261 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3725 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_3725  regulatory protein MarR  100 
 
 		 155 aa  312  9.999999999999999e-85  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4426  transcriptional regulator, MarR family  39.74 
 
 		 156 aa  118  1.9999999999999998e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.610198 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3592  MarR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 146 aa  115  1.9999999999999998e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3525  transcriptional regulator, MarR family  41.61 
 
 		 155 aa  115  1.9999999999999998e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.681503 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4752  MarR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 152 aa  110  7.000000000000001e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0630735  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06185  transcriptional regulator, marR family protein  44.85 
 
 		 144 aa  107  6e-23  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0037  transcriptional regulator, MarR family  31.91 
 
 		 144 aa  55.1  0.0000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06856  hypothetical protein  23.48 
 
 		 142 aa  53.5  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0962  MarR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 165 aa  53.5  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.100112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06220  transcriptional regulator, MarR family  34.78 
 
 		 169 aa  52.8  0.000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2803  transcriptional regulator, MarR family  27.68 
 
 		 170 aa  51.6  0.000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0360  MarR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 141 aa  51.2  0.000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0150  MarR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 154 aa  50.1  0.00001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0208553  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4610  transcriptional regulator, MarR family  26.28 
 
 		 148 aa  49.7  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.4763  normal  0.155158 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1689  transcriptional regulator SlyA  29.82 
 
 		 145 aa  50.1  0.00001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.245905  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9024  Transcriptional regulators-like protein  35.44 
 
 		 154 aa  49.3  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2127  MarR family transcriptional regulator  24.32 
 
 		 145 aa  49.3  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1722  transcriptional regulator SlyA  31.52 
 
 		 145 aa  48.9  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00118206  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1592  MarR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 304 aa  48.9  0.00003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0532297  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0880  regulatory protein, MarR  27.72 
 
 		 162 aa  48.1  0.00004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0200  transcriptional regulator, MarR family  27.74 
 
 		 159 aa  48.1  0.00004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2105  MarR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 139 aa  48.1  0.00004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00000763901  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0503  transcriptional regulator, MarR family  29.41 
 
 		 171 aa  48.1  0.00004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.554707 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3177  MarR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 151 aa  47.8  0.00005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.000202979  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0113  MarR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 141 aa  48.1  0.00005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.51786  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3680  transcriptional regulator, MarR family  32.35 
 
 		 170 aa  47.8  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.359333 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0861  MarR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 157 aa  47.8  0.00006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0579  MarR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 148 aa  47.8  0.00006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.14462  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0057  MarR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 185 aa  47.8  0.00006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.584189  normal  0.103539 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0598  MarR family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 159 aa  47.4  0.00007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1286  transcriptional regulator, MarR family  29.91 
 
 		 147 aa  47.4  0.00008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.204943 
 
 
-
 
NC_002936  DET1178  MarR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 159 aa  47  0.0001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1494  MarR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 160 aa  47  0.0001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.386446  hitchhiker  0.00719492 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0590  putative transcription regulator protein  29.67 
 
 		 178 aa  46.6  0.0001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1899  transcriptional regulator SlyA  37.31 
 
 		 146 aa  46.6  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0947823  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1614  transcriptional regulator SlyA  37.31 
 
 		 146 aa  46.6  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.550286 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4863  MarR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 157 aa  47  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.238839  normal  0.273246 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1469  MarR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 144 aa  47  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.184271 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1730  transcriptional regulator SlyA  37.31 
 
 		 146 aa  46.6  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00443681  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1895  MarR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 150 aa  46.6  0.0001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.409274  decreased coverage  0.00000000000000377127 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3793  transcriptional regulator MarR family  32.04 
 
 		 180 aa  46.6  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0743996  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3382  transcriptional regulator, MarR family  32.35 
 
 		 170 aa  46.6  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.180661 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0135  MarR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 157 aa  47  0.0001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0405255  normal  0.71696 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2765  MarR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 167 aa  46.6  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0576767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4054  MarR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 174 aa  47  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2677  MarR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 153 aa  46.6  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0619  MarR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 156 aa  46.6  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1210  hypothetical protein  30.56 
 
 		 139 aa  46.2  0.0002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1216  hypothetical protein  30.56 
 
 		 139 aa  45.8  0.0002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5560  MarR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 170 aa  45.8  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813118  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3146  MarR family protein  44.9 
 
 		 162 aa  45.8  0.0002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0129718  normal  0.0536373 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0983  MarR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 159 aa  45.4  0.0002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1541  transcriptional regulator SlyA  46.51 
 
 		 146 aa  46.2  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.294149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2070  transcriptional regulator MarR  25 
 
 		 151 aa  46.2  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.317078 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6557  MarR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 156 aa  45.8  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0488  MarR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 160 aa  45.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.123923  normal  0.124611 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1511  MarR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 159 aa  45.8  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1874  MarR family transcriptional regulator  24.11 
 
 		 139 aa  46.2  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000119555 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1554  transcriptional regulator SlyA  46.51 
 
 		 146 aa  46.2  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4823  MarR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 163 aa  46.2  0.0002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.477223  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1523  MarR family transcriptional regulator  30 
 
 		 176 aa  45.4  0.0003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.7127  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1859  transcriptional regulator, MarR family  24.41 
 
 		 157 aa  45.1  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.89352  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2712  MarR family transcriptional regulator  21.99 
 
 		 147 aa  45.4  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0271862 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2611  MarR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 202 aa  45.4  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4585  regulatory protein MarR  27.1 
 
 		 159 aa  45.4  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1163  MarR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 159 aa  45.1  0.0004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.404359  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3511  transcriptional regulator, MarR family  38.46 
 
 		 142 aa  45.1  0.0004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3249  transcriptional regulator, MarR family  24.39 
 
 		 139 aa  45.1  0.0004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2560  transcriptional regulator SlyA  30.21 
 
 		 143 aa  45.1  0.0004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000673945  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0672  MarR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 155 aa  45.1  0.0004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.211167  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1723  MarR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 171 aa  45.1  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0516  transcriptional regulator, MarR family  28.24 
 
 		 171 aa  45.1  0.0004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.398648 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5714  MarR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 153 aa  45.1  0.0004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00966957 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1876  transcriptional regulator SlyA  30.21 
 
 		 143 aa  45.1  0.0004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000116497  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1767  transcriptional regulator SlyA  30.21 
 
 		 143 aa  45.1  0.0004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000697661  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1111  MarR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 158 aa  45.1  0.0004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01612  transcriptional regulator SlyA  44.19 
 
 		 144 aa  44.7  0.0005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1998  transcriptional regulator, MarR family  44.19 
 
 		 144 aa  44.7  0.0005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000396376  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1834  transcriptional regulator SlyA  44.19 
 
 		 144 aa  44.7  0.0005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.397695  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1557  transcriptional regulator SlyA  44.19 
 
 		 144 aa  44.7  0.0005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.991489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2814  MarR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 172 aa  44.7  0.0005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.388946 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1718  transcriptional regulator SlyA  44.19 
 
 		 144 aa  44.7  0.0005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.485306  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6622  transcriptional regulator, MarR family  28.42 
 
 		 158 aa  44.7  0.0005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1852  transcriptional regulator SlyA  44.19 
 
 		 144 aa  44.7  0.0005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00181712  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2354  transcriptional regulator SlyA  44.19 
 
 		 144 aa  44.7  0.0005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00255065  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1987  transcriptional regulator SlyA  44.19 
 
 		 146 aa  44.7  0.0005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.225625  hitchhiker  0.00131258 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01602  hypothetical protein  44.19 
 
 		 144 aa  44.7  0.0005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4487  MarR family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 180 aa  44.3  0.0006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000975501  hitchhiker  0.000429514 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1805  transcriptional regulator SlyA  44.19 
 
 		 146 aa  44.3  0.0006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.734426  hitchhiker  0.00344529 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0083  transcriptional regulator SlyA  36.76 
 
 		 144 aa  43.9  0.0007  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.404027  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3626  MarR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 160 aa  44.3  0.0007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00335375  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3738  transcriptional regulator, MarR family  27.12 
 
 		 153 aa  44.3  0.0007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.000310515  hitchhiker  0.00461263 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0620  MarR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 168 aa  43.9  0.0008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2236  MarR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 155 aa  43.9  0.0008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.443536  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2578  MarR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 160 aa  43.9  0.0008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.856924  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2623  MarR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 160 aa  43.9  0.0008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0922619  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0911  MarR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 155 aa  43.9  0.0008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.369038 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3360  transcriptional regulator, MarR family  31.82 
 
 		 151 aa  43.9  0.0008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1482  MarR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 163 aa  43.9  0.0009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.914228  normal  0.421582 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1026  MarR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 163 aa  43.9  0.0009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>