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for query gene Dfer_5562 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



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Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_5562  electron transport protein SCO1/SenC  100 
 
 
210 aa  437  9.999999999999999e-123  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.608638 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5207  electron transport protein SCO1/SenC  57 
 
 
220 aa  256  2e-67  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.723595  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1301  electron transport protein SCO1/SenC  51.71 
 
 
223 aa  229  2e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2495  electron transport protein SCO1/SenC  45.59 
 
 
213 aa  200  9.999999999999999e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.115315 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2512  electron transport protein SCO1/SenC  47.37 
 
 
217 aa  200  9.999999999999999e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6095  electron transport protein SCO1/SenC  46.41 
 
 
213 aa  176  3e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1663  electron transport protein SCO1/SenC  43.02 
 
 
228 aa  146  2.0000000000000003e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0960  electron transport protein SCO1/SenC  41.62 
 
 
221 aa  146  3e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03980  YpmQ  38.28 
 
 
223 aa  145  6e-34  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0532  electron transport protein SCO1/SenC  37.37 
 
 
210 aa  144  9e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01150  YpmQ  45 
 
 
243 aa  142  4e-33  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5677  electron transport protein SCO1/SenC  37.56 
 
 
236 aa  140  9.999999999999999e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5146  electron transport protein SCO1/SenC  40.37 
 
 
228 aa  125  3e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.272149 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2200  hypothetical protein  36.48 
 
 
223 aa  123  2e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.911586  normal  0.909176 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2865  electron transport protein SCO1/SenC  33.33 
 
 
217 aa  118  7.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0177907 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5990  electron transport protein SCO1/SenC  30.77 
 
 
240 aa  115  6e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0517  electron transport protein SCO1/SenC  32.2 
 
 
228 aa  110  1.0000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.576409  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3093  SCO1/SenC family lipoprotein  31.87 
 
 
195 aa  93.6  2e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000903349  decreased coverage  9.893850000000001e-24 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0216  protein of unknown function DUF420  31.98 
 
 
444 aa  93.6  2e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.614446  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2231  SCO1/SenC family lipoprotein  31.87 
 
 
195 aa  93.6  2e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00820303  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0301  electron transport protein SCO1/SenC  30.37 
 
 
235 aa  93.2  2e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000148363 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1650  electron transport protein SCO1/SenC  31.87 
 
 
194 aa  92.8  3e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000270735  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2359  SCO1/SenC family lipoprotein  31.68 
 
 
195 aa  92.8  3e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000369081  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2278  lipoprotein  32.08 
 
 
195 aa  92.8  4e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000821147  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2093  lipoprotein  32.08 
 
 
195 aa  92  5e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0265968  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2033  cytochrome c oxidase Cu(A) center assembly protein  32.08 
 
 
195 aa  92  5e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000016443  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2249  lipoprotein  32.08 
 
 
195 aa  92  5e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00171522  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2072  electron transport protein SCO1/SenC  32.08 
 
 
195 aa  92  5e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0311949  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2274  SCO1/SenC family lipoprotein  32.08 
 
 
195 aa  92  5e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.19701e-47 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2031  cytochrome c oxidase Cu(A) center assembly protein  32.08 
 
 
195 aa  92  6e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0152904  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1588  electron transport protein SCO1/SenC  31.52 
 
 
188 aa  88.2  8e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000473469  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1801  electron transport protein SCO1/SenC  29.93 
 
 
291 aa  79  0.00000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.53156 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2583  electron transport protein SCO1/SenC  31.37 
 
 
190 aa  79  0.00000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0931  electron transport protein SCO1/SenC  35.85 
 
 
248 aa  79  0.00000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0048  electron transport protein SCO1/SenC  30.72 
 
 
208 aa  75.5  0.0000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01390  hypothetical protein  29.22 
 
 
211 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1572  electron transport protein SCO1/SenC  26.03 
 
 
250 aa  69.7  0.00000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.304694  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0189  hypothetical protein  28.57 
 
 
211 aa  68.9  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0071  electron transport protein SCO1/SenC  30.99 
 
 
218 aa  67.8  0.0000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.420398  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3047  electron transport protein SCO1/SenC  28.48 
 
 
282 aa  67  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2665  electron transport protein SCO1/SenC  26.74 
 
 
204 aa  65.9  0.0000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00000706149  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4381  electron transport protein SCO1/SenC  26.88 
 
 
209 aa  65.1  0.0000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.558879  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3224  electron transport protein SCO1/SenC  41.33 
 
 
226 aa  63.5  0.000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.533734  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3548  electron transport protein SCO1/SenC  41.33 
 
 
200 aa  63.9  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.230336  normal  0.675478 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2625  electron transport protein SCO1/SenC  26.06 
 
 
204 aa  63.9  0.000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00219906  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4298  electron transport protein SCO1/SenC  39.51 
 
 
356 aa  63.9  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.576554  normal  0.116198 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3183  electron transport protein SCO1/SenC  27.27 
 
 
327 aa  62.8  0.000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.106344  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0888  electron transport protein SCO1/SenC  25.25 
 
 
210 aa  62.8  0.000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.147718  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1521  electron transport protein SCO1/SenC  28.67 
 
 
202 aa  62.8  0.000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2862  electron transport protein SCO1/SenC  37.08 
 
 
197 aa  62.8  0.000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.810748  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0753  SCO1/SenC family protein  27.07 
 
 
204 aa  62.4  0.000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0614736  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2533  electron transport protein SCO1/SenC  27.27 
 
 
327 aa  62.4  0.000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2002  electron transport protein SCO1/SenC  34.75 
 
 
363 aa  62.4  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1172  electron transport protein SCO1/SenC  27.1 
 
 
283 aa  62.4  0.000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1255  electron transport protein SCO1/SenC  27.4 
 
 
209 aa  62.4  0.000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3419  electron transport protein SCO1/SenC  41.33 
 
 
196 aa  62.4  0.000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0934  SCO1/SenC family protein  30.72 
 
 
192 aa  62  0.000000006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.140398  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4695  hypothetical protein  34.38 
 
 
235 aa  61.6  0.000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0489031  normal  0.712544 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1660  SCO1/SenC family protein  27.07 
 
 
204 aa  61.6  0.000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0705  SCO1/SenC family protein  27.07 
 
 
204 aa  61.6  0.000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0522  SCO1/SenC family protein  27.07 
 
 
204 aa  61.6  0.000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0595  SCO1/SenC family protein  27.07 
 
 
204 aa  61.6  0.000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2969  electron transport protein SCO1/SenC  28.57 
 
 
241 aa  61.6  0.000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000412315 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3800  electron transport protein SCO1/SenC  26.06 
 
 
219 aa  61.6  0.000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3873  electron transport protein SCO1/SenC  26.06 
 
 
219 aa  61.6  0.000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03040  signal peptide protein  27.85 
 
 
194 aa  60.8  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0471511 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3891  electron transport protein SCO1/SenC  31.33 
 
 
222 aa  61.2  0.00000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0109  SCO1/SenC family protein  34.31 
 
 
202 aa  60.1  0.00000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.614112  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2077  electron transport protein SCO1/SenC  28.07 
 
 
296 aa  60.5  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0831544  normal  0.489667 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3423  electron transport protein SCO1/SenC  24.54 
 
 
198 aa  60.5  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2014  SCO1/SenC family protein  26.32 
 
 
204 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0132018  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2109  SCO1/SenC family protein  26.32 
 
 
204 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4631  electron transport protein SCO1/SenC  40 
 
 
193 aa  59.7  0.00000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.154208 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1978  hypothetical protein  31.68 
 
 
208 aa  60.1  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.572357 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2933  electron transport protein SCO1/SenC  25.3 
 
 
195 aa  60.1  0.00000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.768061 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0014  Classical-complement-pathway C3/C5 convertase  32.17 
 
 
203 aa  59.3  0.00000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.143116  hitchhiker  0.00194121 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2128  hypothetical protein  27.64 
 
 
227 aa  59.3  0.00000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0544921  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2758  SCO1/SenC family protein  23.93 
 
 
219 aa  58.9  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2820  electron transport protein SCO1/SenC  29.41 
 
 
206 aa  58.9  0.00000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.439098  normal  0.0955603 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2817  SCO1/SenC family protein  23.93 
 
 
219 aa  58.9  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.172118  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2149  electron transport protein SCO1/SenC  25.87 
 
 
275 aa  58.9  0.00000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.430899  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0111  electron transport protein SCO1/SenC  30.5 
 
 
210 aa  58.5  0.00000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00321796  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2459  SCO1/SenC family protein  32.93 
 
 
221 aa  58.5  0.00000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.471351  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2445  SCO1/SenC family protein  23.93 
 
 
232 aa  58.5  0.00000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0564  SCO1/SenC family protein  23.93 
 
 
232 aa  58.5  0.00000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1061  electron transport protein SCO1/SenC  33.33 
 
 
201 aa  58.5  0.00000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.099105  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0128  electron transport protein SCO1/SenC  30.5 
 
 
210 aa  58.5  0.00000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2836  SCO1/SenC family protein  23.93 
 
 
232 aa  58.5  0.00000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.683043  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1768  SCO1/SenC family protein  23.93 
 
 
232 aa  58.5  0.00000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3999  electron transport protein SCO1/SenC  25.45 
 
 
219 aa  58.5  0.00000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0857  electron transport protein SCO1/SenC  26.79 
 
 
208 aa  58.5  0.00000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2710  electron transport protein SCO1/SenC  23.57 
 
 
205 aa  58.5  0.00000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1992  electron transport protein SCO1/SenC  28.12 
 
 
220 aa  58.2  0.00000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0582  electron transport protein SCO1/SenC  28.14 
 
 
215 aa  58.2  0.00000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.658799  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1038  electron transport protein SCO1/SenC  25.87 
 
 
217 aa  58.2  0.00000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.303988 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4189  electron transport protein SCO1/SenC  23.67 
 
 
210 aa  57.8  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4320  electron transport protein SCO1/SenC  23.67 
 
 
210 aa  57.8  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0879  SCO1/SenC family protein  26.39 
 
 
209 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_010511  M446_1125  electron transport protein SCO1/SenC  28.85 
 
 
247 aa  57.8  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.195458  normal  0.850064 
 
 
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NC_010501  PputW619_0131  electron transport protein SCO1/SenC  29.41 
 
 
210 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.801805  normal  0.912872 
 
 
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