More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6209 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007509  Bcep18194_C7362  cytochrome c oxidase, subunit II  90.03 
 
 
394 aa  669    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.674364 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5936  cytochrome c oxidase subunit II  99.74 
 
 
382 aa  780    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3795  cytochrome c oxidase subunit II  82.15 
 
 
382 aa  665    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4872  cytochrome c oxidase subunit II  82.15 
 
 
382 aa  665    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.780427  normal  0.052805 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6209  cytochrome c oxidase, subunit II  100 
 
 
382 aa  783    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1564  cytochrome C oxidase polypeptide II  83.15 
 
 
384 aa  632  1e-180  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5130  cytochrome c oxidase subunit II  64.71 
 
 
384 aa  507  9.999999999999999e-143  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3955  cytochrome c oxidase subunit II  62.63 
 
 
391 aa  501  1e-141  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.113374 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0726  cytochrome c oxidase, subunit II  62.73 
 
 
388 aa  493  9.999999999999999e-139  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.631169  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3632  cytochrome c oxidase, subunit II:cytochrome c, class I  62.69 
 
 
444 aa  491  1e-137  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0254  cytochrome c oxidase subunit II  65.27 
 
 
269 aa  369  1e-101  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00721127 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2474  cytochrome c oxidase, subunit II  55.77 
 
 
273 aa  324  2e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.850241  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2358  cytochrome c oxidase subunit II  55.04 
 
 
280 aa  311  9e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.382023  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2425  cytochrome c oxidase subunit II  56.68 
 
 
314 aa  307  2.0000000000000002e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.408327 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3898  cytochrome c oxidase subunit II  53.46 
 
 
285 aa  303  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2594  cytochrome c oxidase subunit II  51.55 
 
 
272 aa  296  3e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0132206  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2268  cytochrome c oxidase subunit II  51.16 
 
 
272 aa  292  7e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.130236  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2345  cytochrome c oxidase subunit II  43.85 
 
 
271 aa  250  2e-65  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.215159  normal  0.967701 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0414  cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  33.24 
 
 
311 aa  205  1e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0848  cytochrome c oxidase subunit II  33.62 
 
 
351 aa  195  1e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2275  cytochrome c oxidase, subunit II  34.85 
 
 
337 aa  190  2.9999999999999997e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.869151  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1522  cytochrome c oxidase, subunit II  32.76 
 
 
330 aa  189  1e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1588  cytochrome c oxidase, subunit II  32.22 
 
 
342 aa  188  2e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1600  cytochrome c oxidase, subunit II  34.85 
 
 
337 aa  186  5e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.884566  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0803  cytochrome c oxidase, subunit II  32.23 
 
 
350 aa  185  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.192306  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1676  cytochrome c oxidase, subunit II  34.58 
 
 
337 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2996  cytochrome c oxidase, subunit II  30.62 
 
 
329 aa  184  2.0000000000000003e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.941612  hitchhiker  0.00487692 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0851  cytochrome c oxidase, subunit II  31.39 
 
 
350 aa  183  4.0000000000000006e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0855  cytochrome c oxidase, subunit II  31.39 
 
 
350 aa  183  4.0000000000000006e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5948  cytochrome c oxidase, subunit II  30.9 
 
 
318 aa  171  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0229  cytochrome c oxidase, subunit II  32.07 
 
 
316 aa  170  5e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0502681  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2419  cytochrome c oxidase, subunit II  29.27 
 
 
358 aa  167  2.9999999999999998e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0372558  normal  0.514395 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4180  cytochrome c oxidase, subunit II  29.97 
 
 
314 aa  167  4e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.548982  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2706  cytochrome c oxidase, subunit II  34.02 
 
 
389 aa  166  5e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.363999 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5817  cytochrome c oxidase, subunit II  32.77 
 
 
310 aa  162  8.000000000000001e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.156146  hitchhiker  0.00847969 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6886  cytochrome c oxidase, subunit II  31.79 
 
 
313 aa  162  9e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0222  cytochrome c oxidase, subunit II  31.93 
 
 
288 aa  161  2e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0222  cytochrome c oxidase, subunit II  30.72 
 
 
362 aa  160  3e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0145699  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3989  cytochrome c oxidase, subunit II  28.49 
 
 
330 aa  160  3e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1348  cytochrome c, monohaem  30.46 
 
 
426 aa  160  4e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.195405  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0045  cytochrome c oxidase, subunit II  31.49 
 
 
300 aa  160  5e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00101143 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0252  cytochrome c oxidase, subunit II  30.3 
 
 
302 aa  160  5e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.433496  normal  0.0258846 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0166  cytochrome c oxidase, subunit II  34.35 
 
 
362 aa  159  6e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.129501  normal  0.0168942 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4435  cytochrome c oxidase, subunit II:cytochrome c, class I:cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  30.79 
 
 
316 aa  156  7e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0428074  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0533  cytochrome c oxidase, subunit II  30.03 
 
 
405 aa  155  9e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.251737 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1826  cytochrome c oxidase, subunit II, putative  30.15 
 
 
408 aa  154  2.9999999999999998e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.086817  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0828  cytochrome c oxidase, subunit II  30.28 
 
 
321 aa  154  2.9999999999999998e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.304556 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0024  cytochrome c oxidase, subunit II  32.95 
 
 
362 aa  153  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.901821 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3471  cytochrome c oxidase subunit II  30.72 
 
 
370 aa  153  5.9999999999999996e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0997711  normal  0.165063 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01285  Cytochrome c oxidase, subunit II:Cytochrome c, class I  31.99 
 
 
359 aa  150  3e-35  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0523  cytochrome c oxidase subunit II  34.47 
 
 
353 aa  149  6e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00550922  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6229  cytochrome c oxidase, subunit II  28.07 
 
 
359 aa  149  7e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.24435  normal  0.0456922 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0294  cytochrome c oxidase subunit II  32.46 
 
 
408 aa  149  8e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00251297  hitchhiker  0.000594912 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1038  cytochrome c oxidase, subunit II  29.31 
 
 
329 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0922258 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1538  cytochrome c oxidase, subunit II  28.53 
 
 
399 aa  149  1.0000000000000001e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5670  cytochrome c oxidase subunit II  32.05 
 
 
373 aa  147  2.0000000000000003e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0046  cytochrome c oxidase, subunit II  29.71 
 
 
301 aa  145  8.000000000000001e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2207  heme/copper-type cytochrome/quinol oxidase, subunit 2  31.17 
 
 
347 aa  140  3.9999999999999997e-32  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.0000000350149  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1640  cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  30.11 
 
 
396 aa  137  4e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.0000507027  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3558  cytochrome c oxidase subunit II  27.95 
 
 
370 aa  127  2.0000000000000002e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.22857 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2529  caa3-type cytochrome c oxidase, subunit II  26.61 
 
 
318 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.176117  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2263  cytochrome c oxidase, subunit II  27.12 
 
 
367 aa  127  3e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0175262  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4792  cytochrome c oxidase, subunit II  30.4 
 
 
354 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0280165  normal  0.517537 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1903  cytochrome c oxidase, subunit II  28.84 
 
 
344 aa  122  9.999999999999999e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0437  cytochrome c oxidase, subunit II  30.68 
 
 
267 aa  121  1.9999999999999998e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0468935 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3379  cytochrome c oxidase, subunit II  29.26 
 
 
318 aa  110  3e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1767  cytochrome c oxidase, subunit II  30.21 
 
 
352 aa  110  3e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.204958  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0515  cytochrome c class I  49.06 
 
 
176 aa  110  3e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5244  cytochrome c oxidase, subunit II  25.3 
 
 
326 aa  109  7.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0788277  normal  0.868201 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1471  cytochrome c oxidase, subunit II:cytochrome c, class I:cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  25.46 
 
 
401 aa  108  1e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2991  cytochrome c oxidase, subunit II  30.15 
 
 
338 aa  108  2e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.336386  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04431  putative cytochrome c oxidase, subunit 2  31.43 
 
 
291 aa  107  3e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0879  cytochrome c oxidase, subunit II  26.29 
 
 
373 aa  107  4e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0608  cytochrome c oxidase subunit II  33.48 
 
 
276 aa  106  6e-22  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3999  cytochrome c oxidase subunit II  27.82 
 
 
524 aa  105  1e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1705  cytochrome c, monohaem  27.54 
 
 
324 aa  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.829367  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001445  cytochrome c oxidase polypeptide II  25.51 
 
 
356 aa  104  3e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.633895  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1380  cytochrome c oxidase, subunit II  26.87 
 
 
389 aa  104  3e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.459391  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0167  putative cytochrome c oxidase subunit II  30.62 
 
 
371 aa  103  5e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.26265  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06272  cytochrome c oxidase, subunit II  25.26 
 
 
405 aa  103  7e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5826  cytochrome c oxidase, subunit II  28.68 
 
 
330 aa  102  8e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0096  cytochrome c oxidase, subunit II  29.48 
 
 
334 aa  102  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.296292  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2858  cytochrome c oxidase, subunit II  25.43 
 
 
532 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.760436 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2847  cytochrome c oxidase, subunit II  25.43 
 
 
532 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2233  cytochrome c oxidase, subunit II  25.43 
 
 
532 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.247804  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6176  cytochrome c oxidase, subunit II  25.14 
 
 
531 aa  100  6e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.678657 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3818  cytochrome c oxidase, subunit II  26.39 
 
 
388 aa  100  6e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.198752 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1680  cytochrome c oxidase, subunit II  24.85 
 
 
402 aa  99.8  6e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.450721  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2717  cytochrome c oxidase, subunit II  24.32 
 
 
523 aa  99.8  7e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.977219  normal  0.293993 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04013  Cytochrome c oxidase, subunit II  26.39 
 
 
387 aa  99.8  8e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.94805  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3892  cytochrome c oxidase subunit II  29.79 
 
 
345 aa  99  1e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.740774  normal  0.178097 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1754  cytochrome c oxidase subunit II  32.02 
 
 
275 aa  99.4  1e-19  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.636353  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0460  cytochrome c oxidase, subunit II  26.9 
 
 
353 aa  98.6  1e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.354816  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0697  cytochrome c oxidase, subunit II  29.46 
 
 
322 aa  98.6  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1244  cytochrome c oxidase, subunit II  28.66 
 
 
211 aa  97.8  2e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3540  cytochrome c oxidase, subunit II  24.65 
 
 
311 aa  97.8  3e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1777  putative cytochrome c oxidase, subunit 2  30.17 
 
 
270 aa  97.4  3e-19  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3181  putative cytochrome C oxidase polypeptide II precursor  25.96 
 
 
398 aa  97.4  3e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.8149  normal  0.584186 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_04701  putative cytochrome c oxidase, subunit 2  28.52 
 
 
267 aa  97.4  3e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2862  cytochrome c oxidase subunit II  28.14 
 
 
272 aa  97.4  3e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0315403 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>