More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3488 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3488  electron transport protein SCO1/SenC  100 
 
 		 218 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2283  electron transport protein SCO1/SenC  98.62 
 
 		 218 aa  448  1e-125  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.897597  normal  0.85963 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2449  electron transport protein SCO1/SenC  92.2 
 
 		 218 aa  419  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.010405  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2458  electron transport protein SCO1/SenC  88.53 
 
 		 218 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.657864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1977  electron transport protein SCO1/SenC  63.93 
 
 		 216 aa  274  8e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.918767 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3891  electron transport protein SCO1/SenC  43.9 
 
 		 222 aa  186  2e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1255  hypothetical protein  39.88 
 
 		 194 aa  126  3e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.847765  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2002  electron transport protein SCO1/SenC  34.52 
 
 		 363 aa  124  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2627  electron transport protein SCO1/SenC  34.67 
 
 		 425 aa  113  2.0000000000000002e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2666  electron transport protein SCO1/SenC  33.67 
 
 		 327 aa  113  3e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.239586  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2533  electron transport protein SCO1/SenC  36.6 
 
 		 327 aa  112  5e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3183  electron transport protein SCO1/SenC  36.6 
 
 		 327 aa  112  6e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.106344  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1256  hypothetical protein  35.71 
 
 		 207 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.313098  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1398  SCO1/SenC family protein  31.55 
 
 		 193 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2292  putative transmembrane protein  35.26 
 
 		 207 aa  104  1e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.765986  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1482  electron transport protein SCO1/SenC  36.49 
 
 		 193 aa  103  2e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4695  hypothetical protein  34.32 
 
 		 235 aa  103  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0489031  normal  0.712544 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0650  electron transport protein SCO1/SenC  35.06 
 
 		 340 aa  97.4  1e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4298  electron transport protein SCO1/SenC  32.24 
 
 		 356 aa  97.4  1e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.576554  normal  0.116198 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3890  electron transport protein SCO1/SenC  26.92 
 
 		 228 aa  84.3  0.000000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2450  electron transport protein SCO1/SenC  28.76 
 
 		 221 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0486605  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3487  electron transport protein SCO1/SenC  28.76 
 
 		 221 aa  83.2  0.000000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.108073  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2284  electron transport protein SCO1/SenC  28.76 
 
 		 221 aa  83.2  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.882124 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3791  electron transport protein SCO1/SenC  31.58 
 
 		 217 aa  80.1  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0070  hypothetical protein  32.12 
 
 		 198 aa  80.1  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1978  hypothetical protein  28.49 
 
 		 208 aa  79.7  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.572357 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2459  SCO1/SenC family protein  27.45 
 
 		 221 aa  79.3  0.00000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.471351  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0048  electron transport protein SCO1/SenC  37.04 
 
 		 208 aa  74.7  0.0000000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4631  electron transport protein SCO1/SenC  32.92 
 
 		 193 aa  69.7  0.00000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.154208 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5677  electron transport protein SCO1/SenC  28.19 
 
 		 236 aa  66.2  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5990  electron transport protein SCO1/SenC  36.84 
 
 		 240 aa  65.9  0.0000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1588  electron transport protein SCO1/SenC  40 
 
 		 188 aa  65.5  0.0000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000473469  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2865  electron transport protein SCO1/SenC  38.24 
 
 		 217 aa  65.1  0.0000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0177907 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3768  electron transport protein SCO1/SenC  34.33 
 
 		 197 aa  64.7  0.0000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.197212  normal  0.330218 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2583  electron transport protein SCO1/SenC  35.29 
 
 		 190 aa  63.5  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1479  electron transport protein SCO1/SenC  39.73 
 
 		 196 aa  62.8  0.000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01150  YpmQ  34.02 
 
 		 243 aa  62.8  0.000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1172  electron transport protein SCO1/SenC  36.13 
 
 		 283 aa  61.6  0.000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1063  electron transport protein SCO1/SenC  32.64 
 
 		 198 aa  61.6  0.000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0524387 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2918  electron transport protein SCO1/SenC  35.78 
 
 		 213 aa  61.6  0.000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00907715  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0131  electron transport protein SCO1/SenC  37.21 
 
 		 210 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.801805  normal  0.912872 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2849  electron transport protein SCO1/SenC  30.77 
 
 		 187 aa  60.8  0.00000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0126  electron transport protein SCO1/SenC  38.37 
 
 		 210 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.12558  normal  0.034967 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1683  electron transport protein SCO1/SenC  33.78 
 
 		 204 aa  60.5  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1595  electron transport protein SCO1/SenC  33.68 
 
 		 211 aa  60.5  0.00000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000402998  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2862  electron transport protein SCO1/SenC  32.58 
 
 		 197 aa  60.1  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.810748  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3526  electron transport protein SCO1/SenC  30.77 
 
 		 203 aa  60.5  0.00000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.23458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2933  electron transport protein SCO1/SenC  32.71 
 
 		 195 aa  60.5  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.768061 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1892  electron transport protein SCO1/SenC  36.47 
 
 		 202 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1191  SCO1/SenC family protein  34.59 
 
 		 220 aa  60.1  0.00000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0364424  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0109  SCO1/SenC family protein  27.41 
 
 		 202 aa  59.7  0.00000003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.614112  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2278  lipoprotein  30.82 
 
 		 195 aa  60.1  0.00000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000821147  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1577  electron transport protein SCO1/SenC  36.61 
 
 		 200 aa  60.1  0.00000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3224  electron transport protein SCO1/SenC  26.97 
 
 		 226 aa  59.7  0.00000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.533734  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4381  electron transport protein SCO1/SenC  29.86 
 
 		 209 aa  59.7  0.00000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.558879  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0188  electron transport protein SCO1/SenC  30.82 
 
 		 203 aa  59.3  0.00000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.929961  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1066  hypothetical protein  27.78 
 
 		 204 aa  59.3  0.00000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.172468  normal  0.032179 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3898  electron transport protein SCO1/SenC  30 
 
 		 207 aa  59.3  0.00000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.88916  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2625  electron transport protein SCO1/SenC  33.6 
 
 		 204 aa  58.9  0.00000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00219906  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0976  major antigenic protein  25.68 
 
 		 205 aa  58.9  0.00000005  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2200  hypothetical protein  38.03 
 
 		 223 aa  58.9  0.00000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.911586  normal  0.909176 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0663  electron transport protein SCO1/SenC  28.57 
 
 		 197 aa  58.9  0.00000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000146035  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2359  SCO1/SenC family lipoprotein  29.56 
 
 		 195 aa  58.5  0.00000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000369081  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0714  hypothetical protein  30.11 
 
 		 204 aa  58.9  0.00000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2235  hypothetical protein  30.11 
 
 		 204 aa  58.9  0.00000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2319  hypothetical protein  30.11 
 
 		 204 aa  58.9  0.00000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.735788  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2416  electron transport protein SCO1/SenC  31.19 
 
 		 199 aa  58.5  0.00000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.516349  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2912  electron transport protein SCO1/SenC  31.78 
 
 		 197 aa  58.5  0.00000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3548  electron transport protein SCO1/SenC  32.56 
 
 		 200 aa  58.5  0.00000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.230336  normal  0.675478 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2031  cytochrome c oxidase Cu(A) center assembly protein  29.56 
 
 		 195 aa  58.2  0.00000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0152904  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0128  electron transport protein SCO1/SenC  36.05 
 
 		 210 aa  58.2  0.00000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1061  electron transport protein SCO1/SenC  32.37 
 
 		 201 aa  58.2  0.00000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.099105  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1521  electron transport protein SCO1/SenC  29.3 
 
 		 202 aa  58.2  0.00000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0111  electron transport protein SCO1/SenC  36.05 
 
 		 210 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00321796  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0318  SCO1/SenC family protein/methylamine utilization protein MauG, putative  32.32 
 
 		 626 aa  57.8  0.0000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2093  lipoprotein  29.56 
 
 		 195 aa  58.2  0.0000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0265968  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2033  cytochrome c oxidase Cu(A) center assembly protein  29.56 
 
 		 195 aa  58.2  0.0000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000016443  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2249  lipoprotein  29.56 
 
 		 195 aa  58.2  0.0000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00171522  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2688  electron transport protein SCO1/SenC  41.33 
 
 		 211 aa  57.8  0.0000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2274  SCO1/SenC family lipoprotein  29.56 
 
 		 195 aa  58.2  0.0000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.19701e-47 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00930  Electron transport protein SCO1/SenC  37.63 
 
 		 211 aa  58.2  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.330102  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3172  putative lipoprotein  33.94 
 
 		 198 aa  57  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0416881  normal  0.34002 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3419  electron transport protein SCO1/SenC  28.89 
 
 		 196 aa  57.4  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0753  SCO1/SenC family protein  31.37 
 
 		 204 aa  57  0.0000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0614736  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2969  electron transport protein SCO1/SenC  36.36 
 
 		 208 aa  57.4  0.0000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000121806  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2072  electron transport protein SCO1/SenC  35 
 
 		 195 aa  57  0.0000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0311949  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0728  hypothetical protein  29.09 
 
 		 200 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1690  electron transport protein SCO1/SenC  31.51 
 
 		 201 aa  57.4  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.805804  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2128  hypothetical protein  36.78 
 
 		 227 aa  56.6  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0544921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0151  electron transport protein SCO1/SenC  27.36 
 
 		 205 aa  56.6  0.0000003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.000503505  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0522  SCO1/SenC family protein  31.37 
 
 		 204 aa  56.2  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1389  electron transport protein SCO1/SenC  28.46 
 
 		 206 aa  56.6  0.0000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.324761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1125  electron transport protein SCO1/SenC  24.87 
 
 		 247 aa  56.6  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.195458  normal  0.850064 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1930  electron transport protein SCO1/SenC  40.96 
 
 		 196 aa  56.2  0.0000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0705  SCO1/SenC family protein  31.37 
 
 		 204 aa  56.2  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1660  SCO1/SenC family protein  31.37 
 
 		 204 aa  56.2  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1948  electron transport protein SCO1/SenC  23.79 
 
 		 248 aa  56.6  0.0000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0595  SCO1/SenC family protein  31.37 
 
 		 204 aa  56.2  0.0000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1650  electron transport protein SCO1/SenC  29.38 
 
 		 194 aa  56.2  0.0000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000270735  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2014  SCO1/SenC family protein  31.37 
 
 		 204 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0132018  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>