More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_5360 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_5360  amino acid ABC transporter, permease protein  100 
 
 
229 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.209442  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4914  amino acid ABC transporter permease  97.38 
 
 
229 aa  441  1e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4930  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  87.77 
 
 
229 aa  408  1e-113  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000808771  hitchhiker  0.000000082822 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0280  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  86.9 
 
 
229 aa  404  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.139552  hitchhiker  0.000156387 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0303  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  86.9 
 
 
229 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000177039  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0298  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  86.46 
 
 
229 aa  402  1e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0046472  normal  0.109587 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4272  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  87.77 
 
 
256 aa  403  1e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000141249 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0309  amino acid ABC transporter permease  88.21 
 
 
229 aa  403  1e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000829605  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5893  ABC transporter permease  74.12 
 
 
230 aa  344  6e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.575763  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68090  ABC transporter permease  73.68 
 
 
230 aa  343  2e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0277184  normal  0.0135289 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1115  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  59.63 
 
 
236 aa  268  4e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.186959  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0329  amino acid ABC transporter permease  56.19 
 
 
241 aa  257  8e-68  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0298  ABC basic amino acid transporter, inner membrane subunit  55.75 
 
 
241 aa  257  1e-67  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2072  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  55.25 
 
 
241 aa  239  2.9999999999999997e-62  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2253  amino acid ABC transporter permease  54.71 
 
 
239 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4624  arginine/ornithine transport protein AotM  49.08 
 
 
232 aa  215  5e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1927  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  54.85 
 
 
243 aa  213  1.9999999999999998e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.423145 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4930  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.54 
 
 
248 aa  209  3e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2914  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.25 
 
 
232 aa  207  8e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.285474 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01552  ABC transporter permease  47.95 
 
 
225 aa  202  3e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5844  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50.45 
 
 
226 aa  202  3e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3773  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.71 
 
 
232 aa  202  4e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.136748  hitchhiker  0.00334449 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4484  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  48.62 
 
 
232 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.784127 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1431  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  48.62 
 
 
232 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00987001  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52770  arginine/ornithine transport protein AotM  49.54 
 
 
232 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3989  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  48.17 
 
 
232 aa  199  3e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.60113 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003970  histidine ABC transporter permease protein HisM  47.49 
 
 
225 aa  199  3.9999999999999996e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4290  amino acid ABC transporter permease  48.62 
 
 
232 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2650  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.05 
 
 
239 aa  196  2.0000000000000003e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.074338  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1960  arginine/ornithine periplasmic binding protein-dependent transporter, inner membrane component  47.09 
 
 
225 aa  196  2.0000000000000003e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.223037  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7241  ABC transporter membrane spanning protein (nopaline)  46.26 
 
 
230 aa  195  5.000000000000001e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0228007  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3520  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.78 
 
 
239 aa  194  1e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.40379  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3873  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.72 
 
 
244 aa  194  1e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.839881  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4050  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.19 
 
 
244 aa  194  1e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2559  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.19 
 
 
244 aa  191  6e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.498875  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3569  amino acid ABC transporter permease  53.37 
 
 
232 aa  191  1e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.118377  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1452  amino acid ABC transporter, permease protein  46.58 
 
 
225 aa  190  1e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000068563  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2881  amino acid ABC transporter, permease protein, 3-TM region, His/Glu/Gln/Arg/opine  47.98 
 
 
229 aa  189  2.9999999999999997e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0842079  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1258  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.14 
 
 
238 aa  188  7e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1092  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.08 
 
 
231 aa  187  2e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0920336 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2831  ABC polar amino acid transporter inner membrane protein  46.24 
 
 
224 aa  187  2e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1828  arginine/ornithine ABC transporter, permease protein  52.25 
 
 
232 aa  185  4e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6913  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.95 
 
 
234 aa  185  4e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.77159  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5920  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.04 
 
 
234 aa  184  8e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.283636  normal  0.168825 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2783  amino acid ABC transporter permease  47.39 
 
 
243 aa  183  2.0000000000000003e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0337  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.29 
 
 
236 aa  180  2e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3310  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.93 
 
 
240 aa  177  1e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.515692  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1827  ABC amino acid transporter, inner membrane subunit  48.89 
 
 
251 aa  176  4e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.249434  normal  0.34398 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4836  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  48.33 
 
 
250 aa  175  6e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.14573 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5102  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50.59 
 
 
250 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00180467  decreased coverage  0.00233971 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4487  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  48.36 
 
 
238 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.131954  normal  0.0234327 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5838  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  48.59 
 
 
248 aa  172  5e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.800296 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5621  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  48.59 
 
 
248 aa  171  6.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.142283  normal  0.488767 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4839  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.34 
 
 
231 aa  171  7.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.337109 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2058  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.29 
 
 
276 aa  169  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.740721  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5749  amino acid ABC transporter permease  48.02 
 
 
248 aa  169  3e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6113  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  48.02 
 
 
248 aa  169  3e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.925457 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6595  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  48.02 
 
 
248 aa  169  3e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.148887 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4284  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.92 
 
 
231 aa  169  4e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.138969  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1564  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.72 
 
 
265 aa  168  5e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00849198  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5164  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  51.72 
 
 
238 aa  168  5e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0698  arginine transporter permease subunit ArtM  43.87 
 
 
222 aa  168  7e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.180995  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1592  hypothetical protein  44.91 
 
 
223 aa  166  2e-40  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.172559  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2291  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.69 
 
 
276 aa  166  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.927102 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2064  ABC transporter membrane spanning protein (amino acid)  42.04 
 
 
276 aa  167  2e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6802  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.44 
 
 
231 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0593  amino acid ABC transporter, permease protein  44.44 
 
 
223 aa  165  5.9999999999999996e-40  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.035181  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0952  amino acid ABC transporter, permease protein  41.55 
 
 
277 aa  164  1.0000000000000001e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05531  arginine transporter permease subunit ArtM  44.34 
 
 
222 aa  164  1.0000000000000001e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001575  arginine ABC transporter permease protein ArtM  48.28 
 
 
222 aa  162  5.0000000000000005e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.432738  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1378  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.83 
 
 
238 aa  162  5.0000000000000005e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2237  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.04 
 
 
277 aa  161  9e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.655968  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6393  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.69 
 
 
229 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.100475  normal  0.579181 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1590  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.1 
 
 
276 aa  159  3e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4533  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.14 
 
 
229 aa  159  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.104063 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5016  ABC transporter membrane spanning protein  42.79 
 
 
229 aa  159  4e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0351  histidine transport system permease HisM  43.9 
 
 
238 aa  159  5e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0315453  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5067  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.05 
 
 
229 aa  158  6e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.404951  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2566  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.15 
 
 
238 aa  158  9e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.167761  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1540  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.9 
 
 
238 aa  157  1e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1430  histidine ABC transporter, permease protein HisM  43.9 
 
 
238 aa  157  1e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00742165  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6602  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.43 
 
 
246 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1208  amino acid ABC transporter permease  41.46 
 
 
236 aa  156  3e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.598248 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2399  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.63 
 
 
240 aa  155  4e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7506  ABC transporter membrane spanning protein (nopaline)  38.29 
 
 
226 aa  155  5.0000000000000005e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4138  amino acid ABC transporter, permease protein  40.19 
 
 
236 aa  155  6e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3876  amino acid ABC transporter permease  40.19 
 
 
236 aa  155  6e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.641947 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02232  histidine/lysine/arginine/ornithine transporter subunit  43.9 
 
 
238 aa  154  1e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1349  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.9 
 
 
238 aa  154  1e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.184069  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0325  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.45 
 
 
216 aa  154  1e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2685  histidine ABC transporter, permease protein HisM  43.9 
 
 
238 aa  154  1e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.334636  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2463  histidine ABC transporter, permease protein HisM  43.9 
 
 
238 aa  154  1e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.624067  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1345  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.9 
 
 
238 aa  154  1e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.470643  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3447  histidine ABC transporter, permease protein HisM  43.9 
 
 
238 aa  154  1e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.885693  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2601  histidine ABC transporter, permease protein HisM  43.9 
 
 
238 aa  154  1e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0344679  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1475  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.71 
 
 
238 aa  154  1e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.480375  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02192  hypothetical protein  43.9 
 
 
238 aa  154  1e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0343  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40 
 
 
216 aa  154  1e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1127  amino acid ABC transporter permease  39.47 
 
 
237 aa  153  2e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2788  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.19 
 
 
238 aa  153  2e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.133608  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>