More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4760 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4760  cytochrome c oxidase subunit II  100 
 
 		 327 aa  660    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.723293  normal  0.0836993 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2792  cytochrome c oxidase, subunit II  54.18 
 
 		 330 aa  358  9e-98  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.625738  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1767  cytochrome c oxidase, subunit II  48.91 
 
 		 352 aa  281  8.000000000000001e-75  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.204958  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1705  cytochrome c, monohaem  41.69 
 
 		 324 aa  238  1e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.829367  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2266  cytochrome c, monohaem  43.35 
 
 		 336 aa  237  2e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.380948  normal  0.0167103 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1754  cytochrome c, monohaem  42.77 
 
 		 324 aa  233  3e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5826  cytochrome c oxidase, subunit II  40.48 
 
 		 330 aa  230  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0118  cytochrome c oxidase, subunit IIC  42.14 
 
 		 324 aa  231  2e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.134505  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5244  cytochrome c oxidase, subunit II  39.1 
 
 		 326 aa  228  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0788277  normal  0.868201 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1449  cytochrome c oxidase, subunit II  39.75 
 
 		 346 aa  228  1e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.015711 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6354  cytochrome c oxidase subunit II  41.52 
 
 		 334 aa  227  2e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1993  cytochrome c oxidase, subunit II  44.16 
 
 		 314 aa  226  3e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0975891  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6286  cytochrome c oxidase, subunit II  42.35 
 
 		 352 aa  219  5e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.257472  normal  0.0263748 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6539  cytochrome c, monohaem  43.69 
 
 		 434 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.537411  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1292  cytochrome c oxidase, subunit II  43.87 
 
 		 354 aa  217  2e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.493898  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4792  cytochrome c oxidase, subunit II  38.68 
 
 		 354 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0280165  normal  0.517537 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3892  cytochrome c oxidase subunit II  42.26 
 
 		 345 aa  216  4e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.740774  normal  0.178097 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6572  cytochrome c, monohaem  40.98 
 
 		 352 aa  216  5e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.381109  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6146  cytochrome c oxidase, subunit II  42.53 
 
 		 353 aa  215  9e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.870856  normal  0.304247 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0096  cytochrome c oxidase, subunit II  38.82 
 
 		 334 aa  212  7e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.296292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5502  cytochrome c oxidase, subunit II  42.47 
 
 		 370 aa  210  3e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.535121  normal  0.0572426 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2991  cytochrome c oxidase, subunit II  41.41 
 
 		 338 aa  209  7e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.336386  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2347  cytochrome c oxidase, subunit II  38.82 
 
 		 334 aa  207  2e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0771  cytochrome c oxidase, subunit II  39.12 
 
 		 381 aa  202  5e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0315373  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0945  cytochrome oxidase subunit II  39.16 
 
 		 372 aa  202  5e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.891376  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0167  putative cytochrome c oxidase subunit II  37.65 
 
 		 371 aa  202  6e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.26265  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0783  cytochrome c oxidase, subunit II  38.83 
 
 		 372 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2263  cytochrome c oxidase, subunit II  37.5 
 
 		 367 aa  198  7.999999999999999e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0175262  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11170  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit II  41.27 
 
 		 315 aa  198  1.0000000000000001e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.761021  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0697  cytochrome c oxidase, subunit II  44.34 
 
 		 322 aa  197  2.0000000000000003e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0079  putative cytochrome c oxidase subunit II  38.05 
 
 		 342 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.917681  hitchhiker  0.00234837 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5491  cytochrome c oxidase, subunit II  37.42 
 
 		 355 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.31459  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3558  cytochrome c oxidase subunit II  36.75 
 
 		 370 aa  194  2e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.22857 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2183  putative cytochrome c oxidase polypeptide II precursor  38.44 
 
 		 338 aa  193  3e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0732382 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3379  cytochrome c oxidase, subunit II  42.06 
 
 		 318 aa  192  9e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0460  cytochrome c oxidase, subunit II  37.34 
 
 		 353 aa  190  2e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.354816  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2026  cytochrome c oxidase, subunit II  40.24 
 
 		 346 aa  188  9e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000905775 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3540  cytochrome c oxidase, subunit II  33.33 
 
 		 311 aa  170  2e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0104  cytochrome c oxidase subunit II  36.73 
 
 		 359 aa  164  2.0000000000000002e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.100023  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2072  cytochrome c oxidase, subunit II  31.7 
 
 		 425 aa  159  5e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.54281 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0628  cytochrome c oxidase, subunit II  32.93 
 
 		 351 aa  154  2e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.197881 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01475  chain II protein of putative cytochrome c oxidase  35.62 
 
 		 234 aa  148  1.0000000000000001e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0407  cytochrome c oxidase, subunit II  34.26 
 
 		 435 aa  145  1e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0156  cytochrome c oxidase, subunit II  40.53 
 
 		 232 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3991  cytochrome c oxidase, subunit II  27.33 
 
 		 349 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1193  cytochrome c oxidase, subunit II  27.03 
 
 		 349 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3856  cytochrome c oxidase subunit II  27.03 
 
 		 349 aa  139  6e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.15254  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3687  cytochrome c oxidase, subunit II  27.03 
 
 		 349 aa  139  6e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3704  cytochrome c oxidase, subunit II  27.03 
 
 		 349 aa  139  6e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.136015  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4062  cytochrome c oxidase, subunit II  27.03 
 
 		 349 aa  139  6e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2646  cytochrome c oxidase subunit II  26.8 
 
 		 349 aa  139  6e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0991495  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4154  cytochrome c oxidase subunit II  27.03 
 
 		 349 aa  139  6e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3959  cytochrome c oxidase, subunit II  27.03 
 
 		 349 aa  139  6e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4046  cytochrome c oxidase, subunit II  27.03 
 
 		 349 aa  139  6e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3770  cytochrome c oxidase subunit II  27.03 
 
 		 349 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0709  cytochrome c oxidase subunit II  29.81 
 
 		 355 aa  133  5e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.669005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2313  cytochrome c oxidase, subunit II  38.25 
 
 		 244 aa  131  2.0000000000000002e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.210732  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3098  QoxB, quinol oxidase subunit II  38.5 
 
 		 261 aa  126  5e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3668  cytochrome-c oxidase  37.74 
 
 		 378 aa  122  8e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.253259  normal  0.882679 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1522  cytochrome c oxidase, subunit II  34.31 
 
 		 330 aa  120  3e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3849  cytochrome c oxidase, subunit II  35.48 
 
 		 235 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.26025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2275  cytochrome c oxidase, subunit II  33.33 
 
 		 337 aa  119  9e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.869151  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4435  cytochrome c oxidase, subunit II:cytochrome c, class I:cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  33.33 
 
 		 316 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0428074  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2996  cytochrome c oxidase, subunit II  30.91 
 
 		 329 aa  117  1.9999999999999998e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.941612  hitchhiker  0.00487692 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1600  cytochrome c oxidase, subunit II  37.61 
 
 		 337 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.884566  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1676  cytochrome c oxidase, subunit II  37.61 
 
 		 337 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5948  cytochrome c oxidase, subunit II  35.4 
 
 		 318 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1855  cytochrome c oxidase, subunit II  30.08 
 
 		 356 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0828  cytochrome c oxidase, subunit II  35.22 
 
 		 321 aa  112  7.000000000000001e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.304556 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3825  cytochrome c oxidase, subunit II  39.34 
 
 		 189 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.495822 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0983  cytochrome c oxidase, subunit II  25.65 
 
 		 356 aa  112  8.000000000000001e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4180  cytochrome c oxidase, subunit II  29.47 
 
 		 314 aa  111  1.0000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.548982  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0229  cytochrome c oxidase, subunit II  34.02 
 
 		 316 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0502681  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1826  cytochrome c oxidase, subunit II, putative  31.8 
 
 		 408 aa  107  3e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.086817  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1588  cytochrome c oxidase, subunit II  31.35 
 
 		 342 aa  106  4e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0045  cytochrome c oxidase, subunit II  28.43 
 
 		 300 aa  105  7e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00101143 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5817  cytochrome c oxidase, subunit II  32.58 
 
 		 310 aa  105  8e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.156146  hitchhiker  0.00847969 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6229  cytochrome c oxidase, subunit II  32.14 
 
 		 359 aa  105  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.24435  normal  0.0456922 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0252  cytochrome c oxidase, subunit II  28.76 
 
 		 302 aa  105  2e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.433496  normal  0.0258846 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0563  cytochrome c oxidase subunit II  32.17 
 
 		 394 aa  103  3e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06272  cytochrome c oxidase, subunit II  31.25 
 
 		 405 aa  103  4e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0855  cytochrome c oxidase, subunit II  31.09 
 
 		 350 aa  103  4e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0851  cytochrome c oxidase, subunit II  31.09 
 
 		 350 aa  103  4e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0803  cytochrome c oxidase, subunit II  30.34 
 
 		 350 aa  102  7e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.192306  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001445  cytochrome c oxidase polypeptide II  35.52 
 
 		 356 aa  102  8e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.633895  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6886  cytochrome c oxidase, subunit II  31.25 
 
 		 313 aa  102  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1471  cytochrome c oxidase, subunit II:cytochrome c, class I:cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  32.55 
 
 		 401 aa  101  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0180  cytochrome c oxidase subunit II  29.15 
 
 		 366 aa  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2406  cytochrome c oxidase, subunit II  32.43 
 
 		 377 aa  101  2e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2706  cytochrome c oxidase, subunit II  31.51 
 
 		 389 aa  100  4e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.363999 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0222  cytochrome c oxidase, subunit II  32.13 
 
 		 362 aa  99.8  5e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0145699  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3864  cytochrome c oxidase, subunit II  32.26 
 
 		 513 aa  100  5e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4606  cytochrome c oxidase, subunit II  31.72 
 
 		 513 aa  99.4  7e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3782  cytochrome c oxidase, subunit II  31.98 
 
 		 512 aa  99.4  7e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0848  cytochrome c oxidase subunit II  28.85 
 
 		 351 aa  99.4  7e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0024  cytochrome c oxidase, subunit II  31.67 
 
 		 362 aa  99  9e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.901821 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01290  cytochrome c oxidase, subunit II  29.15 
 
 		 374 aa  99  9e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.46157  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0166  cytochrome c oxidase, subunit II  32.13 
 
 		 362 aa  99  1e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.129501  normal  0.0168942 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2082  cytochrome c oxidase, subunit II  31.28 
 
 		 289 aa  98.6  1e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4311  cytochrome c oxidase, subunit II  30.49 
 
 		 518 aa  97.8  2e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.997623  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>