More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4180 on replicon NC_007959
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007959  Nham_4180  cytochrome c oxidase, subunit II  100 
 
 
314 aa  651    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.548982  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6886  cytochrome c oxidase, subunit II  67.99 
 
 
313 aa  431  1e-120  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0222  cytochrome c oxidase, subunit II  61.17 
 
 
362 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0145699  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5817  cytochrome c oxidase, subunit II  65.03 
 
 
310 aa  410  1e-113  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.156146  hitchhiker  0.00847969 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6229  cytochrome c oxidase, subunit II  61.92 
 
 
359 aa  405  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.24435  normal  0.0456922 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0166  cytochrome c oxidase, subunit II  61.17 
 
 
362 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.129501  normal  0.0168942 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0024  cytochrome c oxidase, subunit II  60.84 
 
 
362 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.901821 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5948  cytochrome c oxidase, subunit II  47.57 
 
 
318 aa  306  4.0000000000000004e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1522  cytochrome c oxidase, subunit II  45.96 
 
 
330 aa  302  5.000000000000001e-81  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4435  cytochrome c oxidase, subunit II:cytochrome c, class I:cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  46.67 
 
 
316 aa  295  7e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0428074  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2996  cytochrome c oxidase, subunit II  42.81 
 
 
329 aa  293  2e-78  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.941612  hitchhiker  0.00487692 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1588  cytochrome c oxidase, subunit II  42.15 
 
 
342 aa  272  5.000000000000001e-72  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0828  cytochrome c oxidase, subunit II  44.05 
 
 
321 aa  267  1e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.304556 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1038  cytochrome c oxidase, subunit II  40.85 
 
 
329 aa  251  2e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0922258 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0229  cytochrome c oxidase, subunit II  39.41 
 
 
316 aa  235  9e-61  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0502681  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0848  cytochrome c oxidase subunit II  37.09 
 
 
351 aa  224  2e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0851  cytochrome c oxidase, subunit II  38.34 
 
 
350 aa  224  2e-57  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0855  cytochrome c oxidase, subunit II  38.34 
 
 
350 aa  224  2e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0803  cytochrome c oxidase, subunit II  37.92 
 
 
350 aa  221  9.999999999999999e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.192306  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2419  cytochrome c oxidase, subunit II  37.2 
 
 
358 aa  214  1.9999999999999998e-54  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0372558  normal  0.514395 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3989  cytochrome c oxidase, subunit II  36.89 
 
 
330 aa  211  1e-53  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2706  cytochrome c oxidase, subunit II  34.5 
 
 
389 aa  210  2e-53  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.363999 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0414  cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  35.16 
 
 
311 aa  203  4e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1600  cytochrome c oxidase, subunit II  36.86 
 
 
337 aa  200  1.9999999999999998e-50  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.884566  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2275  cytochrome c oxidase, subunit II  35.9 
 
 
337 aa  200  1.9999999999999998e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.869151  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1676  cytochrome c oxidase, subunit II  36.86 
 
 
337 aa  199  7e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0533  cytochrome c oxidase, subunit II  38.38 
 
 
405 aa  198  1.0000000000000001e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.251737 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0252  cytochrome c oxidase, subunit II  35.84 
 
 
302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.433496  normal  0.0258846 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1826  cytochrome c oxidase, subunit II, putative  36.46 
 
 
408 aa  193  4e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.086817  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1244  cytochrome c oxidase, subunit II  47.52 
 
 
211 aa  191  2e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0045  cytochrome c oxidase, subunit II  34.67 
 
 
300 aa  188  9e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00101143 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1348  cytochrome c, monohaem  36 
 
 
426 aa  183  4.0000000000000006e-45  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.195405  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2529  caa3-type cytochrome c oxidase, subunit II  32.56 
 
 
318 aa  181  1e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.176117  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1538  cytochrome c oxidase, subunit II  32.69 
 
 
399 aa  181  2e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0046  cytochrome c oxidase, subunit II  33.22 
 
 
301 aa  178  9e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0222  cytochrome c oxidase, subunit II  35.76 
 
 
288 aa  177  3e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0726  cytochrome c oxidase, subunit II  30.42 
 
 
388 aa  162  5.0000000000000005e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.631169  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6209  cytochrome c oxidase, subunit II  29.97 
 
 
382 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5936  cytochrome c oxidase subunit II  29.97 
 
 
382 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7362  cytochrome c oxidase, subunit II  30.95 
 
 
394 aa  159  8e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.674364 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3795  cytochrome c oxidase subunit II  30.26 
 
 
382 aa  157  2e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4872  cytochrome c oxidase subunit II  30.26 
 
 
382 aa  157  2e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.780427  normal  0.052805 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1564  cytochrome C oxidase polypeptide II  29.38 
 
 
384 aa  157  3e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3955  cytochrome c oxidase subunit II  27.98 
 
 
391 aa  154  2e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.113374 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3632  cytochrome c oxidase, subunit II:cytochrome c, class I  27.4 
 
 
444 aa  148  9e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5130  cytochrome c oxidase subunit II  28.95 
 
 
384 aa  146  4.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1767  cytochrome c oxidase, subunit II  32.7 
 
 
352 aa  139  6e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.204958  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5491  cytochrome c oxidase, subunit II  33.01 
 
 
355 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.31459  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1449  cytochrome c oxidase, subunit II  28.62 
 
 
346 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.015711 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2183  putative cytochrome c oxidase polypeptide II precursor  30.82 
 
 
338 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0732382 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0079  putative cytochrome c oxidase subunit II  28.66 
 
 
342 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.917681  hitchhiker  0.00234837 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0783  cytochrome c oxidase, subunit II  32.56 
 
 
372 aa  126  5e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0945  cytochrome oxidase subunit II  32.56 
 
 
372 aa  126  6e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.891376  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0771  cytochrome c oxidase, subunit II  33.33 
 
 
381 aa  123  4e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0315373  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0167  putative cytochrome c oxidase subunit II  32.58 
 
 
371 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.26265  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2026  cytochrome c oxidase, subunit II  29.04 
 
 
346 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000905775 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0104  cytochrome c oxidase subunit II  30 
 
 
359 aa  119  4.9999999999999996e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.100023  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4792  cytochrome c oxidase, subunit II  31.95 
 
 
354 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0280165  normal  0.517537 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1645  cytochrome c oxidase, subunit II  24.93 
 
 
385 aa  117  3e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.856042  normal  0.904416 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5826  cytochrome c oxidase, subunit II  32.03 
 
 
330 aa  117  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2991  cytochrome c oxidase, subunit II  32.06 
 
 
338 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.336386  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5244  cytochrome c oxidase, subunit II  28.97 
 
 
326 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0788277  normal  0.868201 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0628  cytochrome c oxidase, subunit II  27.05 
 
 
351 aa  114  2.0000000000000002e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.197881 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0446  cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  29.03 
 
 
324 aa  113  4.0000000000000004e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.112901 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6354  cytochrome c oxidase subunit II  31.03 
 
 
334 aa  113  4.0000000000000004e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0096  cytochrome c oxidase, subunit II  28.66 
 
 
334 aa  112  7.000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.296292  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1874  cytochrome c oxidase, subunit II  31.4 
 
 
256 aa  112  7.000000000000001e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2347  cytochrome c oxidase, subunit II  29.55 
 
 
334 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1754  cytochrome c oxidase subunit II  28.33 
 
 
275 aa  111  1.0000000000000001e-23  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.636353  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4760  cytochrome c oxidase subunit II  29.47 
 
 
327 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.723293  normal  0.0836993 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2266  cytochrome c, monohaem  31.13 
 
 
336 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.380948  normal  0.0167103 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0608  cytochrome c oxidase subunit II  29.03 
 
 
276 aa  110  3e-23  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4171  putative cytochrome c oxidase  26.14 
 
 
538 aa  110  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.82291  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2489  cytochrome c oxidase, subunit II  34.59 
 
 
243 aa  110  3e-23  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.500427  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2263  cytochrome c oxidase, subunit II  27.24 
 
 
367 aa  110  4.0000000000000004e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0175262  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0460  cytochrome c oxidase, subunit II  30.77 
 
 
353 aa  109  6e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.354816  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2249  cytochrome c oxidase, subunit II  39.82 
 
 
329 aa  109  6e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2792  cytochrome c oxidase, subunit II  29.6 
 
 
330 aa  109  6e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.625738  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0697  cytochrome c oxidase, subunit II  31.25 
 
 
322 aa  108  8.000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2345  cytochrome c oxidase subunit II  29.6 
 
 
271 aa  109  8.000000000000001e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.215159  normal  0.967701 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3818  cytochrome c oxidase, subunit II  25.43 
 
 
388 aa  108  1e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.198752 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06421  putative cytochrome c oxidase, subunit 2  29.79 
 
 
274 aa  108  1e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0878998 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2797  cytochrome c oxidase, subunit II  27.47 
 
 
249 aa  107  2e-22  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3558  cytochrome c oxidase subunit II  26.4 
 
 
370 aa  108  2e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.22857 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6286  cytochrome c oxidase, subunit II  30.36 
 
 
352 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.257472  normal  0.0263748 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1380  cytochrome c oxidase, subunit II  26.71 
 
 
389 aa  107  2e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.459391  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2474  cytochrome c oxidase, subunit II  31.48 
 
 
273 aa  108  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.850241  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1940  cytochrome c oxidase, subunit II  24.25 
 
 
385 aa  107  3e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0684443  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0544  cytochrome c oxidase, subunit II  25.71 
 
 
544 aa  107  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.214831  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2425  cytochrome c oxidase subunit II  31.71 
 
 
314 aa  106  4e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.408327 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0276  cytochrome c oxidase, subunit II  27.74 
 
 
557 aa  106  4e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0254  cytochrome c oxidase subunit II  30.13 
 
 
269 aa  106  5e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00721127 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3139  cytochrome c oxidase subunit II  29.44 
 
 
316 aa  106  5e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1903  cytochrome c oxidase, subunit II  29.18 
 
 
344 aa  106  5e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1292  cytochrome c oxidase, subunit II  30.5 
 
 
354 aa  105  7e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.493898  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6572  cytochrome c, monohaem  30.29 
 
 
352 aa  105  8e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.381109  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3181  putative cytochrome C oxidase polypeptide II precursor  29.45 
 
 
398 aa  105  9e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.8149  normal  0.584186 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6539  cytochrome c, monohaem  30.5 
 
 
434 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.537411  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0278  cytochrome c oxidase, subunit II  28.51 
 
 
302 aa  104  1e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.498963  normal  0.0449669 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3999  cytochrome c oxidase subunit II  26.9 
 
 
524 aa  105  1e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>