More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_3684 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007484  Noc_0218  Alpha amylase, catalytic region  57.89 
 
 
650 aa  758    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1307  alpha amylase catalytic region  52.85 
 
 
652 aa  672    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000323164 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3684  alpha amylase catalytic region  100 
 
 
663 aa  1367    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0305  alpha amylase, catalytic region  49.1 
 
 
646 aa  612  9.999999999999999e-175  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3322  alpha amylase catalytic region  49.52 
 
 
672 aa  605  9.999999999999999e-173  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00676  alpha-amylase, amylosucrase  48.29 
 
 
649 aa  605  9.999999999999999e-173  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.145273  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3820  alpha amylase, catalytic region  47.25 
 
 
645 aa  590  1e-167  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.166544  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3605  alpha amylase catalytic region  48.28 
 
 
643 aa  590  1e-167  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2030  alpha amylase, catalytic region  48.13 
 
 
638 aa  590  1e-167  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.194844  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25520  glycosidase  48.3 
 
 
642 aa  555  1e-156  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.563974  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3590  alpha amylase catalytic region  44.31 
 
 
661 aa  536  1e-151  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0704974 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0324  alpha amylase catalytic region  44.52 
 
 
641 aa  533  1e-150  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2611  alpha amylase, catalytic region  43.11 
 
 
650 aa  514  1e-144  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3860  alpha amylase catalytic region  46.72 
 
 
667 aa  513  1e-144  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0972  alpha amylase catalytic region  43.07 
 
 
644 aa  500  1e-140  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.216915 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3514  alpha amylase, catalytic region  43.23 
 
 
651 aa  500  1e-140  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.482546  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0308  alpha amylase catalytic subunit  46.7 
 
 
636 aa  494  9.999999999999999e-139  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2914  alpha amylase catalytic region  42.44 
 
 
650 aa  491  1e-137  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0572  alpha amylase, catalytic region  42.3 
 
 
650 aa  487  1e-136  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1153  alpha amylase catalytic region  43.24 
 
 
657 aa  481  1e-134  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00213284  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1797  Alpha amylase, catalytic region  40.72 
 
 
651 aa  468  9.999999999999999e-131  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000126302  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1690  alpha amylase catalytic region  40.87 
 
 
639 aa  433  1e-120  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.526546  normal  0.114706 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02416  alpha-amlyase  38.46 
 
 
638 aa  406  1.0000000000000001e-112  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1267  alpha amylase, catalytic region  40.17 
 
 
645 aa  406  1.0000000000000001e-112  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1799  alpha amylase catalytic region  28.08 
 
 
534 aa  214  3.9999999999999995e-54  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0330  trehalose synthase  27.68 
 
 
551 aa  206  2e-51  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2828  trehalose synthase  26.61 
 
 
548 aa  194  6e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2968  trehalose synthase  27.66 
 
 
553 aa  193  7e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2014  trehalose synthase  27.18 
 
 
551 aa  192  1e-47  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2835  trehalose synthase  26.49 
 
 
1088 aa  192  2e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0758325  normal  0.0859996 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7546  trehalose synthase  27.41 
 
 
1088 aa  191  4e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.455626  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3921  trehalose synthase  27.8 
 
 
1085 aa  190  5.999999999999999e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2713  trehalose synthase  26.1 
 
 
1088 aa  189  1e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.352676 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1784  trehalose synthase  27.14 
 
 
1102 aa  189  1e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2940  trehalose synthase  26.1 
 
 
1088 aa  189  1e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00795057 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2446  putative trehalose synthase  27.69 
 
 
1102 aa  188  3e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.500894  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1110  trehalose synthase  27.65 
 
 
1102 aa  188  3e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.531245 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1983  alpha amylase domain-containing protein  27.52 
 
 
1098 aa  187  4e-46  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2678  trehalose synthase  26.83 
 
 
1115 aa  187  7e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0315  trehalose synthase-like protein  25.46 
 
 
1121 aa  186  1.0000000000000001e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2536  trehalose synthase  27.27 
 
 
1098 aa  185  2.0000000000000003e-45  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.605311  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3483  trehalose synthase-like  26.74 
 
 
1100 aa  184  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1208  alpha amylase  27.22 
 
 
1094 aa  183  7e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03668  alpha-amylase family protein  27.59 
 
 
1101 aa  184  7e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3014  trehalose synthase  26.5 
 
 
1094 aa  182  2e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.602191 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3469  trehalose synthase/ maltokinase-like  25.92 
 
 
1112 aa  182  2e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1598  trehalose synthase  25.91 
 
 
1092 aa  182  2e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0248685 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1336  trehalose synthase  27.15 
 
 
567 aa  181  2.9999999999999997e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3002  trehalose synthase-like  26.94 
 
 
572 aa  181  2.9999999999999997e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.205935  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6807  trehalose synthase  26.06 
 
 
1088 aa  181  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.267695  normal  0.5618 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3101  trehalose synthase  27.31 
 
 
553 aa  181  4e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.729849  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3202  trehalose synthase  26.94 
 
 
572 aa  181  4e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.169478  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4791  trehalose synthase  26.25 
 
 
1114 aa  180  9e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0872883  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2935  trehalose synthase  26.91 
 
 
1110 aa  180  9e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.820681  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1883  trehalose synthase  26.74 
 
 
1100 aa  180  9e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.12501  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2029  alpha amylase domain-containing protein  25.73 
 
 
1100 aa  179  1e-43  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.269645 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2353  alpha amylase domain-containing protein  26.11 
 
 
1110 aa  179  1e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.544253  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0851  trehalose synthase  26.21 
 
 
1108 aa  179  2e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1465  trehalose synthase-like  27.05 
 
 
1088 aa  179  2e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1485  trehalose synthase-like  25.67 
 
 
1108 aa  179  2e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4164  trehalose synthase  26.11 
 
 
1100 aa  179  2e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2378  trehalose synthase  27.15 
 
 
1099 aa  177  4e-43  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2294  trehalose synthase  25.48 
 
 
1100 aa  177  5e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00139705  decreased coverage  0.000000883241 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6322  putative trehalose synthase  26.69 
 
 
1101 aa  177  6e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.319777  normal  0.483748 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2917  trehalose synthase  26.36 
 
 
1130 aa  177  6e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1816  trehalose synthase  26.1 
 
 
1105 aa  176  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.482452 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3679  trehalose synthase-like  25.96 
 
 
1099 aa  176  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1172  alpha amylase domain-containing protein  26.25 
 
 
1095 aa  175  1.9999999999999998e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2090  trehalose synthase  25.97 
 
 
1119 aa  176  1.9999999999999998e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2022  trehalose synthase  25.19 
 
 
1142 aa  174  2.9999999999999996e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.113086 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2361  alpha amylase family protein  25.87 
 
 
1111 aa  174  3.9999999999999995e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.124946  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1980  trehalose synthase  24.33 
 
 
1109 aa  174  3.9999999999999995e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0525025  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2310  trehalose synthase  26.76 
 
 
1098 aa  174  5e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.178439  normal  0.197937 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0240  trehalose synthase  26.64 
 
 
1105 aa  174  5.999999999999999e-42  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6073  trehalose synthase  27.75 
 
 
604 aa  173  6.999999999999999e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.887339  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0678  trehalose synthase  26.81 
 
 
556 aa  173  6.999999999999999e-42  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.026654  normal  0.804097 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4096  trehalose synthase  25.39 
 
 
1139 aa  173  7.999999999999999e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.981031  normal  0.0225037 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28000  trehalose synthase, maltokinase fusion protein  25.57 
 
 
1108 aa  173  9e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4392  trehalose synthase  26.35 
 
 
1152 aa  173  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.21351 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0211  trehalose synthase  25.87 
 
 
1105 aa  173  1e-41  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4059  trehalose synthase  25.52 
 
 
1106 aa  172  2e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1784  trehalose synthase  25.52 
 
 
1106 aa  172  2e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0687531  normal  0.178352 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1728  trehalose synthase  26.52 
 
 
585 aa  172  2e-41  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0152  trehalose synthase  26.01 
 
 
1113 aa  172  2e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.38856 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1404  Alpha amylase, catalytic region  25.97 
 
 
1100 aa  172  2e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0418  alpha amylase, catalytic region  28.27 
 
 
577 aa  172  2e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.537622  normal  0.197095 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5383  trehalose synthase  25.77 
 
 
1093 aa  171  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0116468  normal  0.915163 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2535  Alpha amylase, catalytic region  25.47 
 
 
1113 aa  171  3e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.592261 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5564  alpha-glucosidase  25.82 
 
 
1100 aa  171  3e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.657284  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0534  trehalose synthase/putative maltokinase  26.59 
 
 
1131 aa  171  4e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1340  trehalose synthase/putative maltokinase  26.59 
 
 
1131 aa  171  4e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1544  alpha-glucosidase  26.59 
 
 
1131 aa  171  4e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3658  trehalose synthase  25.52 
 
 
1106 aa  171  4e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.100309  hitchhiker  0.000190821 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0621  trehalose synthase/putative maltokinase  26.59 
 
 
1131 aa  171  4e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1567  trehalose synthase/putative maltokinase  26.59 
 
 
1131 aa  171  5e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2782  trehalose synthase  25.9 
 
 
1098 aa  170  7e-41  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0117  trehalose synthase  24.71 
 
 
1116 aa  169  1e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0236355 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4228  alpha amylase domain-containing protein  25.24 
 
 
1121 aa  169  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0830  Alpha amylase, catalytic region  25.72 
 
 
1104 aa  169  1e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2160  trehalose synthase-like  23.4 
 
 
1112 aa  169  1e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>