157 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU3334 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU3334  cytochrome c family protein, putative  100 
 
 		 104 aa  212  1.9999999999999998e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.115462  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1229  cytochrome c class I  51.85 
 
 		 98 aa  87.8  4e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3336  cytochrome c class I  42.35 
 
 		 117 aa  79.7  0.00000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0198059  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0910  cytochrome c class I  42.35 
 
 		 117 aa  78.2  0.00000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.58157e-33 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1767  cytochrome c oxidase, subunit II  35.71 
 
 		 352 aa  57  0.00000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.204958  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3540  cytochrome c oxidase, subunit II  37.5 
 
 		 311 aa  56.6  0.0000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0945  cytochrome oxidase subunit II  36.73 
 
 		 372 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.891376  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0783  cytochrome c oxidase, subunit II  36.73 
 
 		 372 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0771  cytochrome c oxidase, subunit II  36.73 
 
 		 381 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0315373  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0011  cytochrome c class I  36.84 
 
 		 132 aa  53.9  0.0000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2545  putative cytochrome c  35.44 
 
 		 350 aa  50.4  0.000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3999  hypothetical protein  38.27 
 
 		 138 aa  50.4  0.000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2759  cytochrome c class I  32.31 
 
 		 253 aa  50.4  0.000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0011  cytochrome c class I  31.71 
 
 		 132 aa  49.7  0.00001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0553485  normal  0.905582 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1775  cytochrome c family protein  32.08 
 
 		 272 aa  49.3  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.579886  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6572  cytochrome c, monohaem  36.05 
 
 		 352 aa  48.9  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.381109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_15043  predicted protein  38.1 
 
 		 112 aa  49.3  0.00002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000188327  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3869  hypothetical protein  35.19 
 
 		 266 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.064259 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6146  cytochrome c oxidase, subunit II  36.05 
 
 		 353 aa  49.7  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.870856  normal  0.304247 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6286  cytochrome c oxidase, subunit II  36.05 
 
 		 352 aa  48.5  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.257472  normal  0.0263748 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1292  cytochrome c oxidase, subunit II  36.05 
 
 		 354 aa  48.5  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.493898  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2850  cytochrome c class I  27.47 
 
 		 312 aa  48.5  0.00003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2099  cytochrome c, class I  31.3 
 
 		 123 aa  48.5  0.00003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1841  cytochrome c family protein  35.19 
 
 		 266 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.858581  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4298  electron transport protein SCO1/SenC  40.74 
 
 		 356 aa  48.1  0.00004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.576554  normal  0.116198 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6539  cytochrome c, monohaem  36.05 
 
 		 434 aa  48.1  0.00004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.537411  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0460  cytochrome c oxidase, subunit II  36.05 
 
 		 353 aa  47.8  0.00006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.354816  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2347  cytochrome c oxidase, subunit II  36.26 
 
 		 334 aa  47  0.00008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3892  cytochrome c oxidase subunit II  32.08 
 
 		 345 aa  47  0.00008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.740774  normal  0.178097 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0697  cytochrome c oxidase, subunit II  32.95 
 
 		 322 aa  47  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1808  cytochrome c, class I  37.37 
 
 		 176 aa  47  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.115108 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1754  cytochrome c, monohaem  31.33 
 
 		 324 aa  46.6  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5502  cytochrome c oxidase, subunit II  36.14 
 
 		 370 aa  46.6  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.535121  normal  0.0572426 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5485  cytochrome c class I  35.51 
 
 		 561 aa  45.8  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.233629 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1019  hypothetical protein  32.22 
 
 		 296 aa  45.8  0.0002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.166316 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1583  cytochrome c class I  43.08 
 
 		 152 aa  45.1  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.889837  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2734  membrane-bound dehydrogenase domain protein  46.55 
 
 		 1084 aa  45.4  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.552836  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0118  cytochrome c oxidase, subunit IIC  31.33 
 
 		 324 aa  45.4  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.134505  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4268  cytochrome c, class I  36.14 
 
 		 278 aa  45.4  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2792  cytochrome c oxidase, subunit II  34.04 
 
 		 330 aa  45.1  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.625738  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4098  cytochrome c, class I  36.14 
 
 		 278 aa  45.4  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.982454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3425  cytochrome c class I  36.14 
 
 		 278 aa  45.4  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1705  cytochrome c, monohaem  32.53 
 
 		 324 aa  45.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.829367  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0433  hypothetical protein  33.33 
 
 		 229 aa  45.4  0.0003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0460  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  32.05 
 
 		 248 aa  45.4  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.512946  normal  0.123138 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0709  cytochrome c oxidase subunit II  30.39 
 
 		 355 aa  45.1  0.0004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.669005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2183  putative cytochrome c oxidase polypeptide II precursor  33.01 
 
 		 338 aa  44.7  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0732382 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1455  cytochrome c class I  28.72 
 
 		 278 aa  44.7  0.0004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000371587  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4760  cytochrome c oxidase subunit II  32.97 
 
 		 327 aa  44.7  0.0005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.723293  normal  0.0836993 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6354  cytochrome c oxidase subunit II  30.95 
 
 		 334 aa  44.3  0.0005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3330  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  30.59 
 
 		 291 aa  44.3  0.0006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2819  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  28.21 
 
 		 209 aa  44.3  0.0006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.165011  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1438  hypothetical protein  38.24 
 
 		 828 aa  44.3  0.0006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.45862  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1450  cytochrome c  36.59 
 
 		 266 aa  44.3  0.0006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.901546 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1946  cytochrome c, class I  36.14 
 
 		 277 aa  43.9  0.0007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166629  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2122  cytochrome c, class I  26.67 
 
 		 312 aa  43.9  0.0007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.959895  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3450  cytochrome c, class I  34.48 
 
 		 326 aa  43.9  0.0007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.60831  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3676  cytochrome c, class I  35.96 
 
 		 123 aa  43.9  0.0007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.848793  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3781  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  33.93 
 
 		 208 aa  43.9  0.0007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.166717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2061  multicopper oxidase domain-containing protein  45 
 
 		 535 aa  43.9  0.0007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.429703  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1745  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  32.79 
 
 		 212 aa  43.9  0.0007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0547485 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1419  cytochrome c  37.8 
 
 		 266 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.768311  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2438  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  29.49 
 
 		 247 aa  43.9  0.0007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0948451  normal  0.890644 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3992  cytochrome c class I  36.05 
 
 		 278 aa  43.9  0.0008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.08341  normal  0.223364 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1966  multicopper oxidase domain-containing protein  45 
 
 		 535 aa  43.9  0.0008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.328521  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4489  cytochrome c class I  36.05 
 
 		 280 aa  43.9  0.0008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.519402 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6323  cytochrome c class I  28.18 
 
 		 130 aa  43.5  0.0009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0773  cytochrome c, class I  39.51 
 
 		 326 aa  43.1  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0079  putative cytochrome c oxidase subunit II  33.01 
 
 		 342 aa  43.5  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.917681  hitchhiker  0.00234837 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3509  cytochrome c, class I  36.05 
 
 		 278 aa  43.5  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1132  PQQ-dependent enzyme-like protein  31.73 
 
 		 701 aa  43.1  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0946665  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3707  membrane-bound dehydrogenase domain protein  40.43 
 
 		 968 aa  43.5  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1153  membrane-bound dehydrogenase domain protein  46.15 
 
 		 864 aa  43.1  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0311  Pyrrolo-quinoline quinone  34.21 
 
 		 705 aa  43.5  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.394174 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1816  hypothetical protein  30.43 
 
 		 349 aa  42.7  0.001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000760007  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5244  cytochrome c oxidase, subunit II  30.77 
 
 		 326 aa  43.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0788277  normal  0.868201 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2991  cytochrome c oxidase, subunit II  32.97 
 
 		 338 aa  42.4  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.336386  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5826  cytochrome c oxidase, subunit II  31.46 
 
 		 330 aa  42.7  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1985  nitrite reductase NirS  30.19 
 
 		 546 aa  42.7  0.002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.0000493691  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0944  mulitcopper oxidase domain-containing protein  42.86 
 
 		 487 aa  42.4  0.002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1972  heme-binding protein  42.5 
 
 		 1110 aa  42.7  0.002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2593  hypothetical protein  34.15 
 
 		 269 aa  42.7  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.572119  normal  0.592044 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2768  cytochrome c class I  33.33 
 
 		 290 aa  42  0.002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.712603  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0243  hypothetical protein  35 
 
 		 409 aa  42.4  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0461  cytochrome d1 heme region  30.86 
 
 		 556 aa  42.4  0.002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00181768  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2776  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  28.21 
 
 		 210 aa  42.4  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.640265  normal  0.226916 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3817  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  38.64 
 
 		 202 aa  42.7  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3570  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  38.64 
 
 		 202 aa  42.4  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0675  cytochrome c class I  33.62 
 
 		 121 aa  42.7  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1001  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  28.79 
 
 		 210 aa  41.6  0.003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1826  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  37.78 
 
 		 202 aa  42  0.003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0717  cytochrome cM  34.18 
 
 		 129 aa  42  0.003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0328  cytochrome c, class I  39.68 
 
 		 262 aa  42  0.003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000605449  hitchhiker  0.0000000937241 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3331  cytochrome C oxidase, mono-heme subunit/FixO  32.35 
 
 		 247 aa  42  0.003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.272833  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4304  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  28.36 
 
 		 215 aa  42  0.003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.038125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1085  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  28.79 
 
 		 210 aa  41.6  0.003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.318856  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3436  cytochrome c, class I  33.33 
 
 		 290 aa  42  0.003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.441606  normal  0.713637 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0279  membrane-bound dehydrogenase domain protein  38.98 
 
 		 1286 aa  42  0.003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.624688  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0628  cytochrome c oxidase, subunit II  29.47 
 
 		 351 aa  42  0.003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.197881 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2650  cytochrome c, class I  33.85 
 
 		 225 aa  41.6  0.004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>