122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2478 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_2478  hypothetical protein  100 
 
 		 131 aa  270  3e-72  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1556  phage shock protein C, PspC  74.81 
 
 		 131 aa  209  1e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000100923 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2576  phage shock protein C, PspC  80.15 
 
 		 131 aa  208  2e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1619  phage shock protein C, PspC  74.81 
 
 		 128 aa  202  1e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1504  phage shock protein C, PspC  74.81 
 
 		 128 aa  202  1e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1608  phage shock protein C, PspC  74.81 
 
 		 128 aa  202  1e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1642  phage shock protein C, PspC  74.81 
 
 		 128 aa  202  1e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.694655  normal  0.946116 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2735  phage shock protein C, PspC  74.81 
 
 		 128 aa  202  1e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.243267  normal  0.130126 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2494  phage shock protein C, PspC  72.52 
 
 		 131 aa  199  9.999999999999999e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.132086  normal  0.0781423 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1809  phage shock protein C  73.28 
 
 		 128 aa  197  3e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1239  phage shock protein C  70.23 
 
 		 131 aa  196  7.999999999999999e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0689653 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2480  phage shock protein C, PspC  71.76 
 
 		 128 aa  195  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00406786 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2548  phage shock protein C, PspC  71.76 
 
 		 128 aa  195  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.818003  normal  0.0263017 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2646  phage shock protein C, PspC  70.99 
 
 		 128 aa  195  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.487796 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2667  phage shock protein C, PspC  70.23 
 
 		 129 aa  186  8e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3098  phage shock protein C, PspC  68.94 
 
 		 132 aa  184  4e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.215712  hitchhiker  0.0000191033 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02831  phage shock protein C  45.21 
 
 		 148 aa  135  2e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.661382  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3770  phage shock protein C  43.42 
 
 		 150 aa  125  2.0000000000000002e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.289973  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3002  phage shock protein C, PspC  41.94 
 
 		 153 aa  121  3e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.681381  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1281  phage shock protein C  40.48 
 
 		 129 aa  105  2e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01874  hypothetical protein  38.1 
 
 		 129 aa  103  8e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003812  phage shock protein C  38.1 
 
 		 129 aa  102  2e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0483  phage shock protein C  35.71 
 
 		 128 aa  97.4  6e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1616  phage shock protein C  41.94 
 
 		 136 aa  94.4  5e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0788963  normal  0.377929 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0408  phage shock protein C, PspC  36.72 
 
 		 149 aa  87.8  5e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2333  DNA-binding transcriptional activator PspC  33.08 
 
 		 121 aa  71.6  0.000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.817852  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2608  DNA-binding transcriptional activator PspC  33.85 
 
 		 121 aa  71.2  0.000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0232042  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1812  DNA-binding transcriptional activator PspC  35.16 
 
 		 119 aa  70.9  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000743707 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1874  DNA-binding transcriptional activator PspC  35.16 
 
 		 119 aa  70.9  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0102012 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1813  DNA-binding transcriptional activator PspC  35.16 
 
 		 119 aa  70.9  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.198158 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1462  DNA-binding transcriptional activator PspC  35.16 
 
 		 119 aa  70.9  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.269828  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1644  DNA-binding transcriptional activator PspC  35.16 
 
 		 119 aa  70.9  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000607871 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01283  DNA-binding transcriptional activator  34.13 
 
 		 119 aa  70.9  0.000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01294  hypothetical protein  34.13 
 
 		 119 aa  70.9  0.000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2340  phage shock protein C, PspC  34.13 
 
 		 119 aa  70.5  0.000000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00136748  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1421  DNA-binding transcriptional activator PspC  34.13 
 
 		 119 aa  70.5  0.000000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1516  DNA-binding transcriptional activator PspC  34.13 
 
 		 119 aa  70.5  0.000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2622  DNA-binding transcriptional activator PspC  33.85 
 
 		 119 aa  70.5  0.000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0748188  normal  0.455397 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2319  DNA-binding transcriptional activator PspC  34.13 
 
 		 119 aa  70.5  0.000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.033719  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1816  DNA-binding transcriptional activator PspC  34.13 
 
 		 119 aa  70.5  0.000000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.314626 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1542  DNA-binding transcriptional activator PspC  34.13 
 
 		 119 aa  70.5  0.000000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1948  DNA-binding transcriptional activator PspC  34.13 
 
 		 119 aa  70.5  0.000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3224  phage shock protein C, PspC  34.38 
 
 		 143 aa  67.8  0.00000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1756  DNA-binding transcriptional activator PspC  31.82 
 
 		 119 aa  65.9  0.0000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1724  DNA-binding transcriptional activator PspC  33.33 
 
 		 117 aa  64.3  0.0000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.367196  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2167  DNA-binding transcriptional activator PspC  31.75 
 
 		 119 aa  63.9  0.0000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0755267 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1788  DNA-binding transcriptional activator PspC  31.54 
 
 		 119 aa  63.2  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2535  DNA-binding transcriptional activator PspC  31.54 
 
 		 119 aa  63.2  0.000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1896  DNA-binding transcriptional activator PspC  31.54 
 
 		 119 aa  63.2  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1223  phage shock protein C, PspC  33.06 
 
 		 147 aa  62.4  0.000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.238052  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1174  PspC domain-containing protein  37.84 
 
 		 82 aa  62.4  0.000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.447328  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0822  stress-responsive transcriptional regulator  38.89 
 
 		 95 aa  61.6  0.000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.55702  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1801  phage shock protein C, PspC  31.97 
 
 		 193 aa  56.6  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.830677 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1045  hypothetical protein  38.16 
 
 		 79 aa  55.5  0.0000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1158  phage shock protein C, PspC  32.85 
 
 		 124 aa  55.1  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0588  hypothetical protein  37.18 
 
 		 81 aa  54.7  0.0000004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.108358  hitchhiker  0.00051768 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4864  phage shock protein C, PspC  34.44 
 
 		 184 aa  53.9  0.0000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0646459  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0209  phage shock protein C, PspC  30.53 
 
 		 126 aa  53.1  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.841692  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0248  phage shock protein C, PspC  45.45 
 
 		 346 aa  52.8  0.000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1233  phage shock protein C, PspC  37.29 
 
 		 152 aa  52.4  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.233266  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21470  phage shock protein C, PspC  33.33 
 
 		 140 aa  52.8  0.000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2939  phage shock protein C, PspC  29.6 
 
 		 126 aa  51.2  0.000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.788518  normal  0.0375672 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2743  phage shock protein C, PspC  33.73 
 
 		 847 aa  50.8  0.000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00338438  hitchhiker  0.000000294429 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4670  phage shock protein C, PspC  43.33 
 
 		 143 aa  50.8  0.000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0386  phage shock protein C, PspC  30.65 
 
 		 140 aa  50.4  0.000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.656365  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0475  stress-responsive transcriptional regulator  45 
 
 		 61 aa  48.9  0.00002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3130  phage shock protein C, PspC  31.71 
 
 		 177 aa  48.9  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1319  phage shock protein C, PspC  37.7 
 
 		 165 aa  49.3  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0952  phage shock protein C, PspC  45.9 
 
 		 170 aa  49.3  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.441408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2350  phage shock protein C, PspC  43.64 
 
 		 194 aa  48.5  0.00003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2330  phage shock protein C, PspC  31.87 
 
 		 92 aa  48.5  0.00003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.399837 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3554  phage shock protein C, PspC  33.8 
 
 		 77 aa  48.1  0.00004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.385576  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2157  phage shock protein C, PspC  33.8 
 
 		 138 aa  47.4  0.00006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0367  phage shock protein C  35.71 
 
 		 70 aa  47.8  0.00006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4820  phage shock protein C, PspC  42.86 
 
 		 66 aa  47.4  0.00007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0660  phage shock protein C, PspC  38.57 
 
 		 81 aa  47.4  0.00008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.765283  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2312  phage shock protein C, PspC  41.82 
 
 		 76 aa  47  0.00009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1648  phage shock protein C, PspC  42.86 
 
 		 416 aa  47  0.00009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.530019  normal  0.368483 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2843  phage shock protein C, PspC  37.7 
 
 		 68 aa  47  0.00009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000296758  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1324  phage shock protein C, PspC  41.18 
 
 		 107 aa  46.6  0.0001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3236  PspC domain protein  38.24 
 
 		 129 aa  45.8  0.0002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2455  phage shock protein C, PspC  42.86 
 
 		 81 aa  45.8  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.129612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2440  phage shock protein C, PspC  45.1 
 
 		 66 aa  45.4  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.48825  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0196  phage shock protein C, PspC  27.47 
 
 		 578 aa  45.1  0.0004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.695474  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0621  phage shock protein C, PspC  29.49 
 
 		 86 aa  44.7  0.0004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1926  phage shock protein C, PspC  33.87 
 
 		 174 aa  44.3  0.0005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000470088  unclonable  0.00000000972351 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0436  phage shock protein C, PspC  40.62 
 
 		 452 aa  44.3  0.0006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000000115043  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4462  phage shock protein C, PspC  42.86 
 
 		 86 aa  43.9  0.0007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2495  phage shock protein C, PspC  44.62 
 
 		 74 aa  43.9  0.0007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0137298  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2935  phage shock protein C, PspC  29.17 
 
 		 71 aa  43.9  0.0007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000000394883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03594  phage shock protein C  36.92 
 
 		 70 aa  43.9  0.0007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.278751  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4752  phage shock domain-containing protein  35.29 
 
 		 76 aa  43.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3401  phage shock protein C, PspC  40.68 
 
 		 62 aa  43.5  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0719508  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2855  putative stress-responsive transcriptional regulator  37.7 
 
 		 86 aa  42.7  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3459  PspC domain protein  32.88 
 
 		 244 aa  42.7  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0516361 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0579  hypothetical protein  32.2 
 
 		 240 aa  42.7  0.002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.702691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1594  phage shock protein C, PspC  44.83 
 
 		 127 aa  42.7  0.002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1297  phage shock protein C, PspC  30.26 
 
 		 86 aa  42.4  0.002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.184221  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0585  phage shock protein C, PspC  34.69 
 
 		 77 aa  42.7  0.002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  hitchhiker  0.00837163  hitchhiker  0.00408687 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3719  phage shock protein C, PspC  31.76 
 
 		 110 aa  42.4  0.002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0072784  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>