetical protein  31.82 
 
 		 149 aa  57  0.0000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0357243  normal  0.780002 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3477  cytochrome c class I  28.57 
 
 		 425 aa  56.2  0.0000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.333881  normal  0.501976 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0243  hypothetical protein  26.64 
 
 		 409 aa  55.1  0.000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01315  Cytochrome c3  36.96 
 
 		 427 aa  53.9  0.000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1374  cytochrome c class I  26.09 
 
 		 270 aa  52.8  0.000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.317055  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2297  hypothetical protein  27.88 
 
 		 302 aa  52.4  0.00001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0292911 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0822  nitric oxide reductase, cytochrome c-containing subunit  24.55 
 
 		 277 aa  51.6  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.198002  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1274  cytochrome c class I  31.91 
 
 		 166 aa  51.2  0.00003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1555  hypothetical protein  27.14 
 
 		 428 aa  50.1  0.00006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2403  hypothetical protein  26.02 
 
 		 428 aa  49.3  0.00009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.102339  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1460  hypothetical protein  27.14 
 
 		 428 aa  48.9  0.0001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3334  cytochrome c family protein, putative  34.65 
 
 		 104 aa  48.1  0.0002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.115462  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12222  ubiquinol-cytochrome C reductase qcrC (cytochrome C subunit)  28.04 
 
 		 280 aa  47.8  0.0003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1298  nitrous-oxide reductase  30 
 
 		 865 aa  47.4  0.0003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.0000502464  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0446  cytochrome c class I  36.26 
 
 		 169 aa  46.6  0.0005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000163065  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3251  cytochrome c class I  27.39 
 
 		 277 aa  46.6  0.0006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0775555 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5485  cytochrome c class I  28.7 
 
 		 561 aa  46.6  0.0006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.233629 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1469  putative nitric-oxide reductase subunit C  28.09 
 
 		 144 aa  45.8  0.0009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0490072 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1256  cytochrome c, class I  24.6 
 
 		 272 aa  45.8  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1538  cytochrome c oxidase, subunit II  25.97 
 
 		 399 aa  45.8  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1676  cytochrome c oxidase, subunit II  30.83 
 
 		 337 aa  44.7  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2275  cytochrome c oxidase, subunit II  30.97 
 
 		 337 aa  45.1  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.869151  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1600  cytochrome c oxidase, subunit II  30.83 
 
 		 337 aa  45.1  0.002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.884566  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0200  cytochrome c class I  21.94 
 
 		 743 aa  44.7  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3430  hydroxylamine reductase  28.51 
 
 		 690 aa  44.7  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.133713  decreased coverage  0.000818462 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2597  cytochrome c class I  26.23 
 
 		 141 aa  44.3  0.003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.570262  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3036  cytochrome c family protein  29.02 
 
 		 265 aa  44.3  0.003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3056  cytochrome c class I  26.53 
 
 		 295 aa  44.3  0.003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.294486  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4872  cytochrome c oxidase subunit II  30.7 
 
 		 382 aa  43.9  0.004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.780427  normal  0.052805 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3795  cytochrome c oxidase subunit II  30.7 
 
 		 382 aa  43.9  0.004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0174  cytochrome c2  45.28 
 
 		 131 aa  43.9  0.004  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.000396379  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1972  heme-binding protein  40 
 
 		 1110 aa  43.9  0.004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0153  cytochrome c heme-binding site:cytochrome c, class IA/ IB:cytochrome c, class I  45.28 
 
 		 131 aa  43.9  0.004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000226956  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1249  cytochrome c class I  23.46 
 
 		 238 aa  43.5  0.005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3436  cytochrome c, class I  24.75 
 
 		 290 aa  43.5  0.005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.441606  normal  0.713637 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4292  cytochrome c class I  29.76 
 
 		 207 aa  42.7  0.007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000136847  unclonable  0.00000000000512206 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0562  nitric-oxide reductase subunit C  25.22 
 
 		 141 aa  42.7  0.007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00000000244582  normal  0.667506 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1564  cytochrome C oxidase polypeptide II  33.33 
 
 		 384 aa  43.1  0.007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7362  cytochrome c oxidase, subunit II  30.28 
 
 		 394 aa  43.1  0.007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.674364 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2768  cytochrome c class I  25.26 
 
 		 290 aa  43.1  0.007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.712603  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0051  cytochrome c class I  29.76 
 
 		 207 aa  42.7  0.007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00284279  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4487  cytochrome c class I  29.76 
 
 		 207 aa  42.7  0.007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000352733  normal  0.0165724 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2759  cytochrome c class I  23.3 
 
 		 253 aa  43.1  0.007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4347  cytochrome c class I  29.76 
 
 		 207 aa  42.7  0.007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000402028  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3341  cytochrome c class I  23.81 
 
 		 295 aa  42.7  0.009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>