113 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_1374 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_1374  cytochrome c class I  100 
 
 		 270 aa  548  1e-155  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.317055  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10680  cytochrome c, mono- and diheme variants family  69.66 
 
 		 275 aa  368  1e-101  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0523281  normal  0.768267 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2955  cytochrome c, class I  63.16 
 
 		 278 aa  292  4e-78  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.136352  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12222  ubiquinol-cytochrome C reductase qcrC (cytochrome C subunit)  57.81 
 
 		 280 aa  289  3e-77  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3558  cytochrome c, class I  59.92 
 
 		 273 aa  284  1.0000000000000001e-75  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0912153 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3056  cytochrome c class I  61.6 
 
 		 295 aa  282  5.000000000000001e-75  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.294486  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3292  cytochrome c, class I  61.02 
 
 		 272 aa  279  3e-74  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.250177  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3354  cytochrome c, class I  61.02 
 
 		 272 aa  279  3e-74  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0582943  normal  0.0591201 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3303  cytochrome c, class I  61.02 
 
 		 272 aa  279  3e-74  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.227675 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2693  cytochrome c class I  51.79 
 
 		 306 aa  273  3e-72  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.714589  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3341  cytochrome c class I  57.54 
 
 		 295 aa  271  9e-72  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3294  cytochrome c, class I  55.89 
 
 		 277 aa  271  1e-71  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.79873  normal  0.176806 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3526  cytochrome c class I  55.56 
 
 		 277 aa  251  6e-66  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021541 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4119  cytochrome c class I  58.72 
 
 		 271 aa  251  1e-65  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.83541 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3249  cytochrome c class I  59.64 
 
 		 255 aa  246  3e-64  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00726195  hitchhiker  0.0000284914 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1891  cytochrome c class I  48.25 
 
 		 259 aa  238  1e-61  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.527374  hitchhiker  0.000337472 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0963  cytochrome c, class I  50.38 
 
 		 268 aa  237  2e-61  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0745087 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16190  cytochrome c, mono- and diheme variants family  45.8 
 
 		 263 aa  237  2e-61  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.188569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3107  cytochrome c, class I  50 
 
 		 305 aa  230  2e-59  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.510771  normal  0.352992 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1295  cytochrome c class I  47.19 
 
 		 276 aa  229  4e-59  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.669902 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14180  cytochrome c, mono- and diheme variants family  48.15 
 
 		 266 aa  229  4e-59  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.616928  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15700  cytochrome c, mono- and diheme variants family  49.79 
 
 		 259 aa  227  2e-58  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.871134  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2676  hypothetical protein  55.14 
 
 		 269 aa  224  1e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.543217 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1810  cytochrome c class I  45.93 
 
 		 294 aa  219  3e-56  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.780394  normal  0.101949 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2210  cytochrome c, class I  49.29 
 
 		 262 aa  214  1.9999999999999998e-54  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0119453  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12130  cytochrome c, mono- and diheme variants family  49.53 
 
 		 256 aa  213  1.9999999999999998e-54  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.298886  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1447  cytochrome c class I  44.75 
 
 		 284 aa  211  9e-54  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0356963  normal  0.171198 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3251  cytochrome c class I  45.71 
 
 		 277 aa  209  3e-53  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0775555 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1678  cytochrome c class I  44.44 
 
 		 289 aa  208  7e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.250223 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3135  cytochrome c, class I  47.35 
 
 		 289 aa  204  1e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1947  cytochrome c class I  48.82 
 
 		 262 aa  199  5e-50  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000151337 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3062  cytochrome c class I  47.93 
 
 		 303 aa  198  9e-50  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0184477  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2076  cytochrome c class I  51.83 
 
 		 261 aa  195  7e-49  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2009  cytochrome c class I  46.15 
 
 		 259 aa  184  1.0000000000000001e-45  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3134  cytochrome c class I  37 
 
 		 311 aa  181  2e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1021  ubiquinol-cytochrome c reductase cytochrome c subunit  34.8 
 
 		 307 aa  173  1.9999999999999998e-42  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.121328  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1827  cytochrome c class I  38.97 
 
 		 280 aa  152  5e-36  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1360  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.36 
 
 		 308 aa  62.4  0.000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.240618 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0456  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  25.74 
 
 		 312 aa  61.2  0.00000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.844005  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1933  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.83 
 
 		 305 aa  51.6  0.00001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0570892  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09091  cytochrome cM  37.18 
 
 		 125 aa  51.6  0.00001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.670452 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1916  cytochrome c oxidase, Cbb3-type, subunit III  26.88 
 
 		 282 aa  52  0.00001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1200  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  24.23 
 
 		 307 aa  50.8  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.944048  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4451  cytochrome c class I  39.18 
 
 		 168 aa  50.8  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.676804  normal  0.145709 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2041  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit III  29.35 
 
 		 304 aa  50.4  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.112855  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1107  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  24.23 
 
 		 307 aa  50.4  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.1867  normal  0.890058 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2918  cytochrome c class I  25.11 
 
 		 219 aa  50.4  0.00003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00059713 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0205  cytochrome c class I  35.96 
 
 		 647 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844315 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1167  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  25.84 
 
 		 304 aa  49.7  0.00005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2038  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  27 
 
 		 304 aa  49.3  0.00006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0645844  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1003  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  25.87 
 
 		 304 aa  49.3  0.00006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1279  cytochrome C oxidase subunit III  25 
 
 		 326 aa  49.3  0.00007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.55862 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1526  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.09 
 
 		 311 aa  49.3  0.00007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0717  cytochrome cM  31.65 
 
 		 129 aa  48.9  0.00008  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3265  cytochrome c class I  25.11 
 
 		 219 aa  48.9  0.00009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.838246  normal  0.141063 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0353  cytochrome c family protein  28.12 
 
 		 357 aa  48.1  0.0001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.131783  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2545  putative cytochrome c  26.7 
 
 		 350 aa  48.5  0.0001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1948  cytochrome cM  32.5 
 
 		 137 aa  48.5  0.0001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0292  iron permease FTR1  30.23 
 
 		 629 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1358  cb-type cytochrome c oxidase subunit III  38.67 
 
 		 152 aa  47.8  0.0002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.112598  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1469  cytochrome c, class I  30.82 
 
 		 226 aa  47.8  0.0002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0501042 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0320  cytochrome c family protein  28.12 
 
 		 369 aa  48.1  0.0002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0161  cytochrome c class I  22.36 
 
 		 254 aa  48.1  0.0002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000207523  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0180  cytochrome c family protein  33.71 
 
 		 636 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.558942  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0624  cytochrome c, class I  24.68 
 
 		 211 aa  47.4  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0202  cytochrome c, class I  33.71 
 
 		 647 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2776  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.87 
 
 		 310 aa  47  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000169467 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2213  cytochrome c, mono- and diheme variant  26.63 
 
 		 435 aa  46.6  0.0004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1787  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.84 
 
 		 296 aa  46.6  0.0004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.832372  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2095  putative cytochrome c  30.36 
 
 		 284 aa  46.6  0.0004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.737605  normal  0.709755 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0905  cytochrome c oxidase, Cbb3-type, subunit III  26.11 
 
 		 287 aa  46.6  0.0004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.269734  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3147  cytochrome c, class I  27.03 
 
 		 219 aa  46.2  0.0006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3779  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  24.54 
 
 		 306 aa  46.2  0.0006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0568  cytochrome c class I  31.31 
 
 		 355 aa  46.2  0.0006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1092  cytochrome c class I  28.29 
 
 		 333 aa  46.2  0.0006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2778  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  25.52 
 
 		 305 aa  45.1  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.452004  normal  0.247491 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0824  cytochrome c class I  22.75 
 
 		 296 aa  45.4  0.001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000780419  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03090  putative cytochrome C signal peptide protein  27.65 
 
 		 363 aa  44.7  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.649207  normal  0.393052 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1820  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  26.32 
 
 		 327 aa  44.3  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.700431  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0084  Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit III  25.13 
 
 		 307 aa  44.3  0.002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.000832498  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0527  cytochrome c family protein  30.12 
 
 		 352 aa  44.3  0.002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000661478  normal  0.247272 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4179  cytochrome c, class I  25.13 
 
 		 347 aa  44.3  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.402721  normal  0.434422 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2602  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.83 
 
 		 308 aa  44.7  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000191523  normal  0.411563 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0544  cytochrome c class I  30.3 
 
 		 355 aa  44.3  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3953  Quinoprotein glucose dehydrogenase  35.53 
 
 		 747 aa  44.3  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3802  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.41 
 
 		 455 aa  44.3  0.002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.503165 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1455  cytochrome c class I  30 
 
 		 278 aa  44.7  0.002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000371587  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11331  cytochrome cM  30 
 
 		 130 aa  43.5  0.003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.969799 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0138  hypothetical protein  25.69 
 
 		 200 aa  43.1  0.004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0049  cytochrome c, class I:Iron permease FTR1  32.58 
 
 		 632 aa  43.5  0.004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1149  Pyrrolo-quinoline quinone  39.13 
 
 		 678 aa  43.5  0.004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.261687  normal  0.842615 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2392  cytochrome c, class I  25.81 
 
 		 214 aa  43.5  0.004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2475  putative cytochrome C oxidase (subunit III) transmembrane protein  26.37 
 
 		 307 aa  43.1  0.004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.48971  normal  0.0879223 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1798  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  24.12 
 
 		 292 aa  43.5  0.004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0327  cytochrome c class I  23.46 
 
 		 269 aa  43.1  0.004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4302  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  25.12 
 
 		 305 aa  42.7  0.005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0300725  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0656  cytochrome c, class I  34.44 
 
 		 283 aa  43.1  0.005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.93712 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0573  cytochrome c class I  29.29 
 
 		 355 aa  43.1  0.005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3841  cytochrome c class I  35.44 
 
 		 113 aa  43.1  0.005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3891  cytochrome c class I  35.44 
 
 		 113 aa  43.1  0.005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0499798 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>