More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3892 on replicon NC_009956
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009956  Dshi_3892  cytochrome c oxidase subunit II  100 
 
 		 345 aa  699    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.740774  normal  0.178097 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2792  cytochrome c oxidase, subunit II  42.53 
 
 		 330 aa  231  1e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.625738  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1449  cytochrome c oxidase, subunit II  39.94 
 
 		 346 aa  229  4e-59  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.015711 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5244  cytochrome c oxidase, subunit II  41.48 
 
 		 326 aa  224  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0788277  normal  0.868201 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1767  cytochrome c oxidase, subunit II  41.56 
 
 		 352 aa  222  9e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.204958  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1993  cytochrome c oxidase, subunit II  42.16 
 
 		 314 aa  219  5e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0975891  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4760  cytochrome c oxidase subunit II  42.26 
 
 		 327 aa  216  4e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.723293  normal  0.0836993 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6354  cytochrome c oxidase subunit II  44.44 
 
 		 334 aa  208  1e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1705  cytochrome c, monohaem  39 
 
 		 324 aa  207  2e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.829367  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0118  cytochrome c oxidase, subunit IIC  41.53 
 
 		 324 aa  204  1e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.134505  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5826  cytochrome c oxidase, subunit II  47.25 
 
 		 330 aa  204  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1754  cytochrome c, monohaem  41.53 
 
 		 324 aa  202  8e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3379  cytochrome c oxidase, subunit II  42.58 
 
 		 318 aa  199  5e-50  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0096  cytochrome c oxidase, subunit II  47.51 
 
 		 334 aa  199  7e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.296292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2991  cytochrome c oxidase, subunit II  47.06 
 
 		 338 aa  196  3e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.336386  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4792  cytochrome c oxidase, subunit II  38.82 
 
 		 354 aa  197  3e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0280165  normal  0.517537 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0709  cytochrome c oxidase subunit II  39.29 
 
 		 355 aa  192  7e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.669005  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0697  cytochrome c oxidase, subunit II  45.87 
 
 		 322 aa  191  2e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2347  cytochrome c oxidase, subunit II  44.25 
 
 		 334 aa  186  6e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11170  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit II  38.71 
 
 		 315 aa  183  3e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.761021  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6286  cytochrome c oxidase, subunit II  44.93 
 
 		 352 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.257472  normal  0.0263748 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6572  cytochrome c, monohaem  43.53 
 
 		 352 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.381109  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5502  cytochrome c oxidase, subunit II  44.55 
 
 		 370 aa  177  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.535121  normal  0.0572426 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0945  cytochrome oxidase subunit II  37.59 
 
 		 372 aa  177  3e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.891376  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0771  cytochrome c oxidase, subunit II  37.59 
 
 		 381 aa  177  3e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0315373  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2183  putative cytochrome c oxidase polypeptide II precursor  39.69 
 
 		 338 aa  176  7e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0732382 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0628  cytochrome c oxidase, subunit II  37.21 
 
 		 351 aa  175  9.999999999999999e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.197881 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0079  putative cytochrome c oxidase subunit II  40.7 
 
 		 342 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.917681  hitchhiker  0.00234837 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0783  cytochrome c oxidase, subunit II  37.24 
 
 		 372 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1292  cytochrome c oxidase, subunit II  45.54 
 
 		 354 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.493898  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6539  cytochrome c, monohaem  45.54 
 
 		 434 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.537411  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0167  putative cytochrome c oxidase subunit II  41.44 
 
 		 371 aa  171  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.26265  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2266  cytochrome c, monohaem  35.81 
 
 		 336 aa  170  3e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.380948  normal  0.0167103 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0460  cytochrome c oxidase, subunit II  39.53 
 
 		 353 aa  169  8e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.354816  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6146  cytochrome c oxidase, subunit II  44.75 
 
 		 353 aa  169  9e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.870856  normal  0.304247 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2263  cytochrome c oxidase, subunit II  35.24 
 
 		 367 aa  166  4e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0175262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3558  cytochrome c oxidase subunit II  32.74 
 
 		 370 aa  166  4e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.22857 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5491  cytochrome c oxidase, subunit II  40.39 
 
 		 355 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.31459  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2026  cytochrome c oxidase, subunit II  39.41 
 
 		 346 aa  160  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000905775 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3856  cytochrome c oxidase subunit II  29.23 
 
 		 349 aa  153  5e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.15254  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3687  cytochrome c oxidase, subunit II  29.23 
 
 		 349 aa  153  5e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3704  cytochrome c oxidase, subunit II  29.23 
 
 		 349 aa  153  5e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.136015  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4154  cytochrome c oxidase subunit II  29.23 
 
 		 349 aa  153  5e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4062  cytochrome c oxidase, subunit II  29.23 
 
 		 349 aa  153  5e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3959  cytochrome c oxidase, subunit II  29.23 
 
 		 349 aa  153  5e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3991  cytochrome c oxidase, subunit II  29.23 
 
 		 349 aa  152  5.9999999999999996e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4046  cytochrome c oxidase, subunit II  29.23 
 
 		 349 aa  152  8e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3770  cytochrome c oxidase subunit II  29.23 
 
 		 349 aa  152  1e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1193  cytochrome c oxidase, subunit II  28.92 
 
 		 349 aa  150  3e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3540  cytochrome c oxidase, subunit II  31.85 
 
 		 311 aa  150  3e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0407  cytochrome c oxidase, subunit II  33.08 
 
 		 435 aa  150  5e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2646  cytochrome c oxidase subunit II  28.62 
 
 		 349 aa  147  3e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0991495  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2072  cytochrome c oxidase, subunit II  35.36 
 
 		 425 aa  143  5e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.54281 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0104  cytochrome c oxidase subunit II  33.33 
 
 		 359 aa  135  8e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.100023  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1855  cytochrome c oxidase, subunit II  31.05 
 
 		 356 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0983  cytochrome c oxidase, subunit II  32.89 
 
 		 356 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3849  cytochrome c oxidase, subunit II  38.54 
 
 		 235 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.26025  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0828  cytochrome c oxidase, subunit II  33.21 
 
 		 321 aa  120  3e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.304556 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0156  cytochrome c oxidase, subunit II  37.37 
 
 		 232 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2529  caa3-type cytochrome c oxidase, subunit II  30.68 
 
 		 318 aa  119  7e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.176117  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1903  cytochrome c oxidase, subunit II  34.5 
 
 		 344 aa  119  9.999999999999999e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0229  cytochrome c oxidase, subunit II  35.98 
 
 		 316 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0502681  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0803  cytochrome c oxidase, subunit II  34.6 
 
 		 350 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.192306  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1522  cytochrome c oxidase, subunit II  34.69 
 
 		 330 aa  117  3.9999999999999997e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4435  cytochrome c oxidase, subunit II:cytochrome c, class I:cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  33.2 
 
 		 316 aa  116  6e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0428074  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01475  chain II protein of putative cytochrome c oxidase  36.36 
 
 		 234 aa  116  6e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0851  cytochrome c oxidase, subunit II  33.76 
 
 		 350 aa  114  3e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3078  cytochrome c oxidase, subunit II  37.34 
 
 		 260 aa  114  3e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000302907  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0855  cytochrome c oxidase, subunit II  33.76 
 
 		 350 aa  114  3e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0848  cytochrome c oxidase subunit II  30.45 
 
 		 351 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1600  cytochrome c oxidase, subunit II  32.57 
 
 		 337 aa  110  3e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.884566  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1676  cytochrome c oxidase, subunit II  32.24 
 
 		 337 aa  110  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2406  cytochrome c oxidase, subunit II  30.56 
 
 		 377 aa  108  1e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2275  cytochrome c oxidase, subunit II  32.95 
 
 		 337 aa  107  2e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.869151  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0222  cytochrome c oxidase, subunit II  34.32 
 
 		 362 aa  106  5e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0145699  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0489  cytochrome c oxidase, subunit II  27.79 
 
 		 525 aa  106  6e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3197  cytochrome c oxidase, subunit II  27.83 
 
 		 525 aa  106  6e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0672  cytochrome c oxidase, subunit II  27.83 
 
 		 525 aa  106  6e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.275557  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0507  cytochrome c oxidase, subunit II  27.83 
 
 		 525 aa  106  6e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6886  cytochrome c oxidase, subunit II  31.25 
 
 		 313 aa  106  6e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2849  cytochrome c oxidase, subunit II  27.83 
 
 		 517 aa  106  7e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1380  cytochrome c oxidase, subunit II  27.47 
 
 		 389 aa  106  7e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.459391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0170  cytochrome c oxidase, subunit II  27.83 
 
 		 517 aa  106  7e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.32275  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1422  cytochrome c oxidase, subunit II  27.83 
 
 		 517 aa  106  7e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0166  cytochrome c oxidase, subunit II  34.32 
 
 		 362 aa  105  9e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.129501  normal  0.0168942 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1405  cytochrome-c oxidase  37.06 
 
 		 343 aa  105  1e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0686645  normal  0.926821 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3955  cytochrome c oxidase subunit II  29.5 
 
 		 391 aa  104  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.113374 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3047  cytochrome c oxidase, subunit II  33.05 
 
 		 281 aa  104  3e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000013174  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1826  cytochrome c oxidase, subunit II, putative  28.38 
 
 		 408 aa  104  3e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.086817  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3999  cytochrome c oxidase subunit II  30.83 
 
 		 524 aa  103  4e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1588  cytochrome c oxidase, subunit II  34.95 
 
 		 342 aa  103  5e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0426  cytochrome c oxidase, subunit II  26.82 
 
 		 525 aa  103  5e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5817  cytochrome c oxidase, subunit II  30.13 
 
 		 310 aa  103  6e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.156146  hitchhiker  0.00847969 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0456  cytochrome c oxidase, subunit II  28.75 
 
 		 532 aa  102  7e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0180  cytochrome c oxidase subunit II  32.38 
 
 		 366 aa  102  8e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01290  cytochrome c oxidase, subunit II  32.38 
 
 		 374 aa  102  9e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.46157  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6176  cytochrome c oxidase, subunit II  27.52 
 
 		 531 aa  102  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.678657 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1674  cytochrome c oxidase, subunit II  29.28 
 
 		 380 aa  102  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2847  cytochrome c oxidase, subunit II  26.91 
 
 		 532 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2858  cytochrome c oxidase, subunit II  26.91 
 
 		 532 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.760436 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>