More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSp1564 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RSp1564  cytochrome C oxidase polypeptide II  100 
 
 		 384 aa  785    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4872  cytochrome c oxidase subunit II  85.16 
 
 		 382 aa  689    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.780427  normal  0.052805 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3795  cytochrome c oxidase subunit II  85.16 
 
 		 382 aa  689    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6209  cytochrome c oxidase, subunit II  83.55 
 
 		 382 aa  646    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7362  cytochrome c oxidase, subunit II  84.64 
 
 		 394 aa  652    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.674364 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5936  cytochrome c oxidase subunit II  83.81 
 
 		 382 aa  649    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3955  cytochrome c oxidase subunit II  62.89 
 
 		 391 aa  504  1e-141  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.113374 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5130  cytochrome c oxidase subunit II  64.89 
 
 		 384 aa  499  1e-140  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3632  cytochrome c oxidase, subunit II:cytochrome c, class I  62.89 
 
 		 444 aa  495  1e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0726  cytochrome c oxidase, subunit II  61.07 
 
 		 388 aa  483  1e-135  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.631169  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0254  cytochrome c oxidase subunit II  65.65 
 
 		 269 aa  360  2e-98  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00721127 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2474  cytochrome c oxidase, subunit II  56.92 
 
 		 273 aa  330  2e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.850241  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2358  cytochrome c oxidase subunit II  57.36 
 
 		 280 aa  322  5e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.382023  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2425  cytochrome c oxidase subunit II  58.73 
 
 		 314 aa  314  9.999999999999999e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.408327 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3898  cytochrome c oxidase subunit II  55.77 
 
 		 285 aa  313  4.999999999999999e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2594  cytochrome c oxidase subunit II  57.09 
 
 		 272 aa  303  3.0000000000000004e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0132206  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2268  cytochrome c oxidase subunit II  56.68 
 
 		 272 aa  299  6e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.130236  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2345  cytochrome c oxidase subunit II  43.85 
 
 		 271 aa  245  8e-64  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.215159  normal  0.967701 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0414  cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  32.75 
 
 		 311 aa  204  3e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0848  cytochrome c oxidase subunit II  34.38 
 
 		 351 aa  194  2e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0803  cytochrome c oxidase, subunit II  32.68 
 
 		 350 aa  185  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.192306  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1522  cytochrome c oxidase, subunit II  33.52 
 
 		 330 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1588  cytochrome c oxidase, subunit II  31.67 
 
 		 342 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0851  cytochrome c oxidase, subunit II  32.4 
 
 		 350 aa  183  4.0000000000000006e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0855  cytochrome c oxidase, subunit II  32.4 
 
 		 350 aa  183  4.0000000000000006e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1600  cytochrome c oxidase, subunit II  33.42 
 
 		 337 aa  179  8e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.884566  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1676  cytochrome c oxidase, subunit II  33.42 
 
 		 337 aa  178  2e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0229  cytochrome c oxidase, subunit II  32.46 
 
 		 316 aa  178  2e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0502681  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2275  cytochrome c oxidase, subunit II  33.33 
 
 		 337 aa  176  6e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.869151  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2996  cytochrome c oxidase, subunit II  30.17 
 
 		 329 aa  175  9.999999999999999e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.941612  hitchhiker  0.00487692 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0222  cytochrome c oxidase, subunit II  32.93 
 
 		 288 aa  171  3e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5948  cytochrome c oxidase, subunit II  29.19 
 
 		 318 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0045  cytochrome c oxidase, subunit II  32.17 
 
 		 300 aa  165  2.0000000000000002e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00101143 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2419  cytochrome c oxidase, subunit II  28.46 
 
 		 358 aa  163  4.0000000000000004e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0372558  normal  0.514395 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3989  cytochrome c oxidase, subunit II  30.82 
 
 		 330 aa  162  7e-39  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2706  cytochrome c oxidase, subunit II  33.9 
 
 		 389 aa  162  8.000000000000001e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.363999 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1348  cytochrome c, monohaem  29.31 
 
 		 426 aa  161  2e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.195405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4435  cytochrome c oxidase, subunit II:cytochrome c, class I:cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  31.36 
 
 		 316 aa  161  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0428074  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4180  cytochrome c oxidase, subunit II  29.38 
 
 		 314 aa  160  3e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.548982  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1826  cytochrome c oxidase, subunit II, putative  33.23 
 
 		 408 aa  159  6e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.086817  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5670  cytochrome c oxidase subunit II  33.98 
 
 		 373 aa  159  9e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0252  cytochrome c oxidase, subunit II  29.82 
 
 		 302 aa  159  9e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.433496  normal  0.0258846 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0828  cytochrome c oxidase, subunit II  30.49 
 
 		 321 aa  157  4e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.304556 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6886  cytochrome c oxidase, subunit II  30.46 
 
 		 313 aa  155  9e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0533  cytochrome c oxidase, subunit II  30.99 
 
 		 405 aa  155  1e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.251737 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5817  cytochrome c oxidase, subunit II  33.58 
 
 		 310 aa  153  4e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.156146  hitchhiker  0.00847969 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0166  cytochrome c oxidase, subunit II  33.33 
 
 		 362 aa  153  5e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.129501  normal  0.0168942 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1038  cytochrome c oxidase, subunit II  29.12 
 
 		 329 aa  152  1e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0922258 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0222  cytochrome c oxidase, subunit II  29.39 
 
 		 362 aa  151  2e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0145699  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3471  cytochrome c oxidase subunit II  32.48 
 
 		 370 aa  150  4e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0997711  normal  0.165063 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0024  cytochrome c oxidase, subunit II  32.32 
 
 		 362 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.901821 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01285  Cytochrome c oxidase, subunit II:Cytochrome c, class I  30.49 
 
 		 359 aa  146  5e-34  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0294  cytochrome c oxidase subunit II  30.11 
 
 		 408 aa  145  1e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00251297  hitchhiker  0.000594912 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6229  cytochrome c oxidase, subunit II  31.09 
 
 		 359 aa  145  1e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.24435  normal  0.0456922 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1538  cytochrome c oxidase, subunit II  28.93 
 
 		 399 aa  145  1e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0523  cytochrome c oxidase subunit II  33.62 
 
 		 353 aa  145  1e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00550922  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0046  cytochrome c oxidase, subunit II  29.55 
 
 		 301 aa  143  5e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2207  heme/copper-type cytochrome/quinol oxidase, subunit 2  31.58 
 
 		 347 aa  143  5e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.0000000350149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2529  caa3-type cytochrome c oxidase, subunit II  29.68 
 
 		 318 aa  142  8e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.176117  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1903  cytochrome c oxidase, subunit II  33.02 
 
 		 344 aa  132  1.0000000000000001e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3558  cytochrome c oxidase subunit II  29.25 
 
 		 370 aa  130  4.0000000000000003e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.22857 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2263  cytochrome c oxidase, subunit II  28.66 
 
 		 367 aa  127  3e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0175262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1640  cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  29.14 
 
 		 396 aa  127  3e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.0000507027  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0437  cytochrome c oxidase, subunit II  32.32 
 
 		 267 aa  124  4e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0468935 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4792  cytochrome c oxidase, subunit II  29.1 
 
 		 354 aa  122  8e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0280165  normal  0.517537 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3540  cytochrome c oxidase, subunit II  27.58 
 
 		 311 aa  113  6e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1471  cytochrome c oxidase, subunit II:cytochrome c, class I:cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  24.55 
 
 		 401 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2847  cytochrome c oxidase, subunit II  26.15 
 
 		 532 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2858  cytochrome c oxidase, subunit II  26.15 
 
 		 532 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.760436 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2233  cytochrome c oxidase, subunit II  26.15 
 
 		 532 aa  110  5e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.247804  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0879  cytochrome c oxidase, subunit II  26.84 
 
 		 373 aa  109  9.000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6176  cytochrome c oxidase, subunit II  25.87 
 
 		 531 aa  108  1e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.678657 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5826  cytochrome c oxidase, subunit II  29.12 
 
 		 330 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0456  cytochrome c oxidase, subunit II  25.17 
 
 		 532 aa  106  9e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2958  cytochrome c oxidase subunit II  27.69 
 
 		 269 aa  105  1e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2991  cytochrome c oxidase, subunit II  27.98 
 
 		 338 aa  103  4e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.336386  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3379  cytochrome c oxidase, subunit II  29.9 
 
 		 318 aa  103  7e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2764  cytochrome c oxidase, subunit II  25.53 
 
 		 535 aa  102  8e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.802533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1767  cytochrome c oxidase, subunit II  27.57 
 
 		 352 aa  102  9e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.204958  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2902  cytochrome c oxidase, subunit II  25.53 
 
 		 535 aa  102  9e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0515  cytochrome c class I  43.88 
 
 		 176 aa  102  1e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3197  cytochrome c oxidase, subunit II  25.87 
 
 		 525 aa  102  1e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0528  cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  35.62 
 
 		 355 aa  102  1e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0672  cytochrome c oxidase, subunit II  25.87 
 
 		 525 aa  102  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.275557  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04431  putative cytochrome c oxidase, subunit 2  31.56 
 
 		 291 aa  102  1e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1422  cytochrome c oxidase, subunit II  25.87 
 
 		 517 aa  102  1e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2849  cytochrome c oxidase, subunit II  25.87 
 
 		 517 aa  102  1e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0507  cytochrome c oxidase, subunit II  25.87 
 
 		 525 aa  102  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0489  cytochrome c oxidase, subunit II  26.22 
 
 		 525 aa  102  1e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0170  cytochrome c oxidase, subunit II  25.87 
 
 		 517 aa  102  1e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.32275  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0697  cytochrome c oxidase, subunit II  31.06 
 
 		 322 aa  100  3e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0608  cytochrome c oxidase subunit II  30.4 
 
 		 276 aa  100  3e-20  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2862  cytochrome c oxidase subunit II  30.9 
 
 		 272 aa  100  4e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0315403 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1244  cytochrome c oxidase, subunit II  29.88 
 
 		 211 aa  100  4e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2602  cytochrome c oxidase subunit II  29.51 
 
 		 315 aa  100  5e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.405519 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0426  cytochrome c oxidase, subunit II  25.52 
 
 		 525 aa  100  5e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3999  cytochrome c oxidase subunit II  27.6 
 
 		 524 aa  100  5e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5244  cytochrome c oxidase, subunit II  24.26 
 
 		 326 aa  100  5e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0788277  normal  0.868201 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1777  putative cytochrome c oxidase, subunit 2  31.62 
 
 		 270 aa  99.4  1e-19  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1380  cytochrome c oxidase, subunit II  26.9 
 
 		 389 aa  99  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.459391  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>