More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3322 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007484  Noc_0218  Alpha amylase, catalytic region  53.17 
 
 
650 aa  642    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3605  alpha amylase catalytic region  64.17 
 
 
643 aa  815    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25520  glycosidase  57.5 
 
 
642 aa  685    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.563974  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1307  alpha amylase catalytic region  57.69 
 
 
652 aa  693    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000323164 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2030  alpha amylase, catalytic region  64.23 
 
 
638 aa  795    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.194844  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3322  alpha amylase catalytic region  100 
 
 
672 aa  1375    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3684  alpha amylase catalytic region  49.44 
 
 
663 aa  605  9.999999999999999e-173  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00676  alpha-amylase, amylosucrase  48.63 
 
 
649 aa  604  1.0000000000000001e-171  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.145273  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3820  alpha amylase, catalytic region  49.59 
 
 
645 aa  598  1e-169  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.166544  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0305  alpha amylase, catalytic region  48.24 
 
 
646 aa  581  1e-164  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1153  alpha amylase catalytic region  44.46 
 
 
657 aa  523  1e-147  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00213284  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0324  alpha amylase catalytic region  43.53 
 
 
641 aa  517  1.0000000000000001e-145  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3590  alpha amylase catalytic region  44.5 
 
 
661 aa  510  1e-143  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0704974 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0972  alpha amylase catalytic region  45.43 
 
 
644 aa  499  1e-140  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.216915 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3860  alpha amylase catalytic region  46.45 
 
 
667 aa  496  1e-139  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0572  alpha amylase, catalytic region  45.91 
 
 
650 aa  490  1e-137  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0308  alpha amylase catalytic subunit  43.46 
 
 
636 aa  488  1e-136  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1690  alpha amylase catalytic region  48.31 
 
 
639 aa  482  1e-134  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.526546  normal  0.114706 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2611  alpha amylase, catalytic region  41.72 
 
 
650 aa  456  1e-127  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2914  alpha amylase catalytic region  41.62 
 
 
650 aa  458  1e-127  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1797  Alpha amylase, catalytic region  40.41 
 
 
651 aa  443  1e-123  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000126302  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3514  alpha amylase, catalytic region  38.97 
 
 
651 aa  444  1e-123  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.482546  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1267  alpha amylase, catalytic region  47.41 
 
 
645 aa  431  1e-119  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02416  alpha-amlyase  39.81 
 
 
638 aa  398  1e-109  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1110  trehalose synthase  29.06 
 
 
1102 aa  201  5e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.531245 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2835  trehalose synthase  28.42 
 
 
1088 aa  201  5e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0758325  normal  0.0859996 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2940  trehalose synthase  28.6 
 
 
1088 aa  200  7.999999999999999e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00795057 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2713  trehalose synthase  28.6 
 
 
1088 aa  200  7.999999999999999e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.352676 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2446  putative trehalose synthase  29.06 
 
 
1102 aa  200  9e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.500894  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1598  trehalose synthase  26.6 
 
 
1092 aa  199  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0248685 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2935  trehalose synthase  28.96 
 
 
1110 aa  197  4.0000000000000005e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.820681  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3921  trehalose synthase  27.82 
 
 
1085 aa  197  5.000000000000001e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2968  trehalose synthase  28.02 
 
 
553 aa  197  5.000000000000001e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2917  trehalose synthase  28.42 
 
 
1130 aa  196  8.000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7546  trehalose synthase  27.38 
 
 
1088 aa  196  9e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.455626  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2294  trehalose synthase  27.88 
 
 
1100 aa  196  1e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00139705  decreased coverage  0.000000883241 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6807  trehalose synthase  27.21 
 
 
1088 aa  196  1e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.267695  normal  0.5618 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1784  trehalose synthase  27.98 
 
 
1102 aa  195  2e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4051  trehalose synthase  29.16 
 
 
1164 aa  194  3e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3938  trehalose synthase  29.16 
 
 
1164 aa  194  3e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.278548 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0330  trehalose synthase  26.51 
 
 
551 aa  194  4e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28000  trehalose synthase, maltokinase fusion protein  28.78 
 
 
1108 aa  194  5e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1172  alpha amylase domain-containing protein  28.73 
 
 
1095 aa  192  1e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2678  trehalose synthase  26.76 
 
 
1115 aa  192  1e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1816  trehalose synthase  29.08 
 
 
1105 aa  193  1e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.482452 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2828  trehalose synthase  28.96 
 
 
548 aa  191  2.9999999999999997e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3101  trehalose synthase  28.43 
 
 
553 aa  191  2.9999999999999997e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.729849  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3002  trehalose synthase-like  28.5 
 
 
572 aa  191  4e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.205935  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3202  trehalose synthase  28.43 
 
 
572 aa  191  4e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.169478  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1605  Alpha amylase, catalytic region  27.14 
 
 
1100 aa  191  5e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1106  trehalose synthase  26.42 
 
 
1123 aa  191  5e-47  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0315  trehalose synthase-like protein  27.06 
 
 
1121 aa  191  5e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1784  trehalose synthase  28.73 
 
 
1106 aa  189  1e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0687531  normal  0.178352 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4059  trehalose synthase  28.73 
 
 
1106 aa  189  1e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05183  hypothetical protein  29.11 
 
 
1160 aa  189  2e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0584538  normal  0.396388 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4392  trehalose synthase  27.26 
 
 
1152 aa  189  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.21351 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2014  trehalose synthase  28.65 
 
 
551 aa  187  4e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3014  trehalose synthase  27.59 
 
 
1094 aa  187  4e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.602191 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6822  trehalose synthase  27.87 
 
 
1154 aa  188  4e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.615207 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1808  trehalose synthase  28.45 
 
 
571 aa  187  5e-46  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0813826  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3658  trehalose synthase  28.73 
 
 
1106 aa  187  6e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.100309  hitchhiker  0.000190821 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2862  putative trehalose synthase  27.87 
 
 
1154 aa  186  8e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03668  alpha-amylase family protein  28.86 
 
 
1101 aa  185  2.0000000000000003e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5564  alpha-glucosidase  26.61 
 
 
1100 aa  186  2.0000000000000003e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.657284  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2535  Alpha amylase, catalytic region  28.21 
 
 
1113 aa  183  7e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.592261 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4228  alpha amylase domain-containing protein  27.19 
 
 
1121 aa  182  1e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0851  trehalose synthase  26.82 
 
 
1108 aa  182  1e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3679  trehalose synthase-like  27.29 
 
 
1099 aa  183  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0830  Alpha amylase, catalytic region  25.65 
 
 
1104 aa  182  2e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5383  trehalose synthase  27.85 
 
 
1093 aa  181  2.9999999999999997e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0116468  normal  0.915163 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1418  trehalose synthase-like protein  26.73 
 
 
1134 aa  180  7e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1883  trehalose synthase  26.88 
 
 
1100 aa  180  9e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.12501  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1336  trehalose synthase  29.48 
 
 
567 aa  179  1e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1980  trehalose synthase  27.16 
 
 
1109 aa  179  2e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0525025  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5098  trehalose synthase  27.36 
 
 
1093 aa  178  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.436768  decreased coverage  0.00978496 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1404  Alpha amylase, catalytic region  26.33 
 
 
1100 aa  179  2e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2160  trehalose synthase-like  25.99 
 
 
1112 aa  179  2e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5591  trehalose synthase  26.85 
 
 
1137 aa  179  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00664495  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36730  putative trehalose synthase  26.53 
 
 
1100 aa  178  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.631838 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2022  trehalose synthase  26.86 
 
 
1142 aa  179  2e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.113086 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3483  trehalose synthase-like  26.52 
 
 
1100 aa  178  3e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6322  putative trehalose synthase  26.61 
 
 
1101 aa  178  3e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.319777  normal  0.483748 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5490  trehalose synthase  27.21 
 
 
1136 aa  177  5e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.984156  hitchhiker  0.000243022 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3154  putative trehalose synthase  26.36 
 
 
1100 aa  177  5e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2353  alpha amylase domain-containing protein  26.12 
 
 
1110 aa  177  7e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.544253  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6321  trehalose synthase  26.67 
 
 
1137 aa  176  9e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0765728  normal  0.0985799 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4096  trehalose synthase  25.94 
 
 
1139 aa  175  1.9999999999999998e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.981031  normal  0.0225037 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1465  trehalose synthase-like  27.04 
 
 
1088 aa  175  1.9999999999999998e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2090  trehalose synthase  25.85 
 
 
1119 aa  175  2.9999999999999996e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2761  alpha-amylase family protein  26.98 
 
 
1108 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.142181  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1799  alpha amylase catalytic region  26.55 
 
 
534 aa  174  3.9999999999999995e-42  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2361  alpha amylase family protein  26.31 
 
 
1111 aa  174  5e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.124946  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1331  trehalose synthase-like  26.67 
 
 
1137 aa  174  5e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6498  trehalose synthase  26.67 
 
 
1137 aa  174  5e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.388171  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1296  trehalose synthase  28.4 
 
 
583 aa  174  5e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.13842  normal  0.98704 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2782  trehalose synthase  25.88 
 
 
1098 aa  174  6.999999999999999e-42  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3469  trehalose synthase/ maltokinase-like  25.99 
 
 
1112 aa  174  6.999999999999999e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6087  trehalose synthase  26.67 
 
 
1137 aa  174  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0830562  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7033  glycoside hydrolase family protein  26.49 
 
 
1138 aa  173  7.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.160404  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2029  alpha amylase domain-containing protein  26.67 
 
 
1100 aa  173  7.999999999999999e-42  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.269645 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>