More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3955 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_3955  cytochrome c oxidase subunit II  100 
 
 
391 aa  800    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.113374 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3632  cytochrome c oxidase, subunit II:cytochrome c, class I  75.38 
 
 
444 aa  573  1.0000000000000001e-162  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3795  cytochrome c oxidase subunit II  63.8 
 
 
382 aa  517  1.0000000000000001e-145  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4872  cytochrome c oxidase subunit II  63.8 
 
 
382 aa  517  1.0000000000000001e-145  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.780427  normal  0.052805 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0726  cytochrome c oxidase, subunit II  61.84 
 
 
388 aa  506  9.999999999999999e-143  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.631169  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5130  cytochrome c oxidase subunit II  62.2 
 
 
384 aa  500  1e-140  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5936  cytochrome c oxidase subunit II  62.11 
 
 
382 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6209  cytochrome c oxidase, subunit II  62.11 
 
 
382 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7362  cytochrome c oxidase, subunit II  61.01 
 
 
394 aa  486  1e-136  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.674364 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1564  cytochrome C oxidase polypeptide II  62.91 
 
 
384 aa  481  1e-135  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0254  cytochrome c oxidase subunit II  64.89 
 
 
269 aa  365  1e-100  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00721127 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2474  cytochrome c oxidase, subunit II  57.92 
 
 
273 aa  331  1e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.850241  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2358  cytochrome c oxidase subunit II  56.42 
 
 
280 aa  325  9e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.382023  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3898  cytochrome c oxidase subunit II  54.18 
 
 
285 aa  321  9.999999999999999e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2425  cytochrome c oxidase subunit II  54.58 
 
 
314 aa  315  9.999999999999999e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.408327 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2594  cytochrome c oxidase subunit II  56.82 
 
 
272 aa  311  1e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0132206  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2268  cytochrome c oxidase subunit II  55.72 
 
 
272 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.130236  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2345  cytochrome c oxidase subunit II  46.39 
 
 
271 aa  262  6.999999999999999e-69  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.215159  normal  0.967701 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1588  cytochrome c oxidase, subunit II  31.78 
 
 
342 aa  186  5e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0848  cytochrome c oxidase subunit II  30.41 
 
 
351 aa  186  7e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0414  cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  30.2 
 
 
311 aa  181  2e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0851  cytochrome c oxidase, subunit II  31.02 
 
 
350 aa  177  4e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0803  cytochrome c oxidase, subunit II  30.75 
 
 
350 aa  177  4e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.192306  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0855  cytochrome c oxidase, subunit II  31.02 
 
 
350 aa  177  4e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0523  cytochrome c oxidase subunit II  37.02 
 
 
353 aa  171  3e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00550922  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3471  cytochrome c oxidase subunit II  32.82 
 
 
370 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0997711  normal  0.165063 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0252  cytochrome c oxidase, subunit II  30.36 
 
 
302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.433496  normal  0.0258846 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5948  cytochrome c oxidase, subunit II  28.31 
 
 
318 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1522  cytochrome c oxidase, subunit II  30.81 
 
 
330 aa  164  4.0000000000000004e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3989  cytochrome c oxidase, subunit II  29.19 
 
 
330 aa  162  1e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1600  cytochrome c oxidase, subunit II  29.56 
 
 
337 aa  162  1e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.884566  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0222  cytochrome c oxidase, subunit II  30.5 
 
 
288 aa  161  2e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01285  Cytochrome c oxidase, subunit II:Cytochrome c, class I  30.87 
 
 
359 aa  160  3e-38  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0533  cytochrome c oxidase, subunit II  30.24 
 
 
405 aa  160  3e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.251737 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2275  cytochrome c oxidase, subunit II  29.56 
 
 
337 aa  160  4e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.869151  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0229  cytochrome c oxidase, subunit II  29.79 
 
 
316 aa  160  4e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0502681  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1676  cytochrome c oxidase, subunit II  29.56 
 
 
337 aa  160  4e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0294  cytochrome c oxidase subunit II  30.15 
 
 
408 aa  159  7e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00251297  hitchhiker  0.000594912 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5670  cytochrome c oxidase subunit II  32.35 
 
 
373 aa  158  2e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2996  cytochrome c oxidase, subunit II  26.93 
 
 
329 aa  157  2e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.941612  hitchhiker  0.00487692 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6229  cytochrome c oxidase, subunit II  31.4 
 
 
359 aa  157  3e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.24435  normal  0.0456922 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2207  heme/copper-type cytochrome/quinol oxidase, subunit 2  30.56 
 
 
347 aa  155  9e-37  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.0000000350149  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1826  cytochrome c oxidase, subunit II, putative  28.23 
 
 
408 aa  155  1e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.086817  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4180  cytochrome c oxidase, subunit II  28.25 
 
 
314 aa  155  1e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.548982  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1348  cytochrome c, monohaem  28.92 
 
 
426 aa  155  2e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.195405  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6886  cytochrome c oxidase, subunit II  32.97 
 
 
313 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2706  cytochrome c oxidase, subunit II  33.95 
 
 
389 aa  153  5.9999999999999996e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.363999 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0222  cytochrome c oxidase, subunit II  29.07 
 
 
362 aa  149  6e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0145699  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5817  cytochrome c oxidase, subunit II  28.96 
 
 
310 aa  149  9e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.156146  hitchhiker  0.00847969 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0166  cytochrome c oxidase, subunit II  32.22 
 
 
362 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.129501  normal  0.0168942 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2419  cytochrome c oxidase, subunit II  25.74 
 
 
358 aa  147  2.0000000000000003e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0372558  normal  0.514395 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0024  cytochrome c oxidase, subunit II  32.34 
 
 
362 aa  147  3e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.901821 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0828  cytochrome c oxidase, subunit II  29.7 
 
 
321 aa  147  4.0000000000000006e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.304556 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4435  cytochrome c oxidase, subunit II:cytochrome c, class I:cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  27.01 
 
 
316 aa  142  9e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0428074  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0437  cytochrome c oxidase, subunit II  32.23 
 
 
267 aa  141  1.9999999999999998e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0468935 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0045  cytochrome c oxidase, subunit II  27.89 
 
 
300 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00101143 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1538  cytochrome c oxidase, subunit II  27.67 
 
 
399 aa  140  3e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1640  cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  29.39 
 
 
396 aa  140  4.999999999999999e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.0000507027  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2529  caa3-type cytochrome c oxidase, subunit II  29.7 
 
 
318 aa  139  7.999999999999999e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.176117  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0046  cytochrome c oxidase, subunit II  27.46 
 
 
301 aa  134  3e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1038  cytochrome c oxidase, subunit II  27.3 
 
 
329 aa  133  6e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0922258 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2263  cytochrome c oxidase, subunit II  27.11 
 
 
367 aa  132  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0175262  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3558  cytochrome c oxidase subunit II  26.58 
 
 
370 aa  130  3e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.22857 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1903  cytochrome c oxidase, subunit II  29.48 
 
 
344 aa  129  8.000000000000001e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4792  cytochrome c oxidase, subunit II  28.3 
 
 
354 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0280165  normal  0.517537 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2958  cytochrome c oxidase subunit II  26.47 
 
 
269 aa  107  3e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0325  cytochrome c oxidase subunit II  26.29 
 
 
382 aa  106  9e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0125401 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0167  putative cytochrome c oxidase subunit II  29.3 
 
 
371 aa  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.26265  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2717  cytochrome c oxidase, subunit II  25.32 
 
 
523 aa  105  2e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.977219  normal  0.293993 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3892  cytochrome c oxidase subunit II  29.5 
 
 
345 aa  104  2e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.740774  normal  0.178097 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1674  cytochrome c oxidase, subunit II  25.53 
 
 
380 aa  103  3e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001445  cytochrome c oxidase polypeptide II  25.44 
 
 
356 aa  103  4e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.633895  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0079  putative cytochrome c oxidase subunit II  28.62 
 
 
342 aa  103  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.917681  hitchhiker  0.00234837 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2072  cytochrome c oxidase, subunit II  27.06 
 
 
425 aa  103  5e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.54281 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1380  cytochrome c oxidase, subunit II  25.51 
 
 
389 aa  103  5e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.459391  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2858  cytochrome c oxidase, subunit II  27.48 
 
 
532 aa  103  6e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.760436 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2847  cytochrome c oxidase, subunit II  27.48 
 
 
532 aa  103  6e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04431  putative cytochrome c oxidase, subunit 2  32.64 
 
 
291 aa  103  7e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1471  cytochrome c oxidase, subunit II:cytochrome c, class I:cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  27.74 
 
 
401 aa  102  8e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2233  cytochrome c oxidase, subunit II  27.48 
 
 
532 aa  102  8e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.247804  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1777  putative cytochrome c oxidase, subunit 2  32.76 
 
 
270 aa  102  1e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2602  cytochrome c oxidase subunit II  31.08 
 
 
315 aa  102  1e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.405519 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06272  cytochrome c oxidase, subunit II  24.36 
 
 
405 aa  102  1e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3379  cytochrome c oxidase, subunit II  26.91 
 
 
318 aa  101  2e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0628  cytochrome c oxidase, subunit II  27.45 
 
 
351 aa  102  2e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.197881 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6176  cytochrome c oxidase, subunit II  27.15 
 
 
531 aa  101  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.678657 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1767  cytochrome c oxidase, subunit II  27.49 
 
 
352 aa  100  4e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.204958  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05001  putative cytochrome c oxidase, subunit 2  32.76 
 
 
270 aa  100  5e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.715952  normal  0.110072 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1244  cytochrome c oxidase, subunit II  30.72 
 
 
211 aa  100  5e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0669  cytochrome c oxidase subunit II  26.89 
 
 
279 aa  100  5e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.12333  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0456  cytochrome c oxidase, subunit II  25.67 
 
 
532 aa  99.8  8e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5826  cytochrome c oxidase, subunit II  26.49 
 
 
330 aa  99.4  9e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3540  cytochrome c oxidase, subunit II  26.16 
 
 
311 aa  99.4  1e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1680  cytochrome c oxidase, subunit II  23.56 
 
 
402 aa  99.4  1e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.450721  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2183  putative cytochrome c oxidase polypeptide II precursor  27.03 
 
 
338 aa  99  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0732382 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5491  cytochrome c oxidase, subunit II  24.92 
 
 
355 aa  98.2  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.31459  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3907  cytochrome c oxidase, subunit II  26.76 
 
 
390 aa  98.2  2e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2489  cytochrome c oxidase, subunit II  27.27 
 
 
243 aa  97.8  3e-19  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.500427  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4392  cytochrome c oxidase, subunit II  24.73 
 
 
392 aa  97.4  4e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3999  cytochrome c oxidase subunit II  25.48 
 
 
524 aa  97.4  4e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>