More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3820 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011831  Cagg_1307  alpha amylase catalytic region  53.36 
 
 
652 aa  699    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000323164 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0218  Alpha amylase, catalytic region  50.16 
 
 
650 aa  650    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0324  alpha amylase catalytic region  49.38 
 
 
641 aa  650    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3820  alpha amylase, catalytic region  100 
 
 
645 aa  1348    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.166544  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00676  alpha-amylase, amylosucrase  63.04 
 
 
649 aa  862    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.145273  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0305  alpha amylase, catalytic region  63.44 
 
 
646 aa  845    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3605  alpha amylase catalytic region  49.67 
 
 
643 aa  601  1e-170  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3322  alpha amylase catalytic region  49.59 
 
 
672 aa  594  1e-168  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3684  alpha amylase catalytic region  47.25 
 
 
663 aa  590  1e-167  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2030  alpha amylase, catalytic region  47.97 
 
 
638 aa  589  1e-167  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.194844  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25520  glycosidase  46.57 
 
 
642 aa  577  1.0000000000000001e-163  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.563974  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2611  alpha amylase, catalytic region  42.13 
 
 
650 aa  516  1.0000000000000001e-145  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3514  alpha amylase, catalytic region  40.25 
 
 
651 aa  513  1e-144  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.482546  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0308  alpha amylase catalytic subunit  43.11 
 
 
636 aa  509  1e-143  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0972  alpha amylase catalytic region  42.25 
 
 
644 aa  507  9.999999999999999e-143  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.216915 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2914  alpha amylase catalytic region  40.32 
 
 
650 aa  491  1e-137  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1153  alpha amylase catalytic region  41.19 
 
 
657 aa  483  1e-135  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00213284  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0572  alpha amylase, catalytic region  42.37 
 
 
650 aa  485  1e-135  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1797  Alpha amylase, catalytic region  42.32 
 
 
651 aa  480  1e-134  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000126302  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3590  alpha amylase catalytic region  40.29 
 
 
661 aa  471  1.0000000000000001e-131  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0704974 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3860  alpha amylase catalytic region  40.65 
 
 
667 aa  456  1e-127  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1690  alpha amylase catalytic region  42.59 
 
 
639 aa  444  1e-123  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.526546  normal  0.114706 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02416  alpha-amlyase  38.18 
 
 
638 aa  423  1e-117  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1267  alpha amylase, catalytic region  37.9 
 
 
645 aa  420  1e-116  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0330  trehalose synthase  26.39 
 
 
551 aa  217  5.9999999999999996e-55  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1598  trehalose synthase  26.75 
 
 
1092 aa  211  2e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0248685 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2835  trehalose synthase  26.96 
 
 
1088 aa  212  2e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0758325  normal  0.0859996 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0315  trehalose synthase-like protein  26.63 
 
 
1121 aa  210  8e-53  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2713  trehalose synthase  27.04 
 
 
1088 aa  209  1e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.352676 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2940  trehalose synthase  27.04 
 
 
1088 aa  209  1e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00795057 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1784  trehalose synthase  26.19 
 
 
1102 aa  206  1e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2968  trehalose synthase  26.01 
 
 
553 aa  203  9.999999999999999e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1404  Alpha amylase, catalytic region  26.92 
 
 
1100 aa  202  9.999999999999999e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2828  trehalose synthase  26.67 
 
 
548 aa  201  3e-50  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3101  trehalose synthase  25.96 
 
 
553 aa  201  3.9999999999999996e-50  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.729849  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3202  trehalose synthase  25.96 
 
 
572 aa  201  3.9999999999999996e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.169478  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2014  trehalose synthase  26.07 
 
 
551 aa  200  6e-50  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3002  trehalose synthase-like  25.71 
 
 
572 aa  199  9e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.205935  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2446  putative trehalose synthase  25.84 
 
 
1102 aa  198  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.500894  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1799  alpha amylase catalytic region  27 
 
 
534 aa  198  3e-49  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1465  trehalose synthase-like  26.45 
 
 
1088 aa  196  1e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2678  trehalose synthase  25.64 
 
 
1115 aa  196  1e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1110  trehalose synthase  25.66 
 
 
1102 aa  196  1e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.531245 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4164  trehalose synthase  25.67 
 
 
1100 aa  195  2e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3921  trehalose synthase  26.54 
 
 
1085 aa  194  3e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6807  trehalose synthase  25.23 
 
 
1088 aa  194  3e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.267695  normal  0.5618 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7546  trehalose synthase  25.41 
 
 
1088 aa  194  5e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.455626  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2353  alpha amylase domain-containing protein  25.55 
 
 
1110 aa  194  6e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.544253  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1605  Alpha amylase, catalytic region  25.92 
 
 
1100 aa  193  7e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3014  trehalose synthase  26.9 
 
 
1094 aa  192  1e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.602191 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2935  trehalose synthase  25.29 
 
 
1110 aa  192  2e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.820681  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1883  trehalose synthase  26.47 
 
 
1100 aa  192  2e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.12501  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3679  trehalose synthase-like  26.52 
 
 
1099 aa  191  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0211  trehalose synthase  23.93 
 
 
1105 aa  191  2.9999999999999997e-47  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3483  trehalose synthase-like  25.88 
 
 
1100 aa  191  4e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0240  trehalose synthase  24.49 
 
 
1105 aa  191  4e-47  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1980  trehalose synthase  25.56 
 
 
1109 aa  191  5e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0525025  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4228  alpha amylase domain-containing protein  25.55 
 
 
1121 aa  189  2e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1172  alpha amylase domain-containing protein  25.74 
 
 
1095 aa  188  2e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1208  alpha amylase  25.72 
 
 
1094 aa  189  2e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0541  trehalose synthase  24.29 
 
 
1061 aa  188  2e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00661441  normal  0.174056 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0830  Alpha amylase, catalytic region  25.41 
 
 
1104 aa  187  4e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7033  glycoside hydrolase family protein  25.59 
 
 
1138 aa  186  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.160404  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1983  alpha amylase domain-containing protein  24.66 
 
 
1098 aa  185  2.0000000000000003e-45  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2090  trehalose synthase  24.54 
 
 
1119 aa  185  2.0000000000000003e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4101  trehalose synthase  25.13 
 
 
610 aa  186  2.0000000000000003e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3658  trehalose synthase  25.33 
 
 
1106 aa  184  3e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.100309  hitchhiker  0.000190821 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3154  putative trehalose synthase  24.54 
 
 
1100 aa  184  3e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4392  trehalose synthase  24.22 
 
 
1152 aa  184  3e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.21351 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36730  putative trehalose synthase  24.54 
 
 
1100 aa  184  3e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.631838 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3469  trehalose synthase/ maltokinase-like  25.3 
 
 
1112 aa  184  4.0000000000000006e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2378  trehalose synthase  24.96 
 
 
1099 aa  184  5.0000000000000004e-45  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2160  trehalose synthase-like  24.36 
 
 
1112 aa  184  6e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05183  hypothetical protein  24.96 
 
 
1160 aa  183  8.000000000000001e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0584538  normal  0.396388 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1784  trehalose synthase  24.83 
 
 
1106 aa  183  8.000000000000001e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0687531  normal  0.178352 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4059  trehalose synthase  24.83 
 
 
1106 aa  183  1e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6087  trehalose synthase  25.59 
 
 
1137 aa  182  1e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0830562  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4096  trehalose synthase  24.92 
 
 
1139 aa  182  1e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.981031  normal  0.0225037 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1331  trehalose synthase-like  25.59 
 
 
1137 aa  183  1e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6822  trehalose synthase  24.25 
 
 
1154 aa  183  1e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.615207 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6498  trehalose synthase  25.59 
 
 
1137 aa  183  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.388171  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1544  alpha-glucosidase  25.56 
 
 
1131 aa  182  2e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2490  Alpha amylase, catalytic region  25.12 
 
 
1108 aa  182  2e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0584  trehalose synthase  24.86 
 
 
606 aa  181  2e-44  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1340  trehalose synthase/putative maltokinase  25.56 
 
 
1131 aa  182  2e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1051  trehalose synthase  25.25 
 
 
572 aa  182  2e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.828904  normal  0.512672 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0534  trehalose synthase/putative maltokinase  25.56 
 
 
1131 aa  182  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0621  trehalose synthase/putative maltokinase  25.56 
 
 
1131 aa  182  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1816  trehalose synthase  25.17 
 
 
1105 aa  182  2e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.482452 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2862  putative trehalose synthase  23.69 
 
 
1154 aa  182  2e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4791  trehalose synthase  25.27 
 
 
1114 aa  181  2.9999999999999997e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0872883  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1567  trehalose synthase/putative maltokinase  25.56 
 
 
1131 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5490  trehalose synthase  24.79 
 
 
1136 aa  181  4e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.984156  hitchhiker  0.000243022 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2022  trehalose synthase  24.66 
 
 
1142 aa  180  7e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.113086 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5564  alpha-glucosidase  24.03 
 
 
1100 aa  180  8e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.657284  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2294  trehalose synthase  24.42 
 
 
1100 aa  180  8e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00139705  decreased coverage  0.000000883241 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28000  trehalose synthase, maltokinase fusion protein  25.12 
 
 
1108 aa  180  9e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0821  alpha amylase family protein  25.39 
 
 
1131 aa  179  1e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.145364  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2535  Alpha amylase, catalytic region  24.84 
 
 
1113 aa  179  1e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.592261 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2361  alpha amylase family protein  25.3 
 
 
1111 aa  179  2e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.124946  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>