91 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3002 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3002  phage shock protein C, PspC  100 
 
 		 153 aa  315  1e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.681381  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02831  phage shock protein C  55.48 
 
 		 148 aa  176  2e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.661382  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3770  phage shock protein C  48.03 
 
 		 150 aa  142  2e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.289973  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1239  phage shock protein C  45.81 
 
 		 131 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0689653 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2478  hypothetical protein  41.94 
 
 		 131 aa  121  3e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1642  phage shock protein C, PspC  42.86 
 
 		 128 aa  121  4e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.694655  normal  0.946116 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1619  phage shock protein C, PspC  42.86 
 
 		 128 aa  121  4e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1504  phage shock protein C, PspC  42.86 
 
 		 128 aa  121  4e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1608  phage shock protein C, PspC  42.86 
 
 		 128 aa  121  4e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2735  phage shock protein C, PspC  42.86 
 
 		 128 aa  121  4e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.243267  normal  0.130126 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1809  phage shock protein C  44.22 
 
 		 128 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2480  phage shock protein C, PspC  42.86 
 
 		 128 aa  117  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00406786 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2548  phage shock protein C, PspC  42.86 
 
 		 128 aa  117  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.818003  normal  0.0263017 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2646  phage shock protein C, PspC  42.18 
 
 		 128 aa  117  7e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.487796 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01874  hypothetical protein  38.51 
 
 		 129 aa  114  6.9999999999999995e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1556  phage shock protein C, PspC  39.46 
 
 		 131 aa  114  6.9999999999999995e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000100923 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2667  phage shock protein C, PspC  40.14 
 
 		 129 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003812  phage shock protein C  37.75 
 
 		 129 aa  111  3e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2494  phage shock protein C, PspC  38.1 
 
 		 131 aa  108  3e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.132086  normal  0.0781423 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3098  phage shock protein C, PspC  37.41 
 
 		 132 aa  107  5e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.215712  hitchhiker  0.0000191033 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0483  phage shock protein C  38.51 
 
 		 128 aa  107  6e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1281  phage shock protein C  37.09 
 
 		 129 aa  104  4e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2576  phage shock protein C, PspC  39.86 
 
 		 131 aa  103  7e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1616  phage shock protein C  39.6 
 
 		 136 aa  100  8e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0788963  normal  0.377929 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0408  phage shock protein C, PspC  24.49 
 
 		 149 aa  67.4  0.00000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2608  DNA-binding transcriptional activator PspC  27.89 
 
 		 121 aa  62.4  0.000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0232042  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2622  DNA-binding transcriptional activator PspC  27.59 
 
 		 119 aa  62.8  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0748188  normal  0.455397 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1874  DNA-binding transcriptional activator PspC  27.45 
 
 		 119 aa  62  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0102012 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1812  DNA-binding transcriptional activator PspC  27.45 
 
 		 119 aa  62  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000743707 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1644  DNA-binding transcriptional activator PspC  27.45 
 
 		 119 aa  62  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000607871 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1813  DNA-binding transcriptional activator PspC  27.45 
 
 		 119 aa  62  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.198158 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1462  DNA-binding transcriptional activator PspC  27.45 
 
 		 119 aa  62  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.269828  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2333  DNA-binding transcriptional activator PspC  27.89 
 
 		 121 aa  62  0.000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.817852  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2535  DNA-binding transcriptional activator PspC  28.78 
 
 		 119 aa  61.2  0.000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1788  DNA-binding transcriptional activator PspC  28.78 
 
 		 119 aa  61.2  0.000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1896  DNA-binding transcriptional activator PspC  28.78 
 
 		 119 aa  61.2  0.000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2340  phage shock protein C, PspC  26.8 
 
 		 119 aa  60.1  0.00000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00136748  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2319  DNA-binding transcriptional activator PspC  26.8 
 
 		 119 aa  60.1  0.00000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.033719  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1816  DNA-binding transcriptional activator PspC  26.8 
 
 		 119 aa  60.1  0.00000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.314626 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1948  DNA-binding transcriptional activator PspC  26.8 
 
 		 119 aa  60.1  0.00000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1542  DNA-binding transcriptional activator PspC  26.8 
 
 		 119 aa  60.1  0.00000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1516  DNA-binding transcriptional activator PspC  26.8 
 
 		 119 aa  60.1  0.00000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1421  DNA-binding transcriptional activator PspC  26.8 
 
 		 119 aa  60.1  0.00000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01283  DNA-binding transcriptional activator  26.14 
 
 		 119 aa  58.2  0.00000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01294  hypothetical protein  26.14 
 
 		 119 aa  58.2  0.00000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1724  DNA-binding transcriptional activator PspC  29.73 
 
 		 117 aa  57  0.00000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.367196  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1756  DNA-binding transcriptional activator PspC  25.81 
 
 		 119 aa  56.6  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0952  phage shock protein C, PspC  42.31 
 
 		 170 aa  55.8  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.441408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2939  phage shock protein C, PspC  29.8 
 
 		 126 aa  55.1  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.788518  normal  0.0375672 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1801  phage shock protein C, PspC  26.09 
 
 		 193 aa  51.2  0.000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.830677 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2167  DNA-binding transcriptional activator PspC  34.92 
 
 		 119 aa  50.8  0.000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0755267 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1650  putative signal transduction histidine kinase  35.37 
 
 		 418 aa  50.4  0.000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.347734  normal  0.354634 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0248  phage shock protein C, PspC  27.91 
 
 		 346 aa  49.7  0.00001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1926  phage shock protein C, PspC  33.77 
 
 		 174 aa  48.9  0.00003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000470088  unclonable  0.00000000972351 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2312  phage shock protein C, PspC  37.93 
 
 		 76 aa  48.1  0.00005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1648  phage shock protein C, PspC  45.61 
 
 		 416 aa  47.4  0.00007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.530019  normal  0.368483 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0822  stress-responsive transcriptional regulator  36.36 
 
 		 95 aa  47  0.00009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.55702  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0209  phage shock protein C, PspC  26.32 
 
 		 126 aa  47  0.00009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.841692  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01250  putative stress-responsive transcriptional regulator  33.33 
 
 		 256 aa  47  0.0001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1174  PspC domain-containing protein  36.36 
 
 		 82 aa  46.6  0.0001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.447328  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03594  phage shock protein C  44.26 
 
 		 70 aa  46.2  0.0001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.278751  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0468  PspC domain protein  35.48 
 
 		 515 aa  45.8  0.0002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2157  phage shock protein C, PspC  30.38 
 
 		 138 aa  45.1  0.0004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1158  phage shock protein C, PspC  26.45 
 
 		 124 aa  45.1  0.0004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4996  phage shock protein C, PspC  35.29 
 
 		 98 aa  43.9  0.0007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1233  phage shock protein C, PspC  31.58 
 
 		 152 aa  43.9  0.0007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.233266  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3554  phage shock protein C, PspC  31.34 
 
 		 77 aa  44.3  0.0007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.385576  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09558  hypothetical protein  35.48 
 
 		 582 aa  43.9  0.0008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.501669  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1110  phage shock protein C, PspC  27.59 
 
 		 190 aa  43.9  0.0008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00000317198  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2047  putative stress-responsive transcriptional regulator  35.53 
 
 		 87 aa  43.5  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0585  phage shock protein C, PspC  31.94 
 
 		 77 aa  43.1  0.001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  hitchhiker  0.00837163  hitchhiker  0.00408687 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0060  phage shock protein C, PspC  38.98 
 
 		 108 aa  43.5  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1024  phage shock protein C, PspC  38.18 
 
 		 233 aa  43.5  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0421  phage shock protein C, PspC  43.48 
 
 		 82 aa  43.1  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2440  phage shock protein C, PspC  44.19 
 
 		 66 aa  43.1  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.48825  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2350  phage shock protein C, PspC  30.85 
 
 		 194 aa  43.1  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2164  hypothetical protein  36.21 
 
 		 154 aa  42.4  0.002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.771382  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3224  phage shock protein C, PspC  24.46 
 
 		 143 aa  42.4  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0450  phage shock protein C, PspC  40 
 
 		 84 aa  42  0.003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.902434  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1000  phage shock protein C, PspC  40.35 
 
 		 64 aa  42  0.003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.290499 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1223  phage shock protein C, PspC  23.74 
 
 		 147 aa  42  0.003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.238052  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1045  hypothetical protein  35.82 
 
 		 79 aa  42.4  0.003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4227  putative signal transduction histidine kinase  32.2 
 
 		 394 aa  41.6  0.004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4820  phage shock protein C, PspC  34.69 
 
 		 66 aa  40.8  0.006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3318  phage shock protein C, PspC  39.66 
 
 		 64 aa  41.2  0.006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.125133 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4670  phage shock protein C, PspC  37.5 
 
 		 143 aa  40.4  0.008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1319  phage shock protein C, PspC  30.14 
 
 		 165 aa  40.4  0.008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0522  phage shock protein C, PspC  28.04 
 
 		 164 aa  40.4  0.009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.854498  normal  0.422706 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2843  phage shock protein C, PspC  35.59 
 
 		 68 aa  40.4  0.009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000296758  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0367  phage shock protein C  35.71 
 
 		 70 aa  40.4  0.009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3459  PspC domain protein  36.36 
 
 		 244 aa  40  0.01  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0516361 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>