79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2333 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2333  DNA-binding transcriptional activator PspC  100 
 
 		 121 aa  251  2.0000000000000002e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.817852  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2608  DNA-binding transcriptional activator PspC  97.52 
 
 		 121 aa  247  4e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0232042  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2622  DNA-binding transcriptional activator PspC  66.94 
 
 		 119 aa  166  1e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0748188  normal  0.455397 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1724  DNA-binding transcriptional activator PspC  64.66 
 
 		 117 aa  160  4.0000000000000004e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.367196  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1756  DNA-binding transcriptional activator PspC  61.34 
 
 		 119 aa  156  9e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1788  DNA-binding transcriptional activator PspC  60.33 
 
 		 119 aa  155  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2535  DNA-binding transcriptional activator PspC  60.33 
 
 		 119 aa  155  2e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1896  DNA-binding transcriptional activator PspC  60.33 
 
 		 119 aa  155  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2167  DNA-binding transcriptional activator PspC  62.61 
 
 		 119 aa  149  8.999999999999999e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0755267 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2340  phage shock protein C, PspC  61.74 
 
 		 119 aa  147  4e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00136748  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1516  DNA-binding transcriptional activator PspC  61.74 
 
 		 119 aa  147  4e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1421  DNA-binding transcriptional activator PspC  61.74 
 
 		 119 aa  147  4e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2319  DNA-binding transcriptional activator PspC  61.74 
 
 		 119 aa  147  4e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.033719  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1816  DNA-binding transcriptional activator PspC  61.74 
 
 		 119 aa  147  4e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.314626 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1542  DNA-binding transcriptional activator PspC  61.74 
 
 		 119 aa  147  4e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1948  DNA-binding transcriptional activator PspC  61.74 
 
 		 119 aa  147  4e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01294  hypothetical protein  60.87 
 
 		 119 aa  145  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01283  DNA-binding transcriptional activator  60.87 
 
 		 119 aa  145  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1644  DNA-binding transcriptional activator PspC  57.89 
 
 		 119 aa  137  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000607871 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1462  DNA-binding transcriptional activator PspC  57.89 
 
 		 119 aa  137  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.269828  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1813  DNA-binding transcriptional activator PspC  57.89 
 
 		 119 aa  137  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.198158 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1874  DNA-binding transcriptional activator PspC  57.89 
 
 		 119 aa  137  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0102012 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1812  DNA-binding transcriptional activator PspC  57.89 
 
 		 119 aa  137  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000743707 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1281  phage shock protein C  37.21 
 
 		 129 aa  84.7  3e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01874  hypothetical protein  35.71 
 
 		 129 aa  83.2  0.000000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1239  phage shock protein C  33.08 
 
 		 131 aa  82.8  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0689653 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0483  phage shock protein C  33.33 
 
 		 128 aa  81.3  0.000000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003812  phage shock protein C  33.59 
 
 		 129 aa  79.7  0.00000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1809  phage shock protein C  32.56 
 
 		 128 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2548  phage shock protein C, PspC  32.56 
 
 		 128 aa  77.4  0.00000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.818003  normal  0.0263017 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2480  phage shock protein C, PspC  32.56 
 
 		 128 aa  77.4  0.00000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00406786 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2646  phage shock protein C, PspC  31.78 
 
 		 128 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.487796 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1556  phage shock protein C, PspC  32.31 
 
 		 131 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000100923 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1642  phage shock protein C, PspC  31.45 
 
 		 128 aa  74.3  0.0000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.694655  normal  0.946116 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2735  phage shock protein C, PspC  31.45 
 
 		 128 aa  74.3  0.0000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.243267  normal  0.130126 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1619  phage shock protein C, PspC  31.45 
 
 		 128 aa  74.3  0.0000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1608  phage shock protein C, PspC  31.45 
 
 		 128 aa  74.3  0.0000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1504  phage shock protein C, PspC  31.45 
 
 		 128 aa  74.3  0.0000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2667  phage shock protein C, PspC  29.84 
 
 		 129 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2478  hypothetical protein  33.08 
 
 		 131 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02831  phage shock protein C  30.14 
 
 		 148 aa  70.1  0.000000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.661382  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3098  phage shock protein C, PspC  33.33 
 
 		 132 aa  70.1  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.215712  hitchhiker  0.0000191033 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2494  phage shock protein C, PspC  30.16 
 
 		 131 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.132086  normal  0.0781423 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1616  phage shock protein C  28 
 
 		 136 aa  65.9  0.0000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0788963  normal  0.377929 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0408  phage shock protein C, PspC  33.6 
 
 		 149 aa  63.5  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3002  phage shock protein C, PspC  27.89 
 
 		 153 aa  62  0.000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.681381  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2576  phage shock protein C, PspC  28.46 
 
 		 131 aa  58.5  0.00000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3770  phage shock protein C  47.46 
 
 		 150 aa  58.2  0.00000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.289973  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0386  phage shock protein C, PspC  29.03 
 
 		 140 aa  55.1  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.656365  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2157  phage shock protein C, PspC  36.46 
 
 		 138 aa  53.1  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2939  phage shock protein C, PspC  33.33 
 
 		 126 aa  51.6  0.000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.788518  normal  0.0375672 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3224  phage shock protein C, PspC  31.67 
 
 		 143 aa  50.8  0.000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0468  PspC domain protein  45 
 
 		 515 aa  50.4  0.000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1233  phage shock protein C, PspC  31.96 
 
 		 152 aa  49.3  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.233266  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0849  phage shock protein C, PspC  30.85 
 
 		 147 aa  48.1  0.00004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2843  phage shock protein C, PspC  47.27 
 
 		 68 aa  47.8  0.00005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000296758  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1174  PspC domain-containing protein  33.33 
 
 		 82 aa  47.4  0.00006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.447328  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1801  phage shock protein C, PspC  29.06 
 
 		 193 aa  47.4  0.00006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.830677 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0822  stress-responsive transcriptional regulator  36.92 
 
 		 95 aa  47  0.00008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.55702  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1319  phage shock protein C, PspC  37.74 
 
 		 165 aa  47  0.00009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1648  phage shock protein C, PspC  52.27 
 
 		 416 aa  46.6  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.530019  normal  0.368483 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0209  phage shock protein C, PspC  28.57 
 
 		 126 aa  47  0.0001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.841692  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0621  phage shock protein C, PspC  32.22 
 
 		 86 aa  45.4  0.0003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03594  phage shock protein C  37.5 
 
 		 70 aa  44.7  0.0004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.278751  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1223  phage shock protein C, PspC  28.33 
 
 		 147 aa  44.3  0.0006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.238052  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0196  phage shock protein C, PspC  41.38 
 
 		 578 aa  43.5  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.695474  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2330  phage shock protein C, PspC  31.65 
 
 		 92 aa  43.5  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.399837 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3554  phage shock protein C, PspC  38.18 
 
 		 77 aa  42.4  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.385576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0421  phage shock protein C, PspC  40.74 
 
 		 82 aa  42.7  0.002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2743  phage shock protein C, PspC  40 
 
 		 847 aa  42.4  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00338438  hitchhiker  0.000000294429 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1650  putative signal transduction histidine kinase  51.22 
 
 		 418 aa  41.6  0.004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.347734  normal  0.354634 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1297  phage shock protein C, PspC  48.08 
 
 		 86 aa  41.2  0.005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.184221  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0952  phage shock protein C, PspC  38.6 
 
 		 170 aa  41.2  0.005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.441408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0202  phage shock protein C, PspC  53.85 
 
 		 86 aa  41.2  0.005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.183382  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1339  phage shock protein C, PspC  36.84 
 
 		 62 aa  40.8  0.006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00304001  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0579  hypothetical protein  37.31 
 
 		 240 aa  40.8  0.007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.702691  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1024  phage shock protein C, PspC  36.67 
 
 		 233 aa  40.8  0.007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2555  phage shock protein C, PspC  40 
 
 		 67 aa  40.8  0.007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3366  phage shock protein C  32.26 
 
 		 127 aa  40.4  0.009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>