More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2425 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2425  cytochrome c oxidase subunit II  100 
 
 		 314 aa  643    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.408327 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2594  cytochrome c oxidase subunit II  80 
 
 		 272 aa  444  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0132206  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2268  cytochrome c oxidase subunit II  79.62 
 
 		 272 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.130236  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2474  cytochrome c oxidase, subunit II  70.61 
 
 		 273 aa  414  9.999999999999999e-116  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.850241  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2358  cytochrome c oxidase subunit II  67.3 
 
 		 280 aa  393  1e-108  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.382023  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3898  cytochrome c oxidase subunit II  66.16 
 
 		 285 aa  384  1e-105  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3955  cytochrome c oxidase subunit II  56.76 
 
 		 391 aa  325  5e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.113374 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0726  cytochrome c oxidase, subunit II  51.55 
 
 		 388 aa  325  8.000000000000001e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.631169  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5130  cytochrome c oxidase subunit II  56.06 
 
 		 384 aa  325  9e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4872  cytochrome c oxidase subunit II  52.22 
 
 		 382 aa  318  9e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.780427  normal  0.052805 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3795  cytochrome c oxidase subunit II  52.22 
 
 		 382 aa  318  9e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6209  cytochrome c oxidase, subunit II  55.77 
 
 		 382 aa  316  4e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5936  cytochrome c oxidase subunit II  55.77 
 
 		 382 aa  315  6e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3632  cytochrome c oxidase, subunit II:cytochrome c, class I  58.4 
 
 		 444 aa  315  8e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1564  cytochrome C oxidase polypeptide II  59.04 
 
 		 384 aa  314  9.999999999999999e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7362  cytochrome c oxidase, subunit II  55.16 
 
 		 394 aa  305  7e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.674364 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0254  cytochrome c oxidase subunit II  52.67 
 
 		 269 aa  299  5e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00721127 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2345  cytochrome c oxidase subunit II  47.51 
 
 		 271 aa  258  7e-68  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.215159  normal  0.967701 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0523  cytochrome c oxidase subunit II  37.45 
 
 		 353 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00550922  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2207  heme/copper-type cytochrome/quinol oxidase, subunit 2  37.65 
 
 		 347 aa  161  1e-38  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.0000000350149  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3471  cytochrome c oxidase subunit II  32.35 
 
 		 370 aa  145  1e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0997711  normal  0.165063 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1640  cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  30.69 
 
 		 396 aa  143  3e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.0000507027  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5670  cytochrome c oxidase subunit II  32.4 
 
 		 373 aa  142  7e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01285  Cytochrome c oxidase, subunit II:Cytochrome c, class I  31.48 
 
 		 359 aa  140  1.9999999999999998e-32  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0437  cytochrome c oxidase, subunit II  34.08 
 
 		 267 aa  141  1.9999999999999998e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0468935 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0294  cytochrome c oxidase subunit II  31.67 
 
 		 408 aa  135  7.000000000000001e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00251297  hitchhiker  0.000594912 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1588  cytochrome c oxidase, subunit II  33.63 
 
 		 342 aa  124  2e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6886  cytochrome c oxidase, subunit II  39.52 
 
 		 313 aa  122  8e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0848  cytochrome c oxidase subunit II  29.84 
 
 		 351 aa  121  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5948  cytochrome c oxidase, subunit II  30.65 
 
 		 318 aa  117  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0414  cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  32.82 
 
 		 311 aa  117  3e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0222  cytochrome c oxidase, subunit II  37.36 
 
 		 362 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0145699  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0024  cytochrome c oxidase, subunit II  37.87 
 
 		 362 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.901821 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0166  cytochrome c oxidase, subunit II  38.32 
 
 		 362 aa  116  5e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.129501  normal  0.0168942 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04431  putative cytochrome c oxidase, subunit 2  32.64 
 
 		 291 aa  115  6.9999999999999995e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1826  cytochrome c oxidase, subunit II, putative  31.36 
 
 		 408 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.086817  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0828  cytochrome c oxidase, subunit II  31.44 
 
 		 321 aa  114  2.0000000000000002e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.304556 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1522  cytochrome c oxidase, subunit II  34.29 
 
 		 330 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6229  cytochrome c oxidase, subunit II  35.33 
 
 		 359 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.24435  normal  0.0456922 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5817  cytochrome c oxidase, subunit II  33.04 
 
 		 310 aa  112  6e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.156146  hitchhiker  0.00847969 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0608  cytochrome c oxidase subunit II  29.91 
 
 		 276 aa  112  7.000000000000001e-24  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1600  cytochrome c oxidase, subunit II  31.86 
 
 		 337 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.884566  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1348  cytochrome c, monohaem  30.94 
 
 		 426 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.195405  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1676  cytochrome c oxidase, subunit II  31.42 
 
 		 337 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2706  cytochrome c oxidase, subunit II  40.88 
 
 		 389 aa  110  3e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.363999 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0855  cytochrome c oxidase, subunit II  30 
 
 		 350 aa  110  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0851  cytochrome c oxidase, subunit II  30 
 
 		 350 aa  110  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2996  cytochrome c oxidase, subunit II  30.41 
 
 		 329 aa  110  5e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.941612  hitchhiker  0.00487692 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0803  cytochrome c oxidase, subunit II  31.65 
 
 		 350 aa  108  8.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.192306  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1538  cytochrome c oxidase, subunit II  30.41 
 
 		 399 aa  108  8.000000000000001e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0229  cytochrome c oxidase, subunit II  32.19 
 
 		 316 aa  108  1e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0502681  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1777  putative cytochrome c oxidase, subunit 2  32.08 
 
 		 270 aa  108  2e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2275  cytochrome c oxidase, subunit II  30.53 
 
 		 337 aa  107  2e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.869151  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0533  cytochrome c oxidase, subunit II  31.88 
 
 		 405 aa  107  4e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.251737 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4180  cytochrome c oxidase, subunit II  31.71 
 
 		 314 aa  107  4e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.548982  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05001  putative cytochrome c oxidase, subunit 2  51.06 
 
 		 270 aa  106  6e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.715952  normal  0.110072 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2602  cytochrome c oxidase subunit II  52.27 
 
 		 315 aa  105  8e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.405519 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1903  cytochrome c oxidase, subunit II  31.25 
 
 		 344 aa  105  9e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3558  cytochrome c oxidase subunit II  26.27 
 
 		 370 aa  105  1e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.22857 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0252  cytochrome c oxidase, subunit II  32.58 
 
 		 302 aa  105  1e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.433496  normal  0.0258846 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0222  cytochrome c oxidase, subunit II  33.65 
 
 		 288 aa  104  2e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3587  cytochrome c oxidase, subunit II  28.5 
 
 		 279 aa  104  2e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.677515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3263  cytochrome c oxidase, subunit II  28.5 
 
 		 279 aa  104  2e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.571759  normal  0.256995 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06421  putative cytochrome c oxidase, subunit 2  29.05 
 
 		 274 aa  103  3e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0878998 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3459  cytochrome c oxidase, subunit II  29.11 
 
 		 279 aa  103  5e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.927042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_04701  putative cytochrome c oxidase, subunit 2  47.78 
 
 		 267 aa  103  5e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3989  cytochrome c oxidase, subunit II  30.31 
 
 		 330 aa  103  5e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2263  cytochrome c oxidase, subunit II  24.31 
 
 		 367 aa  103  5e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0175262  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05011  putative cytochrome c oxidase, subunit 2  47.78 
 
 		 267 aa  103  5e-21  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0446  cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  47.96 
 
 		 324 aa  102  6e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.112901 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0445  putative cytochrome c oxidase, subunit 2  47.78 
 
 		 267 aa  102  7e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3141  cytochrome c oxidase, subunit II  31.13 
 
 		 324 aa  102  8e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2862  cytochrome c oxidase subunit II  30.04 
 
 		 272 aa  102  1e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0315403 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2641  cytochrome c oxidase subunit II  39.55 
 
 		 321 aa  102  1e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.398022  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3540  cytochrome c oxidase, subunit II  28.38 
 
 		 311 aa  101  1e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2958  cytochrome c oxidase subunit II  30.74 
 
 		 269 aa  101  1e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1779  cytochrome c oxidase, subunit II  29.13 
 
 		 339 aa  102  1e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4435  cytochrome c oxidase, subunit II:cytochrome c, class I:cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  32.69 
 
 		 316 aa  100  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0428074  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05081  putative cytochrome c oxidase, subunit 2  49.43 
 
 		 267 aa  101  2e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.189517  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1754  cytochrome c oxidase subunit II  29.96 
 
 		 275 aa  100  4e-20  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.636353  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1211  Cytochrome-c oxidase  42.86 
 
 		 351 aa  99.8  5e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.553445  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5244  cytochrome c oxidase, subunit II  29.22 
 
 		 326 aa  99.8  5e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0788277  normal  0.868201 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2797  cytochrome c oxidase, subunit II  32.2 
 
 		 249 aa  99.8  6e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2349  cytochrome c oxidase, subunit II  29.61 
 
 		 285 aa  99.4  7e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.159121  normal  0.911923 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2529  caa3-type cytochrome c oxidase, subunit II  30.13 
 
 		 318 aa  99.4  7e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.176117  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1244  cytochrome c oxidase, subunit II  31.71 
 
 		 211 aa  99.4  8e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2419  cytochrome c oxidase, subunit II  25.83 
 
 		 358 aa  99  9e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0372558  normal  0.514395 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0260  cytochrome c oxidase, subunit II  30.24 
 
 		 288 aa  99  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.150091  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1038  cytochrome c oxidase, subunit II  29.67 
 
 		 329 aa  99  1e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0922258 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2991  cytochrome c oxidase, subunit II  30.64 
 
 		 338 aa  97.8  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.336386  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0669  cytochrome c oxidase subunit II  29.18 
 
 		 279 aa  97.8  2e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.12333  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0741  cytochrome c oxidase, subunit II  27.19 
 
 		 287 aa  97.1  4e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0567  cytochrome c oxidase, subunit II  24.47 
 
 		 320 aa  96.7  5e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2489  cytochrome c oxidase, subunit II  30.88 
 
 		 243 aa  96.3  5e-19  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.500427  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0584  cytochrome c oxidase, subunit II  24.47 
 
 		 320 aa  96.7  5e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0879  cytochrome c oxidase, subunit II  28.32 
 
 		 373 aa  95.9  8e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0528  cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  45.1 
 
 		 355 aa  95.9  8e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3573  cytochrome c oxidase subunit II  44.09 
 
 		 360 aa  95.9  8e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0033  cytochrome c oxidase, subunit II  28.88 
 
 		 279 aa  95.5  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.979273  normal  0.511366 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0293  cytochrome c oxidase, subunit II  33.19 
 
 		 311 aa  94.7  2e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.142345  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>